View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0447-Insertion-19 (Length: 1006)

Name: NF0447-Insertion-19
Description: NF0447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0447-Insertion-19
NF0447-Insertion-19
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-1006)||(33125475-33126470)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (747-925)||(7568953-7569131)
chr5 (174-251)||(7569514-7569591)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 867; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 867; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1006
Target Start/End: Original strand, 33125475 - 33126470
Alignment:
Q  9 taataactgaaagtttgtaggcacttacaatccggagtagaacctgattccaacatttgggctgcttcctcaaaggcttcctgaaagttcagtagcatag 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33125475 taataactgaaagtttgtaggcacttacaatcaggagtagaacctgattccaacatttgggctgcttcctcaaaggcttcctgaaagttcagtagcatag 33125574  T
Q  109 tactcttacaataaagtagaaggaaatagagactcaactcnnnnnnntagtaaataatataaagattacctttttcataattgtttcctttttccatgta 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33125575 tactcttactataaagtagaaggaaatagagactcaactcaaaaaaatagtaaataatataaagcttacctttttcataattgtttcctttttccatgta 33125674  T
Q  209 tctatgcctttgactaatgctttagtggatgtacctatcaccatgtgttgcatcaactggatattagttcttgaaaaaattgaatttcgattacatgcgg 308  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33125675 tctatgcctttgactaaagctttagtggatgtacctatcaccatgtgttgcatcaactggatattagttcttgaaaaaattgaatttggattacatgcgg 33125774  T
Q  309 ttagcaatctcatgcattcacgcaatcagcgtataggtggccgttggaccgacatcaaactgttgtctagattttaatgtatgttttgatgtttttctaa 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33125775 ttagcaatctcatgcattcacgcaatcagcgtataggtggccgttggaccgacatcaaactgttgtctagattttaatgtatattttgatgtttttctaa 33125874  T
Q  409 tatctaaagtactgaacttggaatctagactgttcgatctaaattcatcgctcactgatgtgctgactctgtgaatgcgttgtattgctcaggcgatccg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33125875 tatctaaagtactgaacttggaatctagactgtccgatctaaattcatcgctcactgatgtgctgactgtgtgaatgcgttgtattgctcaggcgatccg 33125974  T
Q  509 aactcaacaaaatacaataactatataatgcaatatgtttgctgcaaagaagaaagtttacttttcaagaaatttctttcaagataaaggaaaacatcat 608  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33125975 aattcaacaaaatacaataactatataatgcaatatgtttgctgcaaagaagaaagtttacttttcaagaaatttctttcaagataaaggaaaacatcat 33126074  T
Q  609 gccaaaatatatatgaatctatttgaaaactatgtgtttccttcccaaaaaacacaaacacaaaagcactttcc-aagaacagttatgctaaacagataa 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33126075 gccaaaatatatatgaatctatttgaaaactatgtgttttcttcccaaaaaacacaaacacaaaagcactttcccaagaacagttatgctaaacagataa 33126174  T
Q  708 tgattattacctatgaatagaataataagcaagatggtaaccatccaatcagcaaacataacattaaatgcaacaccaatgctaattccgagcattagca 807  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33126175 tgattattaccaatgaatagaatgataagcaaaatggtaaccatccaatcagcaaacatgacattaaatgcaacaccaatgctaattccgagcattagca 33126274  T
Q  808 taggctggaagagcaaagcaagatcataatctataagtggcatgtctagtgttgggtgtctaagcctcagattgtaatacacagttgacccagctgctcc 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33126275 taggctggaagagcaaagcaagatcataatctataagtggcatgtctagtgttgggtgtctaagcctcagattgtaatacacagttgacccagctgctcc 33126374  T
Q  908 tgtaatcatacctgcaataacaaagatagcagccaggagtatttggaaagaagctttcgaaa-tgaattgggacacatcgataaaaatttatgaaagaat 1006  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33126375 tgtaatcatacctgcaataacaaagatagcagccag-agcatttg-aaagt-gctttcgaaaatgaattgggacacatcgataaaaattta-gaaagaat 33126470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 83; Significance: 9e-39; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 747 - 925
Target Start/End: Complemental strand, 7569131 - 7568953
Alignment:
Q  747 accatccaatcagcaaacataacattaaatgcaacaccaatgctaattccgagcattagcataggctggaagagcaaagcaagatcataatctataagtg 846  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |   ||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  7569131 accatccaatcagcaaacatgacattacagataactccaatacttattccaagcatcagcataggctggaaaagcaaagccaaatcataatctataagtg 7569032  T
Q  847 gcatgtctagtgttgggtgtctaagcctcagattgtaatacacagttgacccagctgctcctgtaatcatacctgcaat 925  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||    ||||| ||  ||||||||||||||||    
T  7569031 gcatgtctagtgttgggtttctaagcctcatattgtagtaaacagttgataatgctgcacccataatcatacctgcaat 7568953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 174 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7569591 - 7569514
Alignment:
Q  174 ttacctttttcataattgtttcctttttccatgtatctatgcctttgactaatgctttagtggatgtacctatcacca 251  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||    
T  7569591 ttacctttttcaacattgtttcctttttccatgtatttatgcctttgattaatgcttttgttgatgtacctaccacca 7569514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University