View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0547_low_61 (Length: 360)

Name: NF0547_low_61
Description: NF0547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0547_low_61
NF0547_low_61
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (35-333)||(4841809-4842107)
chr3 (36-295)||(4835124-4835384)
chr3 (42-293)||(4852464-4852716)
chr3 (42-296)||(4856435-4856694)
chr3 (42-296)||(4878170-4878429)
chr3 (31-212)||(4871505-4871686)
chr3 (31-212)||(4845746-4845927)
chr3 (31-296)||(4860722-4860975)
chr3 (31-296)||(4880729-4880982)
chr3 (56-223)||(4826402-4826570)
chr3 (191-326)||(4868569-4868700)
chr3 (191-326)||(4842873-4843004)
chr3 (236-294)||(4846025-4846083)
chr3 (183-223)||(4837426-4837466)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (56-187)||(21703756-21703888)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 35 - 333
Target Start/End: Original strand, 4841809 - 4842107
Alignment:
Q  35 tgcaaaatgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattattgtg 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841809 tgcaaaatgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggatttagccattttaagaagtgatattattattgtg 4841908  T
Q  135 ttggtgcataagacataggaagttaactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaaaattat 234  Q
    ||||||||||| ||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  4841909 ttggtgcataatacatatggaattaactggttttatactaattagagactcaatgtgagtttatggtcaatctaagttatttactaaatgtcaaaattat 4842008  T
Q  235 gtatgaattgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttgatgatcactaactatccttaatttcattttccatacatcaagac 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4842009 gtatgaattgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttgatgatcattaactatccttaatttcattttccatacagcaagac 4842107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 36 - 295
Target Start/End: Original strand, 4835124 - 4835384
Alignment:
Q  36 gcaaaatgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattatt-gtg 134  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4835124 gcaaaatgttgaggaccaaacataagagcagcaaggaataccactagcaaggataagaaaaaggatttagccattttaagaagtgatattattattagtg 4835223  T
Q  135 ttggtgcataagacataggaagttaactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaaaattat 234  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  4835224 ttggtgcataatacatatggagttaactggttttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatcaaagtcatttactaaatgtcaaaattgt 4835323  T
Q  235 gtatgaattgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttgatgatc 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  4835324 gtatgaattgaattattcaacaatgttacaaggtccatgtatttgctactacttgatgatc 4835384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 42 - 293
Target Start/End: Original strand, 4852464 - 4852716
Alignment:
Q  42 tgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattatt-gtgttggtg 140  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4852464 tgttgaggagcaagcataaaagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaatgaattagccattttaagaagtgatataattattagtgttggtg 4852563  T
Q  141 cataagacataggaagttaactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaaaattatgtatga 240  Q
    ||||| ||||| | |||  ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  4852564 cataatacatatggagtatactggttttatactagttagagactcaatgtgagtttatggtcgatctaagtcatttactaaatgtcaaaattgtgtatga 4852663  T
Q  241 attgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttgatga 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||    
T  4852664 attgaattattcaacaatgttacaagttccatgtagttgctactagtttatga 4852716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 42 - 296
Target Start/End: Original strand, 4856435 - 4856694
Alignment:
Q  42 tgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattatt-gtgttggtg 140  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4856435 tgttgaggagcaagcataaaagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaatgaattagccattttaagaagtgatataattattagtgttggtg 4856534  T
Q  141 cataagacataggaagttaactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaaaattatgtatga 240  Q
    ||||| ||||| | |||  ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||    
T  4856535 cataatacatatggagtatactggttttatactagttagagactcaatgtgagtttatggtcaatctaagtcatgtactaaatgtcaaaattgtgtatga 4856634  T
Q  241 attgaattattcaacaatgttaca----acttccatgtatttgctactagttgatgatca 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4856635 attgaattattcaacaatgttacatgttccttccatgtatttgctactagttgatgatca 4856694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 42 - 296
Target Start/End: Original strand, 4878170 - 4878429
Alignment:
Q  42 tgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattatt-gtgttggtg 140  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4878170 tgttgaggagcaagcataaaagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaatgaattagccattttaagaagtgatataattattagtgttggtg 4878269  T
Q  141 cataagacataggaagttaactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaaaattatgtatga 240  Q
    ||||| ||||| | |||  ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||    
T  4878270 cataatacatatggagtatactggttttatactagttagagactcaatgtgagtttatggtcaatctaagtcatgtactaaatgtcaaaattgtgtatga 4878369  T
Q  241 attgaattattcaacaatgttaca----acttccatgtatttgctactagttgatgatca 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4878370 attgaattattcaacaatgttacatgttccttccatgtatttgctactagttgatgatca 4878429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 31 - 212
Target Start/End: Original strand, 4871505 - 4871686
Alignment:
Q  31 caactgcaaaatgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattat 130  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4871505 caacagcaaaatgttgaggagcaagcataaaagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaattagccattttaagaagtgatattattat 4871604  T
Q  131 tgtgttggtgcataagacataggaagttaactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtc 212  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4871605 tgtgttggtgcataatacatatggagttaactggctttatactagttagagactcaatgtgagtttatggtcaatctaagtc 4871686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 31 - 212
Target Start/End: Original strand, 4845746 - 4845927
Alignment:
Q  31 caactgcaaaatgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattat 130  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4845746 caacagcaaaatgttgaggagcaagcataaaagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaattagccattttaagaagtgatattattat 4845845  T
Q  131 tgtgttggtgcataagacataggaagttaactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtc 212  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  4845846 tgtgttggtgcataatacataggtagttaactggctttatactagttagagactcaatgtgattttttggtcaatctaagtc 4845927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 31 - 296
Target Start/End: Original strand, 4860722 - 4860975
Alignment:
Q  31 caactgcaaaatgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattat 130  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  4860722 caacagcaaaatgttgaggaacaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggatttagccattttaagaagtgatataattat 4860821  T
Q  131 t-gtgttggtgcataagacataggaagtt-aactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaa 228  Q
    | |||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||              || || ||    
T  4860822 tagtgttggtgcataatacatagggagttaaactggttttatactagttagagactcaatgtgagtctatcgtcaatc--------------aaagttaa 4860907  T
Q  229 aattatgtatgaattgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttgatgatca 296  Q
    |||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4860908 aattgtgcacgaattgaattattcaacaatgttacaagttccatgtatttgatactagctgatgatca 4860975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 31 - 296
Target Start/End: Original strand, 4880729 - 4880982
Alignment:
Q  31 caactgcaaaatgttgaggagaaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattat 130  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  4880729 caacagcaaaatgttgaggaacaaacataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggatttagccattttaagaagtgatataattat 4880828  T
Q  131 t-gtgttggtgcataagacataggaagtt-aactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaa 228  Q
    | |||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||              || || ||    
T  4880829 tagtgttggtgcataatacatagggagttaaactggttttatactagttagagactcaatgtgagtctatcgtcaatc--------------aaagttaa 4880914  T
Q  229 aattatgtatgaattgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttgatgatca 296  Q
    |||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4880915 aattgtgcacgaattgaattattcaacaatgttacaagttccatgtatttgatactagctgatgatca 4880982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 56 - 223
Target Start/End: Original strand, 4826402 - 4826570
Alignment:
Q  56 cataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattatt-gtgttggtgcataagacatagga 154  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||      
T  4826402 cataagagcagcaaggaataccactagcaaggataagaaaaaggaattagccactttaagaagtgatattattattagtgttggtgcataatacatagag 4826501  T
Q  155 agttaactggctttatactaattagagactcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaat 223  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4826502 agttaactggttttatactagttagagactcaatgtgagtttatggtcaatctaagtcatttactaaat 4826570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 191 - 326
Target Start/End: Original strand, 4868569 - 4868700
Alignment:
Q  191 gagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaaaattatgtatgaattgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttga 290  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  4868569 gagtttatggtcaatctaagtcatttactaaatgtcaaaattatgtatgaattgaattattcaacaatgttacaagctccatgtatttgctactagttga 4868668  T
Q  291 tgatcactaactatccttaatttcattttccataca 326  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  4868669 tgatcactaactatcc----tttcattttccataca 4868700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 191 - 326
Target Start/End: Original strand, 4842873 - 4843004
Alignment:
Q  191 gagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaatgtcaaaattatgtatgaattgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttga 290  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  4842873 gagtttatggtcaatctaagtcatttactaaatgtcaaaattgtgtatgaattgaattattcaacaatgttacaagctccatgtatttgctactagttga 4842972  T
Q  291 tgatcactaactatccttaatttcattttccataca 326  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  4842973 tgatcactaactatcc----tttcattttccataca 4843004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 294
Target Start/End: Original strand, 4846025 - 4846083
Alignment:
Q  236 tatgaattgaattattcaacaatgttacaacttccatgtatttgctactagttgatgat 294  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  4846025 tatgaattgaattattgaacaatgttacatgttccatgtatttgcaactagttgatgat 4846083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 183 - 223
Target Start/End: Original strand, 4837426 - 4837466
Alignment:
Q  183 ctcaaagtgagtttatggtcaatctaagtcgtttactaaat 223  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  4837426 ctcaatgtgagtttatggtcaatataagtcatttactaaat 4837466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 56 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 21703888 - 21703756
Alignment:
Q  56 cataagagcagcaaggaataacactaataaggataagaaaaaggaataagccattttaagaagtgatattattatt-gtgttggtgcataagacatagga 154  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  21703888 cataagagcagcgtggaataccactagtaaggacaagaaaaaagaattagccattttaagaagtgatattaatattagtgttggtgcataagacatagga 21703789  T
Q  155 agttaactggctttatactaattagagactcaa 187  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  21703788 agttaaccggttttatactagttagagactcaa 21703756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 304 times since January 2019
Visitors: 3649