View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0443_low_2 (Length: 480)

Name: NF0443_low_2
Description: NF0443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0443_low_2
NF0443_low_2
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (33-454)||(15666500-15666921)
chr7 (30-460)||(15671781-15672210)
chr7 (30-272)||(15680181-15680423)
chr7 (36-250)||(16022935-16023149)
chr7 (55-401)||(16170724-16171070)
chr7 (36-250)||(14603464-14603678)
chr7 (62-401)||(16101053-16101392)
chr7 (43-301)||(17847124-17847382)
[»] scaffold0289 (1 HSPs)
scaffold0289 (33-454)||(19368-19789)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (59-131)||(14534755-14534827)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 15666921 - 15666500
Alignment:
Q  33 tccactttacaaagtagagaaacaagtgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataatt 132  Q
    |||||| | ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15666921 tccactgttcaaagcaaagaagcaagtgctttgttgaagtggaaagcaagtcttgacaaccaaagccaagttttgttatcttcatggagtggcaataatt 15666822  T
Q  133 catgcaactggtttggaatcacgtgtgatgaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtcttaa 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15666821 catgcaactggtttggaatcacgtgtgatgaagattccatgtctgtctctaatgtaagtctcaaaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtcttaa 15666722  T
Q  233 cttttcatcacttccaaacattctcaatcttgatctcagtgtcaacttcttgagtggaactattcctcctcgtattaagatgttgtccaaactttcacat 332  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |    
T  15666721 cttctcatcacttccaaacattctcattcttcatcttagtttcaacttcttgagtggaactattcctcctcgtattaagatgttgtccaaactatccatt 15666622  T
Q  333 cttgatctaagtcaaaatcatttctcgggaacaatcccttatgaaatgacacatttgactagtcttcaatatttagatttgtcttttaattttcttaatg 432  Q
    |||  ||| ||| | |||  |||| | ||||||||||| |||||||| |||| |||||| | |||||| | |||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  15666621 cttagtctcagttacaatagtttcacaggaacaatcccatatgaaataacacttttgaccaatcttcattttttatatttgtctgataattttcttaatg 15666522  T
Q  433 gtaacattcctgatgaaatagg 454  Q
    ||| ||||||| | ||||||||    
T  15666521 gtaccattcctaaagaaatagg 15666500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 30 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 15672210 - 15671781
Alignment:
Q  30 tcttccactttacaaagtagagaaacaagtgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaata 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  15672210 tcttctactttacaaagtagagaagcaagtgcgttgttgaagtggaaagcaagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggaatgacaata 15672111  T
Q  130 attcatgcaactggtttggaatcacgtgtgatgaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtct 229  Q
     ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||  |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  15672110 tttcatgcaactggttgggaattacgtgtgatgaagattccatgtccgtctcaaatgtaaatctcgcaaatatgaaattgagaggtacgcttgaaagtct 15672011  T
Q  230 taacttttcatcacttccaaacattctcaatcttgatctcagtgtcaacttcttgagtggaactattcctcctcgtattaagatgttgtccaaactttca 329  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||| || || ||||||||| | |||| |||||||||||||||||||     
T  15672010 taacttctcatcacttcaaaacattctcactcttgatctttgtgtcaacctcttgactgaaagtattcctccacatattgagatgttgtccaaactttcc 15671911  T
Q  330 catcttgatctaagtcaaaatcatttctcgggaacaatcccttatgaaatgacacatttgactagtcttcaatatttagatttgtcttttaattttctta 429  Q
     |||||||||| | ||  ||| |||||||||||| |||||| |||||||| || ||| |||| | |||||||| | |||||||||||   ||| ||||||    
T  15671910 tatcttgatcttaatcgtaataatttctcgggaataatcccatatgaaataacccatatgacca-tcttcaatttgtagatttgtctaacaatgttctta 15671812  T
Q  430 atggtaacattcctgatgaaatagggaactt 460  Q
    ||||||  |||||| | ||||| || |||||    
T  15671811 atggtactattcctaaagaaattggcaactt 15671781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 30 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 15680423 - 15680181
Alignment:
Q  30 tcttccactttacaaagtagagaaacaagtgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaata 129  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15680423 tcttccactttacaaagtagagaagcaagtgctttgttgaagtggaaagcaagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaata 15680324  T
Q  130 attcatgcaactggtttggaatcacgtgtgatgaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtct 229  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||    
T  15680323 attcatgcagctggttcggaatcacgtgtgatgaagattcgatgtctctgtctaatgtaagtctcacaaatatgaaattgaaaggtacgtttgaaagtct 15680224  T
Q  230 taacttttcatcacttccaaacattctcaatcttgatctcagt 272  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  15680223 taatttctcatctcttccaaacattctcgttcttgatctcagt 15680181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 16022935 - 16023149
Alignment:
Q  36 actttacaaagtagagaaacaagtgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataattcat 135  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16022935 actttacaaagtagagaagcaagtgctttgctgaagtggaaaacaagtcttgacaaccatagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataattcat 16023034  T
Q  136 gcaactggtttggaatcacgtgtgatgaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtcttaactt 235  Q
    |||||||| |||||||  | ||| ||||||||||||| ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16023035 gcaactggcttggaatttcttgtaatgaagattccatttctgtctctaaggtaaatctcacaaatatgggattgaaaggtacgcttgaaagtcttaactt 16023134  T
Q  236 ttcatcacttccaaa 250  Q
     ||||||||||||||    
T  16023135 ctcatcacttccaaa 16023149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 55 - 401
Target Start/End: Original strand, 16170724 - 16171070
Alignment:
Q  55 caagtgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataattcatgcaactggtttggaatcac 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  16170724 caagtgctttgttgaagtggaaagcaagtcttgacaaccatagccaaactttgctatcttcatggagtggcaataattcatgcaactggcttggaatttc 16170823  T
Q  155 gtgtgatgaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtcttaacttttcatcacttccaaacatt 254  Q
     ||| | ||||||||||| ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||     
T  16170824 ttgtaaagaagattccatttctgtctctaaggtaaatctcacaaatatgggattgaaaggtacgcttgaaagtcttaacttctcatcacttccaaatatc 16170923  T
Q  255 ctcaatcttgatctcagtgtcaacttcttgagtggaactattcctcctcgtattaagatgttgtccaaactttcacatcttgatctaagtcaaaatcatt 354  Q
    |  |  ||  |  | |||  ||| | ||| | ||||| ||||||| | | ||||   ||||||||||||||| | ||||||||||| ||| | |||| ||    
T  16170924 caaaccctaaacataagtcacaattccttaaatggaagtattccttcccatattggaatgttgtccaaacttactcatcttgatcttagtgacaatcttt 16171023  T
Q  355 tctcgggaacaatcccttatgaaatgacacatttgactagtcttcaa 401  Q
    |||| |||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  16171024 tctcaggaacaattccatatgaaataacacatttgattagtcttcaa 16171070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 14603464 - 14603678
Alignment:
Q  36 actttacaaagtagagaaacaagtgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataattcat 135  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14603464 actttacaaagtagagaagcaagtgctttgttgaagtggaaaataagtcttgacaaccatagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataattcat 14603563  T
Q  136 gcaactggtttggaatcacgtgtgatgaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtcttaactt 235  Q
    |||||||| |||||||  | ||| | ||||||||||| ||||||||| | |||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  14603564 gcaactggcttggaatttcttgtaaagaagattccatttctgtctctaaggtaaatctgacaaatatgggattgaaaggtacgctcgaaagtcttaactt 14603663  T
Q  236 ttcatcacttccaaa 250  Q
     ||||||||||||||    
T  14603664 ctcatcacttccaaa 14603678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 62 - 401
Target Start/End: Original strand, 16101053 - 16101392
Alignment:
Q  62 tttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataattcatgcaactggtttggaatcacgtgtgat 161  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |     
T  16101053 tttgttgatgtggaaagcaagccttgacaatcaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataattcatgcaactggtttggaatttcttgtaaa 16101152  T
Q  162 gaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtcttaacttttcatcacttccaaacattctcaatc 261  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  |  |    
T  16101153 gaagattccatttctgtctctaaggtaaatctcacaaatatgggattgaaaggtacgcttgaaagtcttaacttctcatcacttccaaatatccaaaccc 16101252  T
Q  262 ttgatctcagtgtcaacttcttgagtggaactattcctcctcgtattaagatgttgtccaaactttcacatcttgatctaagtcaaaatcatttctcggg 361  Q
    |  |  | |||  ||| | ||| | ||||| |||| |||  | ||||   ||||||||||||||| | ||||||||||| |||   |||| |||||| ||    
T  16101253 taaacataagtcacaattccttaaatggaagtatttctcaccatattggaatgttgtccaaacttactcatcttgatcttagtttcaatcttttctcagg 16101352  T
Q  362 aacaatcccttatgaaatgacacatttgactagtcttcaa 401  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  16101353 aacaattccatatgaaataacacatttgattagtcttcaa 16101392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 43 - 301
Target Start/End: Original strand, 17847124 - 17847382
Alignment:
Q  43 aaagtagagaaacaagtgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataattcatgcaactg 142  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||   |  ||||| |   ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  17847124 aaagtagagaagcaagttctttgttgaaatggaaaagcaaccttgaaatagaaagccaagctttgttatcttcatggaatggcaacaattcatgcaactg 17847223  T
Q  143 gtttggaatcacgtgtgatgaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtcttaacttttcatca 242  Q
    | | ||||| || ||||||||||||  ||| | |||| |  |||||  ||||||||| |||||||| | |||||| ||||||| ||| ||||| ||||||    
T  17847224 gatgggaattacatgtgatgaagataacatatttgtcaccaatgtaaatctcacaaaaatgggattaaaaggtacacttgaaactctcaacttctcatca 17847323  T
Q  243 cttccaaacattctcaatcttgatctcagtgtcaacttcttgagtggaactattcctcc 301  Q
     |||||||||| |||| |||| |||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  17847324 tttccaaacatactcactcttaatcttagtggcaacttcttgaatggaagtattcctcc 17847382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19789 - 19368
Alignment:
Q  33 tccactttacaaagtagagaaacaagtgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataatt 132  Q
    |||||| | ||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  19789 tccactgttcaaagcaaagaagcaagtgctttgttgaagtggatagcaagtcttgacaaccaaagccaaactttgctatcttcatggagtggcaataact 19690  T
Q  133 catgcaactggtttggaatcacgtgtgatgaagattccatgtctgtctctgatgtaggtctcacaaatatgggattgagaggtacgcttgaaagtcttaa 232  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  19689 catgcaactggtttggaatcacatgtggtgaagattccttgtctgtttctaatgtaagtctcacaaatatgaaattgagaggtacgcttgaaagtcttaa 19590  T
Q  233 cttttcatcacttccaaacattctcaatcttgatctcagtgtcaacttcttgagtggaactattcctcctcgtattaagatgttgtccaaactttcacat 332  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |    
T  19589 cttctcatcacttccaaacattctcattcttcgtcttagtttcaacttcttgtgtggaactattcctcctcgtattaagatgttgtccaaactatccatt 19490  T
Q  333 cttgatctaagtcaaaatcatttctcgggaacaatcccttatgaaatgacacatttgactagtcttcaatatttagatttgtcttttaattttcttaatg 432  Q
    |||  ||| ||||| |||  |||| | ||||||||||| |||||||| |||| |||||| | |||||| | |||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  19489 cttagtctcagtcacaatagtttcacaggaacaatcccatatgaaataacacttttgaccaatcttcattttttatatttgtctgataattttcttaatg 19390  T
Q  433 gtaacattcctgatgaaatagg 454  Q
    ||| ||||||| | ||||||||    
T  19389 gtaccattcctaaagaaatagg 19368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 14534827 - 14534755
Alignment:
Q  59 tgctttgttgaagtggaaagcgagtcttgataaccaaagccaagctttgttatcttcatggagtggcaataat 131  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  14534827 tgctctgttgaagtggaaagcaagccttgacaaccatagcaatgctttgctctcttcatggattggcaataat 14534755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1714 times since January 2019
Visitors: 3234