View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0555_low_20 (Length: 301)

Name: NF0555_low_20
Description: NF0555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0555_low_20
NF0555_low_20
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (30-296)||(39087429-39087697)
chr2 (30-179)||(38328580-38328731)
chr2 (30-159)||(39087728-39087859)
chr2 (30-179)||(38328735-38328886)
chr2 (82-179)||(39087863-39087958)
chr2 (33-152)||(38327946-38328067)
chr2 (30-179)||(38328135-38328277)
chr2 (30-163)||(38328997-38329123)
chr2 (96-179)||(38328493-38328576)
chr2 (30-107)||(38328281-38328360)
chr2 (144-189)||(38327904-38327949)
chr2 (144-176)||(1513385-1513417)
chr2 (144-176)||(10876106-10876138)
chr2 (144-176)||(42782166-42782198)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (30-296)||(16913779-16914047)
chr8 (30-296)||(41843623-41843900)
chr8 (30-178)||(41844104-41844254)
chr8 (30-189)||(41843894-41844055)
chr8 (144-176)||(8160933-8160965)
chr8 (144-176)||(8762507-8762539)
chr8 (144-176)||(25834513-25834545)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (30-296)||(2733411-2733679)
chr7 (30-296)||(16718067-16718335)
chr7 (30-296)||(17692277-17692545)
chr7 (30-296)||(34406122-34406389)
chr7 (30-296)||(15236643-15236920)
chr7 (36-179)||(2733683-2733828)
chr7 (34-179)||(15236492-15236639)
chr7 (33-176)||(15236342-15236487)
chr7 (83-179)||(2734139-2734235)
chr7 (30-189)||(2734266-2734436)
chr7 (43-179)||(34406810-34406948)
chr7 (30-157)||(34406678-34406806)
chr7 (83-179)||(16717967-16718063)
chr7 (30-176)||(34406501-34406647)
chr7 (83-163)||(17692177-17692257)
chr7 (83-161)||(2733863-2733941)
chr7 (33-159)||(36157879-36158007)
chr7 (30-152)||(2734002-2734135)
chr7 (144-189)||(15236300-15236345)
chr7 (30-100)||(34406424-34406494)
chr7 (144-176)||(7855482-7855514)
chr7 (140-184)||(16717804-16717848)
chr7 (140-184)||(17692014-17692058)
chr7 (144-176)||(34873311-34873343)
[»] scaffold0246 (2 HSPs)
scaffold0246 (30-296)||(9436-9705)
scaffold0246 (30-179)||(9709-9860)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (30-296)||(32719236-32719513)
chr5 (30-296)||(17547212-17547489)
chr5 (30-296)||(41041573-41041850)
chr5 (30-296)||(17414130-17414407)
chr5 (30-158)||(38096904-38097034)
chr5 (33-176)||(17547646-17547791)
chr5 (30-189)||(35393547-35393708)
chr5 (34-179)||(17547493-17547641)
chr5 (30-159)||(41042052-41042183)
chr5 (30-179)||(38096744-38096886)
chr5 (43-176)||(35394039-35394174)
chr5 (30-159)||(35394217-35394346)
chr5 (106-179)||(41041854-41041927)
chr5 (30-176)||(35393414-35393553)
chr5 (30-159)||(38096618-38096740)
chr5 (144-189)||(17547788-17547833)
chr5 (30-107)||(41041942-41042021)
chr5 (144-176)||(17637204-17637236)
chr5 (144-176)||(26601177-26601209)
chr5 (144-176)||(43136790-43136822)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (30-286)||(26899465-26899723)
chr6 (33-174)||(21854845-21854988)
chr6 (30-159)||(21855193-21855323)
chr6 (33-177)||(21855329-21855475)
chr6 (30-160)||(21854705-21854836)
chr6 (96-176)||(26899876-26899956)
chr6 (109-178)||(26899728-26899797)
chr6 (30-149)||(26899957-26900078)
chr6 (30-159)||(21855022-21855162)
chr6 (144-176)||(9979116-9979148)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (30-296)||(49067710-49067987)
chr3 (30-296)||(55369732-55370008)
chr3 (30-296)||(53926921-53927189)
chr3 (30-296)||(40822792-40823070)
chr3 (38-189)||(36946499-36946652)
chr3 (151-296)||(48313932-48314077)
chr3 (30-189)||(55369577-55369738)
chr3 (30-189)||(36946656-36946817)
chr3 (30-175)||(53927197-53927344)
chr3 (30-157)||(40822174-40822303)
chr3 (30-175)||(40822637-40822784)
chr3 (30-158)||(40822334-40822464)
chr3 (30-173)||(40822482-40822627)
chr3 (99-179)||(53927348-53927428)
chr3 (109-189)||(53927595-53927675)
chr3 (30-130)||(36946400-36946505)
chr3 (30-113)||(53927516-53927601)
chr3 (144-176)||(8526577-8526609)
chr3 (144-176)||(51656691-51656723)
[»] scaffold0090 (6 HSPs)
scaffold0090 (30-296)||(13218-13486)
scaffold0090 (30-189)||(13790-13950)
scaffold0090 (31-189)||(13944-14104)
scaffold0090 (30-152)||(13672-13796)
scaffold0090 (30-159)||(13517-13648)
scaffold0090 (83-179)||(14109-14205)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (100-296)||(11654203-11654399)
chr4 (30-189)||(54242814-54242975)
chr4 (33-178)||(11654529-11654676)
chr4 (30-152)||(54242969-54243093)
chr4 (30-132)||(22453789-22453893)
chr4 (30-150)||(11659213-11659344)
chr4 (144-176)||(8531815-8531847)
chr4 (144-176)||(8988695-8988727)
chr4 (144-176)||(24548914-24548946)
chr4 (144-176)||(37351595-37351627)
chr4 (144-176)||(42349917-42349949)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (43-286)||(52408510-52408735)
chr1 (144-176)||(28572640-28572672)
chr1 (144-176)||(46623784-46623816)
[»] scaffold0891 (2 HSPs)
scaffold0891 (34-159)||(2007-2135)
scaffold0891 (30-162)||(1843-1980)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 39087697 - 39087429
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39087697 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccatgtttaattaaacctattgaatttaattaatttaatcaaaatctt 39087598  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgt 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  39087597 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgttacatcctataatcattgctcctattttcaactcatcgt 39087498  T
Q  228 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  39087497 tgctactttgtttttactaaacggagtctatcctataacagtttcttcctattttgtttccctgctcct 39087429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 30 - 179
Target Start/End: Original strand, 38328580 - 38328731
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  38328580 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctatttaattaagttaatttaatcaaaatctt 38328679  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  38328680 attttcaaatggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggac 38328731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 39087859 - 39087728
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39087859 aactgttgccttaattttaacataaattctatgcttacttttactgtattacccctatttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 39087760  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39087759 attttcaaacggagagatctcttatctcttat 39087728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 179
Target Start/End: Original strand, 38328735 - 38328886
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||   ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38328735 aactgttgctttaattttaacctaaattctatgcttacttttattgtattaccccaatttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 38328834  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  38328835 atttttaaacggagagatctcatatatcttatttattaaagttaacccggac 38328886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 82 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 39087958 - 39087863
Alignment:
Q  82 atgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||    
T  39087958 atgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctctta--tcttatttattaaagttaacccggac 39087863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 33 - 152
Target Start/End: Original strand, 38327946 - 38328067
Alignment:
Q  33 tgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||| || ||| || ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38327946 tgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttacagtattacccttgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatcttatt 38328045  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttat 152  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  38328046 ttcaaacggagagatctcttat 38328067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 179
Target Start/End: Original strand, 38328135 - 38328277
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||| || ||||||||| |||||||||||         |||||||||||||||    
T  38328135 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttactttcactgtattacccctgtttaattaaacctatttaa---------tttaatcaaaatctt 38328225  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  38328226 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttgttaaagttaacccggac 38328277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 163
Target Start/End: Original strand, 38328997 - 38329123
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||         |||||||||||||||    
T  38328997 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctatttaa---------tttaatcaaaatctt 38329087  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttat 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38329088 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttat 38329123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 96 - 179
Target Start/End: Original strand, 38328493 - 38328576
Alignment:
Q  96 ctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||    
T  38328493 ctatttaatttagttgatttaaccaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctctcttttattaaagttaacccggac 38328576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 107
Target Start/End: Original strand, 38328281 - 38328360
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaattta 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | || ||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  38328281 aactgttgccctaattttaacctaaattatgtgcttacttttactgtattacccatgtttaattaaacctatttaattta 38328360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 189
Target Start/End: Original strand, 38327904 - 38327949
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||    
T  38327904 atctcttatctcttatttattaaagttaacccggacgttaattgtt 38327949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 1513385 - 1513417
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1513385 atctcttatctcttatttctaaatgttaacccg 1513417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 10876106 - 10876138
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10876106 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 10876138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 42782198 - 42782166
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42782198 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 42782166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 16914047 - 16913779
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16914047 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccctgtttaattaaacatatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 16913948  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgt 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  16913947 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccagacgctaactatttcatcctataatcgttgctcctattttcaactcatcgt 16913848  T
Q  228 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  16913847 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccatgctcct 16913779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 41843900 - 41843623
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| ||||||||         ||||||||||||||| ||    
T  41843900 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccctatttaattaaacctattgaatttagttaatttaattaattttat 41843801  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttga 218  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  41843800 caaaatcttattttcaaacagaaagatctcttatctcttatttattaaagttaaccccgacggtaactgtttcatcctataatcgttgctcctattttca 41843701  T
Q  219 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  41843700 actcattgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 41843623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 30 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 41844254 - 41844104
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41844254 aactgttgccctaattttaatctaaattctatgcttacttttactgtattacccatgtttaattaaacctatttaatttaattaatttaattaaaatctt 41844155  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccgga 178  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  41844154 attttcaaacggagatatctcttatctcttatttattaaagttaactcgga 41844104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 41844055 - 41843894
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatgttaa-ttttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41844055 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgtttacttttactgtattacctctgtttaattaaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 41843956  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||| ||||    
T  41843955 attttcaaacagaaagatctcttatctcttatttattaaaattaacccggacgctaactgtt 41843894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 8160933 - 8160965
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8160933 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 8160965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 8762539 - 8762507
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8762539 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 8762507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 25834513 - 25834545
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25834513 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 25834545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 2733679 - 2733411
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| || ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  2733679 aactgttgccttaattttaacctaaattctatgcttgtttttactgtattacccctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatctt 2733580  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgt 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2733579 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgcttcatcctataatcgttgctcctattttcaactcatcgt 2733480  T
Q  228 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  2733479 tgctactttgttttcactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttctttgctcct 2733411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Original strand, 16718067 - 16718335
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||    ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  16718067 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacgtctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatctt 16718166  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgt 227  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  16718167 attttcaaacggagaaatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgtttcatcctataatcgttgttcctattttcaactcatcgt 16718266  T
Q  228 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  16718267 tgctactttgttgttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccttgctcct 16718335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Original strand, 17692277 - 17692545
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||    ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  17692277 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacgtctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatctt 17692376  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgt 227  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  17692377 attttcaaacggagaaatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgtttcatcctataatcgttgttcctattttcaactcatcgt 17692476  T
Q  228 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  17692477 tgctactttgttgttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccttgctcct 17692545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 34406389 - 34406122
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatgttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctta 128  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| ||  ||| ||||||||| ||| || ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  34406389 aactgttgccctagttttaacctaaattataacttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatctta 34406290  T
Q  129 ttttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgtt 228  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  34406289 ttttcaaacggagagatgtcttatatcttatttattaaagttaacccggaagctaactgtttcatcctataaccgttgctcctattttcaactcatcgtt 34406190  T
Q  229 gctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||    
T  34406189 gctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacaatttcctcctattttgtctccctgctcct 34406122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Original strand, 15236643 - 15236920
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaa---------tttaattaatttaat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||         ||||||| |||||||    
T  15236643 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactatattacccatatttaattaaacctatttaatttagttaatttaattcatttaat 15236742  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttga 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  15236743 caaaatcttattttcaaacggatagatctcttatctcatatttattaaagttaatccggacgctaactgtttcatcctataatcgttgctcctattttca 15236842  T
Q  219 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  15236843 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 15236920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 36 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 2733828 - 2733683
Alignment:
Q  36 tgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttc 133  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2733828 tgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccatgttttattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatcttattttc 2733729  T
Q  134 aaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  2733728 aaacggagagatctcatatctcttatttattaaagttaacccggac 2733683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 34 - 179
Target Start/End: Original strand, 15236492 - 15236639
Alignment:
Q  34 gttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattt 131  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15236492 gttgccctaattttaacctaaaatctatgcttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatcttattt 15236591  T
Q  132 tcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  15236592 tcaaacggagagatatcttatctcttatttattaaagttaacccggac 15236639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 33 - 176
Target Start/End: Original strand, 15236342 - 15236487
Alignment:
Q  33 tgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15236342 tgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccctatttaattaaacctattatatttaattaatttaatcaaaatcttatt 15236441  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15236442 ttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccg 15236487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 83 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 2734235 - 2734139
Alignment:
Q  83 tgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  2734235 tgtttaattaaacatatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggac 2734139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 2734436 - 2734266
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||         ||||||||||||||||||    
T  2734436 aactgttgccctaattttaacctaaattttatgcttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaattaatttaat 2734337  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  2734336 caaaatcttattttcaaacggagatatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgtt 2734266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 43 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 34406948 - 34406810
Alignment:
Q  43 attttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacgga 140  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||| | | ||| || ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34406948 attttaacctaaattctatgcttacatttattatattacccctgtttaattaaacttatttaatttagttaatttaatcaaaatcttattttcaaacgga 34406849  T
Q  141 gagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  34406848 gagatctcttatctcttatttattaaagttaactcggac 34406810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 34406806 - 34406678
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  34406806 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattaactctgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaa-ctt 34406708  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctctt 157  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  34406707 atgttcaaacggagagatctcttatctctt 34406678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 83 - 179
Target Start/End: Original strand, 16717967 - 16718063
Alignment:
Q  83 tgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  16717967 tgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatcttattttaaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaactcggac 16718063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 34406647 - 34406501
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatgttaa-ttttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| |||||| | ||||| ||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34406647 aactgttgccctaattttaacataaattttatgtttacttttattgtattacccctgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 34406548  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||||||||| || || |||||||||    
T  34406547 attttcaaacg--gagatatcttatctcttattaattaaagttaacccg 34406501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 83 - 163
Target Start/End: Original strand, 17692177 - 17692257
Alignment:
Q  83 tgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttat 163  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17692177 tgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatcttattttaaaacggagagatctcttatctcttatttat 17692257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 83 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 2733941 - 2733863
Alignment:
Q  83 tgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttattt 161  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2733941 tgtttaattaaacatatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatttttaaacggagagatctcttatctcttattt 2733863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 159
Target Start/End: Original strand, 36157879 - 36158007
Alignment:
Q  33 tgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||  |||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36157879 tgttgccttaattttaatctaaattctatgcttatttttactggattatccctgtttaattaaacttatttaatttagttagtttaatcaaaatcttatt 36157978  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  36157979 ttcaaacggagatatcttttatctcttat 36158007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 2734135 - 2734002
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |  ||||||||| ||||||||         ||||||||||||||||||    
T  2734135 aactattgccctaattttaacctaaattttatgcttacttttactgtattacctctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaattaatttaat 2734036  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttat 152  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2734035 caaaatcttattttcaaacggagatatctcttat 2734002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 189
Target Start/End: Original strand, 15236300 - 15236345
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  15236300 atctcttatctcttatttattaaagttaacccggacactaattgtt 15236345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 34406494 - 34406424
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatgttaattttactgtttatccatgtttaattgaacctatt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||| ||||||||| |  || ||||||||| ||||||||    
T  34406494 aactgttgccctaattttaacctaaattatagcttacttttactgtattaccctgtttaattaaacctatt 34406424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 7855482 - 7855514
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7855482 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 7855514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 184
Target Start/End: Original strand, 16717804 - 16717848
Alignment:
Q  140 agagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaa 184  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||    
T  16717804 agagatctcttatctcttatttattaaagttgacccggacgctaa 16717848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 184
Target Start/End: Original strand, 17692014 - 17692058
Alignment:
Q  140 agagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaa 184  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||    
T  17692014 agagatctcttatctcttatttattaaagttgacccggacgctaa 17692058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 34873343 - 34873311
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34873343 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 34873311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0246 (Bit Score: 166; Significance: 7e-89; HSPs: 2)
Name: scaffold0246
Description:

Target: scaffold0246; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 9705 - 9436
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaattt-aatcaaaatct 126  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  9705 aactgtagtcctaattttaacctaaattctatgcttacttttaatgtattacccctgtttaattaaacctatttaatttaattacttttaatcaaaatct 9606  T
Q  127 tattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcg 226  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  9605 tatttttaaacggagagatctcttatatcttatttattaaagttaacccggatgctaactgtttcatcctataatcgttgctcctattttcaactcatcg 9506  T
Q  227 ttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  9505 ttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 9436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0246; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 30 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 9860 - 9709
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  9860 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattagccgtgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctg 9761  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  9760 attttcaaacggagagatcttttatctcttatttattaaagttaacccggac 9709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 166; Significance: 7e-89; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Original strand, 32719236 - 32719513
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||         ||||||||||||||||||    
T  32719236 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccatgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaattaatttaat 32719335  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  32719336 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaatccgaacactaactgtttcatcctataatcgttgctcctattttca 32719435  T
Q  219 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  32719436 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctgtaacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 32719513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 17547489 - 17547212
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaat--------- 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||| | ||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||             
T  17547489 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactatattacccatatttaattaaacctatttaatttagttaatttaattcatttaat 17547390  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttga 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  17547389 caaaatcttattttcaaacggatagatctcttatctcatatttattaaagttaatccggacgctaactgtttcatcctataatcgttgctcctattttca 17547290  T
Q  219 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  17547289 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 17547212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 41041850 - 41041573
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||         ||||||||||||||||||    
T  41041850 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccatgtttaattaaacatattgaatttagttaatttaattaatttaat 41041751  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||   ||  ||||||||||||||||||||| || || ||| |    
T  41041750 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttaataaagttaacgcggatgatacctgtttcatcctataatcgttgttcttattttca 41041651  T
Q  219 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  41041650 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 41041573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 17414407 - 17414130
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatgttaa-ttttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| || ||||||||| ||| ||||         ||||||||||||||||||    
T  17414407 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgtttacttttactgtattacccctgtttaattaaacatattgaatttagttaatttaattaatttaat 17414308  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttga 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |    
T  17414307 caaaatcttattttcaaatggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacctggacgctaactgtttgatcctataatcgttgctcctattttca 17414208  T
Q  219 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  17414207 actcattggtgctactttgtttttactaaaaggagtccatcatataacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 17414130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 30 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 38097034 - 38096904
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38097034 aactgttgccctaattttaacctaaattttatgcttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 38096935  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctctta 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38096934 attttcaaacggagagatctcttatctctta 38096904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 33 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 17547791 - 17547646
Alignment:
Q  33 tgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547791 tgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccctatttaattaaacctattatatttaattaatttaatcaaaatcttatt 17547692  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  17547691 ttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccg 17547646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 35393708 - 35393547
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  35393708 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccctatttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatctt 35393609  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  35393608 attttcaaacagagagatatcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgtt 35393547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 34 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 17547641 - 17547493
Alignment:
Q  34 gttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatcca-tgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||| ||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17547641 gttgccctaattttaacctaaaatctatgcttacttttactgtattaccccctgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatcttatt 17547542  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  17547541 ttcaaacggagagatatcttatctcttatttattaaagttaacccggac 17547493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 41042183 - 41042052
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| |||| ||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41042183 aactattgccttaattttaacctaaattttatgcttacttttactatattatccatgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 41042084  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41042083 attttcaaacggagagatctcttatctcttat 41042052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 38096886 - 38096744
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||         |||||||||    
T  38096886 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccatgtttaattaaacctatttaatttaat---------caaaatctt 38096796  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  38096795 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggac 38096744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 43 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 35394174 - 35394039
Alignment:
Q  43 attttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacgga 140  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  35394174 attttaacataaattctatgcttacttttactgtattacccctatttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatcttattttcaaactaa 35394075  T
Q  141 gagatctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  35394074 gagatctcttatctcttatttctaaaagttaacccg 35394039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 35394346 - 35394217
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  35394346 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattattcctgtttaattaaacctattaaatttagttaatttaaacaaaatctt 35394247  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35394246 attttcaaac--agagatctcttatctcttat 35394217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 106 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 41041927 - 41041854
Alignment:
Q  106 taattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  41041927 taattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatcttttatctcttatttattaaagttaacccggac 41041854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 35393553 - 35393414
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||| ||| || ||||||||| ||| |||||||||||||         |||||||||    
T  35393553 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttattgtattacccttgtttaattaaacatatttaatttaat---------caaaatctt 35393463  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  35393462 attttcaaacggagagatatcttatttcttatttctaaaagttaacccg 35393414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 38096740 - 38096618
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||         |||||||||    
T  38096740 aactgttgccataattttaacctaaattttatgcttacttttaatgtattacccctgtttaattaaacctatttaatttaat---------caaaatctt 38096650  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38096649 attttcaaacggagagatctcttatctcttat 38096618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 17547833 - 17547788
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  17547833 atctcttatctcttatttattaaagttaacccggacactaattgtt 17547788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 30 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 41042021 - 41041942
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaattta 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| |||||||| ||||||    
T  41042021 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttatttttactgtattacccttttttaattaaacctattgaattta 41041942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 17637204 - 17637236
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17637204 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 17637236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 26601177 - 26601209
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26601177 atctcttatctcttatttctaaatgttaacccg 26601209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 43136790 - 43136822
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43136790 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 43136822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 163; Significance: 4e-87; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 26899723 - 26899465
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||  | |||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||    
T  26899723 aactgttgccctaattttagcctaaattctatgcttacttttactgtattacacctgtttatttaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaaactt 26899624  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgt 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26899623 attttcaaacagagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacactaattgtttcatcctataatcgttgctcctattttcaactcatcgt 26899524  T
Q  228 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgttt 286  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  26899523 tgcttctttgtttttactaaacggagtccatcctataacaatttcctcctattttgttt 26899465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 33 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 21854988 - 21854845
Alignment:
Q  33 tgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| |  ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21854988 tgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactctattaccgctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatcttatt 21854889  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacc 174  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  21854888 ttcaaacggagatatctcttatctcttatttattaaagttaacc 21854845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 21855323 - 21855193
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgtttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctta 128  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||| |  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21855323 aactattgccctaattttaacctacattatatgcttacttttactgtattaccctgtttaattaaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctta 21855224  T
Q  129 ttttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21855223 ttttcaaacgaagagatctcttatctcttat 21855193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 33 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 21855475 - 21855329
Alignment:
Q  33 tgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||| ||| || ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21855475 tgttgccataattttaacctaaattttatgcttacttttattgtattacccctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatcttatt 21855376  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccgg 177  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  21855375 ttcaaacggagatatctcttatctcttatttattaaagttaacccgg 21855329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 21854836 - 21854705
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||| ||||| | | ||| || |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21854836 aactgttgccctaatttaaacccaaattctatgcttacttttagtatattacccttgtt-aattaaacatatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 21854738  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatt 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21854737 attttcaaacggagagatctcttatctcttatt 21854705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 96 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 26899956 - 26899876
Alignment:
Q  96 ctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  26899956 ctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatatcttatttattaaagttaacccg 26899876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 109 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26899797 - 26899728
Alignment:
Q  109 ttaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccgga 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  26899797 ttaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccgga 26899728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 30 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 26900078 - 26899957
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||| | ||| || | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26900078 aactgttgccctaattttaatctaaattatatgcttatttttactatattacccctatttaattaaatctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 26899979  T
Q  128 attttcaaacggagagatctct 149  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  26899978 attttcaaacagagagatctct 26899957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 21855162 - 21855022
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||||| ||| ||||||||         ||||||||||||||||||    
T  21855162 aactattgccttaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccttgtttcatttaacctattgaatttagttaatttaattaatttaat 21855063  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21855062 caaaatcttattttcaaacggagagatttcttatctcttat 21855022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 9979116 - 9979148
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9979116 atctcttatctcttatttataaacgttaacccg 9979148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 49067987 - 49067710
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||         ||||||||||||||||||    
T  49067987 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaattaatttaat 49067888  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttga 218  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  49067887 caaaattttattttcaaacgaagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgtttcatcctataatcgttgctcctattttca 49067788  T
Q  219 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  49067787 actcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctttaacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 49067710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Original strand, 55369732 - 55370008
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgtttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaatc 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |  || ||||||||| ||| ||||         |||||||||||||||||||    
T  55369732 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattaccctgtttaattaaacttattgaatttagttaatttaattaatttaatc 55369831  T
Q  120 aaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  55369832 aaaatcttattttcaaacggagagatatcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgtttcatcctataatcgttgctcctattttcaa 55369931  T
Q  220 ctcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  55369932 ctcatcattgctactttgtttttactaaatggagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccctgctcct 55370008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 53927189 - 53926921
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||| ||||| ||| |||||| || |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||    
T  53927189 aactgttgccctaattttaacctaaattaaatgcttacttttattgtattatccctggttaattaaacctattgattttaattaatttaatcaaaatttt 53927090  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgt 227  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  53927089 attttcaaacagagagatctctaatctaatatttattaaagttaacccggatgctaactgtttcatcttataatcgttgctcctactttcaactcatcgt 53926990  T
Q  228 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  53926989 tcctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacaatttcctcctcttttgtttccctgctcct 53926921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Original strand, 40822792 - 40823070
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||         ||||||||||||||||||    
T  40822792 aactgtttccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccttgtttaattaaacctattaaatttagttaatttaattaatttaat 40822891  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaaccc-ggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||     
T  40822892 caaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaaccccggacgctaactatttcatcctataatcgttgctcctattttc 40822991  T
Q  218 aactcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||| ||||||||    
T  40822992 aactcattgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacaatttcctattattttgtttccctgctcct 40823070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 38 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 36946652 - 36946499
Alignment:
Q  38 cccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaa 135  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36946652 ccctcattttaacctaaattctatgcttacttttactctattacccctgtttaattaaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaa 36946553  T
Q  136 acggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  36946552 acggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacgctaactgtt 36946499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 151 - 296
Target Start/End: Original strand, 48313932 - 48314077
Alignment:
Q  151 atctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgttgctactttgtttttactaaacg 250  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48313932 atctcttatttattaaagttaacccgaacgctgactgtttcatcctataatcgttgctcctattttcaactcatcgtttctactttgtttttactaaacg 48314031  T
Q  251 gagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  48314032 gagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccttgctcct 48314077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Original strand, 55369577 - 55369738
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  55369577 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccatgtataattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatctt 55369676  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||| ||||    
T  55369677 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaatccggacgctaactgtt 55369738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 36946817 - 36946656
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||| | ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36946817 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttatttttactatattacccctgtttaattaaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 36946718  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| |||| ||||    
T  36946717 attttcaaactgagagatctcttacctcttatttattaaaattaacccggacgctaactgtt 36946656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 53927344 - 53927197
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  53927344 aactattgccctaattttaacataaattatatgcttacttttactgtattaaccatgtttaattaaacctatttaatttagttagtttaatcaaaatctt 53927245  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaaccc 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  53927244 attttcaaacggagagatctcttatctcttattttttaaagttaaccc 53927197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 30 - 157
Target Start/End: Original strand, 40822174 - 40822303
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  40822174 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattactcttgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaattaaaatctt 40822273  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctctt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40822274 attttcaaacggagagatctcttatctctt 40822303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 175
Target Start/End: Original strand, 40822637 - 40822784
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  40822637 aactgttgccctaattttaacataaattctatgcttacttttattgtattacccctgtttaattaaacctatttaattttgttaatttaatcaaaatctt 40822736  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaaccc 175  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  40822737 attttcaaatggagagatctcttatcttttatttattaaagttaaccc 40822784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 158
Target Start/End: Original strand, 40822334 - 40822464
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatgttaa-ttttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40822334 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgtttacttttactgtattactcctgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 40822433  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctctta 158  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  40822434 attttcaaacgaagagatctcttatttctta 40822464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 173
Target Start/End: Original strand, 40822482 - 40822627
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatgt-taattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| ||||  || ||||| ||| |||  | ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40822482 aactgttgccctaatttaaacctaaattttatgaatacttttattgtattacacctgtttaattaaacatatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 40822581  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaac 173  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  40822582 attttcaaacgcagagatctcttatctcttatttattaaagttaac 40822627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 99 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 53927428 - 53927348
Alignment:
Q  99 tttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  53927428 tttaatttaattaatttaatcaaaaacttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggac 53927348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 53927675 - 53927595
Alignment:
Q  109 ttaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |||| ||||    
T  53927675 ttaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatatcttatttattacagttaacccggacgctaactgtt 53927595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 30 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 36946505 - 36946400
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgttt---aattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaat 124  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| || |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36946505 aactgttgccctaattttaacctaaattctatacttacttttactctattacccctgttttttaattaaacctatttaatttaattaatttaatcaaaat 36946406  T
Q  125 cttatt 130  Q
    ||||||    
T  36946405 cttatt 36946400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 53927601 - 53927516
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaat 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  53927601 aactgttgccctaattttaacctaaattttatgcttacttttattgtattacccctgtttaattaaacctatttaatttagttaat 53927516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 8526577 - 8526609
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8526577 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 8526609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 51656691 - 51656723
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51656691 atctcttatctcttatttctaaatgttaacccg 51656723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 6)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 30 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 13486 - 13218
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  13486 aactattgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctttttaatttagttaattcaatcaaaatctt 13387  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgt 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13386 attttcaaacagagagatctcttagctcttatttattaaagttaacccagacgctaactgtttcatcctataatcgttgctcctattttcaactcatcgt 13287  T
Q  228 tgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  13286 tgctactttgtttttattgaaccgagtccatcctataacagtttcctcctattttgtttccttgctcct 13218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 13950 - 13790
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13950 aactgttgccctaattttaaactaaattttatgcttacttttactgtattacccctgtt-aattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 13852  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  13851 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggacactaactgtt 13790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 14104 - 13944
Alignment:
Q  31 actgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctta 128  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14104 actgttgccttaattttaacctaaattatatccttacttttactgtattacccctgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctta 14005  T
Q  129 ttttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||    
T  14004 ttttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccagacgctaactgtt 13944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 13796 - 13672
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13796 aactgttgtcctaattttaacctaaattttatgcttacttttactgtattacctctgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 13697  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttat 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  13696 attttcaaacggagagatctcttat 13672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 13648 - 13517
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13648 aactgttgtcttaattttaacctaaattttatgcttacttttactgtattacccctatttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatctt 13549  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13548 attttcaaacggagagatcccttatctcttat 13517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 83 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 14205 - 14109
Alignment:
Q  83 tgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggac 179  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||    
T  14205 tgtttaattaaatttatttaatttagttaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagataacccggac 14109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 100 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 11654399 - 11654203
Alignment:
Q  100 ttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctata 199  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  11654399 ttaatttaattaatttaatcacaattttattttcaaacggagagatctcttatctcttatttattaaagttaacccggatgctaactgtttcatcctata 11654300  T
Q  200 atcgttgctcctactttgaactcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgtttctctgctcct 296  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  11654299 atcgttgctcctatttttaactcatcgttgctactttgtttttactaaacggagtccatcctataacaatttcctcctattttgtttccctgctcct 11654203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Original strand, 54242814 - 54242975
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54242814 aactgttgccctaattttaacctaaattatatgcttacttttactgtattacccatgtttaattaaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 54242913  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtt 189  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||    
T  54242914 attttcaaatggaaagatctcttatctcttatttattaaagttaacccagacgctaactgtt 54242975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 33 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 11654676 - 11654529
Alignment:
Q  33 tgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgtt-tatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||  || || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11654676 tgttgccctaattttaacctaaattttatgcttacttttactgtaatacccttgtttaattaaacatatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 11654577  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttatctcttatttataaatgttaacccgga 178  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||    
T  11654576 ttcaaacggagagatcttttatctattatttattaaagttaacccgga 11654529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 152
Target Start/End: Original strand, 54242969 - 54243093
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||  |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  54242969 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttatttttactgtattacccccgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatctt 54243068  T
Q  128 attttcaaacggagagatctcttat 152  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  54243069 attttctaacggagagatctcttat 54243093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 132
Target Start/End: Original strand, 22453789 - 22453893
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgtt-tatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatctt 127  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||  || || ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  22453789 aactgttgtcctaattttaacctaaattttatgcttacttttactgtactacccctgtttaattaaacctattgaatttagttaatttaatcaaaatctt 22453888  T
Q  128 atttt 132  Q
    |||||    
T  22453889 atttt 22453893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 30 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 11659344 - 11659213
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatt---------taatttaattaatttaat 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||| || |||||         ||||||||||||||||||    
T  11659344 aactgttgccctaattttaacctaaattctatgcttacttttactgtattacccctctttaattaaatctattgaatttagttaatttaattaatttaat 11659245  T
Q  119 caaaatcttattttcaaacggagagatctctt 150  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  11659244 caaaattttattttcaaacggagagatatctt 11659213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 8531847 - 8531815
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8531847 atctcttatctcttatttataaacgttaacccg 8531815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 8988727 - 8988695
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8988727 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 8988695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 24548946 - 24548914
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24548946 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 24548914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 37351627 - 37351595
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37351627 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 37351595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 42349917 - 42349949
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42349917 atctcttatctcttatttctaaatgttaacccg 42349949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 43 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 52408735 - 52408510
Alignment:
Q  43 attttaacctaaattctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattttcaaacgga 140  Q
    ||||||||||||||| |||  ||||||||| ||| |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  52408735 attttaacctaaattatatacttaattttagtgtattatccctgtttaattaaatctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttattt--------- 52408645  T
Q  141 gagatctcttatctcttatttataaatgttaacccggactctaattgtttcatcctataatcgttgctcctactttgaactcatcgttgctactttgttt 240  Q
    || |||||||||   |||||   |||| ||||||||     ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  52408644 gaaatctcttat---ttatt---aaat-ttaacccgt----taactgtttcatcctataattgttgctcctattttcaactcatcgttgctactttgttt 52408556  T
Q  241 ttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctcttttgttt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52408555 ttactaaacggagtccatcctataacagtttcctcctattttgttt 52408510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 28572672 - 28572640
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28572672 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 28572640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 176
Target Start/End: Original strand, 46623784 - 46623816
Alignment:
Q  144 atctcttatctcttatttataaatgttaacccg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46623784 atctcttatctcttatttttaaatgttaacccg 46623816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0891 (Bit Score: 77; Significance: 9e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0891
Description:

Target: scaffold0891; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 2135 - 2007
Alignment:
Q  34 gttgcccttattttaacctaaat-tctatg-ttaattttactgt-ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaatcttatt 130  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2135 gttgccctaattttaacctaaatctcaatgcttacttttactgtattacccttgtttaattaaacctatttaatttagttaatttaatcaaaatcttatt 2036  T
Q  131 ttcaaacggagagatctcttatctcttat 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2035 ttcaaacggagagatctcttatctcttat 2007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0891; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 1980 - 1843
Alignment:
Q  30 aactgttgcccttattttaacctaaattctatg-ttaattttactgt----ttatccatgtttaattgaacctatttaatttaattaatttaatcaaaat 124  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||| |||| ||| ||||||| |    ||| || ||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1980 aactgttcccctaattttaacataaattatatgcttacttttactatattattacccctgtttaattaaacttattgaatttagttaatttaatcaaaat 1881  T
Q  125 cttattttcaaacggagagatctcttatctcttattta 162  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1880 cttatttacaaacggagagatctcttatctcttattta 1843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1878 times since January 2019
Visitors: 3673