View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0583_high_31 (Length: 445)

Name: NF0583_high_31
Description: NF0583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0583_high_31
NF0583_high_31
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (13-416)||(28214039-28214442)
chr2 (13-416)||(28221842-28222245)
chr2 (13-416)||(32786475-32786881)
chr2 (13-416)||(32310394-32310797)
chr2 (13-416)||(32813686-32814089)
chr2 (13-416)||(32564023-32564426)
chr2 (13-416)||(32306261-32306667)
chr2 (13-167)||(32792858-32793012)
chr2 (13-125)||(32799526-32799638)
chr2 (13-182)||(28158816-28158985)
chr2 (209-401)||(32317376-32317567)
chr2 (13-286)||(28177370-28177654)
chr2 (13-78)||(28161723-28161788)
chr2 (13-78)||(28171760-28171825)
chr2 (353-403)||(28183044-28183094)
chr2 (209-286)||(28158711-28158788)
chr2 (209-286)||(28169280-28169357)
chr2 (235-303)||(28183141-28183206)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 416
Target Start/End: Original strand, 28214039 - 28214442
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28214039 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 28214138  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28214139 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaatctctgatagtagtgag 28214238  T
Q  213 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttgaaactgt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28214239 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttgaaactgt 28214338  T
Q  313 aaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatacttgggtct 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  28214339 aaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactaaggaaatcgagaggtatactcgggtct 28214438  T
Q  413 ggtt 416  Q
    ||||    
T  28214439 ggtt 28214442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 28222245 - 28221842
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222245 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 28222146  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 212  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222145 gcataagcaaaaaccaatatggcagtcttctcttaagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 28222046  T
Q  213 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttgaaactgt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222045 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttgaaactgt 28221946  T
Q  313 aaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatacttgggtct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28221945 aaacgtcgaaaacattccgttgctgatgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatactcgggtct 28221846  T
Q  413 ggtt 416  Q
    ||||    
T  28221845 ggtt 28221842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 416
Target Start/End: Original strand, 32786475 - 32786881
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786475 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 32786574  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 212  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786575 gcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 32786674  T
Q  213 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgt---tattagagtgatgaacattcattggctttgaaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||  ||||||||     
T  32786675 tgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattttctttgaaat 32786774  T
Q  310 tgtaaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatacttggg 409  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32786775 tgtaaacgtcgaaaacgtgccgttgctgctgatattattcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatacttggg 32786874  T
Q  410 tctggtt 416  Q
    |||||||    
T  32786875 tctggtt 32786881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 32310797 - 32310394
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310797 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcgaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 32310698  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 212  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310697 gcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 32310598  T
Q  213 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttgaaactgt 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  32310597 tgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacgttcattggctttgaagctgt 32310498  T
Q  313 aaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatacttgggtct 412  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  32310497 aaacgacgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatactcggatct 32310398  T
Q  413 ggtt 416  Q
    ||||    
T  32310397 ggtt 32310394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 13 - 416
Target Start/End: Original strand, 32813686 - 32814089
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813686 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 32813785  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 212  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813786 gcataagcaaaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 32813885  T
Q  213 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttgaaactgt 312  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  32813886 tgtcaaaagatgctccagatggtactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagagttgaacattcattggctttgaagctgt 32813985  T
Q  313 aaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatacttgggtct 412  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  32813986 aaacgtcgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatactcggatct 32814085  T
Q  413 ggtt 416  Q
    ||||    
T  32814086 ggtt 32814089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 13 - 416
Target Start/End: Original strand, 32564023 - 32564426
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32564023 cagacgaacctgaccttgatttcaagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggtagatccgtcatctgaa 32564122  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 212  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32564123 gcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 32564222  T
Q  213 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttgaaactgt 312  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  32564223 tgtcaaaaaatgctccagatggaactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacgttcattggctttgaagctgt 32564322  T
Q  313 aaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatacttgggtct 412  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  32564323 aaacgacgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatactcggatct 32564422  T
Q  413 ggtt 416  Q
    ||||    
T  32564423 ggtt 32564426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 13 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 32306667 - 32306261
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306667 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 32306568  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 212  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306567 gcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagaaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatagtagtgag 32306468  T
Q  213 tgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgt---tattagagtgatgaacattcattggctttgaaac 309  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   || ||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  32306467 tgtcaaaatatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgagcatttactggctttgaaac 32306368  T
Q  310 tgtaaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatacttggg 409  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| |||||| ||| ||||||||||||| | |||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||    
T  32306367 tgtaaacgtcgaaaacgtgccgttgctgttgatattgttcttactgtagtcaggacagtttagtctcatcagactgaaaaaatcgagaggtatactcggg 32306268  T
Q  410 tctggtt 416  Q
    |||||||    
T  32306267 tctggtt 32306261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 167
Target Start/End: Original strand, 32792858 - 32793012
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32792858 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 32792957  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcag 167  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32792958 gcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcag 32793012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 125
Target Start/End: Original strand, 32799526 - 32799638
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799526 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcaacataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 32799625  T
Q  113 gcataagcagaaa 125  Q
    |||||||||||||    
T  32799626 gcataagcagaaa 32799638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 28158985 - 28158816
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtcatctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28158985 cagacgaacctgacctttatttccagtcaaaacatcaatattagacaatttcaacaccacccttgccaaatccatccgaaaggttgatccgtcatcggaa 28158886  T
Q  113 gcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctc 182  Q
    |||| |||||||| |||| | || || |||||| ||||||| |||||||||| ||| |||| || |||||    
T  28158885 gcattagcagaaatcaatctagcagtgttctctccagccatgagctgttgattagcgaacagtagccctc 28158816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 209 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 32317567 - 32317376
Alignment:
Q  209 tgagtgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttgaaa 308  Q
    |||||||||||||||| |  ||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  32317567 tgagtgtcaaaagatgtta-agatggcactgcatatgacaaagcttgcgcgtatgatatccctttattattagagtgatggacattaattggctttgaaa 32317469  T
Q  309 ctgtaaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggta 401  Q
    || ||| |||||||||  | | |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  32317468 ctataaccgtcgaaaatgtactgttgttgctgatattattctaattgttgtcaggacaattttgcctcatatgacttagaaaatcgagaggta 32317376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 28177654 - 28177370
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaattt------catcataacccttgcgaaatccatccgaaaggttgatccgtca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||      || ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28177654 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaagattagacaatttgaactccaacaccacccttgcaaaatccatccgaaaggttgatccgtca 28177555  T
Q  107 tctgaagcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaata-----accctcttcctctcaacaaactctg 201  Q
    || ||||||| |||||||| |||  | ||  |  ||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||      |||||||||||| || |||||| |    
T  28177554 tcggaagcattagcagaaatcaacctagcactgctctctccagccatcagctgttgattagcgaacagtagccctcccctcttcctcttaataaactcgg 28177455  T
Q  202 atagtagtgagtgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtga 286  Q
    |||  |   ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||| ||||  | |||||||||    
T  28177454 atatcatcaagtgtcaaatgatgcttaagatgacactgcagatgacaacgcttgcatgcctgacatcacttttatgttagagtga 28177370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 28161788 - 28161723
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgc 78  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || || ||||||    
T  28161788 cagacaaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaatattagacaatttcaacacaatccttgc 28161723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 28171825 - 28171760
Alignment:
Q  13 cagacgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaaggttagacaatttcatcataacccttgc 78  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||  ||||||||    
T  28171825 cagatgaacctgaccttgatttccagtcaaaacatcaacattagacaatttcaacaccacccttgc 28171760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 28183094 - 28183044
Alignment:
Q  353 ttgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtata 403  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  28183094 ttgttgtctggacagttttgcctcatctgactaaggaaatcaagaagtata 28183044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 209 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 28158788 - 28158711
Alignment:
Q  209 tgagtgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtga 286  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||  ||||| || |||||||| ||||  | |||||||||    
T  28158788 tgagtgtcaaatgatgcttcagatgacactgcagacgacaactcttgcatgcatgacatcacttttctgttagagtga 28158711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 209 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 28169357 - 28169280
Alignment:
Q  209 tgagtgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtga 286  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||  ||||| || |||||||| ||||  | |||||||||    
T  28169357 tgagtgtcaaatgatgcttcagatgacactgcagacgacaactcttgcatgcatgacatcacttttctgttagagtga 28169280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 28183206 - 28183141
Alignment:
Q  235 cactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctt 303  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| || ||||||   ||| |||||||||||||    
T  28183206 cactgcagatgacaacgcttccatgtatgacatcccttttttgttagag---tgagcattcattggctt 28183141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 877 times since January 2019
Visitors: 3837