View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0593_low_62 (Length: 286)
Name: NF0593_low_62
Description: NF0593
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0593_low_62 |
 | |
|
| [»] chr7 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] chr4 (2 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold0061 (2 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold0010 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] chr6 (3 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold1043 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold0408 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Original strand, 16067710 - 16067966
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16067710 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttgtttgtgcttatgcttgatttgctgcaactatttagattgatgacttat |
16067809 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaa |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
16067810 |
ttaatgattgatatagatgtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtatgccacgtgtatatgatgactattggaatatgattatgtgtgatcgaaa |
16067909 |
T |
|
| Q |
230 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16067910 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgattggagatgaataagcattgatgtta |
16067966 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Original strand, 19727224 - 19727480
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19727224 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttgtgtgtgcttatgcttgatttgctgcaactatttagattgatgacttaa |
19727323 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaa |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
19727324 |
ttaatgattgatatagatgtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtatgacacatgtatatgatgactattggaatatgattatgtgtgatcgaaa |
19727423 |
T |
|
| Q |
230 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19727424 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
19727480 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 17419938 - 17419682
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
17419938 |
gcttgatttgaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggataaatttgtgtgtgcttatgcttgatttgctgcaactatatagattgatgacttat |
17419839 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaa |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
17419838 |
ttaatgattgatatagatgtgacgttatgtatttgaatgtaatttttggtatgtcacatgtatatgatgactattggaatatgattacgtgtgatcgaaa |
17419739 |
T |
|
| Q |
230 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17419738 |
atatgataagtgttgatgaatgggatgttgatttgagatgaataagcattgatgtta |
17419682 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 30 - 282
Target Start/End: Original strand, 25755955 - 25756207
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
25755955 |
gcttgatttaaattatgttaatatgtggtatttgaagtcatggataaatttgtgtgtgcttatgcttgatttgctgcaactatttagattgatggcttat |
25756054 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaa |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
25756055 |
ttaatgattgatatagatgtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtatgcaacatgtatatgatgactattggaatatgattatgtgtgatcgaaa |
25756154 |
T |
|
| Q |
230 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgat |
282 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25756155 |
atacgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgat |
25756207 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 30 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 25792294 - 25792037
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
25792294 |
gcttgatttaaattatgttaatatgtagtatttgaagtcatggataaatttgtgtgtgcttatgcttgatttgctgcaactatttagattgatggcttat |
25792195 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatata-----gaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgat |
224 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
25792194 |
ttaatgattgatatagatgtgatgtgatgttatgtatttgaatgtaatttttagtatgcaacatgtatatgatgactattggaatatgattatgtgtgat |
25792095 |
T |
|
| Q |
225 |
cgaaaatatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgat |
282 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25792094 |
cgaaaatatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagattaataagcattgat |
25792037 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 203 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 19020446 - 19020363
Alignment:
| Q |
203 |
ttggaatatgattatatgtgatcgaaaatatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19020446 |
ttggaatatgattatgtgtgattgaaaatatgataagcgttgatgaatgagatgttgatttgagatgaataagcattgatgtta |
19020363 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19020655 - 19020524
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggataga-tttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgactta |
128 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| || |||| ||||| |||| |||| ||||||| | ||| |
|
|
| T |
19020655 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggataaattttgtgtgtgctcatgcttgatttgccgcaatcatttggattgattaatta |
19020556 |
T |
|
| Q |
129 |
tttaatgattgatatagaggtgatgttatgta |
160 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||| | ||||| ||||||| |
|
|
| T |
19020555 |
ttcaatgattgatataaatgtgatattatgta |
19020524 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0061 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:
Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Original strand, 16316 - 16573
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16316 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtgatatttgaagtcatggataaatttgtgtgtgcttatgcttgacttgctgctactatttagattgatgacttat |
16415 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaa |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
16416 |
ttaatgattgatatagatgtgatgttatgtattttaatgtaatttttggtatgccacatgtatatgatgactattggaatatgattatgtgtgatcgaaa |
16515 |
T |
|
| Q |
230 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcga-tttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16516 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgattttgagatgaataagcattgatgtta |
16573 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Original strand, 25374 - 25631
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25374 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtgatatttgaagtcatggataaatttgtgtgtgcttatgcttgacttgctgctactatttagattgatgacttat |
25473 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaa |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
25474 |
ttaatgattgatatagatgtgatgttatgtattttaatgtaatttttggtatgccacatgtatatgatgactattggaatatgattatgtgtgatcgaaa |
25573 |
T |
|
| Q |
230 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcga-tttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25574 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgattttgagatgaataagcattgatgtta |
25631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0010 (Bit Score: 183; Significance: 5e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:
Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 30 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 143562 - 143310
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
143562 |
gcttgatttaa-ttatgtgaatatgtggtatttgaagtcatg-atagatttgtgtgtgcttaggcttgatttgttgccattatttagattgatgacttat |
143465 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaa |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
143464 |
ttaatgattgatacagatgtgatgttatgaatttgaatgtaatttttggtatgccacatgtatatgatgactattggaatatgattatgtgtgatcgaaa |
143365 |
T |
|
| Q |
230 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgt |
284 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
143364 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgt |
143310 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 52 - 286
Target Start/End: Original strand, 22395133 - 22395367
Alignment:
| Q |
52 |
atgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttatttaatgattgatatagaggtga |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
22395133 |
atgtggtatttgaagtcatgtataaatttgtgtatgcttatgcttgatttgctgcaactatttagattgatgacttatttaatgattgatataaatgtga |
22395232 |
T |
|
| Q |
152 |
tgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaaatatgataagtgttgatgaatg |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22395233 |
tgttatgtatttgaatgtaatttttggtatgccacatgtataagatgactgttggtatatgattatgtgtgattgaaaatatgataagtgttgatgaatg |
22395332 |
T |
|
| Q |
252 |
agatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22395333 |
agatgtcgatttgaggtgaataagcattgatgtta |
22395367 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 30 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 14747026 - 14746827
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgac---t |
126 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| || | |
|
|
| T |
14747026 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggataaatt--tgtgtgctcatgtttgatttgctgcaactatttagattgataacttat |
14746929 |
T |
|
| Q |
127 |
tatttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcg |
226 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
14746928 |
tatttaatgattgatatatatgtgatgttatgtatttgaatgtaaattttggtatg--------atatgatgactattggaatatgattatgtgtgattg |
14746837 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 207 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 14746834 - 14746755
Alignment:
| Q |
207 |
aatatgattatatgtgatcgaaaatatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
14746834 |
aatatgattatgtgtgattgaaaatatgataagtgttgatgaacgagatgtcgatttgatatggataagcattgatgtta |
14746755 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1043 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold1043
Description:
Target: scaffold1043; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 286
Target Start/End: Original strand, 178 - 424
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
178 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggataaattt--gtgtgctcatgcttgatttgctgcaactatttagattgatgacttat |
275 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcgaaa |
229 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
276 |
ttaatgattggtataaatgtgatgctatgtatttgaatgtaatttttggtatg--------atatgatgactattggaatatgattacgtgtgattgaaa |
367 |
T |
|
| Q |
230 |
atatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
368 |
atatgataagtgttgatgaacgagatgtcgattagagatggataagcattgatgtta |
424 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0408 (Bit Score: 104; Significance: 7e-52; HSPs: 2)
Name: scaffold0408
Description:
Target: scaffold0408; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 30 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 15461 - 15262
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgac---t |
126 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| || | |
|
|
| T |
15461 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggataaatt--tgtgtgctcatgtttgatttgctgcaactatttagattgataacttat |
15364 |
T |
|
| Q |
127 |
tatttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggtgtgccacgtgtgtatgatgactattggaatatgattatatgtgatcg |
226 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
15363 |
tatttaatgattgatatatatgtgatgttatgtatttgaatgtaaattttggtatg--------atatgatgactattggaatatgattatgtgtgattg |
15272 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0408; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 207 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 15269 - 15190
Alignment:
| Q |
207 |
aatatgattatatgtgatcgaaaatatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
15269 |
aatatgattatgtgtgattgaaaatatgataagtgttgatgaacgagatgtcgatttgatatggataagcattgatgtta |
15190 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 179
Target Start/End: Original strand, 24315942 - 24316089
Alignment:
| Q |
30 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttat |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24315942 |
gcttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggataaattt--gtgtgctcatgcttgatttgttgcaactatttagattgatgacttac |
24316039 |
T |
|
| Q |
130 |
ttaatgattgatatagaggtgatgttatgtatttgaatgtaatttttggt |
179 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
24316040 |
ttaatgattgatataaatgtgatgttatgtatttgaatgtaatatttggt |
24316089 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 32 - 116
Target Start/End: Original strand, 23246609 - 23246693
Alignment:
| Q |
32 |
ttgatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggatagatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttag |
116 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23246609 |
ttgattgaaattatgtgaatatgtgatatttaaagtcatggataaatttgtgtgtgcttatgcttgatttgctgcaactatttag |
23246693 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 34 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 22522058 - 22521931
Alignment:
| Q |
34 |
gatttaaattatgtgaatatgtggtatttgaagtcatggat-agatttatgtgtgcttatacttgctttgctgcaactatttagattgatgacttattta |
132 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| | ||| || ||||| || |||| ||||| |||| | ||| ||||||| | ||||| | |
|
|
| T |
22522058 |
gatttaaactatgtgaatacgtcgtatttgaagtcatggatgaattttgtgggtgctcatgcttgatttgccgcaattttttggattgattaattattca |
22521959 |
T |
|
| Q |
133 |
atgattgatatagaggtgatgttatgta |
160 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
22521958 |
atgattgatataaatgtgatgttatgta |
22521931 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 22521862 - 22521782
Alignment:
| Q |
205 |
ggaatatgattatatgtgatcgaaaatatgataagtgttgatgaatgagatgtcgatttgagatgaataagcattgatgtta |
286 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| | | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
22521862 |
ggaatatgattatatgtgattgaaaatatgaaaaatgtt-tttagtgagatgttaatttgagatgaataaccattgatgtta |
22521782 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University
This website was viewed 845 times since January 2019
Visitors: 3837