View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0573_low_1 (Length: 504)

Name: NF0573_low_1
Description: NF0573
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0573_low_1
NF0573_low_1
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (9-475)||(38321284-38321750)
chr8 (9-467)||(38317189-38317647)
chr8 (9-467)||(38300539-38300994)
chr8 (9-467)||(38309186-38309636)
chr8 (9-466)||(38313780-38314236)
chr8 (9-443)||(38306448-38306870)
chr8 (9-344)||(38326034-38326369)
chr8 (393-471)||(38326380-38326458)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-465)||(38849691-38850156)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 475
Target Start/End: Original strand, 38321284 - 38321750
Alignment:
Q  9 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321284 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 38321383  T
Q  109 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321384 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 38321483  T
Q  209 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321484 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattga 38321583  T
Q  309 agtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321584 agtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatatatatttttggaattcataatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgt 38321683  T
Q  409 ccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaaatcc 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321684 ccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaaatcc 38321750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 467
Target Start/End: Original strand, 38317189 - 38317647
Alignment:
Q  9 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 108  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  38317189 gagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagt 38317288  T
Q  109 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||   ||  |||| ||   ||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  38317289 tcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattgttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttg 38317388  T
Q  209 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattga 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |  ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  38317389 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttcttctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaa 38317488  T
Q  309 agtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgt 408  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||  || | ||||||||||||||||||| ||||| |    
T  38317489 agtctttatctcacggcctattcaatgtaagtttatatatattttttgaatcagcaatttaattactttccaccttgaatttgtttaacctcattgcttt 38317588  T
Q  409 ccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactg 467  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||   ||||||||||||||    
T  38317589 ccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccaacggcagcttgttactg 38317647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 9 - 467
Target Start/End: Original strand, 38300539 - 38300994
Alignment:
Q  9 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 108  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38300539 gagatcaagatgaagatataaagagaatggctgaaaggatgctgaccaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggt 38300638  T
Q  109 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 208  Q
    |||||||||| |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  38300639 tcttgacccaaggattaagctttcaacattggctaattgttactcaaaacttgatgcatcaacacgtgaaaggaagttgcaacaagtaaagagcaagttg 38300738  T
Q  209 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattga 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| || |    
T  38300739 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtactccttcttgcgtgcaaagaattatccaggaccaatcttctagcatgccatttcaagagaagttaa 38300838  T
Q  309 agtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgt 408  Q
    | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||  ||||  ||||||  || |  ||| |||| ||||| ||||||| | |||||      
T  38300839 actctttatctgacggcctatttgatgtaagtttatat---tttttttaattggcaattttctttctttctttctttaatttttttaaccccattgcttc 38300935  T
Q  409 ccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactg 467  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| | |||||||||||||    
T  38300936 ccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttactg 38300994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 9 - 467
Target Start/End: Original strand, 38309186 - 38309636
Alignment:
Q  9 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38309186 gagatgaagatgaagatataaagagaatggttgaaaggatgttgaccaagtttgagaaatattgggaagagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 38309285  T
Q  109 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 208  Q
    |||||||||| |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||  |||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  38309286 tcttgacccaaggataaagctttccacattggcttattgttactcaaaacttaatgcatcaacctgcgaaaggaagttgcagcaagtaaagagcaagttg 38309385  T
Q  209 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattga 308  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || |    
T  38309386 tacatgctatttcacaagaattcttgcaaaagtacttcttctggcgtgcaaagaacaattcaggaccaatcttctagtgtgccattgcaaaagaagttaa 38309485  T
Q  309 agtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgt 408  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| | | | |  |||| |||||  ||||||        ||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  38309486 agtctttatctcagggcctatttgatgtaagtattttttttgtttttgaattggcaattt--------tctttcttgaatttgtttaacctcattgcttt 38309577  T
Q  409 ccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactg 467  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||||   ||||||||||||||    
T  38309578 ccttttcacgtgtgagatataataggaattgaaagtgcaccaacggcagcttgttactg 38309636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 9 - 466
Target Start/End: Original strand, 38313780 - 38314236
Alignment:
Q  9 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 108  Q
    ||||||||||||||  | ||  |||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||    
T  38313780 gagatgaagatgaatttgtagcgagaatggctaaaagtatgatgggcaagtttaagaaatattgggatgagta--gtgttgttcttgcaatgggagcagt 38313877  T
Q  109 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 208  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||  ||||||||||||||| |||   ||  | |||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  38313878 tcttgacccacggatgaaattttcaagattggctgcttgttactcaaaactagatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttg 38313977  T
Q  209 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattga 308  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||| |       
T  38313978 tacatgctatttgccaagtactctagcaaaagtacttcttctagggtgcaaacaactatttagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactctg 38314077  T
Q  309 agtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatat-atatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctg 407  Q
    |||||||||||| || |||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||     
T  38314078 agtcttcatctctcgacctagttgatgtacgtttatataattttttttgaatcaacaatttaattactttctatcttgaatttgtttaaccttattgctt 38314177  T
Q  408 tccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttact 466  Q
    || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||||||||||    
T  38314178 tctttttaacttgtgaaatataatatgaattgaaaatgcaccatcaacagcttgttact 38314236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 9 - 443
Target Start/End: Original strand, 38306448 - 38306870
Alignment:
Q  9 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 108  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||           
T  38306448 gagatgaagatgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatgggcaagtttaagaaatattgggatgagcatagtgttgttcttgcaatgg------- 38306540  T
Q  109 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 208  Q
         ||||||||||||| || || |  |||||| |||||||||||||||| |||   ||  | |||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  38306541 -----acccacggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaactcgatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttg 38306635  T
Q  209 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattga 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| |       
T  38306636 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactctg 38306735  T
Q  309 agtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacctcgttgctgt 408  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  38306736 agtctttatctcatggcctatttgatgtaagttcatatatattttttgaactaacaatttaattactttctatcttgaatttgtttaacctcgttgattt 38306835  T
Q  409 ccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaa 443  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38306836 ctttttcacttgtgaaatacaataggaattgaaaa 38306870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 9 - 344
Target Start/End: Original strand, 38326034 - 38326369
Alignment:
Q  9 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38326034 gagatgaagatgaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgacaaattttggaatgagtacagtgttgttcttgcattgggagcggt 38326133  T
Q  109 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 208  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||    
T  38326134 tcttgacccacggattaaattttcaacattggcttattgttactcaaaacttgatgcatcaacctgtgaaaggaagttgcaacaagtaaggacgaagttg 38326233  T
Q  209 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattga 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||  ||||||||||| |||||| | ||||||| | |||| ||||||||||||| |  |    
T  38326234 tacatgctatttggcaagtattctagccaacgtacttcttctggcatgcaaagaactgttcagggccaatcttcgaccatgtcattgcaaaagaactcca 38326333  T
Q  309 agtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttat 344  Q
    |||||| |||||||||  ||||||  ||||||||||    
T  38326334 agtctttatctcacggtatatttggggtaagtttat 38326369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 393 - 471
Target Start/End: Original strand, 38326380 - 38326458
Alignment:
Q  393 ttaacctcgttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaa 471  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| | || ||||||||||||||    
T  38326380 ttaacctcgttgctttccttttcacttgtgaaatgtaataggaattgaaaatgcaccatcaacaacttgttactggaaa 38326458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 9 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 38850156 - 38849691
Alignment:
Q  9 gagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850156 gagatgaagatgaagatataaagaaaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggt 38850057  T
Q  109 tcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttg 208  Q
    |||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||| | ||  |||||||||| ||||||    
T  38850056 tcttgacccacggatgaagtttacaaccttggcttattgttattcaaaactggatgcatcaacctgtgaaaggaagctacagcaagtaaagagaaagttg 38849957  T
Q  209 tacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat---------tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaa 299  Q
    | |||||||||||| ||| ||||| |||| || | | || ||||||| |||||||||||         ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  38849956 tgcatgctatttgagaagcattctggcaacagcactactgctggggttcaaagaactattaaggagaatcaggaccaatcttctagcatgccattacaaa 38849857  T
Q  300 agaaattgaagtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatatatatttttggaattcacaatttaattacactctatcttgaatttgtttaacct 399  Q
    ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||  ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  38849856 agaaattaaagtctttatctcatggcctatttgatgtaagtttttatatattttttggatcaacacttaaattacattctatcttgaatttgtttaactt 38849757  T
Q  400 cgttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttac 465  Q
    | ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  38849756 cattggtttccttttcacttgtgaaatgtaataggaattgaaagtgcaccatcagcagcttgttac 38849691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University