View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0456_low_4 (Length: 436)

Name: NF0456_low_4
Description: NF0456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0456_low_4
NF0456_low_4
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (60-425)||(4145302-4145667)
chr8 (60-425)||(4134500-4134865)
chr8 (65-436)||(4123944-4124315)
chr8 (65-436)||(4153294-4153665)
chr8 (65-436)||(4163647-4164024)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 4145667 - 4145302
Alignment:
Q  60 agacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145667 agacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga 4145568  T
Q  160 gatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaa 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145567 gatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaa 4145468  T
Q  260 acatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcac 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145467 acatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcac 4145368  T
Q  360 acacccttcagattcagctgttgcaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaat 425  Q
    |||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||    
T  4145367 acacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaat 4145302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 60 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 4134865 - 4134500
Alignment:
Q  60 agacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134865 agacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgaacaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga 4134766  T
Q  160 gatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaa 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  4134765 gatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtatcatcatttggtcaacaa 4134666  T
Q  260 acatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcac 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134665 acatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcac 4134566  T
Q  360 acacccttcagattcagctgttgcaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaat 425  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||| ||||    
T  4134565 acaccctgcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaataaagttacaggtaagcaaat 4134500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 65 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4124315 - 4123944
Alignment:
Q  65 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4124315 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4124216  T
Q  165 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 264  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    || || |||||||||||||||    
T  4124215 accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt 4124116  T
Q  265 tcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 364  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124115 tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 4124016  T
Q  365 cttcagattcagctgttgcaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtat 436  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124015 ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtat 4123944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 65 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4153665 - 4153294
Alignment:
Q  65 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4153665 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaataagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4153566  T
Q  165 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||    || || |||||||||||||||    
T  4153565 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt 4153466  T
Q  265 tcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 364  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4153465 tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttccggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 4153366  T
Q  365 cttcagattcagctgttgcaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtat 436  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4153365 ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtat 4153294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 65 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4164024 - 4163647
Alignment:
Q  65 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4164024 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4163925  T
Q  165 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 264  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  4163924 accactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggtagcatcatttggtcaacaagcatt 4163825  T
Q  265 tca--tc----ttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttca 358  Q
    |||  ||    ||||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  4163824 tcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctagatcaacaatttgggatagtttca 4163725  T
Q  359 cacacccttcagattcagctgttgcaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtat 436  Q
    | |||||| | ||| | |||||| |||| |||||||||||| ||||  ||| ||| || ||||| ||||| |||||||    
T  4163724 ctcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatcttttgtat 4163647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1644 times since January 2019
Visitors: 3233