View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0589_low_23 (Length: 377)

Name: NF0589_low_23
Description: NF0589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0589_low_23
NF0589_low_23
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (28-354)||(25880597-25880925)
chr3 (35-354)||(42588709-42589027)
chr3 (28-170)||(25880409-25880551)
chr3 (34-344)||(54544905-54545214)
chr3 (34-344)||(5819523-5819832)
chr3 (36-136)||(25878061-25878161)
chr3 (145-352)||(25880166-25880369)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (35-354)||(2002644-2002962)
chr4 (34-344)||(42269663-42269972)
chr4 (34-344)||(48698069-48698378)
chr4 (34-136)||(30946638-30946740)
chr4 (267-344)||(30946431-30946508)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (28-354)||(1472703-1473027)
chr6 (34-344)||(26977141-26977450)
chr6 (34-344)||(27874957-27875266)
chr6 (34-115)||(21965153-21965234)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (28-354)||(24594729-24595054)
chr8 (34-344)||(9440339-9440648)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (28-148)||(7506019-7506139)
chr7 (145-354)||(7505001-7505209)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (34-344)||(34355770-34356079)
chr5 (34-344)||(41722170-41722479)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (34-160)||(829239-829365)
chr2 (34-160)||(28714843-28714969)
chr2 (267-344)||(829471-829548)
chr2 (35-96)||(13841413-13841474)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (34-344)||(28283-28592)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 28 - 354
Target Start/End: Original strand, 25880597 - 25880925
Alignment:
Q  28 catcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataa 127  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  25880597 catcagcggtgggaaaccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagtcgatttatggcggatcctggtaa 25880696  T
Q  128 agagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctc--aagttgcattatgtttcagattggaatttatcgtaatgggttat 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  25880697 agagcattgagatgttattaaaagaatcgtgagatatataaaaaaggaaacctcagatgttgcattatgtttcagattggaatttattgtaaagggttat 25880796  T
Q  226 gtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaat 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||| ||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25880797 gtagattcagattttgcaggagatcttgataaaaaaaaaaaatctactaccggttatgtgttcatacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaat 25880896  T
Q  326 tacaaattgttgtagctctatctactaca 354  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25880897 tacaaattgttgtcgctctatctactaca 25880925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 35 - 354
Target Start/End: Original strand, 42588709 - 42589027
Alignment:
Q  35 ggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagcat 134  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  42588709 ggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaaggccagacattgcacaagcagtgggagcggttagtcgatttatggcggatcctggtaaagaacat 42588808  T
Q  135 tgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacct-caagttgcattatgtttca---gattggaatttatcgtaatgggttatgtaga 230  Q
    || |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||| | |  | |||||||||||| |||   ||||||||||||| || |  |||||||| ||    
T  42588809 tgggatgctgttaagagaatcctgagatatat--aaaaggaaccttagatgttgcattatgtgtcagaggattggaatttattgtcaaaggttatgttga 42588906  T
Q  231 ttcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaa 330  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||          ||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  42588907 ttcagattttgcaggtgatcttgata---aaagaagatctactgctggttatgtgttcacacttgcaggaggagcggtaagttggttgtcaaaattacaa 42589003  T
Q  331 attgttgtagctctatctactaca 354  Q
      ||| ||||||||||||||||||    
T  42589004 tctgtcgtagctctatctactaca 42589027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 28 - 170
Target Start/End: Original strand, 25880409 - 25880551
Alignment:
Q  28 catcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataa 127  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  25880409 catcagcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtggaagtaattagtcgatttatggcggatcctggtaa 25880508  T
Q  128 agagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaa 170  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25880509 agagcattgggatggtatcaaaagaatcctgagatatataaaa 25880551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Original strand, 54544905 - 54545214
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  54544905 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 54545004  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||||| |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  54545005 ttggaatgttgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 54545101  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  54545102 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacacttgccggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 54545198  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    ||| ||||||||||||    
T  54545199 aaactgttgtagctct 54545214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 5819832 - 5819523
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  5819832 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 5819733  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  5819732 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 5819636  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  5819635 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 5819539  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    ||| ||||||||||||    
T  5819538 aaactgttgtagctct 5819523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 36 - 136
Target Start/End: Original strand, 25878061 - 25878161
Alignment:
Q  36 gtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagcatt 135  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25878061 gtgggaagtcttatgtatgacatgatatgtacaagactagacattgcacaagcagtgagaacaattagtcgatttatggcggatcctggtaaagagcatt 25878160  T
Q  136 g 136  Q
    |    
T  25878161 g 25878161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 145 - 352
Target Start/End: Original strand, 25880166 - 25880369
Alignment:
Q  145 ttaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctcaa--gttgcattatgtttcagattggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgc 242  Q
    |||| |||||||||||||||||||||   | ||||||||  |||| ||||||||||  || ||||||||| || | ||||| |||  |||||||||||      
T  25880166 ttaagagaatcctgagatatataaaa---ggaacctcaaatgttgtattatgtttctaatcggaatttattgtcaagggttttgttaattcagattttat 25880262  T
Q  243 aggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaattgttgtagct 342  Q
    ||| |||| |||||         |||||| ||| ||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  25880263 aggtgatcgtgata---aaagaatatctaataccggttatgtgttcacacttgcaagaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaattgtcgtagcc 25880359  T
Q  343 ctatctacta 352  Q
    ||||||||||    
T  25880360 ctatctacta 25880369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 35 - 354
Target Start/End: Original strand, 2002644 - 2002962
Alignment:
Q  35 ggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagcat 134  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2002644 ggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaaggccagacattgcacaagcagtgggagcggttagtcgatttatggcggatcctggtaaagagcat 2002743  T
Q  135 tgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacct-caagttgcattatgtttca---gattggaatttatcgtaatgggttatgtaga 230  Q
    || |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||| | |  | ||||||||||||||||   ||||||||||||| || |  |||||||| ||    
T  2002744 tgggatgctgttaagagaatcctgagatatat--aaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttattgtcaaaggttatgttga 2002841  T
Q  231 ttcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaa 330  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2002842 ttcagattttgcaggtgatcttgata---aaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcagtaagttggttgtcaaaattacaa 2002938  T
Q  331 attgttgtagctctatctactaca 354  Q
      ||| ||||||||||||||||||    
T  2002939 tctgtcgtagctctatctactaca 2002962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Original strand, 42269663 - 42269972
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  42269663 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 42269762  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  42269763 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 42269859  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  42269860 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 42269956  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    |||  |||||||||||    
T  42269957 aaacggttgtagctct 42269972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 48698378 - 48698069
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  48698378 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 48698279  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  48698278 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 48698182  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  48698181 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 48698085  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    |||  |||||||||||    
T  48698084 aaacggttgtagctct 48698069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 34 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 30946740 - 30946638
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  30946740 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 30946641  T
Q  134 ttg 136  Q
    |||    
T  30946640 ttg 30946638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 30946508 - 30946431
Alignment:
Q  267 atctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaattgttgtagctct 344  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||  |||||||||||    
T  30946508 atctactactggttatgtgttcacgcttacaggaggagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctct 30946431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 8e-77; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 28 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 1473027 - 1472703
Alignment:
Q  28 catcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataa 127  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  1473027 catcagcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaaggtcagacattgcacaagcagtgggagcggttagtcgatttatggcggatcctggtaa 1472928  T
Q  128 agagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacct-caagttgcattatgtttca---gattggaatttatcgtaatgggtt 223  Q
    ||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||| | |  | ||||||||||||||||   |||||||||||||||| |  ||||    
T  1472927 agagcattgggatgctgttaagagaatcctgagatatat--aaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttatcgtcaaaggtt 1472830  T
Q  224 atgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaa 323  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1472829 atgttgattcagattttgcaggtgatcttgata---aaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcagtaagttggttgtcaaa 1472733  T
Q  324 attacaaattgttgtagctctatctactaca 354  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  1472732 attac-aattgtcgtagctctctctactaca 1472703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 26977450 - 26977141
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  26977450 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 26977351  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  26977350 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 26977254  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  26977253 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 26977157  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    ||| ||||||||||||    
T  26977156 aaactgttgtagctct 26977141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 27875266 - 27874957
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  27875266 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 27875167  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  27875166 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 27875070  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  27875069 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 27874973  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    |||  |||||||||||    
T  27874972 aaacggttgtagctct 27874957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 115
Target Start/End: Original strand, 21965153 - 21965234
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggc 115  Q
    |||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||    
T  21965153 cggttggaagccttatgtatgtcatgatatgtaaaagaccagacattgcacaagcagtgggagtagttagtcggtttatggc 21965234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 24595054 - 24594729
Alignment:
Q  28 catcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataa 127  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  24595054 catcagcggtgggaagccttatgtatgccatgatatttacaaggccagacattgcacaagcagtgggagcggttagtcgatttatggcggatcctggtaa 24594955  T
Q  128 agagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacct-caagttgcattatgtttca---gattggaatttatcgtaatgggtt 223  Q
    | | ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||| | |  | ||||||||||||||||   ||||||||||||| || |  ||||    
T  24594954 aaaacattgggatgttgttaagagaatcctgagatatat--aaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttattgtcaaaggtt 24594857  T
Q  224 atgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaa 323  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  24594856 atgttgattcagattttgcaggtgatcttgata---aaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcgataagttgattgtcaaa 24594760  T
Q  324 attacaaattgttgtagctctatctactaca 354  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  24594759 attacaatctgtcgtagctctatctactaca 24594729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 9440648 - 9440339
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  9440648 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 9440549  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  9440548 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 9440452  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  9440451 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 9440355  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    |||  |||||||||||    
T  9440354 aaacggttgtagctct 9440339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 7506139 - 7506019
Alignment:
Q  28 catcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataa 127  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||||||| |||    
T  7506139 catcagcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaaggccagacattgcacaagcagtgggagcggctagtcaatttatggcggatcctggtaa 7506040  T
Q  128 agagcattgagatgttattaa 148  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
T  7506039 agagcattgggatgttgttaa 7506019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 145 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 7505209 - 7505001
Alignment:
Q  145 ttaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctcaa-gttgcattatgtttcaga---ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagatttt 240  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||| | |  | ||||||||||||||||||   ||||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||    
T  7505209 ttaagagaatcctgagatatataaaa--ggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttattgtcaaaggttatgttgattcagatttt 7505112  T
Q  241 gcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaattgttgtag 340  Q
    ||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  7505111 gcaggtgatcttgataaaagaag---atctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcggtaagttgattgtcaaaattacaatttgtcgtag 7505015  T
Q  341 ctctatctactaca 354  Q
    ||||||||||||||    
T  7505014 ctctatctactaca 7505001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Original strand, 34355770 - 34356079
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  34355770 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 34355869  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | ||||| |   |||||| ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  34355870 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaaccttaggtgttgcagtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 34355966  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  34355967 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 34356063  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    ||| ||||||||||||    
T  34356064 aaactgttgtagctct 34356079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Original strand, 41722170 - 41722479
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  41722170 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 41722269  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---agattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    |||  || || |  || | |||||||||     
T  41722270 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 41722366  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  41722367 gattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttgtccaagttac 41722463  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    |||  |||||||||||    
T  41722464 aaacggttgtagctct 41722479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 34 - 160
Target Start/End: Original strand, 829239 - 829365
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  829239 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 829338  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgag 160  Q
    |||  ||||| |||| |||||| ||||    
T  829339 ttggaatgttgttaagagaatcatgag 829365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 160
Target Start/End: Original strand, 28714843 - 28714969
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||   ||||| | |||||| | |||||| ||||||||||    
T  28714843 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagatcagagattgcacaattagtgggagtggttagtcggtttatgacagatccttataaagagca 28714942  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgag 160  Q
    |||  ||||| |||| |||||| ||||    
T  28714943 ttggaatgttgttaagagaatcatgag 28714969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 267 - 344
Target Start/End: Original strand, 829471 - 829548
Alignment:
Q  267 atctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaattgttgtagctct 344  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||| ||||||||||||    
T  829471 atctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttatccaagttacaaactgttgtagctct 829548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 13841474 - 13841413
Alignment:
Q  35 ggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggag 96  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||    
T  13841474 ggtggaaagccttatgtattccatgatatgtacaagaccagacactacacaaatagtgggag 13841413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 28592 - 28283
Alignment:
Q  34 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggcggatcctgataaagagca 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||||||||||||| | |||||||||    
T  28592 cggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcggtttatggcggatccgggtaaagagca 28493  T
Q  134 ttgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctc--aagttgcattatgtttca---gattggaatttatcgtaatgggttatgta 228  Q
    |||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | ||||||  | |||||| |||||||||   |||  || || |  || | |||||||||     
T  28492 ttggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcggatgttgcaatatgtttcagaggatcagagttaactgtcaggggttatgtt 28396  T
Q  229 gattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattac 328  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||||          ||||||||||| ||||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||||| || || ||||    
T  28395 gattcagattttgtaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactgattatgtgttcacactttcaggaggagcagtaagttggttatccaagttac 28299  T
Q  329 aaattgttgtagctct 344  Q
    ||| ||||||||||||    
T  28298 aaactgttgtagctct 28283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2442 times since January 2019
Visitors: 3819