View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0444_low_4 (Length: 489)

Name: NF0444_low_4
Description: NF0444
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0444_low_4
NF0444_low_4
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (205-481)||(30224173-30224454)
chr8 (204-481)||(5567368-5567650)
chr8 (205-481)||(25248955-25249230)
chr8 (207-481)||(3375441-3375709)
chr8 (207-454)||(31032038-31032285)
chr8 (220-481)||(6428700-6428965)
chr8 (241-454)||(3379149-3379366)
chr8 (290-481)||(36535858-36536035)
chr8 (30-175)||(9490505-9490651)
chr8 (261-323)||(14935576-14935638)
chr8 (205-258)||(5567676-5567729)
chr8 (402-454)||(19473676-19473728)
chr8 (402-454)||(19544601-19544653)
chr8 (402-454)||(19588043-19588095)
chr8 (174-204)||(9490210-9490240)
chr8 (291-353)||(29274787-29274849)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (205-481)||(7040304-7040585)
chr4 (205-481)||(23564682-23564963)
chr4 (220-481)||(18656066-18656332)
chr4 (205-474)||(23566383-23566628)
chr4 (205-481)||(52520542-52520826)
chr4 (205-481)||(52518700-52518984)
chr4 (288-446)||(54296454-54296617)
chr4 (261-389)||(3529251-3529379)
chr4 (261-389)||(23985773-23985901)
chr4 (261-454)||(52545137-52545333)
chr4 (205-394)||(3274538-3274728)
chr4 (373-454)||(56074680-56074766)
chr4 (261-361)||(24807423-24807522)
chr4 (261-311)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (205-481)||(29758063-29758344)
chr2 (220-384)||(20516053-20516223)
chr2 (350-437)||(8759115-8759207)
chr2 (207-273)||(8759203-8759269)
chr2 (360-454)||(18612074-18612174)
chr2 (212-262)||(31155713-31155763)
chr2 (362-399)||(17149025-17149062)
chr2 (269-321)||(18739679-18739730)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (207-481)||(44963108-44963387)
chr7 (205-481)||(20046502-20046787)
chr7 (205-481)||(28124594-28124878)
chr7 (205-481)||(28126421-28126705)
chr7 (205-481)||(4895525-4895808)
chr7 (261-384)||(37405559-37405682)
chr7 (360-481)||(28014280-28014406)
chr7 (207-293)||(44962228-44962314)
chr7 (261-481)||(25471778-25472003)
chr7 (326-401)||(4880267-4880343)
chr7 (416-465)||(8405666-8405715)
chr7 (318-394)||(4571066-4571144)
chr7 (311-373)||(36989570-36989632)
chr7 (205-250)||(6324013-6324058)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (207-481)||(19645307-19645586)
chr6 (205-481)||(5376818-5377102)
chr6 (213-481)||(5378681-5378957)
chr6 (231-481)||(1088660-1088915)
chr6 (207-402)||(15149129-15149331)
chr6 (261-384)||(15868391-15868514)
chr6 (261-384)||(33866098-33866221)
chr6 (261-384)||(15866579-15866702)
chr6 (261-384)||(33869245-33869368)
chr6 (289-370)||(9415095-9415176)
chr6 (205-275)||(9414962-9415032)
chr6 (261-389)||(14611083-14611210)
chr6 (261-332)||(32079909-32079980)
chr6 (364-480)||(8915570-8915691)
chr6 (205-262)||(9415050-9415107)
chr6 (402-456)||(24544764-24544818)
chr6 (268-388)||(28884359-28884480)
chr6 (364-465)||(20985831-20985937)
chr6 (261-321)||(14620510-14620570)
chr6 (313-389)||(14618975-14619050)
chr6 (205-245)||(30376225-30376265)
chr6 (437-465)||(31528957-31528985)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (204-481)||(17402789-17403074)
chr3 (207-481)||(1139958-1140225)
chr3 (205-481)||(6789563-6789844)
chr3 (261-394)||(20302625-20302760)
chr3 (261-361)||(20327167-20327269)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (211-481)||(17449260-17449534)
chr1 (205-481)||(16808585-16808869)
chr1 (261-384)||(9312028-9312151)
chr1 (261-384)||(3282800-3282923)
chr1 (261-384)||(3284501-3284624)
chr1 (261-384)||(9310411-9310534)
chr1 (204-312)||(48940618-48940726)
chr1 (261-354)||(37664694-37664787)
chr1 (261-354)||(37674416-37674509)
chr1 (261-354)||(37702185-37702278)
chr1 (308-463)||(48941646-48941810)
chr1 (268-361)||(902083-902175)
chr1 (261-446)||(5924828-5925006)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (261-454)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (261-384)||(6225-6348)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (261-384)||(39787168-39787291)
chr5 (261-402)||(25076206-25076348)
chr5 (261-402)||(25134175-25134317)
chr5 (402-452)||(20012959-20013009)
chr5 (317-361)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (261-438)||(39144-39325)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (379-481)||(19063-19169)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 30224173 - 30224454
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 304  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224173 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 30224272  T
Q  305 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  30224273 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 30224372  T
Q  402 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224373 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 30224454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 204 - 481
Target Start/End: Original strand, 5567368 - 5567650
Alignment:
Q  204 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagc 303  Q
    ||||||| |||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5567368 atgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaagtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtagc 5567467  T
Q  304 ttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-- 401  Q
    || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||      
T  5567468 ttagttagaagttagttggagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttcta 5567567  T
Q  402 ---tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567568 caatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 5567650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 25248955 - 25249230
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataa---gtaaactagagttagta 301  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  25248955 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttaattgataataagtaaactagagttagta 25249045  T
Q  302 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 401  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25249046 gcttggttagaagttagttaaaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttatcaatctattcatttc 25249145  T
Q  402 -----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25249146 tacaatgagttactttgagtatctccctcatgagtacccttatgcttgctatcttgcttacatatatgacttttctccctatgat 25249230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 207 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 3375709 - 3375441
Alignment:
Q  207 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 306  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375709 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttctgttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 3375610  T
Q  307 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctgagt 406  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||         
T  3375609 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaactctattgtacccattcattatctttt-tcaatctattcatttc----- 3375516  T
Q  407 tactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    |||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3375515 tacaatgagtatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttacttacatctatgacctttctccctatgat 3375441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 207 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 31032285 - 31032038
Alignment:
Q  207 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 306  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31032285 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 31032186  T
Q  307 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttct 402  Q
    ||||||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |    
T  31032185 gttagaag----ttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacattactacactcattcatgatcttttatcaatctattcattctataat 31032090  T
Q  403 gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 454  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31032089 gagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 31032038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 220 - 481
Target Start/End: Original strand, 6428700 - 6428965
Alignment:
Q  220 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 319  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  6428700 aagttatgtggagttagtta--gtagttagacaagagttagtaatcaactataattagttgataagtaaactagagttagtaccttagttaaaagttagt 6428797  T
Q  320 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt----tctgagttactttg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| |      |||||| |||||    
T  6428798 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtaatcattcatcatcttttaatcaaatctattcactctacaatgagtttctttg 6428897  T
Q  414 agtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  6428898 agtatctctcacatgagtactcttatgtttgctatcttacttacatctatgacttctctccttatgat 6428965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 241 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 3379366 - 3379149
Alignment:
Q  241 ggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaacta 340  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3379366 ggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagttaaactagagttagtagtttagttagaagttagttagagttagttactcaaacta 3379267  T
Q  341 atctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactct 436  Q
    ||||||||||  | ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||| |    
T  3379266 atctctatattaaggaaaactattgtactcattcatcattttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtacttt 3379167  T
Q  437 tatgcttgctatcttgct 454  Q
    ||| |||||| |||||||    
T  3379166 tatacttgctttcttgct 3379149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 290 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 36536035 - 36535858
Alignment:
Q  290 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaa 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36536035 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatagcaatactgttgtactcattcatcatcttttatcaa 36535936  T
Q  390 tctattcatttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    ||||||||||||               ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36535935 tctattcatttc--------------aatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccctatgat 36535858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 9490651 - 9490505
Alignment:
Q  30 attacaataccaaattcaactctatttaatatcatattgttcgaagtttttccttttatccatttctcaatt-ttttaagatgaggacatagtttcaatn 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  9490651 attacaataccaaattcaactctatttaatatcatattgttcgaagtttttccttttattcatttctcaatttttttaagatgaggacatagtttcaata 9490552  T
Q  129 nnnnnnntgaatttgaaagtattagagtaatcagtatttttcttata 175  Q
           ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  9490551 aaaaaaatgaatttgaaattattagagtaaccggtatttttcttata 9490505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 261 - 323
Target Start/End: Original strand, 14935576 - 14935638
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaga 323  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14935576 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtaacttggttagaagttagttaga 14935638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 5567729 - 5567676
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtt 258  Q
    |||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567729 tgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagtt 5567676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 402 - 454
Target Start/End: Original strand, 19473676 - 19473728
Alignment:
Q  402 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 454  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19473676 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19473728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 402 - 454
Target Start/End: Original strand, 19544601 - 19544653
Alignment:
Q  402 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 454  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19544601 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19544653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 402 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19588095 - 19588043
Alignment:
Q  402 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 454  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19588095 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19588043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 174 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 9490240 - 9490210
Alignment:
Q  174 tataagttacgaaatacttccctatagacca 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490240 tataagttacgaaatacttccctatagacca 9490210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 291 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 29274849 - 29274787
Alignment:
Q  291 tagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 353  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| || |||||| ||||||||    
T  29274849 tagagttagtagcttggttacgggttagttagagttaattactccaattaatctttatatata 29274787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 7040304 - 7040585
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 304  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040304 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 7040403  T
Q  305 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  7040404 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 7040503  T
Q  402 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040504 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 7040585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 23564963 - 23564682
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 304  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564963 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 23564864  T
Q  305 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  23564863 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 23564764  T
Q  402 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564763 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctattttgcttacatctatgacttttctccctatgat 23564682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 220 - 481
Target Start/End: Original strand, 18656066 - 18656332
Alignment:
Q  220 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 319  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18656066 aagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtagcttagttagaagttagt 18656165  T
Q  320 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttga 414  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||    
T  18656166 tagagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttga 18656265  T
Q  415 gtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656266 gtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 18656332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 205 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 23566628 - 23566383
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23566628 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagacttagtagct 23566538  T
Q  305 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctga 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  23566537 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatc------------- 23566451  T
Q  405 gttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 474  Q
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566450 --tactttgagtatctccctcatgggtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 23566383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 52520542 - 52520826
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 302  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52520542 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52520641  T
Q  303 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 400  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||    
T  52520642 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattt 52520741  T
Q  401 c----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    |    ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  52520742 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctctttcttacatctatgatctttctccctatgat 52520826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 52518700 - 52518984
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 302  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52518700 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52518799  T
Q  303 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 399  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  52518800 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactgttgtactcaatcatcatcttttaatcaaatattttcattc 52518899  T
Q  400 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
       | ||  |  || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  52518900 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagttctcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatgat 52518984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 288 - 446
Target Start/End: Original strand, 54296454 - 54296617
Alignment:
Q  288 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-at 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  54296454 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttaat 54296553  T
Q  387 caatctattcattt----ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgct 446  Q
    ||||| ||||||||     |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54296554 caatcaattcattttataatgagtttctatgagtatctccctcatcagtactcttatgcttgct 54296617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 261 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 3529379 - 3529251
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3529379 taatcaactgtagttagttgataggtaaactaaagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3529280  T
Q  361 tattgtactcattcattatcttttatcaa 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529279 tattgtactcattcattatcttttatcaa 3529251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 261 - 389
Target Start/End: Original strand, 23985773 - 23985901
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23985773 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataggaacac 23985872  T
Q  361 tattgtactcattcattatcttttatcaa 389  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23985873 tattgtactcattcaccatcttttatcaa 23985901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 261 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 52545333 - 52545137
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  52545333 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttggttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 52545235  T
Q  361 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 454  Q
    |  |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  52545234 tcatgta-tcattttattatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgctcgctttcttgct 52545137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 205 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 3274728 - 3274538
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 304  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  3274728 tgttaaaatagttggaagttatatgaagttagttaaggtagtaaaactatagttagtaatcaactataattagttgataggtaaacaagagttagtggct 3274629  T
Q  305 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaa-cactattgtactcattcattatcttttatcaatctat 394  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||  | ||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3274628 tgattagaagttagttagagttaattactcaaattaatttctatatataaacatcatcatggtaatcattcatcatcttttatcaatctat 3274538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 373 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 56074766 - 56074680
Alignment:
Q  373 tcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 454  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||     ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  56074766 tcatcatcttttatcattctattcatttctataacgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 56074680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 361
Target Start/End: Original strand, 24807423 - 24807522
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||  |||| ||||||| | ||||||  |||||||||| ||||||    
T  24807423 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagaagcttggttaagagttaggaagagttagttacac-aactaaaatctatatataggaacac 24807521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 261 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 18395866 - 18395816
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttag 311  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  18395866 taatcaactatagttagttgataggtaaactatagttaataggttggttag 18395816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 29758063 - 29758344
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 304  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758063 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagacttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 29758162  T
Q  305 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  29758163 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 29758262  T
Q  402 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758263 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 29758344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 220 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 20516223 - 20516053
Alignment:
Q  220 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 319  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  20516223 aagttatgtgcagttagttaaggtaattaaactggagttagtaattaactatagttagt---taagttagctagggttagtagcttggttaaaagatagt 20516127  T
Q  320 tagag-----gtagttact----caaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt 384  Q
    |||||      ||||||||    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20516126 tagagttagtttagttactcaaacaaactaatttttatatataagaacactattgtactcattcattatttttt 20516053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 350 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 8759207 - 8759115
Alignment:
Q  350 tataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactctt 437  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8759207 tataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctgttcatttctacaatgagtttctttgagtatctccctcatgagtactctt 8759115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 207 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 8759269 - 8759203
Alignment:
Q  207 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatag 273  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8759269 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatag 8759203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 360 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 18612174 - 18612074
Alignment:
Q  360 ctattgtactcattcattat-cttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgc 453  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||     ||||||  | | | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18612174 ctattgtactcaatcattatacttttatcaatctattcatttctataatgagtttttgtaaatatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgc 18612075  T
Q  454 t 454  Q
    |    
T  18612074 t 18612074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 212 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 31155763 - 31155713
Alignment:
Q  212 atagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 262  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31155763 atagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttaaactagagttagta 31155713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 362 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17149062 - 17149025
Alignment:
Q  362 attgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 399  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17149062 attgtactctatcattatcttttatcaatctattcatt 17149025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 269 - 321
Target Start/End: Original strand, 18739679 - 18739730
Alignment:
Q  269 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 321  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  18739679 tatagttagttgatacgttaactagagttagtagtctggttag-agttagtta 18739730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 207 - 481
Target Start/End: Original strand, 44963108 - 44963387
Alignment:
Q  207 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 306  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44963108 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 44963207  T
Q  307 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 401  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         
T  44963208 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 44963307  T
Q  402 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44963308 tgaatttctttgagtatctccctcatgaatactcttatgcttgctatcttacttacatctatgacttttctccctatgat 44963387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 20046787 - 20046502
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 302  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046787 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 20046688  T
Q  303 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatc-ttttatcaatctattcattt 400  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20046687 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatctttttatcaatctattcattt 20046588  T
Q  401 c-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    |     |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046587 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctcgcttacatctatgacttttctccctatgat 20046502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 28124878 - 28124594
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 302  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28124878 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28124779  T
Q  303 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 399  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  28124778 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 28124679  T
Q  400 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
       | ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  28124678 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatgat 28124594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 28126705 - 28126421
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 302  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126705 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28126606  T
Q  303 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 399  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  28126605 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 28126506  T
Q  400 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
       | ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  28126505 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatgat 28126421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 4895525 - 4895808
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 302  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4895525 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagattagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 4895624  T
Q  303 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atcaatctattcatt-- 399  Q
     ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||      
T  4895625 tttggttagaagttagttagagttatttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaatatattcattcc 4895724  T
Q  400 --tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
      | ||  |  || ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  4895725 aatatggatctctatgagtatctcccagatgagtactcttatgtttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatgat 4895808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37405682 - 37405559
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37405682 taatcaactatagttagttgatagataaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 37405583  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  37405582 tattgtactcattcactatctttt 37405559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 360 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 28014406 - 28014280
Alignment:
Q  360 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 454  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||     ||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28014406 ctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagcactcttatgcttgctatcttgct 28014307  T
Q  455 tacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||    
T  28014306 tacatctatgatctttctccctatgat 28014280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 207 - 293
Target Start/End: Original strand, 44962228 - 44962314
Alignment:
Q  207 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactag 293  Q
    |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44962228 ttaacatagttggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagacttgagtgagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag 44962314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 261 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 25472003 - 25471778
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtt-agaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata-agaac 358  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| || ||||||   ||| ||||||||| || | |   ||||| |||    ||    
T  25472003 taattaactatagttagttgataggttaactagagttagtaggttggttcagtagttag--ggagttagttactccaagtcactcctataaatacctcac 25471906  T
Q  359 actattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt-----ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgc 453  Q
     ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||      |||||| || | |||||||||| | ||| || |||||||||||||||||| |    
T  25471905 tctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttatataatgagtttctattagtatctcccacgtgaataatcttatgcttgctatctttc 25471806  T
Q  454 ttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  25471805 ttacatctatgatctttctccttatgat 25471778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 401
Target Start/End: Original strand, 4880267 - 4880343
Alignment:
Q  326 tagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatct-attcatttc 401  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4880267 tagttacttcaattaatctcgatatatatgaacaccattatactcattcatcatcttttatcaatctaattcatttc 4880343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 416 - 465
Target Start/End: Original strand, 8405666 - 8405715
Alignment:
Q  416 tatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatga 465  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  8405666 tatctcccccatgaatactcttatgcttgctattttgcttacatatatga 8405715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 318 - 394
Target Start/End: Original strand, 4571066 - 4571144
Alignment:
Q  318 gttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact-attgtactca--ttcattatcttttatcaatctat 394  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  4571066 gttagagttaattacttcaactaatctctatatatatgaacactcattgta-tcattttcattatcttttatcaatctat 4571144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 311 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 36989632 - 36989570
Alignment:
Q  311 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcatt 373  Q
    |||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||    
T  36989632 gaagttatgtagagttagttattcaaactaatctctatatatagaaacattattgtagtcatt 36989570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 250
Target Start/End: Original strand, 6324013 - 6324058
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttaga 250  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  6324013 tgttaaaatagtagaaagttatgtggagttagtttagatagttaga 6324058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 207 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 19645586 - 19645307
Alignment:
Q  207 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 306  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19645586 ttaagatagttagaagatatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactaaagttagtagcttg 19645487  T
Q  307 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 401  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||         
T  19645486 gttagaaattagtcagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctatttatttctacaa 19645387  T
Q  402 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19645386 tgaatttctttgagtatctccctcatgagtactcttatacttgctatcttggttacatctatgacttttctccctatgat 19645307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 5376818 - 5377102
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 302  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376818 tgttaaaatagttggaagttatatgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 5376917  T
Q  303 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 401  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5376918 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttc 5377017  T
Q  402 -----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
         |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5377018 tacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 5377102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 213 - 481
Target Start/End: Original strand, 5378681 - 5378957
Alignment:
Q  213 tagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 310  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5378681 tagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagtttggtta 5378780  T
Q  311 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tga 404  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     |||    
T  5378781 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttctacaatga 5378880  T
Q  405 gttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378881 gtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 5378957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 231 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 1088915 - 1088660
Alignment:
Q  231 agttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagtt 330  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  1088915 agttagttaaagtagttaaattagagttagtgatcaactatagttagttgataagtaaattagagttagtagctttgttagaagttagttagagttagtt 1088816  T
Q  331 actcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttac-tttgagtatctccctc 425  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| | ||||||||||||||      
T  1088815 agtcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttcttttgagtatctcccat 1088716  T
Q  426 atgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  1088715 atgagtactcttatgtttgctatcttgcttacatctatgacttctcttcctatgat 1088660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 207 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 15149331 - 15149129
Alignment:
Q  207 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 306  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15149331 ttaagatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggtcagtagcttg 15149232  T
Q  307 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaac--ac-----tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 399  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||  ||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15149231 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatttctatatataggaacgtactgttgtactgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 15149132  T
Q  400 tct 402  Q
    |||    
T  15149131 tct 15149129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 15868391 - 15868514
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15868391 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 15868490  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15868491 tattgtactcattcattatctttt 15868514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 33866098 - 33866221
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  33866098 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcagactaatctctatatataggaacac 33866197  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  33866198 tattgtactcattcactatctttt 33866221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 15866579 - 15866702
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15866579 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttgggtagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatttaggaacac 15866678  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15866679 tattgtactcattcattatctttt 15866702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 33869245 - 33869368
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  33869245 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacttaaactaatctctatatataggaacac 33869344  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    |||||||| |||||| ||||||||    
T  33869345 tattgtacgcattcactatctttt 33869368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 289 - 370
Target Start/End: Original strand, 9415095 - 9415176
Alignment:
Q  289 actagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactc 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415095 actagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttagtgaaactaatctctatatataagaacactattgtactc 9415176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 205 - 275
Target Start/End: Original strand, 9414962 - 9415032
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagtt 275  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  9414962 tgttaaaatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagactagagttagtgatcaactatagtt 9415032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 261 - 389
Target Start/End: Original strand, 14611083 - 14611210
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  14611083 taatcaactatggttagttgataggtaaattagagttagtagcttcgttaagagttatttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 14611181  T
Q  361 tattgtactca-ttcattatcttttatcaa 389  Q
    |  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14611182 tcgtgta-tcatttcattatcttttatcaa 14611210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 261 - 332
Target Start/End: Original strand, 32079909 - 32079980
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttac 332  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  32079909 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagaagcttggttaagagttagttagagttagttac 32079980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 364 - 480
Target Start/End: Original strand, 8915570 - 8915691
Alignment:
Q  364 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctg-----agttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttaca 458  Q
    |||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||      |||| || ||||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8915570 tgtactcatttagcatcttttattaatctattcatttctataataagtttctatgagtatcttccacacgagtactcttatgcttgctctcttgcttaca 8915669  T
Q  459 tctatgacttttctccctatga 480  Q
    ||||||| |||| || ||||||    
T  8915670 tctatgatttttatctctatga 8915691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 205 - 262
Target Start/End: Original strand, 9415050 - 9415107
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 262  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9415050 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggaagttagactagagttagta 9415107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 402 - 456
Target Start/End: Original strand, 24544764 - 24544818
Alignment:
Q  402 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgctta 456  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24544764 tgagtttctatgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctttcttgctta 24544818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 28884480 - 28884359
Alignment:
Q  268 ctatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact-attgt 366  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||   |||| |||||||   ||||||  || |||||| |||||| | ||||| | |||||    
T  28884480 ctatagttagttgataggttaactagagttagaagctttgtttatagttggttagagtcggttacttcaattaatctgtatataaaggaacaatcattgt 28884381  T
Q  367 actcattcattatcttttatca 388  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  28884380 actcattcattatcttttatca 28884359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 20985937 - 20985831
Alignment:
Q  364 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttaca 458  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||     || ||  | | ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  20985937 tgtactcatttgctatcttttatcaatctattcatttctataatgaatttttataagtatctaccacatgagtactcttatgcttgcaaacttgattaca 20985838  T
Q  459 tctatga 465  Q
    |||||||    
T  20985837 tctatga 20985831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 321
Target Start/End: Original strand, 14620510 - 14620570
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 321  Q
    |||| ||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  14620510 taatcaactatgattagttgataggtaaactacagttagtagcttggttaagagttagtta 14620570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 313 - 389
Target Start/End: Original strand, 14618975 - 14619050
Alignment:
Q  313 agttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactca-ttcattatcttttatcaa 389  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14618975 agttagttagagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacactcatgta-tcatttcattatcttttatcaa 14619050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 205 - 245
Target Start/End: Original strand, 30376225 - 30376265
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtag 245  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  30376225 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaacgtag 30376265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 437 - 465
Target Start/End: Original strand, 31528957 - 31528985
Alignment:
Q  437 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 465  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528957 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 31528985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 204 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 17403074 - 17402789
Alignment:
Q  204 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 301  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17403074 atgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 17402975  T
Q  302 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt 400  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17402974 gtttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcattt 17402875  T
Q  401 c-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    |     |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17402874 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 17402789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 207 - 481
Target Start/End: Original strand, 1139958 - 1140225
Alignment:
Q  207 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 306  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||            |    
T  1139958 ttaagatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag------------g 1140045  T
Q  307 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 401  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         
T  1140046 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 1140145  T
Q  402 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140146 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 1140225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Original strand, 6789563 - 6789844
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 304  Q
    |||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  6789563 tgttaaaatagttggaagtaatgtgtagttagttaaggtagttagactagagttggtaatcatgtatagttagtggataagtgaactagagttagtagct 6789662  T
Q  305 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt----t 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||         
T  6789663 tggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaatactattgtactcattcactatcttttttcaatctattcattctaca 6789762  T
Q  401 ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatc-ttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
     |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6789763 atgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctttgcttacatctatgacttctctccctatgat 6789844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 394
Target Start/End: Original strand, 20302625 - 20302760
Alignment:
Q  261 taattaactatagtt-agttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca 359  Q
    |||| |||||||||| |||||| | || ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20302625 taataaactatagtttagttgaaaggttaactagacttagtagattggtta-aagtaagttatagttggttattcaaactaatctctatatataagaaca 20302723  T
Q  360 ct-attgtactcatt--cattatcttttatcaatctat 394  Q
    || || |||| ||||  ||||||||||||| |||||||    
T  20302724 ctcatcgtac-catttccattatcttttataaatctat 20302760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 361
Target Start/End: Original strand, 20327167 - 20327269
Alignment:
Q  261 taattaactatagtt-agttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaa--tctctatatataagaa 357  Q
    |||| |||||||||| |||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| || | ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  20327167 taataaactatagtttagttgaaaggttaactagacttagtagcttggtta-aagtaagttatagttggttactcaaactaatctctctatatataagaa 20327265  T
Q  358 cact 361  Q
    ||||    
T  20327266 cact 20327269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 211 - 481
Target Start/End: Original strand, 17449260 - 17449534
Alignment:
Q  211 gatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 310  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  17449260 gatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttcgtta 17449359  T
Q  311 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgag 405  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||     ||||    
T  17449360 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-tcaatctattcatgtctacaatgag 17449458  T
Q  406 ttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
     | || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17449459 attctatgagtatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccctatgat 17449534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 205 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 16808869 - 16808585
Alignment:
Q  205 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 302  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16808869 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 16808770  T
Q  303 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 399  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  16808769 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatatgaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 16808670  T
Q  400 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgat 481  Q
       | ||  |  || |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  16808669 caatatggatctctatgagtatctccgacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatgat 16808585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 9312028 - 9312151
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9312028 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 9312127  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9312128 tattgtactcattcattatctttt 9312151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 3282800 - 3282923
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3282800 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3282899  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3282900 tattgtactcattcactatctttt 3282923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 3284501 - 3284624
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3284501 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3284600  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3284601 tattgtactcattcactatctttt 3284624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 9310411 - 9310534
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  9310411 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaattaatatctatatataggaacac 9310510  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9310511 tattgtactcattcattatctttt 9310534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 204 - 312
Target Start/End: Original strand, 48940618 - 48940726
Alignment:
Q  204 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagc 303  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48940618 atgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacaagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagt 48940717  T
Q  304 ttggttaga 312  Q
    |||||||||    
T  48940718 ttggttaga 48940726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 261 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 37664787 - 37664694
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 354  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37664787 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37664694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 261 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 37674509 - 37674416
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 354  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37674509 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37674416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 261 - 354
Target Start/End: Original strand, 37702185 - 37702278
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 354  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37702185 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaaattagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37702278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 308 - 463
Target Start/End: Original strand, 48941646 - 48941810
Alignment:
Q  308 ttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatttc---- 401  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||        
T  48941646 ttagaagttagttagagttggttactcaaactaatctctatacatataaacactattgtactcattcagtatcttttaatcaaatctattcatttctata 48941745  T
Q  402 ---tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctat 463  Q
       ||||||  | |||||||||| | ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  48941746 taatgagtttatatgagtatctctcacatgaatactcttatacttgctctcttgcttacatctat 48941810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 268 - 361
Target Start/End: Original strand, 902083 - 902175
Alignment:
Q  268 ctatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact 361  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||| |||| |||||| |||||||    
T  902083 ctatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacac-aattaaactctctatataggaacact 902175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 261 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 5925006 - 5924828
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |   |||         ||| ||||||||||||||||||    
T  5925006 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagtagtttggttagaagttagttaaa--cagt---------taaactctatatataagaacac 5924918  T
Q  361 tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgct 446  Q
    |  |||| |  ||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||   |||| ||||||||||||||||    
T  5924917 tcgtgtattatttcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcctatatgaatactcttatgcttgct 5924828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 261 - 454
Target Start/End: Original strand, 58785 - 58982
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  58785 taatcaactatagttagttagtaggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 58884  T
Q  361 tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 454  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  58885 tattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 58982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 6225 - 6348
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6225 taatcaactatagttaattgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 6324  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  6325 tattgtactcattcactatctttt 6348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 7e-47; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 39787291 - 39787168
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39787291 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 39787192  T
Q  361 tattgtactcattcattatctttt 384  Q
    |||| |||||||||| | ||||||    
T  39787191 tattttactcattcactgtctttt 39787168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 261 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 25076348 - 25076206
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca- 359  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| ||||| |||||     
T  25076348 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25076249  T
Q  360 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct 402  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  25076248 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttct 25076206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 261 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 25134317 - 25134175
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca- 359  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| ||||| |||||     
T  25134317 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25134218  T
Q  360 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct 402  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  25134217 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttct 25134175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 402 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 20013009 - 20012959
Alignment:
Q  402 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttg 452  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  20013009 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttg 20012959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 317 - 361
Target Start/End: Original strand, 6569888 - 6569932
Alignment:
Q  317 agttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact 361  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  6569888 agttagagttagttagtccaactaatctctatatataggaacact 6569932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 261 - 438
Target Start/End: Original strand, 39144 - 39325
Alignment:
Q  261 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 360  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  39144 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaaagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 39242  T
Q  361 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactctta 438  Q
    |  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||     ||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  39243 tcatgta-tcatttcatcatcttttatcaatctattcatttctataatgagtttttatgagtatctcccacatgagtactctta 39325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 379 - 481
Target Start/End: Original strand, 19063 - 19169
Alignment:
Q  379 tcttttatcaatctattcatttc----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 474  Q
    |||||||||||||||||||||      |||||| || |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19063 tcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagcatctcccacatgagtactcctatgctttctatcttgcttacatctatgatttttctcc 19162  T
Q  475 ctatgat 481  Q
    |||||||    
T  19163 ctatgat 19169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1361 times since January 2019
Visitors: 3228