View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0498_high_3 (Length: 545)

Name: NF0498_high_3
Description: NF0498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0498_high_3
NF0498_high_3
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-545)||(41035920-41036460)
chr2 (17-535)||(41030337-41030863)
chr2 (72-214)||(40636804-40636942)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 545
Target Start/End: Original strand, 41035920 - 41036460
Alignment:
Q  1 tcaataccaacaatggtattccaattaggccaaccttcgtaaacctctataaatggcctgaataatcagacatagaatttgtgaagactatgaactgtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41035920 tcaataccaacaatggtattccaattaggccaaccttcgtaaacctctataaatggcctgaataatcagacgtagaatttgtgaagactatgaactgtaa 41036019  T
Q  101 aaattatcgtgatggagctgaagttgatagtctctcttgcaggcaaatgtattttaggagctacaaattctcaaggaagaaattaagtatcactgggaag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41036020 aaattatcgtgatggagctgaagttgatagtctctcttgcaggcaaatgtatttcaggagctacaaattctcaaggaagaaattaagtatcactgggaag 41036119  T
Q  201 agcataaaatgtttcagaagtgtaaaggagagtgtggtttgtgccagcaatagattaaatcataatattaagggtaattgtaagattctagggaatatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41036120 agcataaaatgtttcagaagtgtaaaggagggtgtggtttgtgccagcaatagattaaatcataatattaagggtaattgtaagattctagggaatatta 41036219  T
Q  301 ctcatgctgctgtgtcagtctattgtagattgctttctcgatcagtctgataaggtccacatggctcgtcatgatttctattgtttcgtggtttcttttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41036220 ctcatgctgctgtgtcagtctattgtagattgctttctcg----gtctgataaggtccacatggctcgtcatgatttctattgtttcgtggtttcttttt 41036315  T
Q  401 gcggcagatcactgtccaatatgtgtaaggatcaaagcagtattttatagtttctgttaaatcacagtcgattggcatatgaatgcaagaatagtgagtg 500  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41036316 gcggtagatcactgtccaatatgtgtaaggatcaaagcagtattttatagtttctgttaaatcacagtcgattggcatatgaatgcaagaatagcgagtg 41036415  T
Q  501 tagaagtgaaactaaacatataggctatcatacatcaatttctcc 545  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41036416 tagatgtgaaactaaacatataggctatcatacatcaatttctcc 41036460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 535
Target Start/End: Original strand, 41030337 - 41030863
Alignment:
Q  17 tattccaattaggccaaccttcgtaaacctctataaatggcctgaataatcagacatagaatttgtgaagactatgaactgtaaaaattatcgtgatgga 116  Q
    |||||| ||||| |||| ||||  ||||||||| || ||||| ||||   ||||  ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||  ||    
T  41030337 tattccgattagaccaaacttcacaaacctctacaagtggccagaat---cagaagtagaatttgtgaagactatgaactcaaacaattatcgtgacaga 41030433  T
Q  117 gctgaagttgatagtctctcttgcaggcaaatgtattttaggagctacaaattctcaaggaagaaattaagtatcactgggaagagcataaaatgtttca 216  Q
    | |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || | ||||| |||||||| |||||    
T  41030434 gttgaagttgatagcctctcctgcaggcaagtgtacctgaggagctacaaattctccaggaagaaattgagtgtaaccgagaagaccataaaatatttca 41030533  T
Q  217 gaagtgtaaaggagagtgtggtttgtgccagcaatagattaaatcataatattaagggtaattgtaagattctaggga---------atattactcatgc 307  Q
    | ||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||  |  ||||| |||||||||| |||||||||  ||||         |||| ||||||||    
T  41030534 gcagtttaaaagagagtgtgatttgtgctagcaatatattatgttgtaatagtaagggtaatcgtaagattcctgggagggctaagcatatcactcatgc 41030633  T
Q  308 tgctgtgtcagtctattgtagattgctttctcgatcagtctgataaggtccacatggctcgtcatgatttctattgtt---tcgtggtttctttttgcgg 404  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| || |   | || |||| |||||| ||    
T  41030634 tgctgtgtcagtctaccataggttgctttctcga----tctgataaggtccatgtggctcgtcacgatttctaatgctgcgtagttgtttgtttttgtgg 41030729  T
Q  405 cagatcactgtccaatatgtgtaaggatcaaagcagtattttatagtttctgttaaatcacagtcgattggcatatgaatgcaagaatagtgagtgtaga 504  Q
      ||||| | ||| ||| |  |||||||||||||  || ||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || || ||||||||||| ||    
T  41030730 tggatcagtttccgatacgcataaggatcaaagctatagtttgtagtttctattaaatcactgttgattggcatatgaacgcgagtatagtgagtgtgga 41030829  T
Q  505 ---agtgaaactaaacatataggctatcatacat 535  Q
       |||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  41030830 actagtgaaatcaaacatagaggctatcatacat 41030863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 40636942 - 40636804
Alignment:
Q  72 atagaatttgtgaagactatgaactgtaaaaattatcgtgatggagctgaagttgatagtctctcttgcaggcaaatgtattttaggagctacaaattct 171  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |||  |||||| | | |||| |||| ||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||    
T  40636942 atagaatttgtgaagacta--aactctaacgattatcataaaggagttgaaattgatggcctct-ttgcaggcaaatgtatttgaggagctaaatattct 40636846  T
Q  172 caaggaagaaattaagtatcactgggaagagcataaaatgttt 214  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  40636845 caaggaa-aaagtaagtatcactgggaataacataaaatgttt 40636804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1676 times since January 2019
Visitors: 3461