View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0500-INSERTION-25 (Length: 499)

Name: NF0500-INSERTION-25
Description: NF0500
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0500-INSERTION-25
NF0500-INSERTION-25
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (34-499)||(5827320-5827786)
chr3 (36-499)||(5490643-5491107)
chr3 (36-499)||(5848058-5848513)
chr3 (36-455)||(20344086-20344494)
chr3 (35-499)||(5485221-5485686)
chr3 (37-499)||(5455467-5455921)
chr3 (36-394)||(5503456-5503815)
chr3 (35-499)||(5446903-5447359)
chr3 (42-400)||(5853449-5853808)
chr3 (168-398)||(5801747-5801978)
chr3 (46-394)||(5526306-5526655)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (35-499)||(25808453-25808909)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 5827786 - 5827320
Alignment:
Q  34 aattccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  5827786 aattccatatggatctagcacaaatctagtaatcattgaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacatgaatgagtaattc 5827687  T
Q  134 aagactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgtt 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5827686 aagactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgtt 5827587  T
Q  234 gaggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaa 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5827586 gaggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtcagatatctatatggaccagtaactaa 5827487  T
Q  333 gttacttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttttgcttgcatctttc 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5827486 gttacttctcagcttcattccagcaaggaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttctgcttgcatctttc 5827387  T
Q  433 acaacaaggtttcccgaatccaaaagctgcacaataactgatttcaatgccgcagttcttgatgaat 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  5827386 acaacaaggtttcccgaatccaaaagctgcacaataactgatttcaccgccgcagttcttgatgaat 5827320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 36 - 499
Target Start/End: Original strand, 5490643 - 5491107
Alignment:
Q  36 ttccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattcaa 135  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| || ||| ||||||||||||  | |||||| ||||| | ||| |  ||| |||||||    
T  5490643 ttccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaactgtttaaagtttcatattgataagagaattctttgtcagtgaccactaccgagaaattcaa 5490742  T
Q  136 gactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttga 235  Q
    ||||||||| | | || |||||||||| ||  ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||   ||  |||||||||| ||||  |||||    
T  5490743 gactctatgcagtcttagccaagaaacaccggtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaacgtttgctccctttgcagtaactagttga 5490842  T
Q  236 ggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaagt 334  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  5490843 ggaaaaccatgtgtatctatcttatacgaacactcaccttcagcaggatcttgagggtttctccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagt 5490942  T
Q  335 tacttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttttgcttgcatctttcac 434  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||   ||  || |||||||||||||    
T  5490943 tacttttcagcttcattccagcaaggaaagtgttaccaggataatcaaaactttcccacaataaatcctcattcttaccgctgctgtttgcatctttcac 5491042  T
Q  435 aacaaggtttcccgaatccaaaagctgcacaataactgatttcaatgccgcagttcttgatgaat 499  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||| || ||||||||||    
T  5491043 aacaaggtttcctgaatccaacagctgcacaataactgatttcaccgtcgctgtgcttgatgaat 5491107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 36 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 5848513 - 5848058
Alignment:
Q  36 ttccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattcaa 135  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5848513 ttccatatggatttagcacaactctagtaataattaaactgtttaaagtttcatattgaaaagtgacttctttgtcagttaacacaaatgagtaattcaa 5848414  T
Q  136 gactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttga 235  Q
     |   ||| |  | ||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | | | ||||  |||||||||||||    ||||||    
T  5848413 tatattataatttctttgccaagtagctccagtgaaaagatatccattccacgaccctcctctaaatatagttgtcgttccctttgcaatttggtgttga 5848314  T
Q  236 ggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaagt 334  Q
    |||||||| ||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  5848313 ggaaaaccgtgagtatctatcctcactgaaaactcgccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtgagatatctatatggaccagtaactaagt 5848214  T
Q  335 tacttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttttgcttgcatctttcac 434  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||       |||| | | |   || ||||||||||| |    
T  5848213 tacttttcagcttcattccagcaaggaaagtgttaccaggataatcaaaactttcccacaaaaa------gttctgagagc---tgtttgcatctttccc 5848123  T
Q  435 aacaaggtttcccgaatccaaaagctgcacaataactgatttcaatgccgcagttcttgatgaat 499  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||  ||| || ||| ||||||||    
T  5848122 aacaaggtttcctgaatccaacaactgcacaataactgatttcaccgccacaattcctgatgaat 5848058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 36 - 455
Target Start/End: Original strand, 20344086 - 20344494
Alignment:
Q  36 ttccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattcaa 135  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| || |  |||||  ||||||||| || |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  20344086 ttccatatgtatctagcacaaatctagtaataatgaaattggtccacgtttgatattgatatgtgacttctttgtcagtaatcacaaatgagtaattcaa 20344185  T
Q  136 gactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttga 235  Q
    ||| |||| || | ||||||||  |||||          |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  20344186 gaccctattaattctttgccaa--aactc----------atatccattccatgaccctcctctatacataattgttgttccctttgcaataacttgttga 20344273  T
Q  236 ggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaagt 334  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  20344274 ggaaaaccatgagtatcgatcctatacgaaaactcacctacagcaggatcttcagaggttctccaagaagtgagatatctatatggaccagtcactaagt 20344373  T
Q  335 tacttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttttgcttgcatctttcac 434  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| || |   ||  |  |||||||||| ||    
T  20344374 tacttttcagcttcattccagcaagcaacgtgtcaccaggataatcaaagctttcccacaaaaactcctcatcctcactgctgctatttgcatcttttac 20344473  T
Q  435 aacaaggtttcccgaatccaa 455  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  20344474 aacaaggtttcctgaatccaa 20344494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 35 - 499
Target Start/End: Original strand, 5485221 - 5485686
Alignment:
Q  35 attccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattca 134  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| || ||| ||||||||||||  | |||||| || || |  || | |||| ||||||    
T  5485221 attccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaactgttcaaagtttcatattgataagagaattctttgtcggtgactactactgagaaattca 5485320  T
Q  135 agactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttg 234  Q
    |||||||| | | | ||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||| |||| | ||  |||||||| | ||||| ||||    
T  5485321 agactctacgcagtctttgccaagaaacaccagtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatatagaacttttgctccctttgaattaaccagttg 5485420  T
Q  235 aggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaag 333  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||| || |  | ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||    
T  5485421 aggaaaaccatgtatatctatcttatatgaacactcaccttcagcaggatcttgagggtttttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaag 5485520  T
Q  334 ttacttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttttgcttgcatctttca 433  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |   ||  || ||||||||||||    
T  5485521 ttacttttcagcttcattccagcaaggaaagtgttaccaggataatcaaaactttcccacaagaaatcctcattctcatcgctgctgtttgcatctttca 5485620  T
Q  434 caacaaggtttcccgaatccaaaagctgcacaataactgatttcaatgccgcagttcttgatgaat 499  Q
     |||||||||||| ||||| || ||||  ||| |||| |||||||  || ||| ||||||||||||    
T  5485621 aaacaaggtttcctgaatctaacagcttaacagtaacagatttcaccgctgcaattcttgatgaat 5485686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 37 - 499
Target Start/End: Original strand, 5455467 - 5455921
Alignment:
Q  37 tccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattcaag 136  Q
    ||||| ||| ||||| || | ||||||||| ||| ||||||| || ||| ||||||  ||||  | |||||| ||||| ||||  | |||| ||||||||    
T  5455467 tccatttgggtctagtaccactctagtaataattgaactgttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaag 5455566  T
Q  137 actctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttgag 236  Q
    |||||||| | | ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||   ||||||||| ||| | |||| |    
T  5455567 actctatgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaagaaatccattccatgaccctgctctatacagaattattgccccctttgcagtaagcagttggg 5455666  T
Q  237 gaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaagtt 335  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||| |||| |  |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  5455667 gaaaaccatgtgtatctatcttatatgaacactcaccttcagcaggatcatcagggtttctccaagaagtgagatatctatatggacccgtaactaagtt 5455766  T
Q  336 acttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttttgcttgcatctttcaca 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||          | |  ||  |||||||||||||    
T  5455767 acttttcagcttcattccagcaaggaaagtgttaccaggataatcaaaactttcccacaaaaagttct---------gagtgctgtctgcatctttcaca 5455857  T
Q  436 acaaggtttcccgaatccaaaagctgcacaataactgatttcaatgccgcagttcttgatgaat 499  Q
    ||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||||  ||  || ||||||||||||    
T  5455858 acaaggtttcctgaatccaacaactgcacaacaactgatttcaccgctacaattcttgatgaat 5455921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 36 - 394
Target Start/End: Original strand, 5503456 - 5503815
Alignment:
Q  36 ttccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattcaa 135  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| || ||| ||||||||||||  | |||||| || || |  || | |||| |||||||    
T  5503456 ttccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaactgtttaaagtttcatattgataagagaattctttgtcggtgactactactgagaaattcaa 5503555  T
Q  136 gactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttga 235  Q
    ||||||| | | | ||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||   ||  |||||||||| ||||| |||||    
T  5503556 gactctacgcagtctttgccaagaaacaccagtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaacctttgctccctttgcagtaaccagttga 5503655  T
Q  236 ggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaagt 334  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||| || |  | ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  5503656 ggaaaaccatgtgtatctatcttatatgaacactcaccctcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagt 5503755  T
Q  335 tacttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccaca 394  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||    
T  5503756 tacttttcagcttcattccagcaaggaaagtgttaccgggatagtcaaaactttcccaca 5503815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 35 - 499
Target Start/End: Original strand, 5446903 - 5447359
Alignment:
Q  35 attccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattca 134  Q
    ||||||| ||| |||||||| | ||||||||| ||| ||||| | || ||| ||||||| ||||  | |||||| ||||| || |  |  ||| ||||||    
T  5446903 attccatttgggtctagcacgactctagtaataattgaactgctcaaagtttcatattggtaagagatttctttgtcagtgaatattacagagaaattca 5447002  T
Q  135 agactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttg 234  Q
     ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||| | ||   || |||||| ||||| ||||    
T  5447003 tgactctatgcactctttgccaagaaacaccagtgaaaagaaatccattccatgaccctgctctatacagaaatattgccccgtttgcagtaaccagttg 5447102  T
Q  235 aggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaag 333  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| || |  |||||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  5447103 aggaaaaccatgtgtatctatcttatacgaacactcaccttcagcaggatcttgagggcttctccatgatgtgagatatctatatggaccagtaactaag 5447202  T
Q  334 ttacttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttttgcttgcatctttca 433  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||          | |  || || |||||||||    
T  5447203 ttacttttcagcttcattccaggaaggaaagtgtcaccaggatagtcaaaactttcccacaaaaagttct---------gagtgctgtttacatctttca 5447293  T
Q  434 caacaaggtttcccgaatccaaaagctgcacaataactgatttcaatgccgcagttcttgatgaat 499  Q
    ||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| |||||  ||| |||||||||||||||    
T  5447294 caacaaggtttcctgaatccaacaactgcacaacaactgttttcaccgccacagttcttgatgaat 5447359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 42 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 5853808 - 5853449
Alignment:
Q  42 atggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattcaagactct 141  Q
    ||||||||||| | | ||||||||| ||| ||| ||| |  ||| ||||||||||||  | |||||| ||||| ||||  | |||| |||||||||||||    
T  5853808 atggatctagctccattctagtaataattgaacggttcatagtttcatattgataagagaattctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactct 5853709  T
Q  142 atgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttgaggaaaa 241  Q
     || | | ||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||| || | ||| ||||||| || ||||| |||||||||||    
T  5853708 gtgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacaaaaatctttctcccttttcagtaaccagttgaggaaaa 5853609  T
Q  242 ccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaagttacttc 340  Q
    |||||  ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  5853608 ccatgcatatctatcctatatgaacactcaccttcagcaggatcttgagggcttctccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaaattacttt 5853509  T
Q  341 tcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaat 400  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5853508 tcagcttcattcccgcaaggaaattgttaccaggataatcaaaactttcccacaaaaaat 5853449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 168 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 5801978 - 5801747
Alignment:
Q  168 tgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttgaggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaa 267  Q
    ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||  |||||||||||||| |  ||||||||||||| ||| |    
T  5801978 tgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaactgttgctccctttgcagtaacaagttgaggaaaaccaggcatatctatcctatatgaaca 5801879  T
Q  268 ctcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaagttacttctcagcttcattccagcaagaaaagtg 366  Q
    |||||| ||||||||||||| || |  ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5801878 ctcaccttcagcaggatcttgagggcttctccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccaggaaggaaagtg 5801779  T
Q  367 tcaccaggataattaaaactttcccacaaaaa 398  Q
    | ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  5801778 ttaccaggatagtcaaaactttcccacaaaaa 5801747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 46 - 394
Target Start/End: Original strand, 5526306 - 5526655
Alignment:
Q  46 atctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattcaagactctatga 145  Q
    ||||||||| | ||||||| | ||| ||||||| || ||| ||||||||||||  |||||||| ||| | || || | |||| ||||||||||||||       
T  5526306 atctagcaccagtctagtattaattgaactgttcaaagtttcatattgataagagacttctttgtcactgaaaactactgagaaattcaagactctagac 5526405  T
Q  146 actatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttgaggaaaaccat 245  Q
    |   ||||||| | |   ||| ||||| || ||||||||||||  || ||||||||||||||| ||  ||||||| |  ||||| |||||||||||||||    
T  5526406 aaactttgccagggagaaccactgaaaagaaatccattccatggtcctcctctatacagaattcttgctccctttactgtaaccagttgaggaaaaccat 5526505  T
Q  246 gagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaagttacttctcag 344  Q
       |||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| || |  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5526506 ccatatcgatcctatatgaatactcaccttcagcaggatcttgagggtttctccaagaagtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcag 5526605  T
Q  345 cttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccaca 394  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||    
T  5526606 cttcattccagcaaggaaagtgttaccgggatagtcaaaactttcccaca 5526655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 35 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 25808909 - 25808453
Alignment:
Q  35 attccatatggatctagcacaaatctagtaatcattaaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacacaaatgagtaattca 134  Q
    ||||||| ||| |||||||| | ||||||||| ||| ||||| | || ||| ||||||| ||||  | |||||| ||||| || |  |  ||| ||||||    
T  25808909 attccatttgggtctagcacgactctagtaataattgaactgctcaaagtttcatattggtaagagatttctttgtcagtgaatattacagagaaattca 25808810  T
Q  135 agactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttg 234  Q
     ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||| | ||   || |||||| ||||| ||||    
T  25808809 tgactctatgcactctttgccaagaaacaccagtgaaaagaaatccattccatgaccctgctctatacagaaatattgccccgtttgcagtaaccagttg 25808710  T
Q  235 aggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaactcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtca-atatctatatggaccagtaactaag 333  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| || |  |||||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  25808709 aggaaaaccatgtgtatctatcttatacgaacactcaccttcagcaggatcttgagggcttctccatgatgtgagatatctatatggaccagtaactaag 25808610  T
Q  334 ttacttctcagcttcattccagcaagaaaagtgtcaccaggataattaaaactttcccacaaaaaatcctcattcttaaaacttttgcttgcatctttca 433  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||          | |  || || |||||||||    
T  25808609 ttacttttcagcttcattccaggaaggaaagtgtcaccaggatagtcaaaactttcccacaaaaagttct---------gagtgctgtttacatctttca 25808519  T
Q  434 caacaaggtttcccgaatccaaaagctgcacaataactgatttcaatgccgcagttcttgatgaat 499  Q
    ||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| |||||  ||| |||||||||||||||    
T  25808518 caacaaggtttcctgaatccaacaactgcacaacaactgttttcaccgccacagttcttgatgaat 25808453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1307 times since January 2019
Visitors: 3441