View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0586-Insertion-1 (Length: 995)

Name: NF0586-Insertion-1
Description: NF0586
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0586-Insertion-1
NF0586-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-995)||(25335852-25336836)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 812; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 812; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 995
Target Start/End: Original strand, 25335852 - 25336836
Alignment:
Q  7 aagatgtatggtgtgggtcatgcatggaaacattacttgttttataaatctcagagaaataaatacattatattatgccatcttatannnnnnnnnaaag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||         || |    
T  25335852 aagatgtatggtgtgggtcatgcatggaaacattacttgttttataaatctcagagaaataaatacattatattatgtcatcttatatttttttttaa-g 25335950  T
Q  107 aggccaaatgtgatatatattaacttatatcatcttatattgaaacttattaacagaaataatttgaatgtgccaactaattatcattttcagacggtaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25335951 aggccaaatgtgatatatattaacttatatcatcttatattgaaacttattaacagaaataatttgaatgtgccaactaattatcattttcagacggtaa 25336050  T
Q  207 acaaattctcactcattcctcaaaagtgatagaattgtctaaaaaatgttatatgacaaatcactacatcatgtatacaaacaaaatcatattccaatac 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25336051 acaaattctcactcattcctcaaaagtgatagaattgtctaaaaaatgttattt----aatcactacatcatgtatacaaacaaaatcatattgcaatac 25336146  T
Q  307 aattaaattcatctaagtttgtatctcatgctaagtttcaagtacattaaaaccgtgtatctcacctactatcaatcacatacgcaattcaaccttaacc 406  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25336147 aattaaattcagctaagtttgtatctcatgctaagtttcaagtacattaaaaccgtgtatctcacctactatcaatcacatacgcaattcaaccttaacc 25336246  T
Q  407 atatatttctattttagaaacgtgccacttttagtcttttctttcttcatgttaaattagcccaattatgtcaacttttgcttatggttctattttctct 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25336247 atatatttctattttagaaacgtgccacttttagtcttttctttcttcatgttaaattagcccaattatgtcaacttttgcttatggttctattttctct 25336346  T
Q  507 ctttgtttatggcttaattgaagtacctttcaaacaacctcttctttcttgtttgcacaaaaataaatttcttaaatatcttatgacattataaagcaca 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25336347 ctttgtttatggcttaattgaagtacctttcaaacaacctcttctttcttgtttgcacaaaaataaatttcttaaatatcatatgacattataaagcaca 25336446  T
Q  607 acataaatagtaattttcaaccaaaagaaaaccaaaaagagttgaaatttctattttaattttctaatttctaatttgacatctaaatctagctaactta 706  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25336447 acatcaatagtaattttcaaccaaaagaaaaccaaaaagagttgaaatttctattttaattttctaatttctaatttgacatctaaatctagctaactta 25336546  T
Q  707 catttggaagaaaatgaatgacaaaaatgagaacgtacataatttaaaagatttctcaaaaaacacaaaaggacaaatggggcatacatgaaaatttcaa 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25336547 catttggaagaaaatgaatgacaaaaatgagaaggtacataatttaaaagatttctcaaaaaacacaaaaggacaaatggggcatacatgaaaatttcaa 25336646  T
Q  807 gagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatccatgcaactaaaagttactatcaaaaaggaaaggagaagttgaaaattgnnnnnnncaatatataagga 906  Q
    |||                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  25336647 gaggaagaaagaagaaagaaagaaagttatccatgcaactaaaagttactatcaaaaaggaaaggagaagttgaaaattgaaaaaaacaatatataagga 25336746  T
Q  907 agctatcatgtcccactcaatattggaacaacttgcacaaattttatagcttttgtaaagaggaagaataaaattg-tggacttcatttt 995  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25336747 agctatcatgtcccactcaatattggaacaacttgcacaaattttatagcttttgtaaagaggaagaataaaattgttggacttcatttt 25336836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2067 times since January 2019
Visitors: 3811