View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0583_low_17 (Length: 634)

Name: NF0583_low_17
Description: NF0583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0583_low_17
NF0583_low_17
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (10-605)||(42059780-42060375)
chr5 (48-607)||(42083655-42084214)
chr5 (83-607)||(42075075-42075599)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (150-599)||(36523153-36523602)
chr7 (115-602)||(36529954-36530438)
chr7 (115-602)||(36535566-36536050)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 42060375 - 42059780
Alignment:
Q  10 attattcttcaaacttgatgtatattttcatgactaattaatgaggatatgagagatcgcaaatatggcgctcaaaagacgggacatcccttggtaacaa 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42060375 attattcttcaaacttgatgtatattttcatgactaattaatgaggatataagagatcgcaaatatggcgctcaaaagacgggacatcccttggtaacaa 42060276  T
Q  110 taccaggagctgtagggcatttagccaagggacaatgatcatctgcctcaagaccccaccaagttggaccaaagacatcataagattgaagtgaaaaata 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42060275 taccaggagctgtagggcatttagccaagggacaatgatcatctgcctcaagaccccaccaagttggaccaaagacatcataagattgaagtgaaaaata 42060176  T
Q  210 gagcaacacagccatgaaagcaataccagcatccaaagcagctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccatgccttgaaatttttgtaaacatagaaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42060175 gagcaacacagccatgaaagcaataccagcatccaaagcagctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccatgccttgaaatttttgtaaacatagaaa 42060076  T
Q  310 ttgaagaagattccaactactccccatgaaatataattgattgatctagctggtggtataccactggcacctccaatgataagtggcatgttgatgagtt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42060075 ttgaagaagattccaactactccccatgaaatataattgattgatctagctggtggtataccactggcacctccaatgataagtggcatgttgatgagtt 42059976  T
Q  410 caatccacttgtggttcgggtatttgcgagctagaagccacactggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaaaaaccaattcattccagggtaaattcc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42059975 caatccacttgtggttcgggtatttgcgagctagaagccacactggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaaaaaccaattcattccagggtaaattcc 42059876  T
Q  510 atccttggtaaacatcctttgtggtcctactactccccatatgattgaagcattgtaaaacacatcatcaccaggacaagtccatggactaccctc 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42059875 atccttggtaaacatcctttgtggtcctactactccccatatgattgaagcattgtaaaacacatcatcaccaggacaagtccatggactaccctc 42059780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 42084214 - 42083655
Alignment:
Q  48 taatgaggatatgagagatcgcaaatatggcgctcaaaagacgggacatcccttggtaacaataccaggagctgtagggcatttagccaagggacaatga 147  Q
    ||||||||||| || |||  |||| ||||| | | ||||||| || ||||||||||    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  42084214 taatgaggataagatagaatgcaactatggagtttaaaagacagggcatcccttggctttaataccaggagctgtagggcaattaaccaagggacactga 42084115  T
Q  148 tcatctgcctcaagaccccaccaagttggaccaaagacatcataagattgaagtgaaaaatagagcaacacagccatgaaagcaataccagcatccaaag 247  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42084114 tcatctgacttaagaccccaccaagctggaccaatgatatcataagattgaagtgcaaaatagagcaacacagccatgaaagcaacaccagcatccaaag 42084015  T
Q  248 cagctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccatgccttgaaatttttgtaaacatagaaattgaagaagattccaactactccccatgaaatataatt 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42084014 cagctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccatgccttgaaatttttgtaaacatagaaattgaagaagattccaacaactccccatgaaatataatt 42083915  T
Q  348 gattgatctagctggtggtataccactggcacctccaatgataagtggcatgttgatgagttcaatccacttgtggttcgggtatttgcgagctagaagc 447  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42083914 gattgacctagctggtggtataccactagcacctccaattataagtggcatgttgatgagttcaatccacttgtggttcgggtatttgcgagctagaaac 42083815  T
Q  448 cacactggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaaaaaccaattcattccagggtaaattccatccttggtaaacatcctttgtggtcctactactcccc 547  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  42083814 cacaccggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaaaaaccaattcattccagggtatattccatccttggtgaacatcctttttggtcctactattcccc 42083715  T
Q  548 atatgattgaagcattgtaaaacacatcatcaccaggacaagtccatggactaccctctg 607  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42083714 atatgattgaagcattgtaaaaaacctcatcaccaggacaagtccatggactaccatctg 42083655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 42075599 - 42075075
Alignment:
Q  83 aaaagacgggacatcccttggtaacaataccaggagctgtagggcatttagccaagggacaatgatcatctgcctcaagaccccaccaagttggaccaaa 182  Q
    ||||||| || ||||||||||    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  42075599 aaaagacagggcatcccttggctttaataccaggagctgtagggcaattagccaagggacaatgatcatctgacttaagaccccaccaagctggaccaaa 42075500  T
Q  183 gacatcataagattgaagtgaaaaatagagcaacacagccatgaaagcaataccagcatccaaagcagctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccat 282  Q
    || | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42075499 gataccataagattgaagtagaaaatagagcaacacagccatgaaagcaacaccagcatccaaagcagctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccat 42075400  T
Q  283 gccttgaaatttttgtaaacatagaaattgaagaagattccaactactccccatgaaatataattgattgatctagctggtggtataccactggcacctc 382  Q
     ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |||     
T  42075399 accttgaattttttgtaaacatagatattgaagaagattccaacaactccccatgaaatgtaactgattgatctagctggtggtatacctttggcccctg 42075300  T
Q  383 caatgataagtggcatgttgatgagttcaatccacttgtggttcgggtatttgcgagctagaagccacactggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaa 482  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42075299 caatgataattggcatgttgacgagttcaatccactttcggtttgggtatttgcgagctagaagccacactggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaa 42075200  T
Q  483 aaaccaattcattccagggtaaattccatccttggtaaacatcctttgtggtcctactactccccatatgattgaagcattgtaaaacacatcatcacca 582  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  42075199 aaaccaattcaatccagggtatattccatccttggtgaacatcctttttggtcctactattccccatatgattgaagcattgtaaaaaacctcgtcacca 42075100  T
Q  583 ggacaagtccatggactaccctctg 607  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  42075099 ggacaagtccatggactaccatctg 42075075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 150 - 599
Target Start/End: Original strand, 36523153 - 36523602
Alignment:
Q  150 atctgcctcaagaccccaccaagttggaccaaagacatcataagattgaagtgaaaaatagagcaacacagccatgaaagcaataccagcatccaaagca 249  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||| |||||||| || |  | | | || || ||||  |||||||| ||| ||    
T  36523153 atctgcttcaagaccccaccaagttggaccataaataccataagattgaagagaaaaataaagtagtaaacctataaaggcaactccagcatctaaacca 36523252  T
Q  250 gctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccatgccttgaaatttttgtaaacatagaaattgaagaagattccaactactccccatgaaatataattga 349  Q
    || || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |  |||||||| | |||||| | ||| ||||| |    
T  36523253 gcagaaaggatataagtatgtctagcccaccatgccttgaactttctataaacatagaaattgaaaaccattccaacaattccccaagtaatgtaattca 36523352  T
Q  350 ttgatctagctggtggtataccactggcacctccaatgataagtggcatgttgatgagttcaatccacttgtggttcgggtatttgcgagctagaagcca 449  Q
      |||||  ||||||| || |||   |||||| |   |||||  || ||||| ||||||| ||||||||| |||||  |  ||||| |||  ||||||||    
T  36523353 cagatctcactggtggaatgccagatgcacctgcggcgataataggaatgttaatgagttgaatccacttttggttacgaaatttgagagaaagaagcca 36523452  T
Q  450 cactggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaaaaaccaattcattccagggtaaattccatccttggtaaacatcctttgtggtcctactactccccat 549  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||  |||| ||||  || || ||||||||||| || | ||| ||||| ||||||||     
T  36523453 cactggaacaggtgcaagtagaccaataaggaaaaaccaattcatctcaggataaacgccgtctttggtaaacattctctttggccctacaactccccag 36523552  T
Q  550 atgattgaagcattgtaaaacacatcatcaccaggacaagtccatggact 599  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  36523553 atgattgaagcattgtaaaatacatcatcaccaggacatgtccaaggact 36523602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 115 - 602
Target Start/End: Original strand, 36529954 - 36530438
Alignment:
Q  115 ggagctgtagggcatttagccaagggacaatgatcatctgcctcaagaccccaccaagttggaccaaagacatcataagattgaagtgaaaaatagagca 214  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || || ||   ||  |||||||||||||||||||||||| | | | | ||||||||||| |||||||| || |    
T  36529954 ggagctgtagggcatttagccaaagggcagtggtc---tggttcaagaccccaccaagttggaccataaataccgtaagattgaagagaaaaataaagta 36530050  T
Q  215 acacagccatgaaagcaataccagcatccaaagcagctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccatgccttgaaatttttgtaaacatagaaattgaa 314  Q
      | | | || || ||||  |||||||| ||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  36530051 gtaaacctataaaggcaactccagcatctaaaccagctgaaaggatgtaagtatgtctagcccaccatgctttgaactttctataaacatagaaattgaa 36530150  T
Q  315 gaagattccaactactccccatgaaatataattgattgatctagctggtggtataccactggcacctccaatgataagtggcatgttgatgagttcaatc 414  Q
     || |||||||| |  ||||| | ||||||||| |  |||||  | ||||| ||  ||   |||||| |||||||||  || |||||||||| || ||||    
T  36530151 aaatattccaacaatcccccaagtaatataattcacagatctcacaggtgggatgtcagatgcacctgcaatgataataggaatgttgatgaattgaatc 36530250  T
Q  415 cacttgtggttcgggtatttgcgagctagaagccacactggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaaaaaccaattcattccagggtaaattccatcct 514  Q
    ||||| ||||| ||  ||||| |||  ||||||||||| ||||| || || | ||||||||| |||||||||||||||| | | || ||||  || || |    
T  36530251 cacttttggttgggaaatttgagagaaagaagccacacgggaactggtgcgattagaccgataaggaaaaaccaattcaattcgggataaacaccgtctt 36530350  T
Q  515 tggtaaacatcctttgtggtcctactactccccatatgattgaagcattgtaaaacacatcatcaccaggacaagtccatggactacc 602  Q
    |||||||||| || | ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  36530351 tggtaaacattctctttggccctacaactccccagatgattgaagcattgtaaaatacatcatcaccaggacatgtccaaggactacc 36530438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 115 - 602
Target Start/End: Original strand, 36535566 - 36536050
Alignment:
Q  115 ggagctgtagggcatttagccaagggacaatgatcatctgcctcaagaccccaccaagttggaccaaagacatcataagattgaagtgaaaaatagagca 214  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| || || |||||   ||| ||||| |||||||| ||||||||||| | | |||| |||||||| |||||||| || |    
T  36535566 ggagctgtaggacatctagccaaagggcagtgatc---tgcttcaaggccccaccatgttggaccaaaaataccataggattgaagagaaaaataaagta 36535662  T
Q  215 acacagccatgaaagcaataccagcatccaaagcagctgagagaatgtaagtgtgtctagcccaccatgccttgaaatttttgtaaacatagaaattgaa 314  Q
      | | |||| |||||||  |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |  |||| ||| | |||||||||||||||||    
T  36535663 ctaaacccataaaagcaactccagcatctaaaccagctgagagaatataagtatgtctagcccaccaaactctgaactttctataaacatagaaattgaa 36535762  T
Q  315 gaagattccaactactccccatgaaatataattgattgatctagctggtggtataccactggcacctccaatgataagtggcatgttgatgagttcaatc 414  Q
     || |||||||| | |||||| | ||||||||| |  |||||    || || |||  |   |||||| |||||||||  || |||||||| |||| ||||    
T  36535763 aaacattccaacaattccccaagtaatataattcacagatctcctgggaggaatagtagatgcacctacaatgataataggaatgttgataagtttaatc 36535862  T
Q  415 cacttgtggttcgggtatttgcgagctagaagccacactggaacaggcgcaagtagaccgatgaggaaaaaccaattcattccagggtaaattccatcct 514  Q
    ||||||||||| ||  |||||  ||  ||||||||||| || ||||| |||| ||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||  || || |    
T  36535863 cacttgtggttaggaaatttgatagaaagaagccacaccggtacaggtgcaattaggccaataaggaaaaaccaattcatcccaggataaacgccgtcat 36535962  T
Q  515 tggtaaacatcctttgtggtcctactactccccatatgattgaagcattgtaaaacacatcatcaccaggacaagtccatggactacc 602  Q
    |||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  36535963 tggtaaacattctctttggccctacaactccccatataatggaagcattgtaaaatgcatcatcaccaggacacgtccaaggactacc 36536050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 465 times since January 2019
Visitors: 3834