View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0493-Insertion-1 (Length: 1021)

Name: NF0493-Insertion-1
Description: NF0493
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0493-Insertion-1
NF0493-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-974)||(31749215-31750186)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (277-664)||(9057729-9058116)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 31750186 - 31749215
Alignment:
Q  7 actttccccatccccaaattccatatacttatttgttactccatatgcttcatataag-aaaagttatttgaaacagcttctaaaaaac-cttgttacac 104  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||     
T  31750186 actttccccgtccccaaattccatatacttatttgttacttcatatgtttcatataaacaaaagttatttgaaatagcttctaaaaaaaacttgttacat 31750087  T
Q  105 agacaattgagatagactcattttgctaacacgtctactttggtgaaggaaaata-gtcaaacaatacaatctatcttgcttattgaacttgccaaagag 203  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31750086 agacaattgagataaactcattttgctaacacgtctactttggtgaaggaaaataagtcaaacaatacaaactatcttgcttattgaacttgccaaagag 31749987  T
Q  204 agaatgtagaaactaaaaagaatatcatagttaagctagaattaaaccaagaaaagctccctaattaaccaccctgcagtccttcctaatctcttgacca 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31749986 agaatgtagaaactaaaaagaatatcatagttaaactagaattaaaccaagaaaaactccctaattaaccaccctgcagtccttcctaatctcttgacca 31749887  T
Q  304 ccattgatgctactcattttgaccattgacttcacaaaagccttgtaaaattcatcttgtgaggtagcaaacttagaaacaagatctttggtatatggag 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31749886 ccattgatgctactcattttgaccattgacttcacaaaagccttgtaaaattcatcttgtgaggtagcaaacttagaaacaagatctttggtatatggag 31749787  T
Q  404 tatcaataagaacttgatcagaagaaaatatgcccttcctttggaggatcaacttgtaatatgtattatcaaatgtagttgaagaagcatccaatgtggc 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31749786 tatcaataagaacttgatcagaagaaaatatgcccttcctttggaggatcaacttgtaatatgtattatcaaatgtagttgaagaagcatccaatgtggt 31749687  T
Q  504 gcctgcattctttacttgatttattattggacagattgattttagctttgatgcaaatgatggatttaatgaagggtccacatcatgtgtagcatcaaaa 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31749686 gcctgcattctttacttgatttattattggacaaatcgattttagctttgatgcaaatgatggatttaatgaagggtccacatcatgtgtagcatcaaaa 31749587  T
Q  604 ttatggattctgttcctgaaggatgagcagtgagagaaacctaaggtatgtcctcctacattagggtaaatagagacatcactgtacaccatactcatgt 703  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||    
T  31749586 ttatggattctgtttctgaaggatgagcagtgagagaatcctaaggtatgtcctcctacataagggtaaaaagagccatcactgtaaatcatactcatgt 31749487  T
Q  704 atagattataataagactactagaaataattgaattaactatggaatttagagagtgagagagnnnnnnnnntataaaattagacaaaattagagatgtg 803  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31749486 atagattataataagactactagaaataattgaattaactatggaatttagagagtgagagagaaaaatatatataaaattagacaaaattagagatgtg 31749387  T
Q  804 gtgcaccaaaaagcatcgcattgctagaaaatggaggctaaaggtggtttataaacacgcacactcctcattcctcaacctaccaaggtgcttttcaatt 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31749386 gtgcaccaaaaagcatcgcattgctagaaaatggaggctaaaggtggtttataaacacgcacactcctcattcctcaacctaccaaggtgcttttcaatt 31749287  T
Q  904 aagtcaacatattggccactttgggttttgtgtgtaagtggattgaggagtgtgagtga-tataaaccactc 974  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31749286 aagtcaacatattggccactttgggttttgtgtgtaagtggattgaggagtgtgagtgattataaaccactc 31749215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 277 - 664
Target Start/End: Original strand, 9057729 - 9058116
Alignment:
Q  277 ctgcagtccttcctaatctcttgaccaccattgatgctactcattttgaccattgacttcacaaaagccttgtaaaattcatcttgtgaggtagcaaact 376  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||  ||||||| |   | ||  | | ||||||||  |||||||    
T  9057729 ctgcagtccttcctaacttcttgcccaccattgatactactcatttttatcatggacttggcaaaagcatcaaagaaagccttttgtgaggcggcaaact 9057828  T
Q  377 tagaaacaagatctttggtatatggagtatcaataagaacttgatcagaagaaaatatgcccttcctttggaggatcaacttgtaatatgtattatcaaa 476  Q
    ||||||| |  |  ||||| | |||  | ||||  | | | |||||||||||||| | ||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9057829 tagaaaccaattgcttggtctttgggctgtcaagcaaagcctgatcagaagaaaacaagcctttttgttggaggatcaacttgtaatatgtattatcgaa 9057928  T
Q  477 tgtagttgaagaagcatccaatgtggcgcctgcattctttacttgatttattattggacagattgattttagctttgatgcaaatgatggatttaatgaa 576  Q
      | |||| |||||  ||||  |||| ||| ||||| ||  | | |||| | |  ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||| |||    
T  9057929 atttgttgcagaagggtccatagtggtgccagcatttttggccttatttttcaacggacaaattgattttagttttgctgcaaatgattgatgtaacgaa 9058028  T
Q  577 gggtccacatcatgtgtagcatcaaaattatggattctgttcctgaaggatgagcagtgagagaaacctaaggtatgtcctcctacat 664  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  9058029 gggtccacgtcatgtgtagcattaaagttttggattctgttctggaaagatgagcagtgagagaagcctaaggtatgccctcctacat 9058116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1317 times since January 2019
Visitors: 3441