View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0495_high_10 (Length: 255)

Name: NF0495_high_10
Description: NF0495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0495_high_10
NF0495_high_10
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (2-189)||(47146918-47147105)
chr3 (2-189)||(17469061-17469248)
chr3 (2-189)||(25788009-25788196)
chr3 (2-187)||(25829966-25830151)
chr3 (2-189)||(42598664-42598851)
chr3 (2-189)||(33935822-33936009)
chr3 (15-189)||(6045650-6045824)
chr3 (15-189)||(30415778-30415952)
chr3 (15-189)||(42563557-42563731)
chr3 (2-189)||(51429519-51429694)
chr3 (15-189)||(10424974-10425148)
chr3 (15-189)||(26157417-26157591)
chr3 (15-189)||(43475038-43475212)
chr3 (2-189)||(50019643-50019818)
chr3 (16-189)||(33188387-33188560)
chr3 (15-189)||(4874420-4874594)
chr3 (11-187)||(30689139-30689315)
chr3 (56-189)||(4852727-4852860)
chr3 (2-180)||(21227770-21227948)
chr3 (139-189)||(33751209-33751259)
chr3 (79-180)||(21229898-21229999)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (2-189)||(17958599-17958786)
chr6 (2-187)||(634317-634502)
chr6 (2-187)||(6377731-6377916)
chr6 (15-189)||(34841056-34841230)
chr6 (15-189)||(8221751-8221925)
chr6 (15-189)||(24916931-24917105)
chr6 (15-189)||(18641834-18642008)
chr6 (2-163)||(29952327-29952489)
chr6 (15-177)||(24114707-24114869)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (2-189)||(2212584-2212771)
chr4 (2-189)||(46914778-46914965)
chr4 (2-189)||(53181732-53181919)
chr4 (15-189)||(3530577-3530751)
chr4 (15-189)||(3615566-3615740)
chr4 (15-189)||(8994333-8994507)
chr4 (15-189)||(13113111-13113285)
chr4 (2-171)||(36658099-36658268)
chr4 (15-189)||(16172169-16172343)
chr4 (16-189)||(33606632-33606805)
chr4 (2-189)||(34434838-34435025)
chr4 (15-189)||(28900568-28900742)
chr4 (15-189)||(28446824-28446998)
chr4 (107-189)||(36564834-36564916)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (2-189)||(9073221-9073408)
chr2 (2-189)||(30819918-30820105)
chr2 (2-187)||(12857526-12857711)
chr2 (2-189)||(8854644-8854831)
chr2 (11-189)||(5145682-5145860)
chr2 (15-189)||(7585851-7586025)
chr2 (2-187)||(31185544-31185729)
chr2 (11-189)||(31205267-31205446)
chr2 (2-189)||(4278714-4278901)
chr2 (46-128)||(2779425-2779507)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (2-189)||(31470833-31471020)
chr1 (2-189)||(45241685-45241872)
chr1 (2-189)||(17785890-17786077)
chr1 (15-189)||(2475441-2475615)
chr1 (15-189)||(48385497-48385671)
chr1 (15-189)||(47297866-47298040)
chr1 (15-189)||(17676628-17676802)
chr1 (15-189)||(33166834-33167008)
chr1 (15-189)||(38837005-38837179)
chr1 (25-176)||(18318080-18318231)
chr1 (2-189)||(51522887-51523074)
chr1 (15-168)||(8470899-8471051)
chr1 (15-189)||(48406975-48407137)
chr1 (117-189)||(10265804-10265876)
chr1 (107-163)||(45978665-45978721)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (3-189)||(35101042-35101228)
chr8 (2-189)||(13816684-13816871)
chr8 (2-189)||(5213430-5213617)
chr8 (3-170)||(26749200-26749367)
chr8 (15-189)||(1955601-1955775)
chr8 (15-189)||(15056194-15056368)
chr8 (15-189)||(38205538-38205712)
chr8 (15-189)||(30529944-30530118)
chr8 (11-189)||(17744217-17744395)
chr8 (118-189)||(1633962-1634033)
chr8 (2-84)||(5735767-5735849)
chr8 (125-179)||(27359720-27359774)
chr8 (125-179)||(27369077-27369131)
chr8 (6-44)||(27392271-27392309)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (2-187)||(22193863-22194048)
chr7 (15-189)||(36521076-36521250)
chr7 (17-189)||(22659494-22659666)
chr7 (15-189)||(32127561-32127735)
chr7 (15-189)||(26814712-26814886)
chr7 (15-108)||(40301220-40301313)
[»] scaffold1240 (1 HSPs)
scaffold1240 (2-189)||(17-204)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (2-163)||(31012330-31012491)
chr5 (2-189)||(4579654-4579829)
chr5 (15-189)||(32973672-32973846)
chr5 (15-189)||(27945201-27945375)
chr5 (15-189)||(40891371-40891545)
chr5 (15-189)||(30646179-30646353)
chr5 (15-189)||(29616839-29617013)
chr5 (117-189)||(34710648-34710720)
chr5 (2-49)||(21365263-21365310)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (15-189)||(105423-105597)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (15-175)||(110521-110681)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (46-180)||(166670-166804)
[»] scaffold0658 (1 HSPs)
scaffold0658 (125-181)||(6549-6605)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 47147105 - 47146918
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47147105 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 47147006  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47147005 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 47146918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 17469248 - 17469061
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17469248 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 17469149  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17469148 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 17469061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 25788009 - 25788196
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25788009 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 25788108  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25788109 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 25788196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Original strand, 25829966 - 25830151
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25829966 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 25830065  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25830066 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 25830151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 42598664 - 42598851
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42598664 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgctgaaaccgtttta 42598763  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42598764 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 42598851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 33936009 - 33935822
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33936009 cagagaggagaaacatattagggtaaaattgttgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgtttta 33935910  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33935909 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 33935822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 6045650 - 6045824
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6045650 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 6045749  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6045750 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 6045824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 30415778 - 30415952
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30415778 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 30415877  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30415878 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 30415952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 42563731 - 42563557
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42563731 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 42563632  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42563631 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 42563557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 51429694 - 51429519
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||            ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51429694 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattg------------ctcattcgattctccacgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 51429607  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  51429606 attatatgaacaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaaaatgatgt 51429519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 10424974 - 10425148
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10424974 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 10425073  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10425074 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcatatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 10425148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 26157417 - 26157591
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26157417 catattggggtaaaattgctgagtattgcaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 26157516  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26157517 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagtgctaagcgtctgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 26157591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 43475212 - 43475038
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43475212 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 43475113  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43475112 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcactaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaaaatgatgt 43475038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 50019818 - 50019643
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||            |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  50019818 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctaagtattg------------ctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgtttta 50019731  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  50019730 attatatgaacaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtctgaagatgatgt 50019643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 189
Target Start/End: Original strand, 33188387 - 33188560
Alignment:
Q  16 atattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaaa 115  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33188387 atattggggtaaaattgctgagtattgtaatgaacattgctaattcgattctccgcgcgatgcagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaaa 33188486  T
Q  116 ataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33188487 ttaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 33188560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 4874420 - 4874594
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874420 catattgggttaaaattgttgagtattgtaatgagcatcgctcattcgattctccgcgcgactcagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 4874519  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4874520 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggtgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcgaaagatgatgt 4874594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 11 - 187
Target Start/End: Original strand, 30689139 - 30689315
Alignment:
Q  11 gaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatga 110  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |    
T  30689139 gaaatatattggggtgaaattgctgagtattgtaatgagtatggctcatttgattctccgcgggatctagttgcatgccgaaatcattttaattatataa 30689238  T
Q  111 gcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 187  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30689239 gcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgatgccgctaagcgtttgcaaggaagtggttggtcggaagatgat 30689315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 56 - 189
Target Start/End: Original strand, 4852727 - 4852860
Alignment:
Q  56 tcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagc 155  Q
    |||||||||||||| |||||   || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||    
T  4852727 tcattcgattctccgcgcgactcaggtgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaaattaataaataaatgggttggtgcttatgatggtgctaagc 4852826  T
Q  156 gtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4852827 gtttgcaaggaagcggttggtcgaaagatgatgt 4852860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 21227948 - 21227770
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||| ||| ||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||| || ||||||| ||| |||| | ||||  |||||| || |||||||||| ||    
T  21227948 cagaaaggtgaaacatattggggtagaattgttgattattgtaatgagaattgctcatttgatcctccgcacgatggagttgcatgtcgaaaccgttata 21227849  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgga 180  Q
    ||||||||| ||||||| ||  |||||||||||| |||||||| |||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  21227848 attatatgaacaaaatactaggtaaatggattggcgcttatgatagcattaatcgttttcaaggaagcggttggtcgga 21227770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 33751259 - 33751209
Alignment:
Q  139 ttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33751259 ttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcagaagatgatgt 33751209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 180
Target Start/End: Original strand, 21229898 - 21229999
Alignment:
Q  79 agttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcg 178  Q
    |||||| || |||||| ||| ||||||||||| ||||||| |   |||||||||||| |||||||| || |||| || | |||||| |||| ||||||||    
T  21229898 agttgcatgtcgaaactgttataattatatgaacaaaatactgggtaaatggattggcgcttatgatagtgctatgcatttgcaagcaagcagttggtcg 21229997  T
Q  179 ga 180  Q
    ||    
T  21229998 ga 21229999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 17958599 - 17958786
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17958599 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 17958698  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17958699 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 17958786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 634502 - 634317
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  634502 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 634403  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  634402 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 634317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Original strand, 6377731 - 6377916
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6377731 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 6377830  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6377831 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 6377916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 34841230 - 34841056
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34841230 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 34841131  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34841130 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 34841056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 8221925 - 8221751
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8221925 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagaattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgcaaccgttttaattatatgagcaa 8221826  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8221825 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcattttcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 8221751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 24916931 - 24917105
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24916931 catattggggtaaaattgctgagtattgcaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccattttaattatatgagcaa 24917030  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24917031 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaaacgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 24917105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18642008 - 18641834
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18642008 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccattttaattatatgagcaa 18641909  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  18641908 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaatcgctaagcgtttgcaaagaagcggttggttggaagatgatgt 18641834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 163
Target Start/End: Original strand, 29952327 - 29952489
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatatt-gggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  29952327 cagagaggagaaacatattaggggtaaatttgctgagtattgtaatgaatattgctcatttaattatccccgcgatctagttgtatgccgaaaccgtttt 29952426  T
Q  101 aattatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaa 163  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||    
T  29952427 aattatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaaacattaagcgtttgcaa 29952489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24114869 - 24114707
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| | | |||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24114869 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattactcattcgattctgcgctcgatgtaattgcatgccaaaaccgttttaattatatgagcaa 24114770  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtc 177  Q
    ||||   |||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||||||| | ||||||    
T  24114769 aataccgaataaatggattggcgcttatgaaggtgctaaacgtttgcaaggaagtgcttggtc 24114707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 2212584 - 2212771
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2212584 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 2212683  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2212684 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 2212771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 46914778 - 46914965
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46914778 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaactgtttta 46914877  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46914878 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 46914965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 53181732 - 53181919
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53181732 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 53181831  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53181832 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagtgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 53181919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 3530577 - 3530751
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3530577 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 3530676  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3530677 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 3530751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 3615566 - 3615740
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3615566 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 3615665  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3615666 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 3615740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 8994507 - 8994333
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8994507 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 8994408  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8994407 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 8994333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 13113285 - 13113111
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13113285 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 13113186  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13113185 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 13113111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 36658268 - 36658099
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  36658268 cagagaggaaaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtgttgctcatttgattctccccgggatctagttgcatgcagaaaccgtttta 36658169  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcgg 171  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  36658168 attatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgttaagcgtttgcaaggaagcgg 36658099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 16172169 - 16172343
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  16172169 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccggtataataatatgagcaa 16172268  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16172269 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 16172343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 33606805 - 33606632
Alignment:
Q  16 atattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaaa 115  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  33606805 atattggggtaaaattgttgagtattgtaatgaacattactcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaatcattttaattatatgagcaaa 33606706  T
Q  116 ataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33606705 gtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 33606632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 34434838 - 34435025
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||| || ||| || |||| ||||||||||||||||    
T  34434838 cagacaggtgaagcatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgcaaattcgatcctccgcgtgatgtaattgcatgccgaaaccgtttta 34434937  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34434938 attatatgagcaaagtaataaataaatggattgatgtttatgaaagcgctaagcatttgcaaggaagcggttggttggaagatgatgt 34435025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 28900742 - 28900568
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||  | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28900742 catattggggtaaaattgttgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgtgtgatgtagttgcatgccgaaaccattttaattatatgagcaa 28900643  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | ||||||||||||   |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28900642 attaataaataaatttgttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 28900568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 28446998 - 28446824
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || | | || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28446998 catattggggtaaaattgttgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccacgtggtgtaattgcatgcagaaaccgttttaattatatgagcaa 28446899  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||| |  ||||||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  28446898 aatactgtataaatggattgacgcttatgaaggcgctaagagtttgcaaggaagtggttggtcggaggctgatgt 28446824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 189
Target Start/End: Original strand, 36564834 - 36564916
Alignment:
Q  107 atgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||  |||||| ||||||||  |||||||    
T  36564834 atgaacaaaatacttaataaatggattggcgcttatgatagcgctaaacgtatgcaacaaagcgggtggtcggagaatgatgt 36564916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 9073221 - 9073408
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9073221 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 9073320  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9073321 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 9073408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 30819918 - 30820105
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30819918 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 30820017  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30820018 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 30820105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12857711 - 12857526
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12857711 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 12857612  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12857611 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 12857526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 8854831 - 8854644
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8854831 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 8854732  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8854731 attatatgagtaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 8854644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 189
Target Start/End: Original strand, 5145682 - 5145860
Alignment:
Q  11 gaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatga 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5145682 gaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcatttgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttaattatatga 5145781  T
Q  111 gcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5145782 gcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 5145860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 7585851 - 7586025
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7585851 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 7585950  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7585951 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 7586025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Original strand, 31185544 - 31185729
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  31185544 cagaggggtgaaacatattggggtaaaattgatgagtattgtattgagtatggctcatttgattctccgcgggatctagttgcatgccaaaaccgtttta 31185643  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 187  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31185644 attatatgagcaaagtaataaataaatggattagtgcttatgatgccgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 31185729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 189
Target Start/End: Original strand, 31205267 - 31205446
Alignment:
Q  11 gaaacatattgggttaaaattgctgagtattg-taatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatg 109  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  31205267 gaaacatattggggtaaaattgatgagtattggtaatgagtacggctcatttgattctccgcgggatctagttgcatgccgaaactgttttaattatatg 31205366  T
Q  110 agcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31205367 agcaaagtaataaataaatggattagtgcttatgatgccgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 31205446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4278901 - 4278714
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || | || ||| || |||| ||||||||||||||||    
T  4278901 cagacaggtgaagcatattggggtaaaattgttgagtattgtaatgagcattgctcattcgatccttcgcgtgatgtaattgcatgccgaaaccgtttta 4278802  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| | ||||||    
T  4278801 attatatgagcaaagtactaaataaatggattggcgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaataagtggttggtcggaggctgatgt 4278714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 46 - 128
Target Start/End: Original strand, 2779425 - 2779507
Alignment:
Q  46 tgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaaaataataaataaat 128  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2779425 tgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaaagtaataaataaat 2779507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 31471020 - 31470833
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31471020 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 31470921  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31470920 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 31470833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 45241872 - 45241685
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45241872 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 45241773  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45241772 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 45241685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 17786077 - 17785890
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  17786077 cagagaggagaaacaaattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattatccccgcgatctagttgcatgccgaaatcgtttta 17785978  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17785977 attatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcactaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 17785890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 2475441 - 2475615
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2475441 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 2475540  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2475541 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 2475615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 48385497 - 48385671
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48385497 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 48385596  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48385597 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 48385671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 47297866 - 47298040
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  47297866 catattggggtaaagttgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccacgcgatgtagttgcatgccgaaactgttttaattatatgagcaa 47297965  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47297966 attaataaataaatggattggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 47298040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 17676628 - 17676802
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17676628 catattggggtaaaattgctgagtattataatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgcagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 17676727  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17676728 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcactaagcgtttgcaaggaagcagttggtcggaagatgatgt 17676802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 33167008 - 33166834
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  33167008 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgatcctctgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttagttatatgtgcaa 33166909  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33166908 agtaataaataattggattgatgcttatgaaatcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtaggaagatgatgt 33166834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 38837005 - 38837179
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||  || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38837005 catattggtgtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcaattctccgcgcgatgcagctgcatgccaaaaccgttttaattatatgagcaa 38837104  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  38837105 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttcgtcagaagatgatgt 38837179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 176
Target Start/End: Original strand, 18318080 - 18318231
Alignment:
Q  25 taaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaaaataataaat 124  Q
    |||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18318080 taaaattgttaagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtaattgcatgccgaaactgttttaattatatgagcaaaatactaaat 18318179  T
Q  125 aaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggt 176  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  18318180 aaatggattgacgcttatgaaggcgctaagcgtttgcaaggaagtggttggt 18318231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 51523074 - 51522887
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||  || ||| ||||||| |||| || ||| || |||| ||||||||||||||||    
T  51523074 cagacaggtgaagcatattggggtaaaattgatgagtattgtaatgatcattgcttattcgatcctccgcgtgatgtaattgcatgccgaaaccgtttta 51522975  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  51522974 tttatatgagcaaaatactaaataaatggattggcgtttatgaaggcgctaagcgtttgcaaggaagtggttggtcggaggctgatgt 51522887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 8471051 - 8470899
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8471051 catatttgggtataattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccgcgcgaagtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 8470952  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaag 168  Q
    | |||||||||||||| || ||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||    
T  8470951 attaataaataaatgggtt-gtgcttaagatggcgctaagcgtttgcaaggaag 8470899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 48407137 - 48406975
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48407137 catattggggtaaaattgttgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcaatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 48407038  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| |||||            ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48407037 attaataaataaatgggttggt------------gctaagcgtatgcaaagaagcggttggtcggaagatgatgt 48406975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 117 - 189
Target Start/End: Original strand, 10265804 - 10265876
Alignment:
Q  117 taataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10265804 taataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcagaagatgatgt 10265876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 45978721 - 45978665
Alignment:
Q  107 atgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaa 163  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  45978721 atgaacaaaatacttaataaatggattgacgcttatgacggcgctaagcgtatgcaa 45978665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 3 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 35101228 - 35101042
Alignment:
Q  3 agagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaa 102  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35101228 agagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaa 35101129  T
Q  103 ttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35101128 ttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 35101042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 13816871 - 13816684
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13816871 cagagaggagaaacatatttgggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgtttta 13816772  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13816771 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgaatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 13816684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 5213617 - 5213430
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213617 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 5213518  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  5213517 attatacgagcaaaataataaataaatggattggggcttatgaaagcgctaagcgtatgcaagtaagcggttggtcggaaaatgatgt 5213430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 3 - 170
Target Start/End: Original strand, 26749200 - 26749367
Alignment:
Q  3 agagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaa 102  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26749200 agagaggagaaacatattggtgtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgttttaa 26749299  T
Q  103 ttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcg 170  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  26749300 ttatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaaacgtttgcaaggaagcg 26749367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 1955601 - 1955775
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1955601 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 1955700  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1955701 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 1955775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 15056368 - 15056194
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15056368 catattggggtaaaattgttgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 15056269  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15056268 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 15056194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 38205538 - 38205712
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38205538 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 38205637  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38205638 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaaaagctaagcgtttgcaaggaagcggttgatcggaagatgatgt 38205712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 30529944 - 30530118
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30529944 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 30530043  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  30530044 agtaataaatgaatggattggtgcttatgaaaacgccaagcgtttgcaaggaaacggtaagtcggaagatgatgt 30530118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 17744395 - 17744217
Alignment:
Q  11 gaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatga 110  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||    
T  17744395 gaaacatattagggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatggctcatttgattctccactggatctagttgcatgccagaactgttttaattatatga 17744296  T
Q  111 gcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  17744295 gcaaagtaataaataaatgggttggtgcttatgatgtcgctaagcgtttgcaagaaagtggttggtcggaagatgatgt 17744217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 189
Target Start/End: Original strand, 1633962 - 1634033
Alignment:
Q  118 aataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1633962 aataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagtgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 1634033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 5735849 - 5735767
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgc 84  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  5735849 cagaggggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcatttgattctccccgcgatcaagttgc 5735767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 125 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 27359774 - 27359720
Alignment:
Q  125 aaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgg 179  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  27359774 aaatggattggtgcttataaaggcgctaagcgtttacaaggaagcgattggtcgg 27359720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 125 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 27369131 - 27369077
Alignment:
Q  125 aaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgg 179  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  27369131 aaatggattggtgcttataaaggcgctaagcgtttacaaggaagcgattggtcgg 27369077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 44
Target Start/End: Complemental strand, 27392309 - 27392271
Alignment:
Q  6 gaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgta 44  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27392309 gaggtgaaacatattggggtaaaattgctgagtattgta 27392271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 22194048 - 22193863
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22194048 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 22193949  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22193948 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 22193863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 36521250 - 36521076
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36521250 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 36521151  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36521150 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 36521076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 22659666 - 22659494
Alignment:
Q  17 tattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaaaa 116  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22659666 tattggggtaaaattgttgagtattttaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaaat 22659567  T
Q  117 taataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22659566 taataaataaatgggttggtgcttatgatggcgttaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 22659494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 32127561 - 32127735
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32127561 catattggggtaaaattgctgagtattgcaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 32127660  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32127661 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagtgttaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 32127735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 26814886 - 26814712
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||  |||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26814886 catattggggtaaaattgctaagtattgcaatgagcattgctcattcgaccctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 26814787  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26814786 agtaataaataaatggattgatgcttatgaaagtgctaagcgtttgcaaggaaacggttggtcggaagatgatgt 26814712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 108
Target Start/End: Original strand, 40301220 - 40301313
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatat 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  40301220 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgtgcgatgtagttgcatgccgaaaccattttaattatat 40301313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1240 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold1240
Description:

Target: scaffold1240; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Original strand, 17 - 204
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctctccgcgatctagttgcatgccgaaaccgtttta 116  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  117 attatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcactaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 154; Significance: 9e-82; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 163
Target Start/End: Original strand, 31012330 - 31012491
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31012330 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 31012429  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaa 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31012430 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaa 31012491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4579829 - 4579654
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4579829 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgt------------tcattcgattctccccgcgatctagttgtctgccgaaaccgtttta 4579742  T
Q  102 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4579741 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 4579654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 32973672 - 32973846
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32973672 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatatagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 32973771  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32973772 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 32973846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 27945375 - 27945201
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27945375 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 27945276  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27945275 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 27945201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 40891545 - 40891371
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40891545 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 40891446  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40891445 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 40891371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 30646179 - 30646353
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30646179 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgctcgatgtagttgcatgccgaaactgttttaattatatgagcaa 30646278  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30646279 atgaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 30646353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Original strand, 29616839 - 29617013
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29616839 catatttgggtaaaattcctgagtattgtaacgagcattgatcattcgattctccgtgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 29616938  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29616939 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggtttgtcggaagatgatgt 29617013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 117 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 34710720 - 34710648
Alignment:
Q  117 taataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34710720 taataaataaatggattggtgcttatgaaagtgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 34710648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 21365310 - 21365263
Alignment:
Q  2 cagagaggagaaacatattgggttaaaattgctgagtattgtaatgag 49  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21365310 cagataggtgaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgag 21365263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 105597 - 105423
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  105597 catattggggtaaaattgctgagtattgcaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 105498  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 189  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105497 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagtgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 105423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 175
Target Start/End: Original strand, 110521 - 110681
Alignment:
Q  15 catattgggttaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  110521 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 110620  T
Q  115 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttgg 175  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  110621 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcttttgcaaggaagcggttgg 110681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 46 - 180
Target Start/End: Original strand, 166670 - 166804
Alignment:
Q  46 tgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaattatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaa 145  Q
    ||||||| | ||||| ||| |||| ||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||   |||||||||||| ||||||||     
T  166670 tgagtattgttcatttgatcctccgcgcgatggagttgcatgccgaaaccgttataattatatgaactgaataatgggtaaatggattggcgcttatgat 166769  T
Q  146 agcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgga 180  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  166770 agcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcgga 166804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0658 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0658
Description:

Target: scaffold0658; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 181
Target Start/End: Original strand, 6549 - 6605
Alignment:
Q  125 aaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaa 181  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||| ||||||    
T  6549 aaatggattggtgcttatgaaggcgctaagcttttgcaatgaaacggttgatcggaa 6605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 144 times since January 2019
Visitors: 3464