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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0589_low_40 (Length: 319)
Name: NF0589_low_40
Description: NF0589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0589_low_40 |
 | |
|
| [»] chr6 (7 HSPs) |
| |
|
| [»] chr1 (5 HSPs) |
| |
|
| [»] chr3 (9 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold0413 (2 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold1838 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] chr2 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Original strand, 32450119 - 32450428
Alignment:
| Q |
10 |
aataatatactcaccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaact |
109 |
Q |
| |
|
||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32450119 |
aataaaatacccacgactaagacaaactcataggcaaatacagtcagatattaacacatcatcatgcacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaact |
32450218 |
T |
|
| Q |
110 |
catatttctatattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgt |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32450219 |
catatttctatattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttctttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgt |
32450318 |
T |
|
| Q |
210 |
cattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagt |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32450319 |
cattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaagttaaaatttaccatatgaattcatattttagt |
32450418 |
T |
|
| Q |
310 |
tgttttgttc |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
32450419 |
tgttttgttc |
32450428 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 58 - 319
Target Start/End: Original strand, 23260483 - 23260743
Alignment:
| Q |
58 |
tattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttctatattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacac |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
23260483 |
tattaacacatcatcatccacatgaaccaaactgaaatattttcataaaactcatatttctatattttcatttatttagtttatcagcaaa-tctaacac |
23260581 |
T |
|
| Q |
158 |
ttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaa |
257 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23260582 |
ttctttaacaataccacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacaaacatcatataaaatataattaaa |
23260681 |
T |
|
| Q |
258 |
ctaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttc |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23260682 |
ctaataacttttataaaaggctaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttc |
23260743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 25005432 - 25005229
Alignment:
| Q |
116 |
tctatattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattcc |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005432 |
tctatattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttaacaataccacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattcc |
25005333 |
T |
|
| Q |
216 |
acataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgtttt |
315 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005332 |
acataaaattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcttattttagttgtttt |
25005233 |
T |
|
| Q |
316 |
gttc |
319 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
25005232 |
gttc |
25005229 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 119 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 34636457 - 34636272
Alignment:
| Q |
119 |
atattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccaca |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
34636457 |
atattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacactta-------ataccacaaaaacatatatgaatagaaaaa--------atgtcatgccaca |
34636373 |
T |
|
| Q |
219 |
taacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgtt |
318 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636372 |
taacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgtt |
34636273 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 23 - 231
Target Start/End: Original strand, 10751438 - 10751637
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttctatat |
122 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
10751438 |
ccactaaggcaaactcatagacaaatacagtcagatattaacacatcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcgtaaaactcgtattt------ |
10751531 |
T |
|
| Q |
123 |
tttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataac |
222 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10751532 |
--tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-caataccacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataac |
10751628 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 34636528 - 34636448
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcat |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
34636528 |
ccactaaggcaaactcatagacaaatacagtcagatattaacacatcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
34636448 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 138
Target Start/End: Original strand, 26182570 - 26182608
Alignment:
| Q |
100 |
tcataaaactcatatttctatattttcatttatttagtt |
138 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26182570 |
tcatagaactcatatttctatattttcatttatttagtt |
26182608 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 23 - 319
Target Start/End: Original strand, 35761919 - 35762217
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttctatat |
122 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
35761919 |
ccactaaggcaaactcataggcaaatacagtcaaatattaacacatcatcatccacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaacacatatttctatat |
35762018 |
T |
|
| Q |
123 |
tttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataac |
222 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35762019 |
tttcatttatttagtttatctacaaagtctaacacttcattaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataac |
35762118 |
T |
|
| Q |
223 |
attatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataac--ttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttc |
319 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35762119 |
attatcatacacacatcatataaaatatagttaaactaataacttttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatattttagttgttttgttc |
35762217 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 24 - 247
Target Start/End: Original strand, 37667057 - 37667271
Alignment:
| Q |
24 |
cactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttctatatt |
123 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667057 |
cactaaggcaaactcatagacaaatacagtcagattttaacacatcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcatattt------- |
37667149 |
T |
|
| Q |
124 |
ttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataaca |
223 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667150 |
-tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-caataccacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaaagtcattccacataaca |
37667247 |
T |
|
| Q |
224 |
ttatcatacacacatcatataaaa |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
37667248 |
ttatcatacagacatcatataaaa |
37667271 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 175 - 315
Target Start/End: Original strand, 9537377 - 9537517
Alignment:
| Q |
175 |
aaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaa |
274 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9537377 |
aaaaacatatacgcatagcaacatgaaataaatgtcattctacataacattatcatacaaacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaa |
9537476 |
T |
|
| Q |
275 |
aggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgtttt |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
9537477 |
aggttaaattttacaatataaatttatattttacttgtttt |
9537517 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 16075048 - 16074800
Alignment:
| Q |
59 |
attaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttctatatttt-catttatttagtttatcaacaaagtctaacac |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||| |||| || || ||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||| |
|
|
| T |
16075048 |
attaacacatcattatccacatgaatcaaaagtcaatattttcatgaaactcacattttcatatttttcatttctttagtttataaaaaaaatctaacac |
16074949 |
T |
|
| Q |
158 |
ttatttaacaataccacaaaaa-catatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaa |
256 |
Q |
| |
|
|| ||| ||||| | ||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
16074948 |
ttctttcccaatataaaaaaaaacctataaagatagccaaataaaataaatgtcattctacattacattatcata-----------taaaatataattaa |
16074860 |
T |
|
| Q |
257 |
a-ctaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgtttt |
315 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
16074859 |
atctaataacttttataaaagattaaattttaacatatgaattcatattttaattgtttt |
16074800 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 269 - 319
Target Start/End: Original strand, 37667265 - 37667315
Alignment:
| Q |
269 |
tataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttc |
319 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667265 |
tataaaaggttaaattttatcatatgaattcatattttagttgttttgttc |
37667315 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 23 - 319
Target Start/End: Original strand, 5004598 - 5004885
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttctatat |
122 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
5004598 |
ccactaaggcaaactcatagacaaatacagtaagatattaacacatcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcgtaaaactcgtattt------ |
5004691 |
T |
|
| Q |
123 |
tttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataac |
222 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004692 |
--tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-caataccacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataac |
5004788 |
T |
|
| Q |
223 |
attatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttc |
319 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004789 |
attatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaatttcaccatataaattcatattttagttgttttgttc |
5004885 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 119 - 319
Target Start/End: Original strand, 46404537 - 46404727
Alignment:
| Q |
119 |
atattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccaca |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
46404537 |
atattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-caataccacaaaaacatatatgaatagaaaaat---------gccattccaca |
46404626 |
T |
|
| Q |
219 |
taacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgtt |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404627 |
aaacattatcatacagatatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgtt |
46404726 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 10 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 16975624 - 16975453
Alignment:
| Q |
10 |
aataatatactcaccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaact |
109 |
Q |
| |
|
||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16975624 |
aataaaatacccgccactaaggcaaactcataggcaaatatagtcacatattaacacatcatcatccacatgaaccaaactgaaatattttcataaaact |
16975525 |
T |
|
| Q |
110 |
catatttctatattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaaca |
181 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16975524 |
catatttctatattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttaacaataccacaaaaaca |
16975453 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 125 - 317
Target Start/End: Original strand, 11967862 - 11968053
Alignment:
| Q |
125 |
tcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaa--catatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataac |
222 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
11967862 |
tcatttctttagtttatcaacaaaat--aacacttctttcccaataccacaaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaatgtcattctacggaac |
11967959 |
T |
|
| Q |
223 |
attatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgt |
317 |
Q |
| |
|
||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
11967960 |
atttt-atacacacatcgtataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatattttagattttttgt |
11968053 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 208 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 16975450 - 16975339
Alignment:
| Q |
208 |
gtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatatttta |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16975450 |
gtcattccacataaaattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatatttta |
16975351 |
T |
|
| Q |
308 |
gttgttttgttc |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
16975350 |
gttgttttgttc |
16975339 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 117
Target Start/End: Original strand, 11937745 - 11937839
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttc |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11937745 |
ccactaaggcaacctcataagcaaacacaatcatgtattaacacatcatcatccacatgaaccaaaataaaatattttcataaaactcatatttc |
11937839 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 103
Target Start/End: Original strand, 46404466 - 46404546
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcat |
103 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
46404466 |
ccacgaaggcaaactcatagacaaatacagtcagatattaacacatcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
46404546 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 8730966 - 8730913
Alignment:
| Q |
237 |
atcatataaaatataatta-aactaataacttttataaaaggttaaattttacc |
289 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
8730966 |
atcatataaaacataatgagaattaataacttttataaaagattaaattttacc |
8730913 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9082853 - 9082800
Alignment:
| Q |
237 |
atcatataaaatataatta-aactaataacttttataaaaggttaaattttacc |
289 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
9082853 |
atcatataaaacataatgagaattaataacttttataaaagattaaattttacc |
9082800 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 10 - 317
Target Start/End: Original strand, 21491350 - 21491659
Alignment:
| Q |
10 |
aataatatactcaccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaact |
109 |
Q |
| |
|
||||| |||| | |||||||||||| |||||| ||||| || | | |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21491350 |
aataaaatacccgccactaaggcaacctcataagcaaacacaataagatattaacacatcatcatccacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaact |
21491449 |
T |
|
| Q |
110 |
catatttctatattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccac---aaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaa |
206 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
21491450 |
catattactatattttcatttctttagtttatcaacaaaatccaacacttctttcccaataccacaaaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaa |
21491549 |
T |
|
| Q |
207 |
tgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatatttt |
306 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
21491550 |
tgtcattctacataacatt-ttatgcacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatatttt |
21491648 |
T |
|
| Q |
307 |
agttgttttgt |
317 |
Q |
| |
|
|||| |||||| |
|
|
| T |
21491649 |
agtttttttgt |
21491659 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 23 - 307
Target Start/End: Original strand, 18367197 - 18367476
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttctatat |
122 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
18367197 |
ccactaaggcaacctcataaccaaacacaatcaggtattaacacatcatcatccatatgaaccaaaatgaaatatttttataaatctcatatttctatat |
18367296 |
T |
|
| Q |
123 |
tttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccac--aaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacata |
220 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || |
|
|
| T |
18367297 |
tttcatttctttagtttatcaacaaaatccaacacttctttcccaataccacaaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaatgtcattctacgta |
18367396 |
T |
|
| Q |
221 |
acattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatatttta |
307 |
Q |
| |
|
||||| | ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
18367397 |
acattttaatata---at----taaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatatttta |
18367476 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 119 - 319
Target Start/End: Original strand, 15873911 - 15874102
Alignment:
| Q |
119 |
atattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccaca |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
15873911 |
atattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-caataccacaaaaacatatatgaatagaaaaa--------atgccattccaca |
15874001 |
T |
|
| Q |
219 |
taacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgtt |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15874002 |
aaacattatcatacagatatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgtt |
15874101 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 175 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 22077860 - 22077720
Alignment:
| Q |
175 |
aaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaa |
274 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
22077860 |
aaaaacatatatgcataggaaaataaagcaaatgtcattctacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataactttttgaaa |
22077761 |
T |
|
| Q |
275 |
aggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgtttt |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
22077760 |
tggttaaattttaccatataaatttatattttagttgtttt |
22077720 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 194 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 48576540 - 48576426
Alignment:
| Q |
194 |
aaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataatt-aaactaataacttttataaaaggttaaattttaccata |
292 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
48576540 |
aaaatagaataaatgtcattctgcatcacattatcatacacacatcatataatatataattaaaactaataactttaataagatattaaattttaccata |
48576441 |
T |
|
| Q |
293 |
tgaattcatatttta |
307 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| |
|
|
| T |
48576440 |
taaattcatatttta |
48576426 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 103
Target Start/End: Original strand, 15873840 - 15873920
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcat |
103 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
15873840 |
ccacgaaggcaaactcatagacaaatacagtcagatattaacacatcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
15873920 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 176; Significance: 8e-95; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 23 - 315
Target Start/End: Original strand, 4557839 - 4558133
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaactcatatttctatat |
122 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| ||||| || ||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
4557839 |
ccactaaggcaacctcataagcaaacacaatcaggtattaacatatcatcatccacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaactcatatttatatat |
4557938 |
T |
|
| Q |
123 |
tttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaa--acatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacata |
220 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || || |
|
|
| T |
4557939 |
tttcatttctttagtttatcaacaaaatccaacacttctttctcaataccacaaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaaagtcattctacgta |
4558038 |
T |
|
| Q |
221 |
acattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgtttt |
315 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
4558039 |
acattattatacacacattatataaaatatgattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatattttagttttttt |
4558133 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 119 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 537090 - 536899
Alignment:
| Q |
119 |
atattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccaca |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
537090 |
atattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-caataccacaaaaacatatatgaatagaaaaa--------atgccattccaca |
537000 |
T |
|
| Q |
219 |
taacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgtt |
318 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
536999 |
taacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgtt |
536900 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 243 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 536891 - 536815
Alignment:
| Q |
243 |
taaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttc |
319 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
536891 |
taaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttc |
536815 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 537161 - 537081
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcat |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
537161 |
ccactaaggcaaactcatagacaaatacagtcagatattaacacatcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
537081 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 10 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 49499406 - 49499101
Alignment:
| Q |
10 |
aataatatactcaccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcataaaact |
109 |
Q |
| |
|
||||| |||| | |||||||||||| |||||| ||||| || | | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49499406 |
aataaaatacccgccactaaggcaacctcataagcaaacacaattaggtattaacacatcatcatccacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaact |
49499307 |
T |
|
| Q |
110 |
catatttctatattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccaca-aaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatg |
208 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
49499306 |
catatttctatattttcatttctttagtttatcaacaaaatccaacacttctttcccaataccacaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaatg |
49499207 |
T |
|
| Q |
209 |
tcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttag |
308 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
49499206 |
tcattctacgtaaca-tcttatacacacattatataaaatataattaaactaataatttttataaaaggttaaattttactatataaattcatattttag |
49499108 |
T |
|
| Q |
309 |
ttgtttt |
315 |
Q |
| |
|
|| |||| |
|
|
| T |
49499107 |
ttttttt |
49499101 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 175 - 315
Target Start/End: Original strand, 28969204 - 28969344
Alignment:
| Q |
175 |
aaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaa |
274 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28969204 |
aaaaacatatatgcatagcaaaataaaataaatgtcattctacataaaattatcatacacacatcatatagaatataattaaactaataacttttataaa |
28969303 |
T |
|
| Q |
275 |
aggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgtttt |
315 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
28969304 |
atgttaaattttaccatataaattaatattttagttgtttt |
28969344 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0413 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 2)
Name: scaffold0413
Description:
Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 119 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 9125 - 8925
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| Q |
119 |
atattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttatttaacaataccacaaaaacatatatgcatagaaaaa-taaaataaatgtcattccac |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9125 |
atattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-caataccacaaaaacatatatgaatagaaaaaataaaataaatgtcattccac |
9027 |
T |
|
| Q |
218 |
ataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgt |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9026 |
ataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataactgttataaaaggttaaattttaccatgtgaattcatattttagttgttttgt |
8927 |
T |
|
| Q |
318 |
tc |
319 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
8926 |
tc |
8925 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0413; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 9196 - 9116
Alignment:
| Q |
23 |
ccactaaggcaaactcataggcaaattcagtcaaatattaacacatcatcatccacgtgaaccataatgaaatattttcat |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
9196 |
ccactaaggcaaactcatagacaaatacagtcagatattaacacatcatcatccacatggaccaatctgaaatattttcat |
9116 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1838 (Bit Score: 99; Significance: 7e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold1838
Description:
Target: scaffold1838; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 181 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 397 - 271
Alignment:
| Q |
181 |
atatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggtta |
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Q |
| |
|
|||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
397 |
atatatgcatggcaaaataaaataaatggcattctacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggtta |
298 |
T |
|
| Q |
281 |
aattttaccatatgaattcatatttta |
307 |
Q |
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| T |
297 |
aattttaccatatagatttatatttta |
271 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 253 - 319
Target Start/End: Original strand, 32735391 - 32735457
Alignment:
| Q |
253 |
ttaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttc |
319 |
Q |
| |
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| T |
32735391 |
ttaaactaatatcttttataaaaggttaaatttcaccatatgaatgcatattttagttgttttgttc |
32735457 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 211 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 29270827 - 29270722
Alignment:
| Q |
211 |
attccacataacattatcatacacacat--catataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttag |
308 |
Q |
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| T |
29270827 |
attccacatcacattctcatacacaaatatcaaataaa-tataattaaaataataatttttataaaatattaaattttactatgtaactacatattttaa |
29270729 |
T |
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| Q |
309 |
ttgtttt |
315 |
Q |
| |
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| T |
29270728 |
ttgtttt |
29270722 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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