View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0543_low_39 (Length: 257)

Name: NF0543_low_39
Description: NF0543
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0543_low_39
NF0543_low_39
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (1-239)||(2593281-2593519)
chr5 (5-177)||(28832902-28833074)
chr5 (5-170)||(25451871-25452036)
chr5 (72-177)||(28806794-28806899)
chr5 (72-177)||(33768949-33769054)
chr5 (5-174)||(40222136-40222305)
chr5 (5-177)||(43592964-43593136)
chr5 (5-177)||(43625758-43625930)
chr5 (72-170)||(31401071-31401169)
chr5 (72-169)||(37560673-37560770)
chr5 (95-168)||(19589230-19589303)
chr5 (72-177)||(27445743-27445848)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (5-177)||(33037005-33037177)
chr8 (5-177)||(18869742-18869914)
chr8 (5-177)||(26297226-26297398)
chr8 (5-177)||(26310483-26310655)
chr8 (5-177)||(19751607-19751779)
chr8 (5-170)||(28332009-28332174)
chr8 (5-177)||(26402397-26402569)
chr8 (54-169)||(33494364-33494479)
chr8 (5-170)||(4813128-4813293)
chr8 (5-170)||(16753162-16753327)
chr8 (72-177)||(35741299-35741404)
chr8 (5-169)||(10688344-10688508)
chr8 (73-177)||(34586886-34586990)
chr8 (98-170)||(590191-590263)
chr8 (98-170)||(25684021-25684093)
chr8 (5-170)||(28894878-28895043)
chr8 (122-174)||(14602402-14602454)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (5-177)||(18409509-18409681)
chr7 (5-177)||(24275950-24276122)
chr7 (5-177)||(21983976-21984148)
chr7 (5-177)||(20000444-20000616)
chr7 (95-177)||(9189218-9189300)
chr7 (5-170)||(3320690-3320855)
chr7 (5-177)||(12397602-12397774)
chr7 (5-177)||(21640533-21640705)
chr7 (72-177)||(16880837-16880942)
chr7 (72-177)||(24265395-24265500)
chr7 (5-170)||(25404771-25404936)
chr7 (5-170)||(7074165-7074330)
chr7 (5-62)||(30246475-30246532)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (5-177)||(1306714-1306886)
chr3 (5-177)||(6793938-6794110)
chr3 (5-177)||(22172380-22172552)
chr3 (5-174)||(10094708-10094877)
chr3 (5-174)||(10201594-10201763)
chr3 (72-177)||(8513004-8513109)
chr3 (72-177)||(32476250-32476355)
chr3 (5-170)||(47878791-47878956)
chr3 (5-170)||(54192622-54192787)
chr3 (5-177)||(3327560-3327732)
chr3 (5-169)||(10901124-10901288)
chr3 (5-192)||(4386205-4386392)
chr3 (72-177)||(2676292-2676397)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (5-177)||(16628064-16628236)
chr4 (5-177)||(18856419-18856591)
chr4 (74-177)||(6742608-6742711)
chr4 (5-177)||(3778281-3778453)
chr4 (5-177)||(9228404-9228576)
chr4 (5-164)||(5143976-5144135)
chr4 (95-177)||(3792205-3792287)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (5-177)||(39483609-39483781)
chr2 (72-177)||(19345187-19345292)
chr2 (5-170)||(22713136-22713301)
chr2 (5-165)||(31056801-31056961)
chr2 (5-170)||(2740319-2740484)
chr2 (5-170)||(39686361-39686526)
chr2 (5-170)||(30478391-30478556)
chr2 (98-170)||(20050757-20050829)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (5-168)||(47102061-47102224)
chr1 (72-193)||(47703092-47703213)
chr1 (5-170)||(9525842-9526007)
chr1 (72-177)||(41391362-41391467)
chr1 (72-169)||(19360638-19360735)
chr1 (125-169)||(13599206-13599250)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (72-177)||(13502-13607)
scaffold0197 (72-177)||(18381-18486)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (5-170)||(13882853-13883018)
chr6 (5-170)||(31249353-31249518)
chr6 (72-177)||(33335148-33335253)
chr6 (5-170)||(35201965-35202130)
chr6 (96-177)||(14741643-14741724)
chr6 (5-168)||(24435154-24435317)
[»] scaffold1764 (1 HSPs)
scaffold1764 (5-170)||(833-998)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (72-177)||(1457-1562)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (125-169)||(6491-6535)
scaffold0006 (125-169)||(7003-7047)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 2593281 - 2593519
Alignment:
Q  1 aaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2593281 aaatcaatgcttgaaccttgatctaagaaatgatttagtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatgtttttcaacaacaatttccttggattca 2593380  T
Q  101 atcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtggacgatactttggctagtacaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2593381 atcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatggtacacttgttgatttgtcaagtggacggtactttggctagtacaat 2593480  T
Q  201 gcgtcttcagtatctttgagtgtgattcctaactcacca 239  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2593481 gcgtcttcagtatctttgaatgtgattcctaactcacca 2593519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 28832902 - 28833074
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||  |   |||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  28832902 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgaattggtaaacacatccgccagattctcttccgatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 28833001  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  28833002 tgtctcgaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 28833074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 25452036 - 25451871
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  25452036 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 25451937  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  25451936 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 25451871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 28806899 - 28806794
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||||||||| || || || |||| |||||||| ||| | |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  28806899 ctttttcaaccacgatctctttggtttcaatcatgtcactgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 28806800  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  28806799 caagtg 28806794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 33768949 - 33769054
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  33768949 ctttctcaaccacaatctcttttgtttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 33769048  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  33769049 caagtg 33769054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 40222305 - 40222136
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||| |||| ||   |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  40222305 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattttcttccgttgccactttctccaccatgatctcctttgtctcaatca 40222206  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaa 174  Q
     ||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||    
T  40222205 tgtctctgacgaaatgcaaacgaatgtcaatgtgttttgttctttcatgatatacctgatgatttgtcaa 40222136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 43592964 - 43593136
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  43592964 caatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 43593063  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || |  ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43593064 tgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcgatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 43593136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 43625758 - 43625930
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  43625758 caatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 43625857  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || |  ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43625858 tgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcgatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 43625930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 72 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 31401169 - 31401071
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31401169 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttg 31401071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 37560770 - 37560673
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 169  Q
    |||| ||||| ||||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  37560770 ctttctcaaccacaatctcttttgtttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgattt 37560673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 95 - 168
Target Start/End: Original strand, 19589230 - 19589303
Alignment:
Q  95 gattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatt 168  Q
    |||||||||| |||||  ||||| || ||  |||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  19589230 gattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagtgaatgtcaatgtgcttagtcccctcatgatacacttgatgatt 19589303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 27445743 - 27445848
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||     
T  27445743 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcgatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgaattgc 27445842  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  27445843 caagtg 27445848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 33037177 - 33037005
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  |||||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  33037177 caatgcttgaatcttgatctaggtaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccactttttcaaccacaatctcttttgattcaatca 33037078  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33037077 tgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 33037005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 18869914 - 18869742
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  18869914 caatgcttgaatcttgatctaggtaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 18869815  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18869814 tgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 18869742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 26297226 - 26297398
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||| ||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  26297226 caatgtttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 26297325  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26297326 tgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 26297398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 26310483 - 26310655
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||| ||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  26310483 caatgtttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 26310582  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26310583 tgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 26310655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 19751779 - 19751607
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||  |  ||||| |||| |||  |  ||||||| || | ||| ||  | ||||||||||    
T  19751779 caatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacacatccgccggattctcttccgatgccactttttccaccataatctctcttgattcaatca 19751680  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19751679 tgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtgctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 19751607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 28332174 - 28332009
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  28332174 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 28332075  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28332074 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacctgatgatttg 28332009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 26402569 - 26402397
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    |||| |||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||  |   |||| ||||||||  |  ||||||| || |||||| | || ||||||||||    
T  26402569 caatacttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacatccgccagattctctttcgatgccactttttccaccacaattacttttgattcaatca 26402470  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  26402469 tgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacatttgatgattcgccaagtg 26402397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 54 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 33494479 - 33494364
Alignment:
Q  54 gattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatg 153  Q
    |||| ||||| ||| || |||||||| | |||||||| || || ||||||| |||||  | ||| || |||||||| |||||||| || ||||||| |||    
T  33494479 gattctcttttgaagcaactttttcagccacaatttcttttgactcaatcatgtctctaataaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctctaatg 33494380  T
Q  154 atacacttgatgattt 169  Q
    ||||||||||||||||    
T  33494379 atacacttgatgattt 33494364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 4813128 - 4813293
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  4813128 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 4813227  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4813228 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 4813293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 16753162 - 16753327
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  16753162 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 16753261  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  16753262 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 16753327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 35741299 - 35741404
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  35741299 ctttctcaaccacaatctcttttgtttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 35741398  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  35741399 caagtg 35741404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 10688508 - 10688344
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| |||||| || ||| ||| |||||||||||||  |||||||| || | |||  |  |||||| ||| ||||| || || ||||||||||    
T  10688508 caatgcttgaatcttgatttaggtaatgacttggtgaacacatccgttggattctcctccgatgccacttttttaaccacaatctcttttgattcaatca 10688409  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 169  Q
     |||||  ||||| || |  | ||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  10688408 tgtctctaacaaagtgcagtctaatgtctatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgattt 10688344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 73 - 177
Target Start/End: Original strand, 34586886 - 34586990
Alignment:
Q  73 tttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtc 172  Q
    |||||| || ||||| || || |||||||||| |||||  | ||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |    
T  34586886 tttttccaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaataaagtgcaagcgaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgattcgcc 34586985  T
Q  173 aagtg 177  Q
    |||||    
T  34586986 aagtg 34586990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 590263 - 590191
Alignment:
Q  98 tcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
    ||||||| ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  590263 tcaatcatgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 590191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 25684093 - 25684021
Alignment:
Q  98 tcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
    ||||||| ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25684093 tcaatcatgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 25684021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 28895043 - 28894878
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  28895043 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 28894944  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
      |||  ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  28894943 tatctttgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 28894878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 122 - 174
Target Start/End: Original strand, 14602402 - 14602454
Alignment:
Q  122 aaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaa 174  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  14602402 aaacgaatgtcaatgtatttcgtcctttcatgatacatttaatgatttgtcaa 14602454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 18409509 - 18409681
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | | | |||||||||||||| |  ||||| |||| |||  |  | |||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  18409509 caatgcttgaaccttgatctaggcaataacttggtgaacacattcgccggattctcttccgatgccaccttttcaaccacaatctcttttgattcaatca 18409608  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     ||||| |||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18409609 tgtctctgacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 18409681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24276122 - 24275950
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||  || ||||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  24276122 caatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacacatccgtcggattctcttccgatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 24276023  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24276022 tgtctcttacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtcctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 24275950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 21983976 - 21984148
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||||| || |||||| |||| |||  |   |||||| || || || || || ||||||||||    
T  21983976 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacatctgctggattctcttccgatgccattttttccaccacgatctcttttgattcaatca 21984075  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  21984076 tgtctcttacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 21984148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 20000444 - 20000616
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  | |||||| || | |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  20000444 caatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgctggattctcctccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 20000543  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || | |||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20000544 tgtctctaacaaagtgcagacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 20000616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 9189300 - 9189218
Alignment:
Q  95 gattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
    |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9189300 gattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 9189218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 3320690 - 3320855
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  3320690 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 3320789  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3320790 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttg 3320855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 12397602 - 12397774
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  12397602 caatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 12397701  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12397702 tgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 12397774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 21640533 - 21640705
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  21640533 caatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 21640632  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21640633 tgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 21640705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 16880837 - 16880942
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  16880837 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 16880936  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  16880937 caagtg 16880942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24265500 - 24265395
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  24265500 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 24265401  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  24265400 caagtg 24265395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 25404936 - 25404771
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  25404936 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 25404837  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25404836 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 25404771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 7074330 - 7074165
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    |||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  7074330 caatgcttgaactttgctcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 7074231  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| | |||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7074230 tgtctcggacgaagtgcaaacgaatgtaaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 7074165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 30246532 - 30246475
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctt 62  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||||||||    
T  30246532 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtctt 30246475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 1306714 - 1306886
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  | |||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  1306714 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccaccttttcaaccacaatctcttttgattcaatca 1306813  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1306814 tgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 1306886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 6794110 - 6793938
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||| |  ||||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  6794110 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacattcgccggattctcttccgatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 6794011  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||    
T  6794010 tgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacactttatgattcgccaagtg 6793938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 22172552 - 22172380
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  22172552 caatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttttcaaccacaatctcttttgattcaatca 22172453  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22172452 tgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 22172380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 174
Target Start/End: Original strand, 10094708 - 10094877
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  10094708 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 10094807  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaa 174  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  10094808 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttgtcaa 10094877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 174
Target Start/End: Original strand, 10201594 - 10201763
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  10201594 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 10201693  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaa 174  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  10201694 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttgtcaa 10201763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 8513004 - 8513109
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  8513004 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 8513103  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  8513104 caagtg 8513109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 32476250 - 32476355
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  32476250 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 32476349  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  32476350 caagtg 32476355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 47878791 - 47878956
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  47878791 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 47878890  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     |||||  || || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  47878891 tgtctcttacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 47878956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 54192787 - 54192622
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || |  |  || ||||| |  |||||||    
T  54192787 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctatcatgatctcctttgtctcaatca 54192688  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  54192687 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 54192622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 3327732 - 3327560
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| | | ||||| |||||||  |  ||||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  3327732 caatgcttgaatcttgatctaggtaattacttggttaacacatccgccggattctcttccgatgccactttttctaccacaatctcttttgattcaatca 3327633  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || ||   ||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3327632 tgtctctaacaaagtgcaagaaaatgtgaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 3327560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 10901288 - 10901124
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||| |||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  10901288 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattttcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 10901189  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 169  Q
     ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||    
T  10901188 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgattt 10901124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 4386392 - 4386205
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||  |   |||| ||||||||  || |||| || || ||||| || || ||||||||||    
T  4386392 caattcttgaaccttgatctaggtaatgacttagtgaacacatccgccagattctctttcgatgcaactttctccaccacaatctctttcgattcaatca 4386293  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtggacgatactttggct 192  Q
     ||||   ||||| || || ||||| |||||| | ||  |||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |  |||||||||    
T  4386292 tgtctttcacaaagtgcaagcgaatgtcaatgggctttatcctctaatgatacacttgatgattcgccaagtggatggcactttggct 4386205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 2676397 - 2676292
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || | |||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  2676397 ctttctcaaccacaatctcttttgtttcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 2676298  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  2676297 caagtg 2676292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 16628236 - 16628064
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||  |   |||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  16628236 caatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacacatccgccagattctcttccgatgccactttttccaccacaatatcttttgattcaatca 16628137  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || ||  |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16628136 tgtctctaacaaagtgcaagtgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 16628064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 18856419 - 18856591
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||| ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  18856419 caatgcttgaatcttgatcgaggtaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaaccacaatctcttttgattcaatca 18856518  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || | |||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18856519 tgtctctaacaaagtgcagacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 18856591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 74 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 6742711 - 6742608
Alignment:
Q  74 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtca 173  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  6742711 ttttcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgattcgcca 6742612  T
Q  174 agtg 177  Q
    ||||    
T  6742611 agtg 6742608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 3778281 - 3778453
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | | ||||| |||||||  |  ||||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  3778281 caatgcttgaaccttgatctaggtaatcacttggtaaacacatccgccggattatcttccgatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 3778380  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
      ||||  ||||| || || ||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3778381 tatctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgcgctttgtcctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 3778453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 9228576 - 9228404
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  9228576 caatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaactacaatctcttttgattcaatca 9228477  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9228476 tgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 9228404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Original strand, 5143976 - 5144135
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||  || ||||| ||||||||  |  | ||| | || || || || || |||| || ||    
T  5143976 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgatttggtaaacacatccgtcggattctctttcgatgccacctttaccaccacgatatcttttgatttaacca 5144075  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgat 164  Q
     ||||| |||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  5144076 tgtctctgacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgat 5144135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 95 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 3792287 - 3792205
Alignment:
Q  95 gattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
    |||||||||| |||||  ||||| || || | ||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3792287 gattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcaaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 3792205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 177
Target Start/End: Original strand, 39483609 - 39483781
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  | |||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  39483609 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccaccttttcaaccacaatctcttttgattcaatca 39483708  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  39483709 tgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgcttagttctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 39483781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 19345187 - 19345292
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  19345187 ctttctcaaccacaatctcttttgtttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 19345286  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  19345287 caagtg 19345292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 22713136 - 22713301
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  22713136 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 22713235  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     |||||  || || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  22713236 tgtctcttacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 22713301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 165
Target Start/End: Original strand, 31056801 - 31056961
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||||| ||  ||||| |||| | |  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  31056801 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacatatgccggattctcttccaatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 31056900  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatg 165  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||    
T  31056901 tgtctctaacaaagtggaagcgaatgtcaatgtgcttaatcctttcatgatacacttgatg 31056961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 2740484 - 2740319
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    |||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  2740484 caatgcttgaactttgctcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 2740385  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2740384 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatggtttg 2740319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 39686526 - 39686361
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  |  ||||| |  |||||||    
T  39686526 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgagctccttagtctcaatca 39686427  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  39686426 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 39686361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 30478556 - 30478391
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||| |||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  30478556 caatgcttgaaccgtgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattttcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 30478457  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     |||||  || || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  30478456 tgtctcttacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 30478391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 170
Target Start/End: Original strand, 20050757 - 20050829
Alignment:
Q  98 tcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
    ||||||| ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||    
T  20050757 tcaatcatgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgttctttcatgatatacctgatgatttg 20050829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 47102224 - 47102061
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||| |   |||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  47102224 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacattcgcctgattctcttccgatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 47102125  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatt 168  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  47102124 tgtctctaacaaagtgtaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatt 47102061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 72 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 47703213 - 47703092
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    ||||||| || ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |     
T  47703213 ctttttccaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgattcgc 47703114  T
Q  172 caagtggacgatactttggcta 193  Q
    |||||| | || ||||||||||    
T  47703113 caagtgaatgacactttggcta 47703092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 9526007 - 9525842
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  9526007 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 9525908  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9525907 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttg 9525842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Original strand, 41391362 - 41391467
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  41391362 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 41391461  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  41391462 caagtg 41391467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 19360735 - 19360638
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 169  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || ||  |||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  19360735 ctttatcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagggaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacgtgatgattt 19360638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 169
Target Start/End: Original strand, 13599206 - 13599250
Alignment:
Q  125 cgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 169  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  13599206 cgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattt 13599250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 13607 - 13502
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  13607 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 13508  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  13507 caagtg 13502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 18486 - 18381
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  18486 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 18387  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  18386 caagtg 18381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 13883018 - 13882853
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  13883018 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 13882919  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  13882918 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 13882853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 31249353 - 31249518
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  31249353 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 31249452  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  31249453 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 31249518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 33335253 - 33335148
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||| ||||| ||||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  33335253 ctttctcaaccacaatctcttttgcttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 33335154  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  33335153 caagtg 33335148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 35201965 - 35202130
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  35201965 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 35202064  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  35202065 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 35202130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 96 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 14741724 - 14741643
Alignment:
Q  96 attcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 177  Q
    ||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14741724 attcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 14741643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24435317 - 24435154
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||| ||  |  ||| | |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  24435317 caatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacatatccgccggactttcttccgatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 24435218  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatt 168  Q
     || ||   |||| | ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  24435217 tgtttctatcaaagttaaagcgaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatgcacttgatgatt 24435154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1764 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold1764
Description:

Target: scaffold1764; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 998 - 833
Alignment:
Q  5 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 104  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||||||||  ||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  998 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttctgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 899  T
Q  105 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 170  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || || || |||||||| |||||||||||||    
T  898 tgtctctgactaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgttctttcatgatatacttgatgatttg 833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 1562 - 1457
Alignment:
Q  72 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 171  Q
    |||||||||| || || || || | |||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  1562 ctttttcaaccacgatctcttttgcttcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 1463  T
Q  172 caagtg 177  Q
    ||||||    
T  1462 caagtg 1457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 169
Target Start/End: Original strand, 6491 - 6535
Alignment:
Q  125 cgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 169  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  6491 cgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattt 6535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 169
Target Start/End: Original strand, 7003 - 7047
Alignment:
Q  125 cgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 169  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  7003 cgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattt 7047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 554 times since January 2019
Visitors: 3653