View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0555_high_1 (Length: 685)

Name: NF0555_high_1
Description: NF0555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0555_high_1
NF0555_high_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (60-673)||(13082769-13083382)
chr2 (66-673)||(13087065-13087672)
chr2 (60-667)||(13092954-13093555)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 673
Target Start/End: Original strand, 13082769 - 13083382
Alignment:
Q  60 gcttctaagcgcaaattgagaataaaccgcgactgtttcttccgaatctatcttgaaaagatcttctcttatatgtaacaaatcagatacaataactata 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13082769 gcttctaagcgcaaattgagaataaaccgcgactgtttcttccgaatctatcttgaaaagttcttctcttatatgtaacaaatcagatacaacaactata 13082868  T
Q  160 tcgaacgaaaaaggtatgtttaaactttgcgcgaaatccttcaatcttttaccagtgtcctcaactatatgctttgaagtgtctgagtttccgctctcaa 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13082869 tcgaacgaaaaaggtatgtttaaactttgcgcgaaatccttcaatcttttaccagtgtcctcaactatatgctttgaagtgtctgagtttccgctctcaa 13082968  T
Q  260 tagctgttatctttagaagctcgagtggacattcgtttctcgattgaagtgcttgcataaggattgtccattgacacccttttcgaatttcgagatcaat 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13082969 tagctgttatctttagaagctcgagtggacattcgtttctcgattgaagtgcttgcataaggattgtccattgacacccttttcgaatttcgagatcaat 13083068  T
Q  360 aacatgaatcttctttgcatcatttacattttccaataaagcttgtacacaagtgaatattgaaacttgactgaatggaagatcttcgtaaagcgcgatc 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13083069 aacatgaatcttctttgcatcatttacattttccaataaagcttgtacacaagtgaatattgaaacttgactgaatggaagatcttcgtaaagcgcgatc 13083168  T
Q  460 atggccgggtttagatccttgctaacctcttgaggatcaaataaagattccatgttttgcatattgttggatgaaacagaaaatcgtcctgtttctttgt 559  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13083169 atggccgggtttagatccttgctaacctcttgaggatcaaataaagattccatcttttgcatattgttggatgaaacagaaaatcgtcctgtttctttgt 13083268  T
Q  560 cgattctttgatgaagagcttcagcaaaataatgaaccacacgcttaaccgggttacctgtcttcgaagataaagactcgatttgtgataacaattttct 659  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13083269 cgattctttgacaaagagcttcagcaaaataatgaaccacacgcttaaccgggttacctgtcttcgaagataaagactcgatttgtgataacaattttct 13083368  T
Q  660 agcgcgttcatatt 673  Q
    ||||||||||||||    
T  13083369 agcgcgttcatatt 13083382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 66 - 673
Target Start/End: Original strand, 13087065 - 13087672
Alignment:
Q  66 aagcgcaaattgagaataaaccgcgactgtttcttccgaatctatcttgaaaagatcttctcttatatgtaacaaatcagatacaataactatatcgaac 165  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||     
T  13087065 aagcgcaaactgagagtaaaccgcaacggtttcctcagagtctatcttgaaaagatcttctcttaaatgtaataaatcagatacaataattgtatcgaat 13087164  T
Q  166 gaaaaaggtatgtttaaactttgcgcgaaatccttcaatcttttaccagtgtcctcaactatatgctttgaagtgtctgagtttccgctctcaatagctg 265  Q
     | ||||||||||| |||  | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  |||| |||  ||||||  || |||||||||    
T  13087165 aagaaaggtatgttcaaatatcgcgcaaaatccttcaatcttttaccagtgtcttcaactatattcttcaaagtctctatgtttccagtcacaatagctg 13087264  T
Q  266 ttatctttagaagctcgagtggacattcgtttctcgattgaagtgcttgcataaggattgtccattgacacccttttcgaatttcgagatcaataacatg 365  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13087265 ttatctttagaagctcaacgggacatttgtttctcgattgaagtgcttgcattaggattgtccattgtaacccttttcggatttcgagatcaataacatg 13087364  T
Q  366 aatcttctttgcatcatttacattttccaataaagcttgtacacaagtgaatattgaaacttgactgaatggaagatcttcgtaaagcgcgatcatggcc 465  Q
    ||||||||| |||| | |||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| || |||| || ||  |||||||||||||   ||| |||||  | |||     
T  13087365 aatcttcttagcattagttacattttctattaaagtttgtacacatgtgaacatggaaattttacaaaatggaagatcttgaaaaaacgcgacaagggct 13087464  T
Q  466 gggtttagatccttgctaacctcttgaggatcaaataaagattccatgttttgcatattgttggatgaaacagaaaatcgtcctgtttctttgtcgattc 565  Q
    || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||| |  |||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  13087465 ggatttagatccttggttacctcttgaggatcaaataaaggtcccatctttttcatattgtttgtcgaaacagaaactcttcccgtttctttgtcgattc 13087564  T
Q  566 tttgatgaagagcttcagcaaaataatgaaccacacgcttaaccgggttacctgtcttcgaagataaagactcgatttgtgataacaattttctagcgcg 665  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  13087565 tttgtcgaagagcttcggcaaaataatgaaccacgcgcttaactgggttacctgtcttcgaagataaagactcaatttgtaataacaattttctagcgcg 13087664  T
Q  666 ttcatatt 673  Q
    ||||||||    
T  13087665 ttcatatt 13087672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 60 - 667
Target Start/End: Original strand, 13092954 - 13093555
Alignment:
Q  60 gcttctaagcgcaaattgagaataaaccgcgactgtttcttccgaatctatcttgaaaagatcttctcttatatgtaacaaatcagatacaataactata 159  Q
    |||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||| | ||    
T  13092954 gcttcttagagcaaattgagagtaaaccgcaacggtttcttcagaatctttcttgaaaagatcttctcttagatgtgacaagttagatacaataattgta 13093053  T
Q  160 tcgaacgaaaaaggtatgtttaaactttgcgcgaaatccttcaatcttttaccagtgtcctcaactatatgctttgaagtgtctgagtttccgctctcaa 259  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||| |  |||    
T  13093054 tcgaacaaaaaaggtatgttcaaactttgtgcaaaatcctccaattttttgccggtgtcttcaactataagctttgaagtgtatgtgtttccggtggcaa 13093153  T
Q  260 tagctgttatctttagaagctcgagtggacattcgtttctcgattgaagtgcttgcataaggattgtccattgacacccttttcgaatttcgagatcaat 359  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||    
T  13093154 tagctgttatctttagaagttcaagtggacattctgttctcgattgaagcgcttgcattaggattgtccaatgtaaccctttacgaatttcaagatcaat 13093253  T
Q  360 aacatgaatcttctttgcatcatttacattttccaataaagcttgtacacaagtgaatattgaaacttgactgaatggaagatcttcgtaaagcgcgatc 459  Q
    ||||||||||||||||||||| || |  ||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |   |||||||| |||||| |||  || ||     
T  13093254 aacatgaatcttctttgcatctttaaggttttctattaaagcttgtacacatgtgaacattgaaactttaacaaatggaagctcttcgaaaaatgcaata 13093353  T
Q  460 atggccgggtttagatccttgctaacctcttgaggatcaaataaagattccatgttttgcatattgttggatgaaacagaaaatcgtcctgtttctttgt 559  Q
    | ||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||| ||||||| ||||||||      ||  |||||||||||||    
T  13093354 agggttggatttagatccttgctaacctcttcaggatcaaataaagtttctatcttttgcgtattgttagatgaaac------tctacctgtttctttgt 13093447  T
Q  560 cgattctttgatgaagagcttcagcaaaataatgaaccacacgcttaaccgggttacctgtcttcgaagataaagactcgatttgtgataacaattttct 659  Q
    ||||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||| || |||||    
T  13093448 cgattctttggaaaagtgcttcggcaaaataatgaaccacacgcttaacaggattacctgtcttcgaagataaagagctgatatgtggtaaaaaatttct 13093547  T
Q  660 agcgcgtt 667  Q
    ||||||||    
T  13093548 agcgcgtt 13093555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 922 times since January 2019
Visitors: 3660