View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0440_2D_high_4 (Length: 457)

Name: NF0440_2D_high_4
Description: NF0440_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0440_2D_high_4
NF0440_2D_high_4
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-443)||(24782592-24783034)
chr8 (1-443)||(35197958-35198400)
chr8 (6-256)||(41997858-41998108)
chr8 (71-268)||(26619079-26619276)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (1-443)||(8057308-8057750)
chr1 (1-443)||(49574988-49575430)
chr1 (1-395)||(36027478-36027872)
chr1 (1-213)||(46021352-46021564)
chr1 (30-292)||(5306347-5306609)
chr1 (30-292)||(23947320-23947582)
chr1 (30-292)||(50954817-50955079)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (1-443)||(111259-111704)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (6-283)||(8033262-8033539)
chr7 (32-268)||(22944944-22945180)
chr7 (18-181)||(1610346-1610509)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (30-399)||(54814562-54814931)
chr3 (30-409)||(46426064-46426442)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (74-123)||(34567098-34567147)
chr2 (237-382)||(34566929-34567074)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 24783034 - 24782592
Alignment:
Q  1 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24783034 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 24782935  T
Q  101 aataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782934 aataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 24782835  T
Q  201 aattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782834 aattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 24782735  T
Q  301 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782734 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctttt 24782635  T
Q  401 acattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782634 acattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 24782592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 443
Target Start/End: Original strand, 35197958 - 35198400
Alignment:
Q  1 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35197958 tgttgcctttcattcttgccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 35198057  T
Q  101 aataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198058 aataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagatattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 35198157  T
Q  201 aattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198158 aattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 35198257  T
Q  301 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198258 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctttt 35198357  T
Q  401 acattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198358 acattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 35198400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 41998108 - 41997858
Alignment:
Q  6 cctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataa 105  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||  |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| || ||||| || |||||||    
T  41998108 cctttcattttggacatagaatacaccatctcttgagctacaataatattatgatggatactacgacccggaataaaactagattgataaggtgaaataa 41998009  T
Q  106 taccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattc 205  Q
    ||  ||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  41998008 tattatcaagcaaaggcttaatcctattaacaataactttagaaataattttataaataacattgcataaagaaataggtctaaattgagaaacaaaatc 41997909  T
Q  206 aggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaaga 256  Q
    ||| |||||||  ||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  41997908 aggcttatcaactttaggtatcataacaattagtgtattattaatagaaga 41997858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 71 - 268
Target Start/End: Original strand, 26619079 - 26619276
Alignment:
Q  71 acctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacatta 170  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||| ||| || || || ||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||    
T  26619079 acctggaataaaactaaactggtatggagaaataatacgatcaaacaaaggtttaatcctgttaacaatcactttagaaataattttatatataacatta 26619178  T
Q  171 cataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaagg 268  Q
    ||||| | |||||| ||||| ||| | |||||||  ||||| ||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||| |||| || ||||||||    
T  26619179 cataatgaaataggcctaaactgataaacaaattatggtttctcaattttaggaatcatcacaataagggtattattaataaaagaaatgagagaagg 26619276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 443
Target Start/End: Original strand, 8057308 - 8057750
Alignment:
Q  1 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057308 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 8057407  T
Q  101 aataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057408 aataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 8057507  T
Q  201 aattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057508 aattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 8057607  T
Q  301 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057608 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctttt 8057707  T
Q  401 acattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057708 acattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 8057750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 443
Target Start/End: Original strand, 49574988 - 49575430
Alignment:
Q  1 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49574988 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 49575087  T
Q  101 aataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575088 aataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 49575187  T
Q  201 aattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575188 aattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 49575287  T
Q  301 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575288 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctttt 49575387  T
Q  401 acattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575388 acattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 49575430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 36027872 - 36027478
Alignment:
Q  1 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027872 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 36027773  T
Q  101 aataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027772 aataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 36027673  T
Q  201 aattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027672 aattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 36027573  T
Q  301 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagct 395  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027572 tagaatcagcaactgtgtcctaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagct 36027478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 46021352 - 46021564
Alignment:
Q  1 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46021352 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 46021451  T
Q  101 aataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46021452 aataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagagattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 46021551  T
Q  201 aattcaggtttat 213  Q
    |||||||||||||    
T  46021552 aattcaggtttat 46021564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 30 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 5306609 - 5306347
Alignment:
Q  30 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 129  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  | | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || || || |    
T  5306609 accatttcttgagccacaataatgttgtggtgtatgttacgacctggaataaaactagactggtatggagaaataatacgatcaagcaaaggtttaatcc 5306510  T
Q  130 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 229  Q
    |||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | |||||    
T  5306509 tgttaacaatcactttagaaataattttataaataacattacataatgaaataggcctaaactgagaaacaaattctggtttctcaattttaggaatcat 5306410  T
Q  230 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaa 292  Q
    |||||| || |||||||||||| |||| || |||||| |  | ||||||||||| || |||||    
T  5306409 cacaataagggtattattaataaaagaaatgagagaatgatttacccaaacctgtttgacaaa 5306347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 30 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 23947582 - 23947320
Alignment:
Q  30 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 129  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  | | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| || || || ||      
T  23947582 accatttcttgagccacaataatgttgtggtgtatgttacgacctggaataaaactagactggtatggagaaataatacgatcaaggaaaggtttaatct 23947483  T
Q  130 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 229  Q
    |||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | |||||    
T  23947482 tgttaacaatcactttagaaataattttataaataacattacataatgaaataggcctaaactgagaaacaaattctggtttctcaattttaggaatcat 23947383  T
Q  230 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaa 292  Q
    |||||| || |||||||||||| |||| || |||||| |  | ||||||||||| || |||||    
T  23947382 cacaataagggtattattaataaaagaaatgagagaatgatttacccaaacctgtttgacaaa 23947320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 30 - 292
Target Start/End: Original strand, 50954817 - 50955079
Alignment:
Q  30 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 129  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  | | |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || || ||      
T  50954817 accatttcttgagccacaataatgttgtggtgtatgttacgacctagaataaaactagactggtatggagaaataatacgatcaagcaaaggtttaatca 50954916  T
Q  130 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 229  Q
    |||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | |||||    
T  50954917 tgttaacaatcactttagaaataattttatatataacattacataatgaaataggcctaaactgagaaacaaattctggtttctcaattttaggaatcat 50955016  T
Q  230 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaa 292  Q
    |||||| || |||||||||||| |||| || ||||||||  | ||||||||||| || |||||    
T  50955017 cacaataagggtattattaataaaagaaatgagagaaggatttacccaaacctgattgacaaa 50955079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 443
Target Start/End: Original strand, 111259 - 111704
Alignment:
Q  1 tgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111259 tgttgcctttcattctagccatggaatgtaccatctcctgagcgacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggaga 111358  T
Q  101 aataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111359 aataataccatcaagcaaaggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagaca 111458  T
Q  201 aattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 300  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111459 aattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaagggtaacccaaacctggttcacaaactggtata 111558  T
Q  301 tagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcg---gggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctct 397  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  111559 tagaatcagcaactgtgtcccagcatttttgaaaaaatatagcgaaaaggtatccatcctctctcggcgccttgtgaggattcatatcaaaaagagctct 111658  T
Q  398 tttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111659 tttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 111704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 8033539 - 8033262
Alignment:
Q  6 cctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataa 105  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||  |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || | | | ||||||||||| || ||||| || |||||||    
T  8033539 cctttcattttggacatagaatacaccatctcttgagctacaataatattatgatggatgctacgaaccggaataaaactagattgataaggtgaaataa 8033440  T
Q  106 taccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattc 205  Q
    ||  ||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  8033439 tattatcaagcaaaggcttaatcctattaacaataactttagaaataattttataaataacattgcataaagaaataggtctaaattgagaaacaaaatc 8033340  T
Q  206 aggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctg 283  Q
    ||| |||||||  ||| | ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||  | |||||||||||    
T  8033339 aggcttatcaactttaggtatcataacaatcagtgtattattaatagaagagatgagagaaggatttacccaaacctg 8033262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 32 - 268
Target Start/End: Original strand, 22944944 - 22945180
Alignment:
Q  32 catctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattctg 131  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||  ||||||||| ||||| || ||     
T  22944944 catctcttgagctacaataatattatgatggatgctacgacccggaataaaactagattgataaggtgaaataatattatcaagcaaaggcttaatccta 22945043  T
Q  132 ttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcatca 231  Q
    || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||| | ||||| |    
T  22945044 ttaacaataactttagaaataattttataaataacattgcataaagaaataggtctaaattgagaaacaaaatcaggcttatcaactttaggtatcataa 22945143  T
Q  232 caatgagagtattattaatagaagatataagagaagg 268  Q
     ||| || ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  22945144 aaatcagtgtattattaatagaagagatgagagaagg 22945180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 1610509 - 1610346
Alignment:
Q  18 gccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagca 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||  |||| |||||| || || ||||| |||||||| || ||||| | ||    
T  1610509 gccatggaatgtaccatcttctgagccacaatgatattatggtggattgttcgtcctgaaataaagctagattgataaggagaaatgattccatctaaca 1610410  T
Q  118 acggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaat 181  Q
    | || |||||||| || ||||||||||||| ||| || |||||| |  ||||||| ||||||||    
T  1610409 aaggtttgattctattaacaataaccttagtaatgatgttataagtcccattacacaaagcaat 1610346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 399
Target Start/End: Original strand, 54814562 - 54814931
Alignment:
Q  30 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 129  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||      
T  54814562 accatctctttagccataataatattgtggtgaatgcttcgacctggaataaaactagactggtatggagaaataattctatcaagcaaaggcttaatca 54814661  T
Q  130 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 229  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |  | ||||||  ||||||| || ||||||||||||||||| |  ||  | |||||    
T  54814662 tgttaacaatgaccttagaaattattttatatataccattacaaagggaaataggcttaaattgtgaaacaaattcaggtttatctaattttggaatcat 54814761  T
Q  230 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtatatagaatcagcaactgtgtcccaacatttt 329  Q
     ||||  | ||||||||||||| |||| |||| ||||||  | ||||||||||||||  |||| |   | |  |||||| |||| |||||||||| ||      
T  54814762 aacaagcaaagtattattaataaaagagataaaagaaggatttacccaaacctggttggcaaatttaaaaagggaatcaacaacggtgtcccaacgttgc 54814861  T
Q  330 tgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctcttt 399  Q
    |||||||| | ||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||| | ||||||||    
T  54814862 tgaaaaaagacagcagggtagccatcctctccaggagccttatgagggctcatgtcaaataaagctcttt 54814931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 30 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 46426442 - 46426064
Alignment:
Q  30 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 129  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| | ||||||||| ||||| || |    
T  46426442 accatctctttagccacaataatattgtggtgaatgcttcgacctggaataaaactagactggtatggaaaaataattctatcaagcaaaggcttaatcc 46426343  T
Q  130 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 229  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |  | |||||| ||||||||  | ||||||| ||||||||| |  ||    |||||    
T  46426342 tgttaacaatcaccttagaaattattttatagataacattacaaagggaaataggcctaaattgttaaacaaatttaggtttatctaattttgtaatcat 46426243  T
Q  230 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtatatagaatcagcaactgtgtcccaacatttt 329  Q
     ||||  | ||||||||||||| |||| |||| ||||||  | ||||||||||||||  |||| |   | |  ||||||||||| || ||||||||||      
T  46426242 tacaagcaaagtattattaataaaagagataaaagaaggatttacccaaacctggttggcaaatttaaaaagggaatcagcaacggt-tcccaacattgc 46426144  T
Q  330 tgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctcttttacattcatt 409  Q
    |||||||| | ||| || || ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||| | | ||||||| || |||||    
T  46426143 tgaaaaaagacagcaggctagccatcctctccaggagccttatgagggctcatgtcaaataaatctcttttgcactcatt 46426064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 34567147 - 34567098
Alignment:
Q  74 tggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggct 123  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34567147 tggaataaaattagactggtatggagaaataataccatcaagcaacggct 34567098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 34567074 - 34566929
Alignment:
Q  237 agagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtatatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaa 336  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||| ||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||| |  || |||| ||  |||| |||||||| ||  || |    
T  34567074 agagtattattaatgtaagagataagaaaaggattaaccaaaacatggttcacatactggtacaatgactcagaaatagtgttccaacattattagaaga 34566975  T
Q  337 atatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcat 382  Q
    | | ||| |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||    
T  34566974 aaagagcagggtacccgtcttctccgggcgtcttatgaggattcat 34566929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1786 times since January 2019
Visitors: 3237