View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0556-INSERTION-4 (Length: 1138)

Name: NF0556-INSERTION-4
Description: NF0556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0556-INSERTION-4
NF0556-INSERTION-4
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (504-1132)||(5464471-5465103)
chr7 (77-474)||(5464041-5464440)
chr7 (504-1132)||(25828309-25828941)
chr7 (504-873)||(10328879-10329256)
chr7 (528-770)||(27046088-27046330)
chr7 (504-719)||(5949480-5949696)
chr7 (1005-1132)||(12501558-12501685)
chr7 (517-706)||(12501680-12501870)
chr7 (1005-1132)||(12527192-12527319)
chr7 (517-706)||(12527314-12527504)
chr7 (528-643)||(41029394-41029509)
chr7 (504-602)||(13278642-13278740)
chr7 (529-644)||(23810063-23810178)
chr7 (9-71)||(5463957-5464019)
chr7 (19-85)||(47500347-47500413)
chr7 (837-916)||(28717758-28717837)
chr7 (19-85)||(33450451-33450517)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (504-1130)||(4653265-4653897)
chr2 (504-1128)||(44440010-44440638)
chr2 (504-1056)||(6570944-6571495)
chr2 (522-970)||(8271051-8271506)
chr2 (887-1130)||(5964399-5964642)
chr2 (599-835)||(45036059-45036299)
chr2 (659-947)||(37192774-37193067)
chr2 (504-662)||(22540115-22540273)
chr2 (504-598)||(32864554-32864648)
chr2 (21-88)||(38397025-38397090)
chr2 (18-66)||(35315351-35315399)
chr2 (19-89)||(19908721-19908791)
chr2 (676-766)||(45041836-45041926)
chr2 (445-474)||(4653932-4653961)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (504-1132)||(2887137-2887768)
chr1 (504-1131)||(16824015-16824653)
chr1 (504-1056)||(11075508-11076062)
chr1 (519-969)||(39997427-39997881)
chr1 (504-1027)||(8266437-8266968)
chr1 (531-892)||(9427547-9427911)
chr1 (518-877)||(18565693-18566056)
chr1 (594-1041)||(3620882-3621333)
chr1 (949-1132)||(7384098-7384281)
chr1 (729-969)||(26479322-26479557)
chr1 (1028-1123)||(26479160-26479255)
chr1 (834-1109)||(15258518-15258794)
chr1 (504-561)||(14751551-14751608)
chr1 (507-561)||(41102653-41102707)
chr1 (1075-1128)||(3621361-3621414)
chr1 (22-85)||(40988660-40988723)
chr1 (811-900)||(7859141-7859230)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (518-1132)||(15243063-15243681)
chr8 (569-1132)||(1758592-1759150)
chr8 (504-1120)||(12562876-12563494)
chr8 (504-899)||(12607756-12608154)
chr8 (750-1132)||(23589526-23589908)
chr8 (584-909)||(28932216-28932545)
chr8 (750-926)||(23810334-23810513)
chr8 (667-912)||(45260838-45261088)
chr8 (545-747)||(36128080-36128279)
chr8 (504-654)||(12597097-12597244)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (504-1132)||(41940460-41941082)
chr4 (563-1132)||(47924242-47924816)
chr4 (505-1131)||(54258955-54259583)
chr4 (504-1031)||(40656057-40656587)
chr4 (563-1021)||(50945643-50946110)
chr4 (764-1111)||(25969111-25969459)
chr4 (517-781)||(27184691-27184961)
chr4 (504-719)||(25969739-25969952)
chr4 (504-696)||(6450481-6450674)
chr4 (564-699)||(11371615-11371750)
chr4 (528-648)||(23397515-23397635)
chr4 (671-974)||(24015771-24016076)
chr4 (19-97)||(23474044-23474122)
chr4 (19-71)||(31862284-31862336)
chr4 (504-557)||(41489226-41489279)
chr4 (445-474)||(11371834-11371863)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (577-1129)||(29046837-29047387)
chr6 (793-1132)||(2442042-2442384)
chr6 (528-826)||(10992809-10993104)
chr6 (517-781)||(2443249-2443519)
chr6 (727-804)||(6861944-6862021)
chr6 (1020-1131)||(31208228-31208339)
chr6 (528-592)||(6863540-6863604)
chr6 (21-89)||(17828634-17828702)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (556-1132)||(43445045-43445630)
chr3 (680-1132)||(53590140-53590597)
chr3 (569-928)||(7320152-7320512)
chr3 (529-804)||(17508629-17508905)
chr3 (504-770)||(50425920-50426187)
chr3 (1009-1132)||(7321112-7321235)
chr3 (7-89)||(10474490-10474572)
chr3 (531-683)||(10877654-10877807)
chr3 (504-665)||(53589930-53590091)
chr3 (617-742)||(33460165-33460292)
chr3 (552-729)||(51160851-51161032)
chr3 (1038-1130)||(33460637-33460729)
chr3 (19-89)||(29586278-29586347)
chr3 (19-89)||(33632764-33632834)
chr3 (19-85)||(48084764-48084830)
chr3 (839-892)||(33460447-33460500)
chr3 (1002-1045)||(10877611-10877654)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (529-997)||(54697-55173)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (667-1129)||(12292014-12292481)
chr5 (617-790)||(12291814-12291988)
chr5 (504-637)||(38697379-38697512)
chr5 (19-89)||(31546427-31546497)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 504 - 1132
Target Start/End: Original strand, 5464471 - 5465103
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  5464471 ttaagtttcaagcttatctctcaggatgagagattctatgtcagacggagggcagtttcagtgaccaaagcaccttgcatgtgatccttccttagccata 5464570  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  5464571 aaatctgcacatgtattttgttccccaagaatatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgctagtagcataag 5464670  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc 802  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5464671 tgtgcaaggtatgatcaaaatcaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctaacaaataatgttgacataatcttttttactacaaaaatc 5464770  T
Q  803 aa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 899  Q
    ||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5464771 aagaactatctggatagtacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcatagtgagcaaaacctgctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 5464870  T
Q  900 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaagaggtg 999  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  5464871 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccgaagggggatccaatgagctaagaggtg 5464970  T
Q  1000 tcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttga 1099  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5464971 tgatgagtgtgggtccaaaccgagattgggatagtaataaatgcattcatcatgtaataaaaagatctttcgcaccacatcttgaatacgccaatgttga 5465070  T
Q  1100 tcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5465071 tcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 5465103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 77 - 474
Target Start/End: Original strand, 5464041 - 5464440
Alignment:
Q  77 aaatggagagaatcttaactctttttcatgtaaaactgtcatacaatagggaagatttttcccgcaaaaagtcatgtgtaataatagaatttcttgaagt 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  5464041 aaatggagagaatcttaactctttttcatgtaaaactgtcatacaatagtgaagatttttcccgcaaaaagtcatgtgtaatagtagaatttcttgaatt 5464140  T
Q  177 actacactttaattatatttcaccaaattatattagtgaaatgatatttttgacacaaatattttacaaaaaattcgag-nnnnnnntat------gctt 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||      ||||    
T  5464141 actacactttaattatatttcaccaaattatattagtgaaatgatatttttgacacaaatattttacaaaaaattcgagaaaaaatatatttgtgagctt 5464240  T
Q  270 aactcggttgatagaaacatacatgtgaatttagaatgggataaagtttaaatagttaaacggatgatggtaaagacctctaattagacttaagtaaatg 369  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5464241 aactcggttgatagaaatatacatgtgaagttagaatgggataaagtttaaatagttaaacggatgagggtaaagacctctagttagacttaagtaaatg 5464340  T
Q  370 atcttatctgacccatcatagttcattaagaaacaacagcccaattaaactattcatcaataattagtggttaagttttttggtagtgttacaatgtaac 469  Q
         |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5464341 -----atctcacccatcatagttcattaagaaacaacagcccaattaaactattcgtcaataattagtggttaagttttttggtagtgttacaatgtaac 5464435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 504 - 1132
Target Start/End: Original strand, 25828309 - 25828941
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| |||  || | || ||||||||  ||||  || | |||||||||||||||||| ||||| |||     
T  25828309 ttaagttccaagcttatctctcaggatgagagattccatgctaggcagaagacagttccggtgagtagggaaccttgcatgtgatccttccttagacata 25828408  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| ||||||  ||||| ||||   || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||| || ||||||||     
T  25828409 aaatctgcacacatatttcgttcgt-aataacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtagagcatctttaatatgaaggatgtcaatagcataac 25828507  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc 802  Q
    | |||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  25828508 tctgcaaggtatgatcacgaccaacaacaatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcacatataatgttgacatagccttttttactacaaaaatc 25828607  T
Q  803 aa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 899  Q
    ||   |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25828608 aagacctatatggatagcacgtaattcagctaataacgcatcacttccaacttcatagcgagaaaaaccagttatccaatctccatcatggttgcgaaca 25828707  T
Q  900 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccaga-gggggatccaataagctaagaggt 998  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||     
T  25828708 acaccaccaatacctaaacaaccaaagtcttctaaaaagctaccatcaatattgagtttaagtgtaccttccggaggggggatccaatgagctaagaggc 25828807  T
Q  999 gtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttg 1098  Q
    |  |||||||||||| ||||| | |||||  ||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  25828808 gcgatgagtgtgggtacaaacaaggattgtcatagtaagaaatacattcatcatgtaacaaaaaggtctttcgcaccacatcttggatacgacaatgttg 25828907  T
Q  1099 atcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25828908 atcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 25828941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 504 - 873
Target Start/End: Original strand, 10328879 - 10329256
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||  | ||     
T  10328879 ttaagttccaagtttatctctcaggatgagagattccatgtcaggcggaggatggttccagtgagcagagcactttgcatgtgatccttccttcactata 10328978  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagc----a 698  Q
    |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| || ||||    |    
T  10328979 aaatttgcacacatattttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtgttcccatttccatgtaaagcatctctaatgtgaaaaatgtcaatagcatata 10329078  T
Q  699 taagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaa 798  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||  |||||||| || |||    
T  10329079 taagtgtgcaaggtatgatcacgaccatcaataatcaggtcaactccttcctaacaatcactctcacaaaaaatgttgacatagccttttttactataaa 10329178  T
Q  799 aatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagcta 873  Q
    ||| ||   |||| |  |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||  |||||||| ||||| ||||    
T  10329179 aattaagacctatttacatagcacgtaactccgttaataatacatcacctccaattttatagtgagagaaacctgcta 10329256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 528 - 770
Target Start/End: Original strand, 27046088 - 27046330
Alignment:
Q  528 gatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttcc 627  Q
    |||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| || ||||||||||||    
T  27046088 gatgagagatttcatgtcaggcggatgacagttccagtgagcagagcaccttgcatgtgatccttccttagtcacaaaatttgcccacgtattttgttcc 27046187  T
Q  628 ccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgt-aaacatctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaa 726  Q
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |  ||||    
T  27046188 ataagaacatgcaccaatgttgtattttcatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgacggtagcataagtgtgtaaggtatgatc-acgccaa 27046286  T
Q  727 caataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaata 770  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  27046287 caataatcaagtcaactgcttccaatcgatcactctcacaaata 27046330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 504 - 719
Target Start/End: Original strand, 5949480 - 5949696
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||  ||||||||||  ||||||||||| ||| | | |||||| || ||| |||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||| |     
T  5949480 ttaagttccaagcttatctctcagaatgagagattccatgccgggcggagggcaattccagtgagtagagtaccttgcatgtgatcctttcttagccgta 5949579  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgt-aaacatctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    ||||   ||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||   |||| |||||    
T  5949580 aaatcaacacacatgttttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtaaaatatctcgaatatgaaggatgttggtagtataag 5949679  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatca 719  Q
    |||||||||||||||||    
T  5949680 tgtgcaaggtatgatca 5949696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1005 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 12501685 - 12501558
Alignment:
Q  1005 agtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatccta 1104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  12501685 agtgtgggtccaaaccaggattgggatagtaagaaatgcattcatcatttaacgaaaaagtctttcgcaccacatcttgaatacgccaatggtgatccac 12501586  T
Q  1105 aaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||    
T  12501585 aaaaataacattgtttctccaacaccaa 12501558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 517 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 12501870 - 12501680
Alignment:
Q  517 ttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatg 616  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| |||  || || |||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| | ||||||||| |||| ||||||      
T  12501870 ttatctctcaagatgaaagattccatgccaggaggggggcagttccagtgagcagagcaccttgcatgcaatccgtccttagccataaaatctgcacaca 12501771  T
Q  617 tattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgt-aaacatctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtg 706  Q
    | ||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  12501770 tgttttgtaacctaagaacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtaaaacgtctctaatatgaaggatgtaagtagaataagtgtg 12501680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1005 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 12527319 - 12527192
Alignment:
Q  1005 agtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatccta 1104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||      
T  12527319 agtgtgggtccaaaccaggattgggatagtaagaaatgcattcatcatttaacgaaaaattctttcgcaccacatgttgaatacgccaatggtgatccac 12527220  T
Q  1105 aaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||    
T  12527219 aaaaataacattgtttctccaacaccaa 12527192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 517 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 12527504 - 12527314
Alignment:
Q  517 ttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatg 616  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||  || ||| || ||||||  |||  ||||||||||||||||  |||| | ||||||||| |||| ||||||      
T  12527504 ttatctctcaggatgaaagattccatgctaggcggggggcagttcctgtgggcagagcaccttgcatgcaatccgtccttagccataaaatctgcacaca 12527405  T
Q  617 tattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgt-aaacatctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtg 706  Q
    | ||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  12527404 tgttttgtaacctaagaacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtaaaacgtctctaatatgaaggatgttagtagcataagtgtg 12527314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 528 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 41029509 - 41029394
Alignment:
Q  528 gatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttcc 627  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||| | ||||  ||||||||||     
T  41029509 gatgagagattccatgtcaggtggaggacagttccaatgagcagagcaccttgtatgtgacccttccttagccataaaatctacacacatattttgttcg 41029410  T
Q  628 ccaagaacatgcacca 643  Q
    | ||||||||||||||    
T  41029409 cgaagaacatgcacca 41029394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 504 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 13278740 - 13278642
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccat 602  Q
    ||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  13278740 ttaagttccaaggttatctctcaggatgagagattccatgacaggcggagggcggttccagtgagcagagcaccttgcatgtcatccttccttagccat 13278642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 529 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 23810178 - 23810063
Alignment:
Q  529 atgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccc 628  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||  ||| |||| |||||| ||||  | |||| |||||    
T  23810178 atgagagatttcatgtcagacggagggtagttttagtgagcagagcatcttgcatgtgatcattctttatccataaaattttcacacatgttttattccc 23810079  T
Q  629 caagaacatgcaccaa 644  Q
     ||||| |||||||||    
T  23810078 taagaatatgcaccaa 23810063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 71
Target Start/End: Original strand, 5463957 - 5464019
Alignment:
Q  9 ttccatcaatattaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaat 71  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  5463957 ttccaccaacattaattactttttagtttttcgaaatttttgtgtgtctatatctctccaaat 5464019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 85
Target Start/End: Original strand, 47500347 - 47500413
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggaga 85  Q
    |||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||    
T  47500347 attaattattttttatttttttcaaaattttgtgtgtctatatctctctaaatggtagaaatggaga 47500413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 837 - 916
Target Start/End: Original strand, 28717758 - 28717837
Alignment:
Q  837 acatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaa 916  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||| |||||| ||||||  |||  || |||| || ||||||||||||||||||    
T  28717758 acatcacctccaattttgcagtgagaaaaatcagctacccaatcatcataatgtttgcaaataacaccaccaacacctaa 28717837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 33450517 - 33450451
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggaga 85  Q
    |||||||| |||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| |  ||||||||||    
T  33450517 attaattattttttatttttttcaaaattttgtgtgtttatatctctccaaatggtagaaatggaga 33450451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 504 - 1130
Target Start/End: Complemental strand, 4653897 - 4653265
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||     
T  4653897 ttaagttccaaacttatctctcaaaatgagagatttcatgtcagacggaggacacttccagtgagcagagcaccttgtatgtgatccttccttagccata 4653798  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||||||||||  ||||||||||    |||||||| |||||| |  |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||  |||||||||||    
T  4653797 aaatttgcacacatattttgttctatgagaacatgtaccaatatagtatttccatttccatgtagagcatctttaatatgaaagatgttagtagcataag 4653698  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatctttt-ttagtacaaaaat 801  Q
    |||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||| |||||||||    
T  4653697 tgtgtaaggtatgatcacgaccatcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttaacatagccttttattactacaaaaat 4653598  T
Q  802 caa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaac 898  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653597 caagacctatctggatagcacgtaactcacctagtaacgcatcacctccagcttcatggtgagaaaaatcagctatccaatctccatcgtggttgcgaac 4653498  T
Q  899 aacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccaga-gggggatccaataagctaagagg 997  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | || |||||||||||| |||||||||     
T  4653497 aacaccaccagcacctaaacaaccaaaatcttctaggtagctaccatcaatattgagtttgagtgtacccttcggaggggggatccaatgagctaagaga 4653398  T
Q  998 tgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgtt 1097  Q
    ||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4653397 tgcgatgagtgtgggtccaaaccatgattgggatagtaagaaatgcattcattatgtaacaaaaatgtctttcgcaccacatcttgaatacgccaatgtt 4653298  T
Q  1098 gatcctaaaaaatagtattgtttctccaacacc 1130  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4653297 gatcctcaaaaatagtattgtttctccaacacc 4653265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 504 - 1128
Target Start/End: Complemental strand, 44440638 - 44440010
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||| |||||||  ||  ||||||||||| ||||| || || ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||     
T  44440638 ttaagtttcaagcttatctctcaggattagagatttcataccagacggaggatagttccagcgaacagagcaacttgcatgtgatccttccttaaccata 44440539  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  44440538 aaatctgcacacatattttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtattttcattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgttagtagcataag 44440439  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc 802  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||   |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  44440438 tgtgcaaggtatgatcacgaccatcaataattgagtcatctgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacatagccttttttactacaaaaatc 44440339  T
Q  803 aac---tatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 899  Q
    ||    |||||| ||| ||| |||||| |||||||||  ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  44440338 aagacatatctgaataacacataactctgctaataacgtatcacatacaacttcatagtgagaaaaaccagctacctaatctccatcgtggttgcgaaca 44440239  T
Q  900 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaagaggtg 999  Q
    || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||| ||||||| ||| |||||  |    
T  44440238 acgccaccatcacctaaacaatcaaaatcttctagaaagctaccatcaatatcgagtttgagtctacctttcggaggggtatccaatgagcaaagagacg 44440139  T
Q  1000 tcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttga 1099  Q
      || ||||| | |||||||||| |||| |||| ||| |||| ||||||||||  ||||||||  ||||| |||||||||||| |||  | ||||||| |    
T  44440138 cgataagtgttgatccaaaccaatattgagatagtaaaaaatacattcatcataaaataaaaatgtctttcgcaccacatcttaaatgtgtcaatgttaa 44440039  T
Q  1100 tcctaaaaaatagtattgtttctccaaca 1128  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  44440038 tcctaaaaagtaatattgtttctctaaca 44440010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 504 - 1056
Target Start/End: Original strand, 6570944 - 6571495
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| ||    | |||||| |||||| ||||| |||  | ||||||||| ||||||| ||||| |||     
T  6570944 ttaagttccaagcttatctctcaggatgagagattccat----gccggagggcagttccagtgagcagcacgccttgcatgcgatccttccttagtcata 6571039  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||| || |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6571040 aaatctgcacacgtattttgttccctaagaacatgtactaatattgtatttctatttccatgcaaagcatctctaatatgaaggatgtcagtagcataag 6571139  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc 802  Q
    |||| ||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||  ||||| || || |||||||    
T  6571140 tgtgtaagttatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgtttccgaacaatcaccctcacaaataatgttgacatagccttttctactataaaaatc 6571239  T
Q  803 aa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 899  Q
    ||   |||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  6571240 aagacctatttggatagcacataactcagctaacaacgcatcacctccagcttcatagtgagaaaaatcagccacccaatctccatcgtggttgcgaaca 6571339  T
Q  900 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaagaggtg 999  Q
    ||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||| || ||| |||||||||| |    
T  6571340 acaccaccatctcctaaactaccaaagtcttctagaaagctaccatcaatattgagcttgagtgtaccttccgga-ggggctcgaatgagctaagaggcg 6571438  T
Q  1000 tcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaa 1056  Q
      | |||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  6571439 cgacgagtgtgggtctgaaccaagattgggatagtatgaaatgcattcgtcatgtaa 6571495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 522 - 970
Target Start/End: Original strand, 8271051 - 8271506
Alignment:
Q  522 tctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattt 621  Q
    ||||||||||||| |||| || |||| |||||| || ||| ||||| || |||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||| |  |||||    
T  8271051 tctcaagatgagacattccatatcaggcggagggcaattccagtgagcatagcatcttgcatgtgattcttccttagccataaaatctgcatacatattt 8271150  T
Q  622 tgttccccaagaacatgcaccaatgttct--atttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatc 718  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||| |  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8271151 tgttccctaagaacatgaaccactgttgtgtatttccattttcatgtaaagcatctctaatatgaaggacgtcagtaacataagtgtgcaaggtatgatc 8271250  T
Q  719 aaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaa-tcaa---ctatctggat 814  Q
    | ||||| || |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||   |||| |||||    
T  8271251 acaaccagcagtaatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacataaccttttcttctacaaaaaatcaagacctatttggat 8271350  T
Q  815 agcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacct 914  Q
    | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8271351 aacgcgtaactcagctaataacgcatcacctccaacttcataatgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccagcacct 8271450  T
Q  915 aaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttc 970  Q
    || ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  8271451 aagcaaccaaaaccttctagaaagctatcatcaatattgagtttgaatgtaccttc 8271506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 887 - 1130
Target Start/End: Original strand, 5964399 - 5964642
Alignment:
Q  887 gtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaat 986  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5964399 gtggatgcgaacaacaccaccaacatctaagcagccacaatcttctagaaagctaccattaatattgtgtttgagtgtaccttccagagggggatccaat 5964498  T
Q  987 aagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaat 1086  Q
     ||||||||  ||  |||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  5964499 gagctaagaaatgcgatgagtgttggtccagaccaagatttggatagtaagaaatgcattcatcttgtaacaaaaagatcttttgcactacaccttgaat 5964598  T
Q  1087 acgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacacc 1130  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5964599 acgtcaatgttgatcctaaaaaatagtatcgtttctccaacacc 5964642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 599 - 835
Target Start/End: Original strand, 45036059 - 45036299
Alignment:
Q  599 ccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagc 697  Q
    |||| |||||||||||  | |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  45036059 ccataaaatttgcacacatgttttgttccctaagaacatgcactaatgttgtattttcattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcagtagc 45036158  T
Q  698 ataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaa 797  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  45036159 ataagtgtgcaaggtatgatcatcaccatcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacataaccttttttactacaa 45036258  T
Q  798 aaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataa 835  Q
    |||||||   ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  45036259 aaatcaagacctacctggatagcacgtaactcagttaataa 45036299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 659 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 37193067 - 37192774
Alignment:
Q  659 ttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaacc 757  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||| |    
T  37193067 ttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtaagtagcataaatgtgcaagatatgatcacgaccatcaataatcaggttaactgtttccaaacaatc 37192968  T
Q  758 actctcacaaatattgttgacataatctttttt-agtacaaaaatcaac---tatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttc 853  Q
    ||| ||| ||||| |||||||| || | ||||  | ||||||||||||    |||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||    
T  37192967 actttcaaaaataatgttgacacaaaccttttagactacaaaaatcaaaacttatctggatatcacgtaactcagttaataacgtatcacctccaatttc 37192868  T
Q  854 gtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatca 947  Q
     ||||||||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  37192867 atagtgagaaaaattagttatccaatcaccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaactcaaatcttccagaaaactaccatca 37192774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 504 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 22540273 - 22540115
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||| || ||| || || |||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||     
T  22540273 ttaagttccaagtttatctctcaggatgagagattccatatcaggcggagggcaattccagcgaacagagcaccttgtatgtgactcttccttagtcata 22540174  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttcc 662  Q
    |||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  22540173 aaatctgcacatatattttgttctccgagaacatgcaccaatgttgtatttcgatttcc 22540115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 504 - 598
Target Start/End: Original strand, 32864554 - 32864648
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttag 598  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||| | || |||||||||||| | |||||||||||  |||||||| || |||||    
T  32864554 ttaaatttcaaacttatctctcaagatgcgagattccatttcaggcagatgacagttctagtaagcagagcaccttatatgtgatcattccttag 32864648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 38397090 - 38397025
Alignment:
Q  21 taattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggagagaa 88  Q
    ||||||||||||| |||||||||  |||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  38397090 taattactttttagtttttcaaa--ttttttttgtctatatctctccaaattgatgaaatggagagaa 38397025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 66
Target Start/End: Original strand, 35315351 - 35315399
Alignment:
Q  18 tattaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctc 66  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||    
T  35315351 tattaattactttttaatttttcaaaaaaaatttgtgtctatatctctc 35315399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 19908791 - 19908721
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggagagaat 89  Q
    |||||||| |||||| | |||  ||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  19908791 attaattattttttagtgttttgaaatttttgtgtatctatatctctctaaatggatgaaatgaagagaat 19908721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 676 - 766
Target Start/End: Original strand, 45041836 - 45041926
Alignment:
Q  676 taatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcaca 766  Q
    |||||| ||| ||| || || |||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |  ||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  45041836 taatataaagaatgtcaataacataagtgtgcaagatatgatcattaccatcaataattaaatcaactgcttttaaacaatcactctcaca 45041926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 445 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 4653961 - 4653932
Alignment:
Q  445 ttttttggtagtgttacaatgtaacgaggc 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653961 ttttttggtagtgttacaatgtaacgaggc 4653932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 504 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 2887768 - 2887137
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||   ||| ||||  |||||||  | | |||| |||||||||||||||| ||||||| |||  ||||     
T  2887768 ttaagttccaaacttatctctgaggatgagagatatcatgccaga--gaggacaaattttgtgagcagagcaccttgcatgagatccttccttgaccata 2887671  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttcccca-agaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataa 701  Q
    |||||| ||||  |||||||||  ||  | |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2887670 aaatttacacacatattttgttttccttaaaacatgcaccaatgttgtattttcatttccatataaatcatctctaatatgaaggatgacagtagcataa 2887571  T
Q  702 gtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaat 801  Q
    ||||||||| ||||||||  | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  2887570 gtgtgcaag-tatgatcacgatcagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaaccactctcgcaaataatgttgacatagtctttttcactacaaaaat 2887472  T
Q  802 caa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaac 898  Q
    |||   |||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  2887471 caagacctatttggatatcacgtaacgcagctaataacgcatcacctccagcatcatagtgagaaaaaccagctattcaatctctatcgtggttgcgaac 2887372  T
Q  899 aacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagaggggg-atccaataagctaagagg 997  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||  |||||| ||||||| ||||||||||    
T  2887371 aacaccaccagcacctaaacaaccaaaatcttctaaaaagctaccatcaatattgagtttgagtaaaccttccgtaggggggatccaatgagctaagagg 2887272  T
Q  998 tgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgtt 1097  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2887271 cgccatgagtgtgggtccaaaccaagattgggatagtaaaaaatgcattcatcacgtaacaaaaaggtctttcgcaccacatcttgaatacgccaatgtt 2887172  T
Q  1098 gatcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2887171 gatcctacaaaatagtattgtttctccaacaccaa 2887137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 504 - 1131
Target Start/End: Original strand, 16824015 - 16824653
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||  |||||||| | || ||||||||| ||| | | | |||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  16824015 ttaagttccaagcttatctcttaggaagagagattccatgcccgtcagagggcagttccattgagcagagcaccttgcatgtgatcctttcttagccata 16824114  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    ||||||| |||  |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16824115 aaatttgtacacatattttgttccctaagaacatgcgccaatgttgtattttcattttcatgtaaagcatctctaatatgaaggatgtcagtagcataag 16824214  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc 802  Q
    ||||||| ||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  16824215 tgtgcaaagtatgatctcgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaac-actctcacaaataatgttgacataaccttttttactataaaaatc 16824313  T
Q  803 aac---tatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 899  Q
    ||    |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  16824314 aagacatatcaggataacacgtaactcagctaataacgcatcacctcccgcttcatagtgagaaaaatcagttatccaatctccattgtggttgcgaaca 16824413  T
Q  900 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccaga-gggggatccaataagctaagaggt 998  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  || |||||||||||| ||||||||||     
T  16824414 acaccatcagcacctaaacaaccaagatcttctagaaagctaccatcaatattgagtttcagtgtaccttctggaggggggatccaatgagctaagaggc 16824513  T
Q  999 gtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatac-------gcc 1091  Q
       |||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||       | |    
T  16824514 acgatgagtgtggttccaaatcaagattaggatagtaagaaatgcattcatcatgtaacaaaaaggtctttcacaccacatcttgaatacgtcaatggtc 16824613  T
Q  1092 aatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacacca 1131  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  16824614 aatgttgatcctcaaaaaaagtattgtttctcgaacacca 16824653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 504 - 1056
Target Start/End: Complemental strand, 11076062 - 11075508
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    |||||||| ||  ||||||||||  ||||||||||  || ||||||||||| |||||| | ||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||||||     
T  11076062 ttaagttttaagcttatctctcagaatgagagatttcatttcagacggagggcagttccaatgagcagagtactttgcatgtgattcttccttagccata 11075963  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||  | ||||  ||||||||||   | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  11075962 aaacctacacacatattttgttcgttaggaacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtaaagcatctttaatatgaaggatgttagtagcataag 11075863  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc 802  Q
    |||||||||||||||||  || | ||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||||||||    
T  11075862 tgtgcaaggtatgatcacgacaagcaataatcaagtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacatagcctttttaactacaaaaatc 11075763  T
Q  803 aa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 899  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  11075762 aagacctatctggatagcacgtaactcagctaataacgcatcacctccagcttcatagtgggaaaaaccagttatctaatctctatcgtggttgcgaaca 11075663  T
Q  900 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaagaggtg 999  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||| |||||||||| |    
T  11075662 acaccaccagcacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcaatattgagtttgcgtgcactttccggagggggatccaatgagctaagaggcg 11075563  T
Q  1000 tcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaa 1056  Q
      ||  ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11075562 cgat--gtgtgtgttcaaaccaagattgggatagtaagaaatgcattcatcatgtaa 11075508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 519 - 969
Target Start/End: Original strand, 39997427 - 39997881
Alignment:
Q  519 atctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgta 618  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||| | |||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||  ||    
T  39997427 atctctcgtgatgagagattccatgtcaggcggagagcagttccagtgagccgagcaccttggatgtgatcattccttagccataaaatttgcacacata 39997526  T
Q  619 ttttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgat 717  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||||||| | |||| ||| ||||| ||| |||||||||||||| | |||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  39997527 ttttgctccctaagaacatgcatcaatgttgtgtttctattcccatggaaagcatctctaatatgatgaatgtaagtagcataagtttgcaaggtatgat 39997626  T
Q  718 caaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggat 814  Q
    ||  |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||   || |||||||    
T  39997627 cacgaccagcaataatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcataaataatgttggcataaccttttttactacaaaaatcaagacctgtctggat 39997726  T
Q  815 agcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacct 914  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39997727 agcacgtcactcagctgataacacatcacctccaactttgtagtgagaaaaaccagctatccgatctgcatcgtggttgcgaacaacaccaccaacatct 39997826  T
Q  915 aaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtacctt 969  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  39997827 aaacaactaaaatcttgtagaaagctaccatcaatattgagtttaagtatacctt 39997881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 504 - 1027
Target Start/End: Complemental strand, 8266968 - 8266437
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||  | | | | |||||| |||||| || ||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||||     
T  8266968 ttaagttccaagcttatctctcaaaatgagagatttcaagcctggcggagggcagttccagcgagtagagcaccttgcatgtgatctttctttagccata 8266869  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  8266868 aaatctgcacaagtattttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtattaccatttccatgtaaaacatctttaatat-aaggatgtcagtagcataag 8266770  T
Q  703 -----tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaa 797  Q
         |||||||||||||| ||  |||| || |||  | ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||  |||||  | |||||    
T  8266769 ataagtgtgcaaggtatgaccacgaccatcagtaagcatgtcaactgcttccaaacaatcattctcacaaataatgttggcatagccttttagactacaa 8266670  T
Q  798 aaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgc 894  Q
    |||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||    
T  8266669 aaatcaagacctatctggatagtacgtaactcagctaataatgcaccacctccaacttcatagtgagaaaaactagttatcgaatctccgtcgtggttgc 8266570  T
Q  895 gaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaag 994  Q
    | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||     
T  8266569 gcacaacaccaccagcacctaaataaccaaaatcttctaaaaagctaccatcaatattgagtttaagtgtaccttccaaacgggaatccaataaactaaa 8266470  T
Q  995 aggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattg 1027  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  8266469 aggcgtgatgagtgtgggtccaaaccaagattg 8266437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 531 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 9427911 - 9427547
Alignment:
Q  531 gagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttcccca 630  Q
    ||||||||||||| | || ||||| |||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||| | || | | ||||||||||| |    
T  9427911 gagagattctatgcctgatggagggcagttccagcgagtagagcaccttgcatgtgatccttccttagtcgtaaaatctacatacgaattttgttcccta 9427812  T
Q  631 agaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaa 729  Q
    ||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||  |||| ||     
T  9427811 agaacatgcgccaatcttgtattaccatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcagtagtataaatgtgcaaggtatgatcacgaccatcag 9427712  T
Q  730 taataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactc 826  Q
    |||  | ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||   ||||  | ||||||||||||   ||||||| |||||||| |||||    
T  9427711 taagcatgtcaactgaatccaaacaatcactctcacaaataatgttggcatagcattttagactacaaaaatcaagacctatctgaatagcacggaactc 9427612  T
Q  827 agctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggtt 892  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||    
T  9427611 agctaataacgcatcacct-caacttcatagtgagaaaaatcagttattcaatctccatcgtggtt 9427547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 518 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 18566056 - 18565693
Alignment:
Q  518 tatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgt 617  Q
    |||||||||  || |||||||| ||| ||  |||||| || ||| || || |||||||| |||||| ||||| || |||| |||| |||| | ||||| |    
T  18566056 tatctctcagaataagagattccatgccaagcggagggcaattccagcgagcagagcactttgcatatgatcattccttaaccataaaatctacacatat 18565957  T
Q  618 attttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatga 716  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||| || ||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||| |    
T  18565956 gttttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtattactattttcaagtaaagcatctctaatatgaagtatgtcaatagcataagtgtgcaatgtataa 18565857  T
Q  717 tcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc--aact-atctgga 813  Q
    |||  |||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||  | ||||||||||   ||| |||||||    
T  18565856 tcacgaccatcaataatcaggtcaactactttcaaacaatcactctcacaaataatgttgagatagtcttttggactacaaaaatcgagactaatctgga 18565757  T
Q  814 tagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatcca 877  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  18565756 tagcacgtaactcagctaataacacatcacctccagcttcatagtgaaaaaaatcagctatcca 18565693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 594 - 1041
Target Start/End: Original strand, 3620882 - 3621333
Alignment:
Q  594 cttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaac-atctctaatatgaaggatgaca 692  Q
    ||||||||| ||||||| |||  | |||||||| | |||||||||||| |||||  | ||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||    
T  3620882 cttagccataaaatttgtacacatgttttgttctctaagaacatgcactaatgtagtgttatcatttccatgtaaaatatctctaatatgaaggatgtca 3620981  T
Q  693 gtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttag 792  Q
    ||| ||||||| || ||||||||||||  |||||||| ||  |  ||||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||  |||| ||      
T  3620982 gtaacataagtatgtaaggtatgatcacgaccaacaacaaacatctcaaacgcttccaagcaaccactctcacaaataatgttgttatagcctttgttgc 3621081  T
Q  793 tacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtg 889  Q
     |||||||||||   | ||||| |||||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||||||   ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3621082 gacaaaaatcaagatccatctgaatagcacgcaactcagccaa--acacatcaccttcaactttaaagcaagaaaaaccagctatccaatctccatcgtg 3621179  T
Q  890 gttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagaggg-ggatccaataa 988  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| || || |||||  |||||| ||| |||||||||  || |||||| ||   |||||||| |||| || |||||| |    
T  3621180 gttgggaacaccaccaccaacaccaaagcacccaaagccttctaaaaaactaccatcaacatcgagtttaagataaccttccaaagggaggctccaatga 3621279  T
Q  989 gctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgg-gataataagaaat 1041  Q
    | ||||||  || |||||||||| ||||  | ||||||||  ||||||||||||    
T  3621280 gttaagagacgtgatgagtgtggatccattcgaagattggtcataataagaaat 3621333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 949 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 7384281 - 7384098
Alignment:
Q  949 tattgagtttgagtgtaccttccagagg-gggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattc 1047  Q
    |||||||||| ||||||||||   |||| |||||||||| |||||||||  |  |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  7384281 tattgagttttagtgtaccttgtggaggagggatccaatgagctaagagacgcgatgagtgtgggtccaaac-atgattgagataataagaaatgcattc 7384183  T
Q  1048 atcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    ||||| ||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  7384182 atcatataacaaaaaagtctttcgcaccacatcttgaatacgcaaatgttgatcctccaaaatagaattgtttctccaacaccaa 7384098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 729 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 26479557 - 26479322
Alignment:
Q  729 ataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaac---tatctggatagcacgtaact 825  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||   ||| ||   |||||||||||    ||| |  |||||||| | ||    
T  26479557 ataatcagctcaactgattccaaacaatcactctcacaaataatattgtcatagcatttcttgcaacaaaaatcaagacatatataaatagcacgcagct 26479458  T
Q  826 cagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaa 925  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||        ||| |    
T  26479457 cagctaatagcgcatcacctccaacttcatagtgcgaaaaaccagctatcaaatctccataatggttgtgaacaacaccaccaacac--------ccaga 26479366  T
Q  926 atcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtacctt 969  Q
     |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  26479365 gtcttctagcaagctaccatcaatattaagtttgagtttacctt 26479322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1028 - 1123
Target Start/End: Complemental strand, 26479255 - 26479160
Alignment:
Q  1028 ggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctc 1123  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  26479255 ggatagtaacaaatacattcatcatgtaacaaaaaaatattttgcaccacatcttaaatacaccaatgttgatcctcaaaaataacattgtttctc 26479160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 834 - 1109
Target Start/End: Complemental strand, 15258794 - 15258518
Alignment:
Q  834 aacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttcta 933  Q
    |||| |||||||| |||||| |||| |||||| |  |  |||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||  ||| ||    
T  15258794 aacagatcacctcaaacttcatagtaagaaaatcatgaaatccaatctttgtcgtggttacgaacaataccaccaacacctaagaacccaaagccttgta 15258695  T
Q  934 gaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggg-gatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggata 1032  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||| ||| |||||  ||||| | |||||| ||| ||||| ||  |||||||||  | ||  |  ||||| |||||    
T  15258694 gaaaactaccatcaacattgagtttgagagtatcttcccaaggggagctccaatgagccaagagatgcgatgagtgtgtatacattctgagatttggata 15258595  T
Q  1033 ataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaa 1109  Q
     | |||| |||||||||||||||| || ||| | ||  ||||||  || ||||||  |||| ||||||| |||||||    
T  15258594 gttagaattgcattcatcatgtaaaaagaaggtattccgcaccaactcatgaatattccaaagttgatcataaaaaa 15258518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 504 - 561
Target Start/End: Original strand, 14751551 - 14751608
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttc 561  Q
    ||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14751551 ttaagttccaaggttatctctcaggatgagagattctatgtcagacggagggcagttc 14751608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 507 - 561
Target Start/End: Original strand, 41102653 - 41102707
Alignment:
Q  507 agtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttc 561  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||    
T  41102653 agtttcaagtttatctctcaagatgagagaatcaatgtcaggcggagggcagttc 41102707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1075 - 1128
Target Start/End: Original strand, 3621361 - 3621414
Alignment:
Q  1075 cacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaaca 1128  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||    
T  3621361 cacatcatgaatacgccaatgttgatcctcaacaatagtattatatctccaaca 3621414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 40988723 - 40988660
Alignment:
Q  22 aattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggaga 85  Q
    ||||| |||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||    
T  40988723 aattattttttacttttttcaaaattttgtgtgtctttatctctccaaatagaaaaaatggaga 40988660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 811 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 7859230 - 7859141
Alignment:
Q  811 ggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaa 900  Q
    |||||||||| |||||||  || ||| |||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||||| |||||  |||||| |||| |||||    
T  7859230 ggatagcacgcaactcagacaacaactcatcacctcatacttcatagtgagaaaagctagctatctaatctatatcgtgattgcaaacaa 7859141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 518 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 15243681 - 15243063
Alignment:
Q  518 tatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgt 617  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||| ||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||  |    
T  15243681 tatctcttaggatgagagattccatgccaagcggagggcagttccagtgagcagagcaccttgcatgtgatccttccttagccataaaatatgcacacat 15243582  T
Q  618 attttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatga 716  Q
     | |||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  15243581 gtattgttccctaagaacatgcaccaatgttgttttttcattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtgagtagcataagtgtgcaaggtatga 15243482  T
Q  717 tcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaac---tatctgga 813  Q
    |||  |||| ||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| ||    ||||  ||    
T  15243481 tcatgaccatcaataatcaggtcaactacttcaaaacaatcactcttacaaataatgttgacataaccttttctactacaaaaattaagacatatcaaga 15243382  T
Q  814 tagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacc 913  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  15243381 tagcacgtaactcggctaataacgcatcaccttcaacttcatagtgcgaaaaaccagttatccaatctccatcgtggttgagaacaacacctccaacacc 15243282  T
Q  914 taaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggt 1013  Q
    |||||||||||||| || || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||    
T  15243281 taaacaaccaaaattttttaaaaagctgccatcaatattgagtttgagtgtaccttctggagggggatccaatgagctgagaggtgcgatgagtgtgggt 15243182  T
Q  1014 ccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagt 1113  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  15243181 ccaaaccaggattgggatagtaagagatgcattcatcatgtaacaaaaaagtctttcggaccacatcttgaatacgtcaatgttgaccctaaaaaatagc 15243082  T
Q  1114 attgtttctccaacaccaa 1132  Q
    |||||||||||||||||||    
T  15243081 attgtttctccaacaccaa 15243063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 569 - 1132
Target Start/End: Original strand, 1758592 - 1759150
Alignment:
Q  569 cagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaa 668  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  1758592 cagagcatcttgcatgtgatcgttccttagccataaaatctgcacatatattttgtcccctaagaacatgcatcaatgttgtatttccattttcatgtaa 1758691  T
Q  669 a-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaa 767  Q
    | ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  1758692 atcatctctaatatgaaggatgttagtggcataagtgtgcaaggtatgatcacaactagcaataatcaggtcaattgcttccaaacaatcactctcacaa 1758791  T
Q  768 atattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaactatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaac 867  Q
    ||| |||||||| || |||||| | ||||||| ||||       ||    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1758792 ataatgttgacacaacctttttcactacaaaattcaa-------gacctaaagtaactcagctaataacgcatcacctccaacttcatagtgagaaaaac 1758884  T
Q  868 cagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtacc 967  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1758885 cagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaataccatcagcacctaaacaaccaaaaccttctagaaagctaccatcaatattgagtttgagtgtacc 1758984  T
Q  968 ttccag-agggggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatc 1066  Q
    ||| || ||||||||||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  1758985 ttcgagaagggggatccaatgagttaagaggcgtgatgagtatgggtccaaaccaagattggaatagtaagaaatgcattcatcatgtagcaaaaaggtc 1759084  T
Q  1067 ttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1759085 tttcacaccacatcttgaatacaccaatgttgatccacaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1759150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 504 - 1120
Target Start/End: Complemental strand, 12563494 - 12562876
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||  ||||||| || ||||| |||||  ||  ||| |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  12563494 ttaagttccaagcttatctcccatgatgacagatttcataccaggcggagggcagttcgagtgagcatagcaccttgcatgtgatccttccttaaccata 12563395  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaaca-tctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| ||||||  |||||| ||||  || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  12563394 aaatctgcacacatatttttttcctaaa-aacatgcaccaatgttgtattttcatttccatgtaaagaatctctattatgaaggatgtcggtagcataag 12563296  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc 802  Q
    ||| ||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||   |||||||| ||||||||||    
T  12563295 tgttcaaagtatgatcacgaccaacaataatcaggtcaactacttccaaacaatcactctcacaaataatgttgatatggccttttttactacaaaaatc 12563196  T
Q  803 aa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 899  Q
    ||   ||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12563195 aagacctatctggatagcacgtaaattagataataacgcatcacctccagcttcatagtgagaaaa-ccagctatccaatctccatcgtggttgcaaaca 12563097  T
Q  900 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaagaggtg 999  Q
     ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||| |    
T  12563096 gcactaccatcacctaaacaacaaaaatcttctagaaatctaccatcaatattgagtttgagtgtaccttcgggagggggatacaatgagctaagaggcg 12562997  T
Q  1000 tcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttga 1099  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  12562996 tgatgagtgtgggtccaaacgaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaacaaaaagatctttcataccacatattgaatacaccaatgttga 12562897  T
Q  1100 tcctaaaaaatagtattgttt 1120  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  12562896 tcctaaaaaataatattgttt 12562876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 504 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 12608154 - 12607756
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttg--catgtgatccttgcttagcca 601  Q
    ||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||   |||||||||||| ||||||||    
T  12608154 ttaagttccaagcttatctctcaggatgagagattccgtgtcagacggagggcagttccaatgagcagagcaccttttacatgtgatccttccttagcca 12608055  T
Q  602 ttaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaac-atctctaatatgaaggatgacagtagcata 700  Q
    | |||| ||||||  |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12608054 taaaatctgcacacatattttgttccttatgaacatgcaccaatgttgtatttccatttccatgtaaaccatctctaatatgaaggatgtcagtagcata 12607955  T
Q  701 agtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaa 800  Q
    |||||||||| |||||| |  |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  12607954 agtgtgcaagatatgattacgaccatcaataatcaggtctactgcttccaaacaatcactc--acaaataatgttgacataa-cttttttactacaaaaa 12607858  T
Q  801 tcaac---tatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaa 897  Q
    ||||    |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12607857 tcaagacatatctgcatagcacgtaactcggttaataacacatcatttccaacttcataatgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttacgaa 12607758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 750 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 23589908 - 23589526
Alignment:
Q  750 aaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctc 846  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23589908 aaacaatcactctgacaaataatgttgacataacctttgttactacaaaaataaagttctatctggatagcacgtaactcagctaataacgcatcacctc 23589809  T
Q  847 caacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatc 946  Q
    ||||||| ||||| |||||  ||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23589808 caacttcatagtgggaaaactcagttatccaatctctatcgtagttacgaacaacaccaccagcacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctgccatc 23589709  T
Q  947 actattgagtttgagtgtaccttc-cagagggggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcat 1045  Q
    | ||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||| || |||| || |  |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  23589708 aatattgagtttgagtgtaccttctgaaggggggatccaatgagttaaggggcgcgatgagtgtgggtccaaaccaggattgggatggtaagaaatgcat 23589609  T
Q  1046 tcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    ||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||   |||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  23589608 tcatcatgtaacaaaaaagtctttcgcaccacatattgaat---ccaatggtgatcct-aaaactagcattgtttctccaaccccaa 23589526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 584 - 909
Target Start/End: Original strand, 28932216 - 28932545
Alignment:
Q  584 gtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatg 682  Q
    |||||| || ||||||||| |||| | ||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| |||||||    
T  28932216 gtgatctttccttagccataaaatctacacacatattttgttctctaagaacatgcaccaatgttgtatttccacttccatgtagagcatctttaatatg 28932315  T
Q  683 aaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataa 782  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  28932316 aaggatgtcagtagtataagtgtgcaaggtatgatcacggccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacataa 28932415  T
Q  783 tcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaat 879  Q
      ||||| | |||||||| |||   |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  28932416 catttttcactacaaaaaccaagacctatcttgatagcacgtaactcagctaataacgcatcagcttcagcttcatagtgagaaaaaccaactatccaat 28932515  T
Q  880 ctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaa 909  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  28932516 ctccatcgtggttacgaacaacaacaccaa 28932545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 750 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 23810513 - 23810334
Alignment:
Q  750 aaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctc 846  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  23810513 aaacaatcactctcacaaataatgttgacataacctttgttactacaaaaatcaagacctttctggatagcacgtaactcagctaacaacgcaccacctc 23810414  T
Q  847 caacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaa 926  Q
    ||||||| ||||| |||||  ||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23810413 caacttcatagtgggaaaactcagttatccaatctctatcgtagttacgaacaacaccaccagcacctaaacaaccaaaa 23810334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 667 - 912
Target Start/End: Original strand, 45260838 - 45261088
Alignment:
Q  667 aaacatctctaatatgaaggatg-acagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcac 765  Q
    ||||||||||||||||||| |||    ||||||||||||||||| ||||| |||  ||||  |||||| || | || || |||||| |||  ||||||||    
T  45260838 aaacatctctaatatgaagaatgtttggtagcataagtgtgcaatgtatgttcacgaccatgaataatcagcttaaatgattccaagcaattactctcac 45260937  T
Q  766 aaatattgttgacataatc-ttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgag 861  Q
    ||||| ||||| ||| | | ||||||  ||||||||||||   | |||| ||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  45260938 aaataatgttgtcatgaccttttttttttacaaaaatcaagacccatctagatagcatgcaaatcagctaataacgcatcacctccaacttcatagtgag 45261037  T
Q  862 aaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacac 912  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45261038 aaaaatcagttatccaatcttcatcgtggttgcgaacaacaccaccaacac 45261088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 545 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 36128279 - 36128080
Alignment:
Q  545 cagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaa 644  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||    ||||||||||||    
T  36128279 cagacgaaggacagttttagtgagcagagcaccttgcatgtgatctttccttagccataaaatttgcacacatattttgttccc----aacatgcaccaa 36128184  T
Q  645 tgttctatttccatttccatgta-aacatctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaact 743  Q
    |||| ||||| |||||  ||||| |  ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| || ||| ||||||||  |||||||||||| | |||||||    
T  36128183 tgttatattttcatttttatgtataggatctctaatataaaggatgtcagtaacataagtatgtaagttatgatcacgaccaacaataatcaagtcaact 36128084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 504 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 12597244 - 12597097
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    |||||||||||  |||||| ||| ||| ||| |||| |||| || |||||   ||||| ||| | |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||     
T  12597244 ttaagtttcaagcttatctatcaggataagaaattcaatgttaggcggag---agttccagtaagcagaacaccttgaatgtgatccttccttagccata 12597148  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctattt 654  Q
    |||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  12597147 aaatctgcacacatattttgttccctaagaacatgcaccaaagttatattt 12597097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 504 - 1132
Target Start/End: Original strand, 41940460 - 41941082
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    |||||||||||  |||||||| |  || |||||||  ||||||| ||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||||||     
T  41940460 ttaagtttcaagcttatctctgagaataagagatttcatgtcaggcggaggatagttctagcgagcagaacaccttgcatgtgatccttccttagccata 41940559  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  41940560 aaatttgcacat--attttgttccctaagaacatgcatcaatgttgtattaccatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcggtagcataag 41940657  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatc 802  Q
    |||||||||||||||||  |||  ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||  | ||||||||||    
T  41940658 tgtgcaaggtatgatcacgaccgtcaataatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcacaaataatgttgacatagccttttaaattacaaaaatc 41940757  T
Q  803 aa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaaca 899  Q
    ||   ||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  41940758 aagacctattctgatagcacgtaactcagctaataacgcatcacctccagcttcatagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcg---a 41940854  T
Q  900 acaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccaga-gggggatccaataagctaagaggt 998  Q
    ||||||||| || |||  |      ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||| || || ||||||||| ||||||||| |    
T  41940855 acaccaccaccagctatcc------aatcttctagaaagctatcatcaatattgattttaagtgtaccttccggatggaggatccaatgagctaagagat 41940948  T
Q  999 gtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttg 1098  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  41940949 gtgacgagtgtgggtccaaaccaagattgggatagtaagaaatgcattcatcatgtaacaaaaagatctttcgcaccacatcttgaatacaccaatgttg 41941048  T
Q  1099 atcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41941049 accataaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 41941082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 563 - 1132
Target Start/End: Original strand, 47924242 - 47924816
Alignment:
Q  563 agtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttcc 662  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||  |||||  | |||||||| |  |||| ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  47924242 agtgagcagagcaccttgcatatgatccttacttagccataaaatcagcacacatgttttgttcgctgagaatatgcaccaatgttatatttccattttc 47924341  T
Q  663 atgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactc 761  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  47924342 atgtaaaacatctcgaatatgaaggatgtcagtagcataagtgtgcaaggtatgatcatgatcatcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactc 47924441  T
Q  762 tcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagt 858  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  47924442 tcacaaataatgttgacttaaccttttttactacaaaaatcaagacctatccggatagcacgtaattcagctaataatgcatcacctccaacttcatagt 47924541  T
Q  859 gagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagttt 958  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| || | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  47924542 gtgaaaaaccagcaatccaatctccattgtcgctacgaacaacaccgccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctgccatcaatattgagttt 47924641  T
Q  959 gagtgtaccttccaga-gggggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaat 1057  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  47924642 aagtgtaccttctagaggggggatccaatgagctaaaagacacgatgagtgtgggtccaaaccaagattgggatagtaagaaatgcattcatcatctaac 47924741  T
Q  1058 aaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    |||||  ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47924742 aaaaaagtctttcgcactacatcctgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtgttgtttctccaacaccaa 47924816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 505 - 1131
Target Start/End: Complemental strand, 54259583 - 54258955
Alignment:
Q  505 taagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatta 604  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||| || ||||||||||||  | | | ||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |    
T  54259583 taagtttcaaacttatctct-aggatgagagattttatgttaggcggaggacagtttcactcagcagagcaccgtgcatgtgatccttt-ttagccatga 54259486  T
Q  605 aatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagt 703  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  ||||| |||||||    
T  54259485 aatttgcacacatattttgttccctaagaacatgctccaatgttgtatttccatttccatgtaaatcatctctattacgaaggatatcagtaacataagt 54259386  T
Q  704 gtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatca 803  Q
    ||| | | ||| |||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||| |||| |  ||||||||    
T  54259385 gtgtaggttatcatcacaaccagcaataaacaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacatagccttatttactgtaaaaatca 54259286  T
Q  804 a---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaa 900  Q
    |   |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  54259285 agacctatctggatagcacgtaactcagctaacaacccatcacctccagct-catagtgagaaaaaccagctatccattctccaatgtggttgcgaacaa 54259187  T
Q  901 caccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagaggggga-tccaataagctaagaggtg 999  Q
     ||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||| || ||||||| |    
T  54259186 taccaccatcacctaaacaaccagagtcttctggaaagctaccatcaatattgagcttgagtgtaccttccggaggggggctccaatgagttaagaggcg 54259087  T
Q  1000 tcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttga 1099  Q
      ||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54259086 cgatgagagtgggtccgaaccaagattgggatagtacgaaatgcattcatcatgtaacaaaaagatctttcgcaccacatcttgaatacaccaatgttga 54258987  T
Q  1100 tcctaaaaaatagtattgtttctccaacacca 1131  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54258986 tcctcaaaaatagtattgtttctccaacacca 54258955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 504 - 1031
Target Start/End: Original strand, 40656057 - 40656587
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| ||||| |||||  ||  |||| ||||| || ||||||||| || ||||||| |||| |||| ||| ||||| |||     
T  40656057 ttaagttccaaacttatctatcaggatgaaagatttcataccagatggagggcaattctagtgagcatagcacctcgcatatgattcttccttagtcata 40656156  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| ||||||  |||||||||| |  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||  ||||| |||||    
T  40656157 aaatctgcacacatattttgttctcttagaacatgcaccaatgtcgtatttccatttccatgtaaaacatctctgatatgaaatatgttagtagtataag 40656256  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgtt-gacataatcttttttagtacaaaaat 801  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||  |||| || |||||||||    
T  40656257 tgtgcaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcacaaataatgtttgacgtaacattttctactacaaaaat 40656356  T
Q  802 caac---tatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaac 898  Q
    |||    ||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||    
T  40656357 caagacatatatggataacacgttactcagctaataacgcatcacttctaacttcacagtg-gaaaaaccagttattcaatctctattgtggttgcgaac 40656455  T
Q  899 aacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaagaggt 998  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| | |||||||||    
T  40656456 aacaccacgagcacctaaacaaccaaaatcttctagaaagttaccatcaatattgagtttgagtgtaccttcc-gaaagggatccaatgaactaagaggt 40656554  T
Q  999 gtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggat 1031  Q
    |  ||||||||   | | |||||||||||||||    
T  40656555 gcgatgagtgttcatacgaaccaagattgggat 40656587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 563 - 1021
Target Start/End: Complemental strand, 50946110 - 50945643
Alignment:
Q  563 agtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttcc 662  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||| | |||   |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||| ||||| |    
T  50946110 agtgagcagagcatcttgcatgtgatccttccttagcaataaaatctacacgcatattttgttctctaaaaacatgcatcaatgttgtattttcattttc 50946011  T
Q  663 atgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactc 761  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||| ||| |   ||| |||||||  ||||||||  |||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||     
T  50946010 atgtaaaacatctctaatgtggaggatgtcagcaatctaa-tgtgcaacatatgatcacgaccaacaataatcaggtcaatcggttccaaacaatcactt 50945912  T
Q  762 tcacaaatattgttgacataatc---ttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgt 855  Q
    ||||||||| |||||||||| ||   ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||| |    
T  50945911 tcacaaataatgttgacatagtccttttttttactacaaaaatcaagacctatctggatagcgcgtaactcagctaataacgcatcaccttcagcttcat 50945812  T
Q  856 agtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctacc---atcactatt 952  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||   |||| ||||    
T  50945811 agtgagaaaaatcagctatccaatctccatcatggttgtgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaactattctaaaaagctaccatcatcaatatt 50945712  T
Q  953 gagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaacca 1021  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||||||| ||   |||||||| ||||||||||    
T  50945711 gagtttgagtgtatctttcagaaggggattcaatgagctaagagatgcactgagtgtgagtccaaacca 50945643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 764 - 1111
Target Start/End: Complemental strand, 25969459 - 25969111
Alignment:
Q  764 acaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtga 860  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||  | || | |||| ||||||    
T  25969459 acaaataatgttgacataacctcttttactacaaaaatcaagacctatctggatagtacgtaactcaactaatagcacatggcttcgagcttcatagtga 25969360  T
Q  861 gaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttga 960  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  25969359 gaaaaaccaactatccaatctccatcgtgattgcgaacaacaccatcaccacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccattaatatcgagtttga 25969260  T
Q  961 gtgtaccttccagagg-gggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataa 1059  Q
    |||| |||||| |||| | |||||||| |||||||||| |  ||||||||  ||| ||||||||| || |||| ||| ||||| || |||||||||||||    
T  25969259 gtgt-ccttccggaggagagatccaatgagctaagaggcgcaatgagtgt--gtctaaaccaagactgagatagtaaaaaatgtatacatcatgtaataa 25969163  T
Q  1060 aaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaata 1111  Q
    || | |||||  ||||||||||||||||| | | |||| |||||||| ||||    
T  25969162 aatggtctttcacaccacatcttgaatacactagtgttaatcctaaataata 25969111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 517 - 781
Target Start/End: Original strand, 27184691 - 27184961
Alignment:
Q  517 ttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatg 616  Q
    ||||||||||  | ||||||||  || |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||| | || |      
T  27184691 ttatctctcagaaagagagatttcatatcagacggaggacaattccagtgagcagagcacattgcacgtgatccttccttagccataaaatatacataca 27184790  T
Q  617 tattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgaca-----gtagcataagtgtgcaag 710  Q
    |||||||||||| | |||||||||  |||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||     |||||||| |||||||||    
T  27184791 tattttgttccctatgaacatgcattaatgttgtattaccattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcatgtcagtagcatatgtgtgcaag 27184890  T
Q  711 gtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacata 781  Q
    |||||||||  |||| ||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||    
T  27184891 gtatgatcacgaccatcaataatcaagtcaactgcttccaaacaatcattctcacaaataatgttcacata 27184961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 504 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 25969952 - 25969739
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||  |||||||||  |||||||||||| ||| ||  || ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    ||| ||     
T  25969952 ttaagttccaagcttatctctcgggatgagagattccatgccaagcgaagggcagttctagtgagcagaacaccttgcatgtgattcttc---agctata 25969856  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgt-aaacatctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| ||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || | |||||||    
T  25969855 aaatatgcacacatattttgttccttaagaacatgcaccaatgttgtattttcatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggacgtcattggcataag 25969756  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatca 719  Q
    |||| ||||||||||||    
T  25969755 tgtgtaaggtatgatca 25969739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 504 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 6450674 - 6450481
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||| | | ||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||   | |||| ||||     
T  6450674 ttaagttccaaatttatctctgatgatgacagattccacgccagacagaggacagttctagttaacagagcatcttgcatgtgatttatccttaaccata 6450575  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtag 696  Q
    |||| | ||||  |||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  6450574 aaatctacacacatattttgttccctaagaacatgaaccactgttgtatttccattttcatgtaaatcatctctaatataaagaatgtcagtag 6450481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 564 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 11371750 - 11371615
Alignment:
Q  564 gtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttcca 663  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||| ||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11371750 gtgagcagagcaccttgcatttgatcattccttagccataaaatctgcacacatattttgttcct-aagaacatgcaccaatgttgtatttccatttcca 11371652  T
Q  664 tgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcat 699  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  11371651 tgtaaataatctctaatatgaacgatgtcagtcgcat 11371615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 528 - 648
Target Start/End: Original strand, 23397515 - 23397635
Alignment:
Q  528 gatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttcc 627  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||  | | ||||| |||| |||| |||  |||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  23397515 gatgagagattccatgccagacggaggacaattccagtgaatataacacctagcatatgattcttcattagccataaaatttgcacatatgttttgttcc 23397614  T
Q  628 ccaagaacatgcaccaatgtt 648  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  23397615 ctaagaacatgcaccaatgtt 23397635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 671 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 24016076 - 24015771
Alignment:
Q  671 atctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaata 770  Q
    |||||||||||||| ||||  | || |||||||||| |||||||||||| ||| | ||| ||  |  ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  24016076 atctctaatatgaacgatgttaataacataagtgtgtaaggtatgatcacaacaagcaacaaagatttcaactgcttccaaagaatcactctcacaaata 24015977  T
Q  771 ttgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaact---atctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaac 867  Q
     |||||  |||| || | |||  |||||||||||     || |  ||| |||| |||||| | || ||  |||||||||||||||| ||   ||||||      
T  24015976 atgttgttataa-ctctattacaacaaaaatcaagacacatttcaataacacgcaactcaaccaacaatgcatcacctccaacttcatatgaagaaaagt 24015878  T
Q  868 cagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtacc 967  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  |||||| |||  ||||||||  ||||| ||  || |||||    
T  24015877 cggctattcaatctccatcgtggttgcgaacaaccccaccaacacctaagcacccgaagccttctataaaattaccatcaacattgaattcaagagtacc 24015778  T
Q  968 ttccaga 974  Q
    |||||||    
T  24015777 ttccaga 24015771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 23474122 - 23474044
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggagagaatcttaactc 97  Q
    |||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  23474122 attaattactttttaattttttgaattttttgtgtgtttatatctctccaaatggatgaaagggagaggatcttaactc 23474044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 71
Target Start/End: Original strand, 31862284 - 31862336
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaat 71  Q
    |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31862284 attaattattttttactttttctaaaattttgtgtgtctatatctctccaaat 31862336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 504 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 41489279 - 41489226
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggaca 557  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||    
T  41489279 ttaagttccaaatttatctcttaagaagagagattctatgccaaacggaggaca 41489226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 445 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 11371863 - 11371834
Alignment:
Q  445 ttttttggtagtgttacaatgtaacgaggc 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11371863 ttttttggtagtgttacaatgtaacgaggc 11371834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 577 - 1129
Target Start/End: Complemental strand, 29047387 - 29046837
Alignment:
Q  577 cttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctc 675  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||  |||||||||||| ||||| ||| || |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29047387 cttgcatgtgatccttacatagccataaaatctgcacacatattttgttccctaagaa-atgtactaatgttttattaccatttccatgtaaagcatctc 29047289  T
Q  676 taatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgtt 775  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||  |||||||||||   ||||||| |||| ||| ||||| ||||    
T  29047288 taatatgaaggatgttagtagcataaatgtgcaaggtatgatcacgaccatcagtaagcaggtcaactgc---caaacaatcactttcataaataatgtt 29047192  T
Q  776 gacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagct 872  Q
    ||  || ||| ||| | ||||||||||||   || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||    
T  29047191 gatgtagtctctttgattacaaaaatcaagacctgtctggttagcacgtaactcagctaataacgcatcacctccagattcatagtgagaaaaactagct 29047092  T
Q  873 atccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttcca 972  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||     
T  29047091 attcaatctccatcgtggttgcaaacaacaccaccaacatctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcaatattgagtttaagtgtaccttcc- 29046993  T
Q  973 gagggggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgc 1072  Q
      |||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||  |    
T  29046992 -ggggggatcaaatgagctaagaggcgtgatgagtgtgggtccaaaccaagattggaatcgtaagaagtgcattcatcatgtaacaaaaaggtctttcac 29046894  T
Q  1073 accacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacac 1129  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  29046893 accacatcttgaatacgccaacgttgttcctcaaaaataatattgtttctccaacac 29046837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 793 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 2442384 - 2442042
Alignment:
Q  793 tacaaaaatcaac---tatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtg 889  Q
    |||||||||||||   ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  2442384 tacaaaaatcaacacctatttggataacacgtaactcagctaataacgcatcacctccaacttcatagtgagaaaaactagctatccagtctccattgtg 2442285  T
Q  890 gttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagggggatccaataag 989  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||   | ||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| ||    
T  2442284 gttgtggacaacaccaccaacacctaaacaacccaaatctctaaaaaaactaccatcaatattgagtttaagagtaccttccggagggggatctaatgag 2442185  T
Q  990 ctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacg 1089  Q
    ||||||||  | |||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||  ||||     
T  2442184 ctaagaggcatgatgaatgtgggtccaaatcaatattgggatagtaaaaaatgcattcatcatgtaacaaaaatgtctttcgcaccacatcttagataca 2442085  T
Q  1090 ccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  2442084 ccaatattgatccttaaaaatagtattgtttcttcaacaccaa 2442042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 528 - 826
Target Start/End: Original strand, 10992809 - 10993104
Alignment:
Q  528 gatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttcc 627  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| || |||| |||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | || | |||||||||||    
T  10992809 gatgagagattttatgtcagacggagggcagttgtagagagcagaacaccttgcatgtgatcatttcttagccataaaattggtacctatattttgttcc 10992908  T
Q  628 ccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaacatctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaac 727  Q
      ||||||| |||||||||||  |||||||| |      |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  || | |    
T  10992909 t-aagaacaagcaccaatgttgaatttccatgta-----aaacatctctaacatgaaagatgtcagtagcataagtgtgcaaggtatgatcacgactatc 10993002  T
Q  728 aataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaac 824  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||| | |||||| ||||||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  10993003 cataatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcacaaataatattgacataaccatttttactacaaaaatcaagacctatctagatagcacgtaac 10993102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 517 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 2443519 - 2443249
Alignment:
Q  517 ttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatg 616  Q
    ||||||||||  | ||||||||  || |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||| | || |      
T  2443519 ttatctctcagaaagagagatttcatatcagacggaggacaattccagtgagcagagcacattgcacgtgatccttccttagccataaaatatacataca 2443420  T
Q  617 tattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgaca-----gtagcataagtgtgcaag 710  Q
    |||||||||||| | |||||||||  |||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||     |||||||| |||||||||    
T  2443419 tattttgttccctatgaacatgcattaatgttgtattaccattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcatgtcagtagcatatgtgtgcaag 2443320  T
Q  711 gtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacata 781  Q
    |||||||||  |||| ||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||    
T  2443319 gtatgatcacgaccatcaataatcaagtcaactgcttccaaacaatcattctcacaaataatgttcacata 2443249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 727 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 6862021 - 6861944
Alignment:
Q  727 caataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa 804  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  6862021 caataatcaggtcaactacttccaaacaactactcttacaaataatgttgacataaccatttttactacaaaaatcaa 6861944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1020 - 1131
Target Start/End: Original strand, 31208228 - 31208339
Alignment:
Q  1020 caagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtt 1119  Q
    ||||||| |||||||||| ||| || || ||||| || || ||| ||||| ||||||  ||||  ||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||    
T  31208228 caagatttggataataagcaattcactcgtcatgcaagaagaaggtctttcgcaccatctcttttataagccaatgttgatccttaaaaataatattatt 31208327  T
Q  1120 tctccaacacca 1131  Q
    ||||||||||||    
T  31208328 tctccaacacca 31208339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 528 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 6863604 - 6863540
Alignment:
Q  528 gatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatcctt 592  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||| |||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  6863604 gatgagagattctatgccagatgaagggcagtttcagtgagcagagtaccttgcatgtgatcctt 6863540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 89
Target Start/End: Original strand, 17828634 - 17828702
Alignment:
Q  21 taattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggagagaat 89  Q
    |||||| |||||| |||||  ||| ||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||    
T  17828634 taattaatttttagttttttgaaatttttgtgtgtctatatcactccaaatgaatgaaatggagagaat 17828702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 556 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 43445630 - 43445045
Alignment:
Q  556 cagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttc 655  Q
    |||||||||||| || | ||||||| |||||||  ||  |||||||| |||| || |||  |||||||||||| ||||||  ||| ||| ||| |||||     
T  43445630 cagttctagtgagcataacaccttgtatgtgataatttgttagccataaaatctgaacacatattttgttccctaagaacgggcatcaacgttgtatttt 43445531  T
Q  656 catttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaaca 754  Q
     ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43445530 tatttctatgtaaatcatctataatatgaaggatatcaatagcataagtgtgcaaggtatgatcacgaccgacaataataaggtcaactgcttccaaaca 43445431  T
Q  755 accactctcacaaatattgttgacataatctttttt--agtacaaaaatcaac---tatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaa 849  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||| | ||||||  | || |||||||||    ||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  43445430 attactctcacaaataatgttgacatagttttttttttactataaaaatcaagacatatatggatagtacgtaactcagataataacgcatcacctccaa 43445331  T
Q  850 cttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcact 949  Q
    |||| |||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |    
T  43445330 cttcatagtgataaaaaacagatatccaatttccatcgtggttgcgaactacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaacttaccatcaat 43445231  T
Q  950 attgagtttgagtgtaccttccaga--gggggatccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattc 1047  Q
    |||||||||||||||||||| | ||  ||||||| |||| |||||| ||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  43445230 attgagtttgagtgtacctttcggatggggggattcaatgagctaaaagacgtgatgagtgtgggtccaaaccaaaattgggatagtaagaaatgcattc 43445131  T
Q  1048 atcatgtaa-taaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    ||  | |||  |||||| ||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43445130 attgtttaacaaaaaaggtctttcgcacaacatcttgaatataccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 43445045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 680 - 1132
Target Start/End: Original strand, 53590140 - 53590597
Alignment:
Q  680 atgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgaca 779  Q
    |||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||  | ||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  53590140 atgaagaatgtcaatagcataaatgtgcaaggtatgatcacgaccaataataaccatgtcaactccttcgaaacaatcactctcacaaataatgttgaca 53590239  T
Q  780 taatcttttttagtacaaaaatcaac---tatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatcc 876  Q
     | ||||||||| | ||||||||||    |||||   || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  53590240 aagtcttttttactgcaaaaatcaaagcttatctttttatcacataactcagctgataacacatcacctccaactttatagtgagaaaaaccagctatca 53590339  T
Q  877 aatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttccagagg 976  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  53590340 aatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccacaacctaagcaaccaaaatcttgtagaaaactaccatcaatattgagtttgagtgtacctttcggagg 53590439  T
Q  977 ggg-atccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcacc 1075  Q
    ||| ||| ||| || ||||||     |||||| || |||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||     
T  53590440 ggggatctaatgagttaagagacacgatgagtatgagtccaaactaagattcagatagtaagaaatgcattcatcatgtaacaaaaatgtcttttacaca 53590539  T
Q  1076 acatcttgaatacgccaatgttgatcct-aaaaaatagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
    ||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53590540 acatcttgaatacaccgatgttggtcctaaaaaaatagcattgtttctccaacaccaa 53590597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 569 - 928
Target Start/End: Original strand, 7320152 - 7320512
Alignment:
Q  569 cagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaa 668  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||  ||||||||| || |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  7320152 cagatcaccttgcatgagatcctttcttagccataaaatctgcacacatattttgtt-cctaagagcatgcaccaatattgtatttccatttccatgtaa 7320250  T
Q  669 a-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaa 767  Q
    | || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| | ||| | | ||||||||||| ||||||||| |    
T  7320251 agcaactctaatatgaaggatgtcgatagcataagtgtgcaatgtatgatc-acgccaacaataatcaagtctagttcttccaaacaatcactctcacta 7320349  T
Q  768 atattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaa 864  Q
    ||| ||||||||   ||  ||||| ||||||||||||   || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  7320350 ataatgttgacaatgtc-cttttactacaaaaatcaagacctgtctggatagcacgtaattcagctaataacgcatcacctccagcttcatagtgagaaa 7320448  T
Q  865 aaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatc 928  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7320449 aaccagttatccagtctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatc 7320512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 529 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 17508905 - 17508629
Alignment:
Q  529 atgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccc 628  Q
    |||||||| || |||  ||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| || | | || |||| |||| |  ||||||||||||    
T  17508905 atgagagagtccatgctagatggaggacagttccagtaagcagagcaccttgcatgtgatccttcctaaactataaaatatgcaaacatattttgttccc 17508806  T
Q  629 caagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaac 727  Q
     ||||||||||||||||||| |||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||| |    
T  17508805 taagaacatgcaccaatgttgtattaccgttttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcagtagcataagtatgcaacgtatgatcacgaccatc 17508706  T
Q  728 aataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa 804  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| || ||||  | ||||||||||||    
T  17508705 aataatcaagtcaactgcttccaaacaagcactctcacaaataatgtagacatgattttttaaactacaaaaatcaa 17508629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 504 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 50426187 - 50425920
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||| |||||     
T  50426187 ttaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagacggatggcagttccagtgagcaaagcacattgcatgtgatccttccttggccata 50426088  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataag 702  Q
    |||| |||| |  |||||||||||  || || |||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||    
T  50426087 aaatatgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtgacataag 50425988  T
Q  703 tgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaata 770  Q
    ||| |||||||||||||  | || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  50425987 tgtacaaggtatgatcacgatcagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaata 50425920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1009 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 7321235 - 7321112
Alignment:
Q  1009 tgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaa 1108  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||| |||||||||| |  ||| ||||||||||||||||    
T  7321235 tgggtccaaaccaagattgagatagtaaaaaatgcattcatcatgtgacaaaaaggtctttcgcatcacatcttgactgtgccgatgttgatcctaaaaa 7321136  T
Q  1109 atagtattgtttctccaacaccaa 1132  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  7321135 ttagtattgtttctccaacaccaa 7321112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 7 - 89
Target Start/End: Original strand, 10474490 - 10474572
Alignment:
Q  7 agttccatcaatattaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggagagaat 89  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  10474490 agttccaccaacattaattactttttagttttttgaaatttttgtgtgtctatatctctccaaatatatgaaatggagagaat 10474572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 531 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 10877807 - 10877654
Alignment:
Q  531 gagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttcccca 630  Q
    ||||||||  ||||||| |||||| ||| |  ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||  | || ||||||| |    
T  10877807 gagagattgcatgtcaggcggagggcagattcagtgagccgagcaccttgcatgtgatacttccttagccataaaatctgcacacatgttatgttcccta 10877708  T
Q  631 agaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatga 683  Q
    || ||||||| ||||||| ||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  10877707 agtacatgcatcaatgttgtattttcattcctatgtaaagcatctctaatatga 10877654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 504 - 665
Target Start/End: Original strand, 53589930 - 53590091
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||| |||  |||||||||| | |||||||||| |||  |||||| ||||| ||  |||||  ||||||| ||||||||||||  | |||||||||     
T  53589930 ttaagttccaagcttatctctcatggtgagagattccatgcaagacggcggacaatttcagtgagaagagcacattgcatgtgatctctccttagccata 53590029  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatg 665  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  53590030 aaatctgcacacatattttgttcccttaaaacatgcaccaatgttgtattttcatttacatg 53590091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 617 - 742
Target Start/End: Original strand, 33460165 - 33460292
Alignment:
Q  617 tattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaa-ggatgacagtagcataagtgtgcaaggtat 714  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||||||  | || |||||||||||| || |||||||||||| || |||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  33460165 tattatgttccctaagaacattcaccaatgtagtgttaccatttccatgtgaagcatctctaatataaaaggatgttagtagtataagtgtgcaaggtat 33460264  T
Q  715 gatcaaaaccaacaataataaggtcaac 742  Q
    |||||  | |||||| ||| ||||||||    
T  33460265 gatcacgatcaacaacaatcaggtcaac 33460292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 552 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 51161032 - 51160851
Alignment:
Q  552 aggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccccaagaacatgcaccaatgttcta 651  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||| || |||||| | ||||||||| |||||||||||  | |||||||  | ||||||||||| || |    ||    
T  51161032 aggaaagtcctagtgagcagagcaccttgaatatgatccctccttagccataaaatttgcacacatgttttgttttctaagaacatgcaacatttaatta 51160933  T
Q  652 ---tttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaa 729  Q
       ||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||  ||||||||| |||||||||    
T  51160932 gtgttatcatttccatataaaacatctctaatatgaaggatgtcagtggtatatgtgtgcactgtatgatcacaaccaacaa 51160851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1038 - 1130
Target Start/End: Original strand, 33460637 - 33460729
Alignment:
Q  1038 aaatgcattcatcatgtaataaaaagatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaatagtattgtttctccaacacc 1130  Q
    ||||||||||||||| |||  ||||  | ||  |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  33460637 aaatgcattcatcatttaaagaaaatgtattccgcaccacatcatgagtacgtcaacgttgatcctaaaaaatagcattatttctccaacacc 33460729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 29586347 - 29586278
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggagagaat 89  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||  |||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  29586347 attaattactttttagtttttcgaatttttt-tgtgtctttatctctctaaatggatgaaatggagagaat 29586278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 33632834 - 33632764
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggagagaat 89  Q
    ||||||||||||||| |||||| |   |||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  33632834 attaattactttttagtttttcgatttttttttgtgtttatatctctccaaatggatgaaatggagagaat 33632764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 48084830 - 48084764
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggaga 85  Q
    |||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||    
T  48084830 attaattattttttatttttttcaaaattttgtgtgtctatatctctccaaatggtagaaatggaga 48084764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 839 - 892
Target Start/End: Original strand, 33460447 - 33460500
Alignment:
Q  839 atcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggtt 892  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  33460447 atcacctccaacttcatagtgagaaaagccagccatctaatctccattgtggtt 33460500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1002 - 1045
Target Start/End: Complemental strand, 10877654 - 10877611
Alignment:
Q  1002 atgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcat 1045  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  10877654 atgagtgtgagtccaaaccaagattgagatagtaagaaatgcat 10877611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 529 - 997
Target Start/End: Original strand, 54697 - 55173
Alignment:
Q  529 atgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccattaaatttgcacatgtattttgttccc 628  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||||  ||||||||||||    
T  54697 atgagagattccatgtcaggtggaggacagttccagtgagcagagcaccttgcatgtgattcttccttagccataaagtctgcacacatattttgttccc 54796  T
Q  629 caagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaac 727  Q
     || |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||  |||| |    
T  54797 taaaaacatgcaacaatgttgtattaccatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcagcaacataaatgtgcaaggtatgatcacgaccatc 54896  T
Q  728 aataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatcttttttagtacaaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaac 824  Q
    |||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||  ||||   | ||||||||||||   ||||||| ||| ||||||||    
T  54897 aataatcaggtcacctacttccaaacaatcactctcacaaataatgttcacatagcctttcagactacaaaaatcaagacctatctgaataacacgtaac 54996  T
Q  825 tcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaa 924  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  54997 tcagctaataacaaatcacctccagcttcatagtgagaaaaaccagctatccaatctccatcgtgattgcaaacaacaccaccaacacctaaacaaccca 55096  T
Q  925 aatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagtgtaccttcca----gagggggatccaataagctaagagg 997  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||    | |||||||||||| ||||||||||    
T  55097 aatcttctagaaaactaccatcaatattgagtttaagtgtatcttccagggggtgggggatccaatgagctaagagg 55173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 163; Significance: 2e-86; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 667 - 1129
Target Start/End: Original strand, 12292014 - 12292481
Alignment:
Q  667 aaacatctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatgatcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcaca 766  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| | |||||||   ||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  12292014 aaacatctctaatatgaaggatctcactagcataagtgtgcaatgcatgatcacggccaacaataatcagctcaactgcttccaagcaatcactctcaca 12292113  T
Q  767 aatattgttgacataatcttttttagta-caaaaatcaa---ctatctggatagcacgtaactcagctaataacacatcacctccaacttcgtagtgaga 862  Q
    |||| ||||  ||||  ||||||| | | ||||||||||   |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  12292114 aataatgttatcatagcctttttttgaaacaaaaatcaagccctatctggatagtacgcaactcagttaataacacatcacctccaaattcatggtgaga 12292213  T
Q  863 aaaaccagctatccaatctccatcgtggttgcgaacaacaccaccaacacctaaacaaccaaaatcttctagaaagctaccatcactattgagtttgagt 962  Q
    |||| ||  |||| |||||||||| || |||| ||||||| ||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  12292214 aaaatcaaatatctaatctccatcttg-ttgcaaacaacatcaccggcacctaagcactcaaagtcttctagaaagctatcattaatattgagtttgagt 12292312  T
Q  963 gtaccttccagaggggg-atccaataagctaagaggtgtcatgagtgtgggtccaaaccaagattgggataataagaaatgcattcatcatgtaataaaa 1061  Q
     || |||   ||||||| |||||||||||||||||  |   ||||||||| ||||  | || ||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12292313 ttatcttttggaggggggatccaataagctaagagacgcggtgagtgtggatccagtcgaaaattaggatattgagaaatgcattcatcatgtaacaaaa 12292412  T
Q  1062 agatcttttgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcct-aaaaaatagtattgtttctccaacac 1129  Q
    |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  12292413 atctctttcgcaccacatcttgaatacgccaatgttgatcctaaaaaaatagcatggtttctccaacac 12292481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 617 - 790
Target Start/End: Original strand, 12291814 - 12291988
Alignment:
Q  617 tattttgttccccaagaacatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaa-catctctaatatgaaggatgacagtagcataagtgtgcaaggtatg 715  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||||   ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||| | |||    
T  12291814 tattttgttctctaagaacatacaccaatgtagcattgccattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatctcgctagcataagtgtgcaatgcatg 12291913  T
Q  716 atcaaaaccaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctcacaaatattgttgacataatctttttt 790  Q
    ||||   ||||| ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||  |||||||    
T  12291914 atcacggccaacgataatcagctcaactgcttccaagcaatcactctcacaaataatgttgtcatagcctttttt 12291988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 504 - 637
Target Start/End: Original strand, 38697379 - 38697512
Alignment:
Q  504 ttaagtttcaaatttatctctcaagatgagagattctatgtcagacggaggacagttctagtgaccagagcaccttgcatgtgatccttgcttagccatt 603  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| |   | ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||     
T  38697379 ttaagtttcaagtttatctctcaggatgagagattccatgccagacagagggcagttccaaccagcagagcatcttgcatgtgatccttccttagctata 38697478  T
Q  604 aaatttgcacatgtattttgttccccaagaacat 637  Q
    |||| |||| |  ||||||||||||  |||||||    
T  38697479 aaatctgcagacatattttgttccctgagaacat 38697512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 31546497 - 31546427
Alignment:
Q  19 attaattactttttaatttttcaaaaattttgtgtgtctatatctctcaaaatagatgaaatggagagaat 89  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| || | |||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  31546497 attaattactttttagtttttcgaaatttgtttgtgactatatctctccaaattgatgaaatagagagaat 31546427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1208 times since January 2019
Visitors: 3642