View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0527_low_1 (Length: 872)

Name: NF0527_low_1
Description: NF0527
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0527_low_1
NF0527_low_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (119-764)||(7287257-7287902)
chr8 (508-765)||(7282959-7283216)
chr8 (508-764)||(7270999-7271255)
chr8 (638-738)||(7260356-7260456)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (521-761)||(19143857-19144097)
chr2 (521-761)||(19623406-19623646)
chr2 (521-747)||(15337234-15337460)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (508-747)||(13491895-13492134)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (508-761)||(5568569-5568822)
chr3 (508-761)||(5550577-5550830)
chr3 (502-767)||(5635075-5635339)
chr3 (521-761)||(5559136-5559376)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (508-747)||(9485275-9485514)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (508-747)||(3026451-3026690)
[»] scaffold0284 (1 HSPs)
scaffold0284 (521-747)||(4607-4833)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 119 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 7287902 - 7287257
Alignment:
Q  119 atacctgataagcaccggatcttaaaaagttaagactgtatcattaaagatggtcttataattcaaccgattgaactaattgattcaattttacaaacat 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7287902 atacctgataggcaccggatcttaaaagattaagagtgtatcattaaagatggtcttataattgaaccgattgaactaattgattcaattttacaaacat 7287803  T
Q  219 taatatcgtcttctatagtcattgcccatagctaaaaggatagaagtcaaaaaagagagacatgaaccaagaaatgtgtgacacaatttattgtttcatt 318  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7287802 taatatcgtcatctatagtcattgcccatagctaaaaggatagaagtcaaaaaagagagacatgaaccaagaaatgtgtgacacaatttattgtttcatt 7287703  T
Q  319 aatataagtagcttgctcgctaaatcatccaaccgtatatcttgacatttgagataggtataacatagaaatgaataaaataaaacacacacgtacacat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7287702 aatataagtagcttgctcgctaaatcatccaaccgcatatcttgacatttgagataggtataacatagaaatcaataaaataaaacacacacgtacacat 7287603  T
Q  419 acaaacaaatgcatcacttaaaggtgatgaattattggaacaaacaatacaagaaagagttgagtatgatcataagcaataatatcctaatatacctaac 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7287602 acaaacaaatgcatcacttaaaggtgatgaattattggaacaaacaatacaagaaagagttgagtatgatcataagcaataatatcctaatatacctaac 7287503  T
Q  519 ctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattggaaaacaaaag 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7287502 ctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattggaaaacaaaag 7287403  T
Q  619 aagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgcaacatcccttgg 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7287402 aagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcttttcccttaccagaattaacttgaaaatgcaacatcccttgg 7287303  T
Q  719 ggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaactg 764  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7287302 ggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtttttgaataaactg 7287257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 508 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 7283216 - 7282959
Alignment:
Q  508 atatacctaacctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattg 607  Q
    |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  7283216 atatccctaccctcttccaccaaaacgtgcctttagcttctgcacttgtgcaagatcaaggaaagtagtttgtgccaccaattcagaaggtaaattattc 7283117  T
Q  608 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  7283116 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccagggttagcactactaaatgtaagaaaagcagtagcttttcccttaccagtgttaatttgaaaatgca 7283017  T
Q  708 acatcccttggggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaactga 765  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7283016 acatcccctgtggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtcttagaataaactga 7282959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 508 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 7271255 - 7270999
Alignment:
Q  508 atatacctaacctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattg 607  Q
    |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||     
T  7271255 atatccctaccctcttccaccaaaacgtgcctttagcttctgcacttgtgcaagatcaaggaaagtagtttgtgccaccaattgagaaggtaaattattc 7271156  T
Q  608 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  7271155 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccagggttagcactactaaaagtaagaaaagcagttgcttttcccttaccagtgttaatttgaaaatgca 7271056  T
Q  708 acatcccttggggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaactg 764  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7271055 acatcccttgtggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtcttagaataaactg 7270999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 638 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 7260456 - 7260356
Alignment:
Q  638 ccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgcaacatcccttggggaaaaaccataagatcac 737  Q
    |||||| | ||||||||||||  |  |||||||  ||| |||| |||||||| | || |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||    
T  7260456 ccaggactagcactactaaaaacagcaaaagcaacagcatttctcttaccagcagtagcttgaaaatgcaacaaaccttgtggaaaaaccataagctcac 7260357  T
Q  738 c 738  Q
    |    
T  7260356 c 7260356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 117; Significance: 4e-59; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 521 - 761
Target Start/End: Original strand, 19143857 - 19144097
Alignment:
Q  521 cttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattggaaaacaaaagaa 620  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| | ||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  19143857 cttccaccaaattgagcctttaacttcttcacttgagcaagatcaagcagagttgtttgtgcaactaaattagaaggtaacttattcgcaaacaaaagaa 19143956  T
Q  621 gatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgcaacatcccttgggg 720  Q
    ||||||||| || || || ||||||| || |||||| || |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||    
T  19143957 gatcaagtattttagtacgaggattttcattactaagagcaccaaaagcagtagcttttcccttaccagaattaactgcaaaatgcaacatcccttttgg 19144056  T
Q  721 aaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaa 761  Q
    |||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19144057 aaaaacaaaaatatcacccggtttcaacgtcttagaataaa 19144097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 521 - 761
Target Start/End: Original strand, 19623406 - 19623646
Alignment:
Q  521 cttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattggaaaacaaaagaa 620  Q
    |||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| |||||||| || ||||||  |||||||||||    
T  19623406 cttccaccaaattgagcctttaatttcttcacttgagcaagatctagtaaagtagtttgtgcaattaaatcagaaggcaacttattgccaaacaaaagaa 19623505  T
Q  621 gatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgcaacatcccttgggg 720  Q
     |||||||| ||||| |  ||||||| |||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||    
T  19623506 tatcaagtatttgagtagtaggattttcactactaaaagcaccaaaagcagtagcttttcccttaccagaattaactgcaaaatgcaacattccttgtgg 19623605  T
Q  721 aaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaa 761  Q
    |||||| |||| |||||| |||||||||  ||| |||||||    
T  19623606 aaaaacaataatatcacctggtttcaacaacttggaataaa 19623646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 521 - 747
Target Start/End: Original strand, 15337234 - 15337460
Alignment:
Q  521 cttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattggaaaacaaaagaa 620  Q
    |||||||||||   |||||| | ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  |||||  ||||||| || ||||||  |||||||||||    
T  15337234 cttccaccaaatttagccttcaacttcttcacttgagcgagatctagcaaagtagtttgtgaaactaaaccagaaggcaacttattgccaaacaaaagaa 15337333  T
Q  621 gatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgcaacatcccttgggg 720  Q
     ||||||||  |||| |   |||||| |||||||||||| |  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||| ||    
T  15337334 catcaagtatatgagtagtgggattttcactactaaaagcaccaaaagcagtagcttttcccttacctgaattaaccgcaaaatgcaacattccttgtgg 15337433  T
Q  721 aaaaaccataagatcacccggtttcaa 747  Q
    |||||| | || |||||||| ||||||    
T  15337434 aaaaacaaaaacatcacccgatttcaa 15337460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 508 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 13492134 - 13491895
Alignment:
Q  508 atatacctaacctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattg 607  Q
    |||| |||| || |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||| | ||||||||| ||||||    
T  13492134 atattcctatccacttccaccaaaatgagcctttaacttcttcacttgatcaagatcaagcaaagtagtttgtgcaattaaattagaaggtaacttattg 13492035  T
Q  608 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgca 707  Q
    | |||||||||||||||||||  |||| ||  ||||||| || ||||| ||| |  |||| ||| |||  ||||||| || || ||||||  ||||||||    
T  13492034 gcaaacaaaagaagatcaagttgttgaacagtaggattttcattactataagcagcaaaaccagcagctgttcccttgccggagttaactacaaaatgca 13491935  T
Q  708 acatcccttggggaaaaaccataagatcacccggtttcaa 747  Q
    |||||||||| |||| ||| | ||||||||| | ||||||    
T  13491934 acatcccttgtggaataacgaaaagatcacctgatttcaa 13491895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 58; Significance: 6e-24; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 508 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 5568822 - 5568569
Alignment:
Q  508 atatacctaacctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattg 607  Q
    |||| |||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||||| |  ||||||    
T  5568822 atattcctacccacttccaccaaaacgagcctttaacttcttcacttgatcaatatcaagaagggtagtttttgcaactaaatcagaaggaagcttattg 5568723  T
Q  608 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgca 707  Q
    | ||||||||||  |||||||   |||     ||||||| ||||||||||| | | | || || |||| |||||||| ||||||||||    |||||| |    
T  5568722 gcaaacaaaagagaatcaagtgtatgaattgtaggattttcactactaaaacttacataaccaatagcttttcccttgccagaattaatggcaaaatgta 5568623  T
Q  708 acatcccttggggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaa 761  Q
    ||||||||| ||||| ||| | || |||||||| |||||||  ||| |||||||    
T  5568622 acatccctttgggaacaacgaaaacatcacccgctttcaacaccttggaataaa 5568569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 508 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 5550830 - 5550577
Alignment:
Q  508 atatacctaacctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattg 607  Q
    |||| |||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||||| |  ||||||    
T  5550830 atattcctacccacttccaccaaaacgagcctttaacttcttcacttgctcaagatcaagaagggtagtttttgcaactaaatcagaaggaagtttattg 5550731  T
Q  608 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgca 707  Q
    | ||||||||||  |||||||   |||     ||||||| ||||||||||| ||| | || || |||| |||||||| |||||||||| |  |||||| |    
T  5550730 gcaaacaaaagagaatcaagtgtatgaattgtaggattttcactactaaaactaacataaccaatagcttttcccttgccagaattaattgcaaaatgta 5550631  T
Q  708 acatcccttggggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaa 761  Q
     ||||||||  ||||  || | || |||||||| |||||||  ||| |||||||    
T  5550630 gcatcccttttggaacgacaaaaacatcacccgctttcaacaccttggaataaa 5550577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 502 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 5635339 - 5635075
Alignment:
Q  502 atcctaatatacctaacctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaa 601  Q
    ||||| |||| |||| || ||||||||||||  | | |||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||| | |||||| |||    
T  5635339 atccttatattcctacccacttccaccaaacaca-cttttaacttcttcacttgatcaagatcaatgaaagtagtttgtgcaactaaattagaaggcaaa 5635241  T
Q  602 ttattggaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaa 701  Q
     | |||  |||||||||| |||||||||  ||||  | ||||||| |||||||| ||  || | |||   |||| ||||||||||| ||||||  |  ||    
T  5635240 ctgttgctaaacaaaagatgatcaagtatgtgagttctaggattttcactactataaaaaacataagttttagcttttcccttacctgaattagttgcaa 5635141  T
Q  702 aatgcaacatcccttggggaaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaactgatg 767  Q
    |||| ||||||||||  |||| ||| | ||||||||||  ||| |||  ||| |||||||||||||    
T  5635140 aatgtaacatcccttttggaataacaaaaagatcacccaattttaacaccttagaataaactgatg 5635075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 521 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 5559376 - 5559136
Alignment:
Q  521 cttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattggaaaacaaaagaa 620  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||||| |  ||||||| ||||||||||     
T  5559376 cttccaccaaaacgagcctttaatttcttcacttgattaagatcaagaagggtagtttttgcaactaaatcagaaggaagcttattggcaaacaaaagag 5559277  T
Q  621 gatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgcaacatcccttgggg 720  Q
     |||||||   |||     ||||||| ||||||||||| ||| | || || |||| |||||||| |||||||||| |  |||||| | ||||||||  ||    
T  5559276 aatcaagtgtatgaattgtaggattttcactactaaaactaacataaccaatagcttttcccttgccagaattaattgcaaaatgtagcatcccttttgg 5559177  T
Q  721 aaaaaccataagatcacccggtttcaacgtctttgaataaa 761  Q
    ||  || | || |||||||| |||||||  ||| |||||||    
T  5559176 aacgacaaaaacatcacccgctttcaacaccttggaataaa 5559136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 508 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 9485514 - 9485275
Alignment:
Q  508 atatacctaacctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattg 607  Q
    |||| ||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  | |||||||||||  ||||| | |||||| || ||||||    
T  9485514 atattcctaaccgcttccaccaaaatgagcctttaacttcttcacttgatcaacatcaatgagagtagtttgtgaaactaaattagaaggcaatttattg 9485415  T
Q  608 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgca 707  Q
      ||| ||||| | ||| ||||| |||  |  ||||||| |||||||||||  || | ||||||||||   |||||||||||||||||    |||||| |    
T  9485414 ccaaataaaaggaaatctagtaagtgaatagtaggattttcactactaaaaaaaacataagcagtagctactcccttaccagaattaaggacaaaatgta 9485315  T
Q  708 acatcccttggggaaaaaccataagatcacccggtttcaa 747  Q
    |||||||||  |||| ||| | ||||||||| ||||||||    
T  9485314 acatcccttatggaacaacaaaaagatcacctggtttcaa 9485275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 508 - 747
Target Start/End: Original strand, 3026451 - 3026690
Alignment:
Q  508 atatacctaacctcttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattg 607  Q
    |||| ||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  | |||||||||||  ||||| | |||||| || ||||||    
T  3026451 atattcctaaccgcttccaccaaaatgagcctttaacttcttcacttgatcaacatcaatgagagtagtttgtgaaactaaattagaaggcaatttattg 3026550  T
Q  608 gaaaacaaaagaagatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgca 707  Q
      ||| ||||| | ||| ||||| |||  |  ||||||| |||||||||||  || | |||| |||||   |||||||||||||||||    |||||| |    
T  3026551 ccaaataaaaggaaatctagtaagtgaatagtaggattttcactactaaaaaaaacataagcggtagctactcccttaccagaattaaggacaaaatgta 3026650  T
Q  708 acatcccttggggaaaaaccataagatcacccggtttcaa 747  Q
    |||||||||  |||| ||| | ||||||||| ||||||||    
T  3026651 acatcccttctggaacaacaaaaagatcacctggtttcaa 3026690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0284 (Bit Score: 51; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0284
Description:

Target: scaffold0284; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 521 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 4833 - 4607
Alignment:
Q  521 cttccaccaaaccgagcctttagcttcttcacttgagcaagatcaagaaaagtagtttgtgccactaactcagaaggtaaattattggaaaacaaaagaa 620  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  | |||||||||||  ||||| | ||| || || ||||||  |||||||||||    
T  4833 cttccaccaaaatgagcctttaacttcttcacttgatcaagaccaatgagagtagtttgtgaaactaaattagatggcaatttattgccaaacaaaagaa 4734  T
Q  621 gatcaagtaattgagcaccaggatttgcactactaaaagtaagaaaagcagtagcctttcccttaccagaattaacttgaaaatgcaacatcccttgggg 720  Q
      || ||||| ||| ||  ||||||| |||||||||||| || | | ||||||||   ||||||||| | |||||    |||||| ||||||||||| ||    
T  4733 agtctagtaagtgaacagtaggattttcactactaaaagaaacataggcagtagctactcccttaccggtattaaggacaaaatgtaacatcccttgtgg 4634  T
Q  721 aaaaaccataagatcacccggtttcaa 747  Q
    || ||| | ||||||||| ||||||||    
T  4633 aacaacaaaaagatcacctggtttcaa 4607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 859 times since January 2019
Visitors: 3657