View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0599_low_58 (Length: 298)

Name: NF0599_low_58
Description: NF0599
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0599_low_58
NF0599_low_58
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (44-274)||(1281448-1281678)
[»] chr6 (30 HSPs)
chr6 (44-281)||(4617356-4617593)
chr6 (44-281)||(4602123-4602360)
chr6 (44-281)||(4564045-4564282)
chr6 (44-272)||(4461457-4461685)
chr6 (44-272)||(4514691-4514919)
chr6 (44-270)||(4506191-4506417)
chr6 (44-271)||(3172075-3172302)
chr6 (44-267)||(4613293-4613516)
chr6 (44-270)||(4626285-4626511)
chr6 (44-273)||(4266735-4266964)
chr6 (48-273)||(4574646-4574871)
chr6 (46-266)||(4622478-4622698)
chr6 (44-270)||(4457928-4458155)
chr6 (47-210)||(4560843-4561005)
chr6 (44-270)||(4516655-4516881)
chr6 (44-281)||(4299382-4299619)
chr6 (44-272)||(4503967-4504195)
chr6 (44-272)||(4481027-4481255)
chr6 (44-272)||(4489925-4490153)
chr6 (44-270)||(4259726-4259952)
chr6 (44-270)||(4579766-4579992)
chr6 (44-267)||(4592565-4592788)
chr6 (44-210)||(4598505-4598671)
chr6 (44-189)||(4568390-4568535)
chr6 (44-267)||(4571306-4571529)
chr6 (44-267)||(4585970-4586193)
chr6 (44-272)||(4470137-4470365)
chr6 (119-270)||(4256196-4256347)
chr6 (44-267)||(4557459-4557682)
chr6 (48-101)||(4493293-4493346)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (44-272)||(1674560-1674788)
chr8 (44-210)||(20863475-20863641)
chr8 (44-267)||(16685842-16686065)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (44-270)||(3291-3517)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (44-270)||(3086754-3086980)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (44-267)||(4261-4484)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (44-188)||(27999753-27999897)
chr5 (44-210)||(24103333-24103499)
[»] scaffold0475 (1 HSPs)
scaffold0475 (90-189)||(3162-3261)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 1281448 - 1281678
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1281448 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 1281547  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1281548 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctctggagtcataactgtaat 1281647  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatctc 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1281648 gcttccgaaattcacataaacaacagatctc 1281678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 30)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 281
Target Start/End: Original strand, 4617356 - 4617593
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4617356 gaagggtggttcaacactttgtcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgcaatttcatttgtaaactcagatgagaaaatcactgagccac 4617455  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||| | | |||||| || ||||||||||||||    
T  4617456 caatgacaagatcaggccttatgatccacaaaaatgatttcttgcaattggccaaaccccaagcaaattccagtaattgctcgggtgtcataactgtaat 4617555  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatctctgctcct 281  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  4617556 gctgccgaaattcacataaacaactgatcccggctcct 4617593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 44 - 281
Target Start/End: Original strand, 4602123 - 4602360
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  4602123 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcatttgtaaactcagatgacaaaatcactgagccac 4602222  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||||| |||||    | ||| |  || ||||||||||||||    
T  4602223 caatgacaagatcaggcctaatgatccacaaaaatggtttatggcaattggccaaaccccaagcgaattctaataattgatggggtgtcataactgtaat 4602322  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatctctgctcct 281  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  4602323 gctgccaaaattcacataaacaacggatcccggctcct 4602360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 281
Target Start/End: Original strand, 4564045 - 4564282
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||| |    
T  4564045 gaagggtggttcaatactttctcctgtggacaccaacttgcaattaagcctctatctgaaatttcattcacaaactcagatgacaaaacgactgagccac 4564144  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||  |||||||||||||||   ||||| |  || ||||||||||||||    
T  4564145 caatgacaaggtcaggcctaatgatccacaaaaagggtttattgcaattggccaacccccaagcaaattccaacagttgttttggtgtcataactgtaat 4564244  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatctctgctcct 281  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  4564245 gcttccaaaattcacataaacaacggatcccggctcct 4564282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Original strand, 4461457 - 4461685
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||  |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |  |||||||    
T  4461457 gaagggtggttcagtacttgctcttgcggacaccagcttgctattaggcctctatctgaaatttcattcacaaactcagatgacaaaataaacgagccgc 4461556  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    ||||| || |||||||||||||| ||    
T  4461557 caatgacaagatcaggcctaatgatccataaaaagggtttcttgctatcagccaaaccccaagcaaactctaacagttgatcaggagtcataactgtgat 4461656  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatc 272  Q
    ||| || ||||| ||||| ||||||||||    
T  4461657 gctgccaaaatttacatagacaacagatc 4461685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 4514919 - 4514691
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||| |    
T  4514919 gaagggtggttcaaaactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgcaatttcattcacaaactcagacgacaaaaccactgagccac 4514820  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||| ||    | || |||||||| |||||  || ||    
T  4514819 caatgacaagatcaggcctaatgatccataaaaaggttttcttgctattggccaaaccccaagcaaactctaacaatttctccggagacataatcgtgat 4514720  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatc 272  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  4514719 gctaccaaaattaacataaacaacagatc 4514691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Original strand, 4506191 - 4506417
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||| ||||||||| |    
T  4506191 gaagggtgatttaacactttctcttgtgaacaccagcttgctataaggcttctatctgaaatttcatttgcaaactctgaagacaaaaccactgagccac 4506290  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||   || || |||||||| ||||| ||| ||    
T  4506291 caattacaagatcaggcctaatgatccacaaaaagggtttcttgctattggccaaaccccaagcaaactctaaaaatttctccggagacataattgtgat 4506390  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||    
T  4506391 gcttccaaaattcacataaacaacaga 4506417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 44 - 271
Target Start/End: Original strand, 3172075 - 3172302
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  || ||||| |    
T  3172075 gaaggatggttcaacactttctcttgcggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacaaccgagccac 3172174  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| || || | |||||||||||| ||    | || |||  ||| ||||||| | ||    
T  3172175 caatgacaagatcaggcctaataatccacaaaaagggtttcttgctgttggctaaaccccaagcaaactctaataatttctcttgagacataactatgat 3172274  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagat 271  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||    
T  3172275 gctgccaaaatttacataaacaacagat 3172302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 44 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4613516 - 4613293
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||||||||| || |||| |||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  ||||||||||    
T  4613516 gaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagctcgcgattaggcctctatctgaaatttcattcacaaactctgatgacaaaacaactgagccgc 4613417  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||    ||||  || | ||||||||| || ||    
T  4613416 caatgacaagatcaggcctaatgatccacaaaaagggttgcttgctattcgccaaaccccaagcaaactctaatagtttttctgcagtcataacggtcat 4613317  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaac 267  Q
    ||| || |||||||||||||||||    
T  4613316 gctcccaaaattcacataaacaac 4613293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Original strand, 4626285 - 4626511
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||| | |||||| |    
T  4626285 gaaggatggttcagtactttctcttgcggacaccagcttgcgattaggcctctatctgaaatttcattctcaaactcggatgacgaaataaatgagccac 4626384  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    |||| ||  |||||||||||| |||     
T  4626385 caatcacaagatcaggcctaatgatccacaaaaagggtttcttgctatcagccaaaccccaagcaaactctaacagtttctgtggagtcataactataac 4626484  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    ||| || || |||||||||||||||||    
T  4626485 gctgccaaagttcacataaacaacaga 4626511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 44 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 4266964 - 4266735
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||   ||| |||||||||||||  |||||||| |    
T  4266964 gaagggtggttcaacactttatcttgtggacaccaacttgctattagtcctctatctgaaatttctttaaaaaaatcagatgacaaaacaactgagcccc 4266865  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| || |||| |||||||||||| ||    || | |||  | | ||||||||| ||    
T  4266864 caatgacaagatcaggcctaattatccacaaaaaagggttcttgctgttggccaaaccccaagcaaactctaagagcttctctcgtgacataactgtgat 4266765  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatct 273  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  4266764 gctaccaaaatttacataaacaacagatct 4266735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 273
Target Start/End: Original strand, 4574646 - 4574871
Alignment:
Q  48 ggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgccaat 147  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| |||||||| |||| ||| ||||| |||||    
T  4574646 ggtggttcaatactttctcttgtggacaccaacttgctattagtcctctatctgaaatttctttcaaaaaatcagatgagaaaaccaccgagccaccaat 4574745  T
Q  148 gacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaatgctt 247  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| || |||| |||||||||||| ||    || | |||  ||| |||||| || |||||     
T  4574746 gacaagatcaggcctaatgatccacaaaaagggttttttgctgttggccaaaccccaagcaaactctacgagcttctctcgagacataacagtgatgctg 4574845  T
Q  248 ccgaaattcacataaacaacagatct 273  Q
    || ||||| |||||||||||||||||    
T  4574846 ccaaaatttacataaacaacagatct 4574871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 46 - 266
Target Start/End: Original strand, 4622478 - 4622698
Alignment:
Q  46 agggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgcca 145  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |  ||||||||     
T  4622478 agggtggttaagtacttcctcttgtggacaccaacctgcgattaggcctctacctgaaatttcattctcaaactcagatgacaaaataaacgagccgccc 4622577  T
Q  146 atgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaatgc 245  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    ||||| ||  ||||||| ||||||||||    
T  4622578 atgacaaggtcaggcctaatgatccacaaaaagggtttcttgctatcagccaaaccccaagcaaactctaatagttgatctcgagtcatcactgtaatgc 4622677  T
Q  246 ttccgaaattcacataaacaa 266  Q
    | || |||||||| |||||||    
T  4622678 tgccaaaattcacgtaaacaa 4622698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Original strand, 4457928 - 4458155
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||| || ||||||||||  || ||||| |    
T  4457928 gaagggtggttcaacactttatcttgtggacaccaacttgctattaagcctctatcagaagtttcattcacaaaatccgatgacaaaacaaccgagccac 4458027  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatgg-tttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaa 242  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| || |||| | |||||||||||||    || | |||  ||| ||||||||| |    
T  4458028 caatgacaagatcaggcctagttatccacaaaaaaggttttcttgctgttggccaaaacccaagcaaattctaagagcttctcttgagacataactgtga 4458127  T
Q  243 tgcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  4458128 tgcttccaaaatttacataaataacaga 4458155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 47 - 210
Target Start/End: Original strand, 4560843 - 4561005
Alignment:
Q  47 gggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgccaa 146  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| |||||||| |||| ||| ||||| ||||    
T  4560843 gggtggttcaatactttctcttgtggacaccaacttgctattagtcctctatctgaaatttctttcaaaaa-tcagatgagaaaaccaccgagccaccaa 4560941  T
Q  147 tgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaa 210  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  4560942 tgacaagatcaggcctaatgatccataaaaatggtttcttgctgttggccaaaccccaagcaaa 4561005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Original strand, 4516655 - 4516881
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||| || ||||||||||| || ||||| |    
T  4516655 gaaggatggttcaacactttctcttgcggacaccagcttgctattacgcctctatccgaagtttcattcacaaaatcggatgacaaaataaccgagccac 4516754  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||| || ||    ||||| || |||||||| || || ||    
T  4516755 caatgacaaggtcaggcctaataatccacaaaaaaggtttcttgctgttggccaaaccccaagcgaactctaacagttgatctggagtcatgaccgtgat 4516854  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||    
T  4516855 gcttccaaaattcacataaactacaga 4516881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 44 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 4299619 - 4299382
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||  ||||  |||||||||||| | |||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |   ||||||    
T  4299619 gaagggtggttcagtacttgttcttgtggacactagcttgcggttaggcctctatttgaaatttcattctcaaactcagatgacaaaataaacaagccgc 4299520  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||  ||    |||||||| ||||||||||||||||     
T  4299519 caatgacaaggtctggcctaatgatccacaaaaatggtttcctgcaattggccaaaccccaagcaatctctaacagttgctctggagtcataactgtaac 4299420  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatctctgctcct 281  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  4299419 gctgccaaaattcacataaacaaccgatcccggctcct 4299382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 4504195 - 4503967
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||| |||||||| |||| ||||||||||| | | ||||||| |    
T  4504195 gaagggtggttcaacactttatcttgtggacaccaacttgctacaagtcctctattagaagtttcattcacaaaatcagatgacaacacctctgagccac 4504096  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    | ||  ||   || ||||||||||||    
T  4504095 caataacaagatcaggcctaataatccacaaaaaaggtttcttgctattggccaaaccccaagcaaactctaacaatttatcttaagacataactgtaat 4503996  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatc 272  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  4503995 gctgccaaaatttacataaacaacagatc 4503967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Original strand, 4481027 - 4481255
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  | | ||||||||||| | ||||||||| |    
T  4481027 gaagggtggttcaaaactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatttgaaatttctttcaaatactcagatgacaacaccactgagccac 4481126  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||| || |||| | |||||||||||   ||| |||||||| || | |||||||||||| ||    |||| |||  ||| ||||| ||| ||    
T  4481127 caatgacaagattagacctaataatccacaaaaagttttttttgctattggcaaaaccccaagcaaactctaagagtttctcttgagacataattgtgat 4481226  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatc 272  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  4481227 gctgccaaaatttacataaacaacagatc 4481255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 4490153 - 4489925
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| | |  |||||| |    
T  4490153 gaagggtgattcaataccttctcttgtggacaccaacttgctattagtcctctatctgaaatttctttcaaaaaatcagatgacaacacctgtgagccac 4490054  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||| ||||| ||    || | |||  ||| |||||| || ||    
T  4490053 caataacaagatcaggcctaatgatccacaaaaagggtttcttgctgttggccaaaccccatgcaaactctaatagcttctctcgagacataacagtgat 4489954  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatc 272  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  4489953 gctgccaaaatttacataaacaacagatc 4489925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4259952 - 4259726
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||| ||||||||  |||| |||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||| |  ||||| |    
T  4259952 gaagagtggttcagtacttgctcttgcggacaccagctcgcgattaggcctctatccgaaatttcactctcaaactcagatgacaaaataaaggagccac 4259853  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||| |  || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||   || ||| || |||||||||||||||||    
T  4259852 caataatgaggtcaggcctaatgatccacaaaaagggtttcttgctattggccaatccccaagcaaactctaaaaattgatctggagtcataactgtaat 4259753  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    ||| || |||||||| |||||||||||    
T  4259752 gctgccaaaattcacgtaaacaacaga 4259726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Original strand, 4579766 - 4579992
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||  |||| |||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||   |||||||||    
T  4579766 gaagggtggttcagtacttgctcttgcggacaccagctcgttattaggcctctatctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacagctgagccgc 4579865  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| || | |||||| ||||| ||    ||||  || | |||||||||||| |     
T  4579866 cgatgacaagatcgggcctaatgatccacaaaaagggttgcttgctatttgctaaaccccatgcaaactctaacagtttttctgcagtcataactgtcaa 4579965  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||    
T  4579966 gctcccaaaattcacataaacaacaga 4579992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 44 - 267
Target Start/End: Original strand, 4592565 - 4592788
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||||||||| || |||| |||||| |||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  | || ||| |    
T  4592565 gaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagctcgcgattacgcctctatctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacaattgtgccac 4592664  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||| |||| |||||||||||| ||    | || |||   | ||||||||||||     
T  4592665 caatgacaagatcaggcctaatgatccacaaaaaaggtttattgcaattggccaaaccccaagcaaactctaacattttctcttcattcataactgtaag 4592764  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaac 267  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
T  4592765 gctgccgaaattcacataaacaac 4592788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 44 - 210
Target Start/End: Original strand, 4598505 - 4598671
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||| ||||| || |||| ||||||  ||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  || ||||| |    
T  4598505 gaaggatggtttaatacttgctcttgcagacaccagcttgcaactaagcctctatctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacaaccgagccac 4598604  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaa 210  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  4598605 caatgacaagatcaggcctaatgatccacaaaaagggtttcttgctattggccaaaccccaagcaaa 4598671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 44 - 189
Target Start/End: Original strand, 4568390 - 4568535
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||| || ||||| |||| || ||||||||||| |||||||| |    
T  4568390 gaagggtggttcaacacttgctcttgcggacaccagcttgctatttggcctctatccgaagttccattcacaaactcggatgacaaaataactgagccac 4568489  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgct 189  Q
    |||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4568490 caatgacaagctaaggcctaatgatccacaaaaaaggtttcttgct 4568535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 44 - 267
Target Start/End: Original strand, 4571306 - 4571529
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  |||||||| |    
T  4571306 gaaggatggttcaatactttctcttgcgagcaccaaccagcaattaggcctctatctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacaactgagccac 4571405  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||| ||||||||| || | |||||| ||||| ||    ||||  || | ||||||||||||  |    
T  4571406 caatgacaagatcgggcctaatgatccacaaaaagagttgcttgctatttgctaaaccccatgcaaactctaacagtttttctgaagtcataactgtcct 4571505  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaac 267  Q
    ||| || |||||||||||||||||    
T  4571506 gctcccaaaattcacataaacaac 4571529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 44 - 267
Target Start/End: Original strand, 4585970 - 4586193
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| || |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||  || || |    
T  4585970 gaagggtggttcaatacttgctcttgcgggcaccaacccgcgattaggcctctatctgaaatttcattcttaaactcagatgacaaaaccaaggaaccac 4586069  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||  ||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||    ||||  || | ||||||||||||  |    
T  4586070 caatgacaagatcaggtctaatgatccataaaaaatgttgcttgctattggccaaaccccaagcaaactctaatagtttttctgtagtcataactgttgt 4586169  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaac 267  Q
    ||| || |||||||||||||||||    
T  4586170 gctcccaaaattcacataaacaac 4586193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Original strand, 4470137 - 4470365
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||  |||| |||||| ||||||||  |  | ||||||||||||||||||||| ||||  |||  || ||||| ||||  || |||||||    
T  4470137 gaagggtggttcagtacttgctcttgaggacaccagttcacgattaggcctctatctgaaattccatttacaatctctgatgagaaaactaccgagccgc 4470236  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||    |||| ||| |||| ||||||||| |     
T  4470237 caatgacaagatcgggcctaatgatccacaaaaagggttgcttgctatttgccaaaccccaagcaaactctaacagtttctctggagacataactgtgac 4470336  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatc 272  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  4470337 gctgccgaaatttacatagacaacagatc 4470365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 119 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4256347 - 4256196
Alignment:
Q  119 tcagatgacaaaatcactgagccgccaatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaa 218  Q
    |||||||||||||| |  ||||| |||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||    |    
T  4256347 tcagatgacaaaataaaggagccaccaatgacgaggtcaggcctaatgatacacaaaaatggtttcttgctattggccaatccccaagcaaactctaaca 4256248  T
Q  219 gttgctccggagtcataactgtaatgcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  4256247 gttgatctggagtcataactgtaatgctgccaaaattcacgtaaacaacaga 4256196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 44 - 267
Target Start/End: Original strand, 4557459 - 4557682
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||| ||||| || |||| |||||| || ||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||  |||||||| |    
T  4557459 gaaggatggtttaatacttgctcttgcgggcaccagcccgcgattaggcctctatctgaaatttcattgacaaactccgatgacaaaacaactgagccac 4557558  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| || | |||||| ||||| ||    ||||  || |  ||||||||||| ||    
T  4557559 cgatgacaagatcgggcctaatgatccacaaaaagggttgcttgctatttgctaaaccccatgcaaactctaacagtttttctgccgtcataactgtcat 4557658  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaac 267  Q
    ||| || |||||||||||||||||    
T  4557659 gctcccaaaattcacataaacaac 4557682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 48 - 101
Target Start/End: Original strand, 4493293 - 4493346
Alignment:
Q  48 ggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctg 101  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  4493293 ggtggttcagcagtttctcttgtggacaccaactagcaattaggcctctatctg 4493346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Original strand, 1674560 - 1674788
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||| ||||||||| |    
T  1674560 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaatttgatattaggcctctatctgaaatttctttcataaactcagatgacaaaaccactgagccac 1674659  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||||| |||   ||||| || |||||||||||  ||||    
T  1674660 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaaaggtttcttgcaatcggccaaaccccaagcaaactccaatagttgatctggagtcataacaataat 1674759  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacagatc 272  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  1674760 gctaccgaaattcacataaacaaccgatc 1674788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 20863641 - 20863475
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||| ||||| |    
T  20863641 gaaggatggttcaacaccttctcttgtggacaccaactcgcgattaggcctctatctgaaatttcattcacaaacgcagatgaaaaaatcaccgagccac 20863542  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaa 210  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||| |||||    
T  20863541 caatgacaagatcaggcctaatgatccacaaaaagggtttcttgctgttggccaaaccccatgcaaa 20863475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 44 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 16686065 - 16685842
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||| ||||| || |||| |||||| || ||||| || || ||||||| ||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||| ||| || ||||    
T  16686065 gaaggatggtttaatacttgctcttgcgggcaccagctcgcgattaggcttctatctgagatttcattcttaaactcagatgacaaaaccacggaaccgc 16685966  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
     |||||||||||||| |||| |||||||   |||  ||| ||||||||| | || |||||||||||| ||    ||||  || | |||||||||||| ||    
T  16685965 aaatgacaagatcagacctaatgatccattgaaaatgttgcttgctattggtcaaaccccaagcaaactctaatagtttttctgcagtcataactgtcat 16685866  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaac 267  Q
    ||| || |||||||||||||||||    
T  16685865 gctcccaaaattcacataaacaac 16685842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 3517 - 3291
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||||||| |||  |||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |  |||||||    
T  3517 gaagggtggatcagtacttgctcttgtggacaccagcttgtgattaggcctctatctgaaatttcattctcaaattctgatgacaaaataaacgagccgc 3418  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||    ||||| |  |||||||||||||||||    
T  3417 caatgacaagatcaggcctaatgatccacaaaaacggtttcttgctatcggccaaaccccaagcaaattctaacagttgatttggagtcataactgtaat 3318  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||    
T  3317 gctgccgaaattcacataaacaacaga 3291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Original strand, 3086754 - 3086980
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| ||| |  |||||||    
T  3086754 gaagggtgattcaatacttgctcttgcggacaccagcttgcgattagacctctatctgaaatttctttctcaaactcagatgacataataaaggagccgc 3086853  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    ||||||||  ||||||||||||||||    
T  3086854 caatgacaagatcaggcctaatgatccacaaaaatggtttcttgctattggccaaaccccaagcaaactctaatagttgctcttgagtcataactgtaat 3086953  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaacaga 270  Q
    ||| || ||| ||||||||||||||||    
T  3086954 gctgccaaaactcacataaacaacaga 3086980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 44 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4484 - 4261
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |  |||||||    
T  4484 gaagggtggttcagtacttgctcttgtggacaccagctcgcaattaggcctctatctgaaatttcattctcaaactcagatgacaaaataaacgagccgc 4385  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaattcctgaagttgctccggagtcataactgtaat 243  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| | ||| | || | |||||||||| ||    ||||| || |||||||||||||||||    
T  4384 caatgacaaggtcaggcctaatgatccacaaaaaggatttcttacaattggtcaaaacccaagcaaactctaacagttgatctggagtcataactgtaat 4285  T
Q  244 gcttccgaaattcacataaacaac 267  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  4284 gcttccaaaattcacataaacaac 4261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 44 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27999897 - 27999753
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||| ||||||||| |    
T  27999897 gaagggtggttcaaaactttctcttgtggacaccaatttgatattaggcctctatctgaaatttctttcctaaactcagatgacaaaaccactgagccac 27999798  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgc 188  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27999797 caatgacaagattaggcctagtgatccacaaaaaaggtttcttgc 27999753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 210
Target Start/End: Original strand, 24103333 - 24103499
Alignment:
Q  44 gaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgc 143  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||   ||| |||||||||||||  |||||||| |    
T  24103333 gaagggtggtttaacactttatcttgtggacaccaacttgctattagtcctctatctgaaacttctttaaaaaaatcagatgacaaaacaactgagcccc 24103432  T
Q  144 caatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgctattagccagaccccaagcaaa 210  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  24103433 caatgacaagatcaggcctaattatccacaaaaaagggttcttgctattggccaaaccccaagcaaa 24103499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 90 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 3261 - 3162
Alignment:
Q  90 ggcctctatctgaaatttcattcgcaaagtcagatgacaaaatcac-tgagccgccaatgacaagatcaggcctagtgatccacaaaaatggtttcttgc 188  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| ||| || |||||  ||| ||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  3261 ggcctctatctgaagtttcattctcaaactcatataacaaag-cacatgatccgccaatgacaaggtcagacctaatgatccacacaaagggtttcttgc 3163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 41 times since January 2019
Visitors: 3832