View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0493_1D_low_1 (Length: 707)

Name: NF0493_1D_low_1
Description: NF0493_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0493_1D_low_1
NF0493_1D_low_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (20-707)||(48106045-48106734)
chr1 (29-626)||(48062419-48063016)
chr1 (291-611)||(48066770-48067090)
chr1 (31-626)||(48099455-48100050)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 613; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 613; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 707
Target Start/End: Original strand, 48106045 - 48106734
Alignment:
Q  20 ctaacaactttatctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaatgttgtttctggatcaagctcatgagcttttaaatagtataattcag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106045 ctaacaactttatctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaattttgtttctggatcaagctcatgagcttttaaatagtataattcag 48106144  T
Q  120 atgcatttttacctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttataccttttaacaacaga 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106145 atgcattttcacctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttataccttttaacaacaga 48106244  T
Q  220 ttcgattcnnnnnnncgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaatgttatgacct 319  Q
    ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106245 ttcgattctttttttcgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaatgttatgacct 48106344  T
Q  320 ctgacagaaattccattatctttagcaaattctaacattgtatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactataccatttcattt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106345 ctgacagaaattccattatctttagcaaattctaacattgcatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactataccatttcattt 48106444  T
Q  420 cattggtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatccaaatgggaaatc 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106445 cattggtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatccaaatgggaaatc 48106544  T
Q  520 tgcctttgtttgtgttatcacaactgttgctccttccaatgctgtttcatttacattacttacatggaatctcactctactcttacgtacctacaagtta 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106545 tgcctttgtttgtgttatcacaactgttgctccttccaatgctgtttcatttacattacttacatggaatctcactctactcttacgtacctacaagtta 48106644  T
Q  620 taaatcaattaccggttactattcttatattttttgttac--nnnnnnnnnnnttggaaccatgttattggtacgaagtatgcataaatt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106645 taaatcaattaccggttactattcttatattttttgttacaaaaaaaaaaaatttggaaccatgttattggtacgaagtatgcataaatt 48106734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 29 - 626
Target Start/End: Original strand, 48062419 - 48063016
Alignment:
Q  29 ttatctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaatgttgtttctgg-atcaagctcatgagcttttaaatagtataattcagatgcattt 127  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||  || ||| |||||| |  | ||||  | ||||||||| | |||| ||||||    
T  48062419 ttatcaccactgtattcgatagtgttatactcattcatgaaca-tgttcgttgtgggatcaagatggtaagctgctgaatagtatactgcagaggcattt 48062517  T
Q  128 ttacctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttataccttttaacaacagattcgattc 227  Q
    || || || ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||   || || ||||  ||||    
T  48062518 ttgccgaggttgtcctcaaaaaagtggaagtggacattctcatttaccacgtcccatgcaatcaattgtcctttataccttgagaccacggatttcattc 48062617  T
Q  228 nnnnnnncgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaatgttatgacctctgacaga 327  Q
            || ||||  || |||||||| || || |   ||  | ||||||||||||||  | |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48062618 tttttgcagctgcttctcgtaattcatcaggagacagggacaaatcccattcaggttgacgtctttcactgtcccacaaaatgttatgacctctgacaga 48062717  T
Q  328 aattccattatctttagcaaattctaacattgtatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactataccatttcatttcattggtg 427  Q
     || ||||| || ||||||||||  | ||| | ||||| |||||| |||||||| |||||| | ||| | |||||||||||||| ||||| || || |||    
T  48062718 tatgccattttccttagcaaatttcagcatggcatctgggatagtatagttttcatggccttggattttctctgtactataccacttcatctcgttagtg 48062817  T
Q  428 aaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatccaaatgggaaatctgcctttg 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||| |||| |||| |||    
T  48062818 aaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccatttctggtagtcactgtttgtgaggatatgacggttcatcgcacatccatatggaaaatttgcccttg 48062917  T
Q  528 tttgtgttatcacaactgttgctccttccaatgctgtttcatttacattacttacatggaatctcactctactcttacgtacctacaagttataaatca 626  Q
    ||||| | || ||||||||||||||||||||  |||||||||||  || | |||| ||||||||||| || |||||||||||||  | |||||||||||    
T  48062918 tttgtttaataacaactgttgctccttccaacactgtttcatttggatgagttacctggaatctcaccctgctcttacgtacctgtaggttataaatca 48063016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 291 - 611
Target Start/End: Original strand, 48066770 - 48067090
Alignment:
Q  291 tttcatcgtcccagaaaatgttatgacctctgacagaaattccattatctttagcaaattctaacattgtatctgagatagtgtagttttcttggcctgg 390  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  | ||| | ||| |  ||||| |||||||| |||||| |    
T  48066770 tttcatcgtcccacaaaatggcatgacctctgacagaaatgccattttctttggcaaatttcagcatggcatcaggaatagtatagttttcctggccttg 48066869  T
Q  391 aattatttctgtactataccatttcatttcattggtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatga 490  Q
    |||| | |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||    
T  48066870 aattttctctgtactataccacttcatctcattagtgaaagttgtgtacttgaatcttgacacaaaccatttctggtactcaatgtttgtgaggatgtga 48066969  T
Q  491 tggttcatcccacatccaaatgggaaatctgcctttgtttgtgttatcacaactgttgctccttccaatgctgtttcatttacattacttacatggaatc 590  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||| || | |||| ||||||     
T  48066970 tagttcatcccacatccgaatgggaaatctgcctttgtttgtttgatgacaaccgttgctccttccaatgatgtttcgtttagatgatttacttggaatg 48067069  T
Q  591 tcactctactcttacgtacct 611  Q
    ||||  | |||||||||||||    
T  48067070 tcaccttgctcttacgtacct 48067090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 31 - 626
Target Start/End: Original strand, 48099455 - 48100050
Alignment:
Q  31 atctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaatgttgtttctggatcaagctcatgagcttttaaatagtataattcagatgcattttta 130  Q
    |||||||||  ||||||| || ||| |||||||||| |||| | |  ||||||||||||| |  | |||| || |||| |||| |   || |||||||      
T  48099455 atctccacttgattcaatggtgttaaactcattcatgaacattttgatttctggatcaagatggtaagctgttgaataatatattggcgaggcattttcg 48099554  T
Q  131 cctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttataccttttaacaacagattcgattcnnn 230  Q
    || ||||||| |||| |||||||  | |||||||| |||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||||||  ||| ||||||   ||||       
T  48099555 ccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacattctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcctctataccttgaaaccacagatcttattcttt 48099654  T
Q  231 nnnncgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaatgttatgacctctgacagaaat 330  Q
         || ||||| || ||||| || || ||||   |||||||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  48099655 ttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagataggaacttaacccatttaggctgaaaagtttcatcgtcccagaaaacggtatgacctctgacagaaat 48099754  T
Q  331 tccattatctttagcaaattctaacattgtatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactataccatttcatttcattggtgaaa 430  Q
     ||||| ||||| || ||||  | ||| | ||||| |||||| |||||||| |||||| ||| | | |||||||||||||| ||||| ||||| || |||    
T  48099755 gccattttctttggcgaatttcatcatggcatctgggatagtatagttttcctggccttgaaatctctctgtactataccacttcatctcattagtaaaa 48099854  T
Q  431 gttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatccaaatgggaaatctgcctttgttt 530  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||| || || | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  48099855 gctgtgtacttgaatcttgacacaaaccatctctggtactcaaagtttgtaaggatgtaatggttcatcccacatccaagtgggaaatttgcctttgttt 48099954  T
Q  531 gtgttatcacaactgttgctccttccaatgctgtttcatttacattacttacatggaatctcactctactcttacgtacctacaagttataaatca 626  Q
    || | || |||| || ||||||||||| | ||||||  |||| || | ||||||||||||||||  | ||||| ||||||| ||  ||||||||||    
T  48099955 gtttgatgacaattgatgctccttccatttctgttttgtttagatgagttacatggaatctcaccttgctcttgcgtacctgcagtttataaatca 48100050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 73 times since January 2019
Visitors: 3464