View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0548_low_2 (Length: 737)

Name: NF0548_low_2
Description: NF0548
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0548_low_2
NF0548_low_2
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (30-723)||(8974016-8974709)
chr8 (34-723)||(8962620-8963309)
chr8 (38-390)||(8945779-8946128)
chr8 (38-324)||(8958005-8958291)
chr8 (38-152)||(9948250-9948363)
chr8 (604-723)||(8946351-8946470)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (38-405)||(21686942-21687306)
chr2 (505-723)||(21687400-21687618)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (44-374)||(19375659-19375989)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (38-349)||(34962559-34962870)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (58-196)||(49008292-49008430)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 8974709 - 8974016
Alignment:
Q  30 ttttataagttccttagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagt 129  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974709 ttttatgagttccttagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagt 8974610  T
Q  130 gctcctacaccagcaacatgaggagatgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaagactttacttgacccaaactccaacacaggaatat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8974609 gctcctacaccagcaacatgaggagatgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaagactttacgtgacccaaactccaacacaggaatat 8974510  T
Q  230 ttgtaggccatgcagctaagattgatgtaccaggacctgtaatgtcaggtttcaaaacatttgggcaactttctgaaggacctcttgaactataaaaatc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8974509 ttgtaggccatgcagctaagattgatgtaccaggacctgtaatgtcaggtttcaaaacatttgggcaactttcagaaggacctcttgaactataaaaatc 8974410  T
Q  330 cacgctaggagctggtttagcaccaaaagatgctatcttgaaagaaattttttctattgaactggagttagagttactttgtatgtaatctttgataatt 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974409 cacgctaggagctggtttagcaccaaaagatgttatcttgaaagaaattttttctattgaactggagttagagttactttgtatgtaatctttgataatt 8974310  T
Q  430 tctccattggtttggttaataatgatatatggaagctggaaccctaaaagttgtgatagattattttgtgaagtgtttgatataataacagctcctacaa 529  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974309 tctccattggtttggttaataatgatgtatggaagctggaaccctaaaagttgtgatagattattttgtgaagtgtttgatataataacagctcctacaa 8974210  T
Q  530 ctattactgtaagcaaattagaaacttgatcaagaagagttccattcttgtcttcacagacaacaatcttacttttcactttgattagttgtgtaatatt 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974209 ctattactgtaagcaaattagaaacttgatcaaaaagagttccattcttgtcttcacagacaacaatcttacttttcactttgattagttgtgtaatatt 8974110  T
Q  630 gtcacacttacccatgaaaacaattggaatattactagcagagaagtttcctagataaaaagataagccagagagtgagactccattaccaagt 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974109 gtcacacttacccatgaaaacaattggaatattactagcagagaagtttcctagataaaaagataagccagagagtgagactccattaccaagt 8974016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 8963309 - 8962620
Alignment:
Q  34 ataagttccttagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagtgctc 133  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  8963309 ataagttccttagtgttatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgccgacctaatagctgtcgggctccaatcagcatgtgctcctttcaaaagtgctc 8963210  T
Q  134 ctacaccagcaacatgaggagatgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaagactttacttgacccaaactccaacacaggaatatttgt 233  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||||     
T  8963209 ctacaccggcaacatgaggacatgacatagatgttccagttaaaaaattgaacttgttgacgactttatgagacccaaaatccaacacaggaacatttgg 8963110  T
Q  234 aggccatgcagctaagattgatgtaccaggacctgtaatgtcaggtttcaaaacatttgggcaactttctgaaggacctcttgaactataaaaatccacg 333  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||||     
T  8963109 aggccatgcagctaagattgacgtaccgggagctgtaatgtcaggtttcaacacatatggacaactctttgatggccctctagaactataaaaatccacc 8963010  T
Q  334 ctaggagctggtttagcaccaaaagatgctatcttgaaagaaattttttctattgaactggagttagagttactttgtatgtaatctttgataatttctc 433  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  8963009 ctaggtactggtttagcaccaaaagatgtaatcttgaaagacattttttctattgaactagagttaaagttactatgtatgtaatctttgaccatttctc 8962910  T
Q  434 cattggtttggttaataatgatatatggaagctggaaccctaaaagttgtgatagattattttgtgaagtgtttgatataataacagctcctacaactat 533  Q
    ||||  | ||||||||||||||  |||||||| || ||| |||   || |||||||| || |||||  ||||||||||||| || |||||||||||||      
T  8962909 catttttctggttaataatgatggatggaagcaggtaccgtaagtcttctgatagatcatcttgtgttgtgtttgatataaaaatagctcctacaacttc 8962810  T
Q  534 tactgtaagcaaattagaaacttgatcaagaagagttccattcttgtcttcacagacaacaatcttacttttcactttgattagttgtgtaatattgtca 633  Q
    | || ||| || |||| ||| ||||| |  |||| || |||||||||||||||| || |||||||  || |||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  8962809 tgctttaaccacattataaatttgattagaaagactttcattcttgtcttcacaaaccacaatctcgctcttcactctgattagttctgtaaaattgtca 8962710  T
Q  634 cacttacccatgaaaacaattggaatattactagcagagaagtttcctagataaaaagataagccagagagtgagactccattaccaagt 723  Q
    ||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  8962709 cacatacctttgaaaacaatgggaatattactagcagagaagtttcctatataggaagagaagccggtgagtgagactccattaccaagt 8962620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 38 - 390
Target Start/End: Original strand, 8945779 - 8946128
Alignment:
Q  38 gttccttagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagtgctcctac 137  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||||||||    
T  8945779 gttccttagtattatcatatatgtttgatgttgtcataattgccgaccttatagctgcagggctccaatcaacacgcgctccttttaaaagtgctcctac 8945878  T
Q  138 accagcaacatgaggagatgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaagactttacttgacccaaactccaacacaggaatatttgtaggc 237  Q
    ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||     | | ||   |||||||||||||  ||||| |||    
T  8945879 accggcaacatgaggacatgacgtagatgttccagttaaaaatttgaacttgttgaagactt---cggtcacaggatccaacacaggaagttttgtgggc 8945975  T
Q  238 catgcagctaagattgatgtaccaggacctgtaatgtcaggtttcaaaacatttgggcaactttctgaaggacctcttgaactataaaaatccacgctag 337  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | ||| || ||||| |||||| || | |  || | ||    
T  8945976 catgcagctaagattgatgtatcaggagccgtaatgtcaggtttcaagacatatggacaactatttgatggtcctctcgaactagaagagtaaacaccag 8946075  T
Q  338 gagctggtttagcaccaaaagatgctatcttgaaagaaattttttctattgaa 390  Q
    | ||||||||||  ||||||  || || ||||||||| || ||| ||||||||    
T  8946076 gtgctggtttagttccaaaaattgataacttgaaagacatatttgctattgaa 8946128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 38 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 8958291 - 8958005
Alignment:
Q  38 gttccttagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagtgctcctac 137  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||||||||| | |||||  |||||||||||||  | ||    
T  8958291 gttccttagtattatcaattatgtccgacgttgtcataattgccgaccgaatcgcggcagggctccaatcaccgtgtgctcctttcaaaagtgccgcgac 8958192  T
Q  138 accagcaacatgaggagatgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaagactttacttgacccaaactccaacacaggaatatttgtaggc 237  Q
    ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||  |||   | ||| ||  ||| |||||||| |||||| |||    
T  8958191 acctgcaacatgaggacatgccatagatgttccacttatcacattgaacttgttgaagatcttatgagtccccaaacccatcacaggaacatttgtgggc 8958092  T
Q  238 catgcagctaagattgatgtaccaggacctgtaatgtcaggtttcaaaacatttgggcaactttctgaaggacctcttgaactataa 324  Q
    ||||||||||||||   |||||||||| | || |||||||||||||||| || ||| ||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  8958091 catgcagctaagatatttgtaccaggagcagtgatgtcaggtttcaaaatatatggacaactatttgaaggccctcttgaactataa 8958005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 38 - 152
Target Start/End: Original strand, 9948250 - 9948363
Alignment:
Q  38 gttccttagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagtgctcctac 137  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||    
T  9948250 gttccttagcattatcaaatatggttgatgttgtcataattgctgaccttatagctgcaggg-tccaatcagcatgtgctcctttcaaaagtgctccaac 9948348  T
Q  138 accagcaacatgagg 152  Q
    |||||||||||||||    
T  9948349 accagcaacatgagg 9948363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 604 - 723
Target Start/End: Original strand, 8946351 - 8946470
Alignment:
Q  604 ttcactttgattagttgtgtaatattgtcacacttacccatgaaaacaattggaatattactagcagagaagtttcctagataaaaagataagccagaga 703  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||| |||  |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||  |||  | || | ||    
T  8946351 ttcactttgattaattctgtaacattgtcgcacaaacccatgaaaacaattggcaaattgctagcagagaaatttcctagataattagaccaacctgtga 8946450  T
Q  704 gtgagactccattaccaagt 723  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  8946451 gtgagactccattaccaagt 8946470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 38 - 405
Target Start/End: Original strand, 21686942 - 21687306
Alignment:
Q  38 gttccttagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagtgctcctac 137  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  ||||||||| ||   |||||  |||| ||||| ||| ||||    
T  21686942 gttccttagtattgtctaatatgtctgatgttgtcataattgccgacctaatagatgacgggctccaaccattgtgtgccccttttaaaagcgctgctac 21687041  T
Q  138 accagcaacatgaggagatgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaagactttacttgacccaaactccaacacaggaatatttgtaggc 237  Q
    ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||  ||  |||||||| ||||| ||||||| | |   |||||| |   |||||||||  ||||| |||    
T  21687042 acctgcaacatgtggacatgacatagatgttccatctatcaaattgaagttgttaaagacttcagt---cccaaaattggacacaggaacgtttgtgggc 21687138  T
Q  238 catgcagctaagattgatgtaccaggacctgtaatgtcaggtttcaaaacatttgggcaactttctgaaggacctcttgaactataaaaatccacgctag 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||| ||| ||||| | ||| || || ||||| |||||||||||||| ||||    
T  21687139 catgcagctaagattgatgtaccaggagcagtgatgtcaggtttcaacacatatggacaactatttgatggtccccttgagctataaaaatccacactag 21687238  T
Q  338 gagctggtttagcaccaaaagatgctatcttgaaagaaattttttctattgaactggagttagagtta 405  Q
    | | || |||| |||| |||| || | |||||||||| || ||| |||||||||| | ||||||||||    
T  21687239 gtgttgatttaacaccgaaagctgttttcttgaaagacatgtttgctattgaactagcgttagagtta 21687306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 505 - 723
Target Start/End: Original strand, 21687400 - 21687618
Alignment:
Q  505 tttgatataataacagctcctacaactattactgtaagcaaattagaaacttgatcaagaagagttccattcttgtcttcacagacaacaatcttacttt 604  Q
    |||||||||| |||| |||| |||||| || || ||  || |||| | | ||| ||| |||||||| |||| ||| ||||||| || |||||||| || |    
T  21687400 tttgatataaaaacacctccaacaacttttgctttatacacattaaacatttgttcatgaagagtttcattattgccttcacaaaccacaatctttctct 21687499  T
Q  605 tcactttgattagttgtgtaatattgtcacacttacccatgaaaacaattggaatattactagcagagaagtttcctagataaaaagataagccagagag 704  Q
    ||||| || ||| || | ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||    
T  21687500 tcactgtgtttaattctttaacattgtcacacatacccataaaaacaattggaaaattgttagcagagaagtttcctagatagaaagacaaaccagtgag 21687599  T
Q  705 tgagactccattaccaagt 723  Q
    |||||||||||||||||||    
T  21687600 tgagactccattaccaagt 21687618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 44 - 374
Target Start/End: Original strand, 19375659 - 19375989
Alignment:
Q  44 tagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagtgctcctacaccagc 143  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||||| || || || | ||| ||||  || |||||||||||||||||  |||||||||||  | ||| ||| ||    
T  19375659 tagtattgtctattatgtctgatgttgtcataatcgcagaacgaattgctgtcggactccaatcaacatgtgctcctttcaaaagtaatgctatacctgc 19375758  T
Q  144 aacatgaggagatgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaagactttacttgacccaaactccaacacaggaatatttgtaggccatgca 243  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||   | ||| || ||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  19375759 aacgtgaggacatgccatagatgttccacttatcaaattgaacttgttgaagactttaaaagtccccaaatccaacacatgaacatttgttggccatgca 19375858  T
Q  244 gctaagattgatgtaccaggacctgtaatgtcaggtttcaaaacatttgggcaactttctgaaggacctcttgaactataaaaatccacgctaggagctg 343  Q
    |||||||||||||||||| || | || ||||| |||||||| |||  ||| ||| | | |||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| | ||    
T  19375859 gctaagattgatgtaccaagagcagtgatgtcgggtttcaacacaaatggacaattatttgaaggccctcttgaactataaagatcaacactaggtgttg 19375958  T
Q  344 gtttagcaccaaaagatgctatcttgaaaga 374  Q
    ||||| ||||||||  || | ||||||||||    
T  19375959 gtttaacaccaaaaattgttttcttgaaaga 19375989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 38 - 349
Target Start/End: Original strand, 34962559 - 34962870
Alignment:
Q  38 gttccttagtattatcaaatatgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcagctttcaaaagtgctcctac 137  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||  |||  |  |||||||||| ||  | ||    
T  34962559 gttccttagaattatcaaatatgtctgatgttgtcattattgccgaccgaattgctgctgggctccaatcactatgcactcctttcaaaagcgccgcgac 34962658  T
Q  138 accagcaacatgaggagatgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaagactttacttgacccaaactccaacacaggaatatttgtaggc 237  Q
    ||| |||||||||||  | | |||||||||||||||||  |||||||| ||| |||| | ||||   ||| |||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  34962659 acctgcaacatgagggcacgccatagatgttccacttatcaaattgaatttgctgaaaattttatgagactcaaattccatcacaggaacatttgtaggc 34962758  T
Q  238 catgcagctaagattgatgtaccaggacctgtaatgtcaggtttcaaaacatttgggcaactttctgaaggacctcttgaactataaaaatccacgctag 337  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||  | ||||||||||||||||| |||  ||| ||||| | ||| || ||||||||||||||  |||| || ||||    
T  34962759 catgccgctaagatcgaagtaccaggcgcagtaatgtcaggtttcaacacaaatggacaactatatgatggccctcttgaactatatgaatcaacactag 34962858  T
Q  338 gagctggtttag 349  Q
    | ||||||||||    
T  34962859 gtgctggtttag 34962870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 49008430 - 49008292
Alignment:
Q  58 atgtctgatgttgtcatcattgctgacctaatagctgcagggctccaatcaacatgtgcag--ctttcaaaagtgctcctacaccagcaacatgaggaga 155  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||| |||   |||||   |||| ||||||||| ||||||| ||||| || ||| |    
T  49008430 atgtctgatgttgtcatcatagccgatctaatggctgctgggctccaa-caagg-gtgcatttcttttaaaagtgctgctacacctgcaacgtgtggaca 49008333  T
Q  156 tgacatagatgttccacttaaaaaattgaacttgttgaaga 196  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  49008332 tgacattgatgttccacttaacaagttgaagttgttgaaga 49008292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 708 times since January 2019
Visitors: 3655