View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0602-INSERTION-28 (Length: 682)

Name: NF0602-INSERTION-28
Description: NF0602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0602-INSERTION-28
NF0602-INSERTION-28
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (28-682)||(23840431-23841089)
chr7 (180-622)||(23844033-23844476)
chr7 (181-505)||(23861237-23861563)
chr7 (181-530)||(23857268-23857619)
chr7 (181-461)||(23864831-23865113)
chr7 (181-359)||(23817442-23817622)
chr7 (181-359)||(23791695-23791875)
chr7 (181-359)||(23802490-23802670)
chr7 (181-362)||(23838023-23838206)
chr7 (181-461)||(23852803-23853085)
chr7 (234-361)||(23797963-23798092)
chr7 (181-434)||(23848959-23849214)
chr7 (181-356)||(23807958-23808135)
chr7 (181-359)||(23823128-23823308)
chr7 (181-359)||(23828102-23828282)
chr7 (181-362)||(23855277-23855460)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (183-226)||(6273702-6273745)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 682
Target Start/End: Original strand, 23840431 - 23841089
Alignment:
Q  28 ggtttaaataaagatttatgacagctatgtaggctgtgacataacggttgcatcagttatatctaatcgcgattctacacaatattaaggatcgcaacac 127  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23840431 ggtttaaataaagacttgcgacagctatctagcttgtgacataatggttgcatcagttatatctaaccgcgattctacgcaatattaaggatcgcaacac 23840530  T
Q  128 aaagacaacccgttatacgaagtacaaagactaaaaaagacactgnnnnnnn--gttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctt 225  Q
     ||||||||  |||||| |||||||| | ||||||||| | |||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23840531 gaagacaacgtgttataggaagtacatatactaaaaaaaatactaaaagaagaagttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctc 23840630  T
Q  226 tttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgtactcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaac 323  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  23840631 tttggtgtggatcagttggcaaaatggggttttgcttccaaacctcatcaatgtactcaagaatcacaagagattctgaaatgggcttatcattgtgaac 23840730  T
Q  324 aaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgaggagaagttcactcttggtgaccaaattttcttcaacaaattcatattcaattctcttcaat 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||     
T  23840731 aaaaactggaaccttcttatgaactggattatatttaagaagaagttcactctttgtggccaaattttcttcaagaaattcatattcaattcccttcaac 23840830  T
Q  424 tttagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttccagtagctcccaaaagtttcacatgttcctgatttatagccattggaatacttaaattttcta 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  23840831 tttagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttccagtagctcccaaaagtttcacatgttcctgatttgtagccattgcaacacttaaattttcta 23840930  T
Q  524 tgactttgataattggtataataatttgttttgatgtttgagtcctaaggttttgttgccttttatagggtttggaacgttaattttgtaattttcaata 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  23840931 tgactttgataattggtataataatttgttttgatgtttgagtcctaaggttttgtggccttttatagagtttggaatgttaatttagtaattttcaata 23841030  T
Q  624 tacatatacacatgaggtgagaataactcgtgcactaaaataaaaggaaatatgatgat 682  Q
    || |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  23841031 tagatatacacatgaggtgagaataatccgtacactaaaataaaagggaaaatgatgat 23841089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 180 - 622
Target Start/End: Original strand, 23844033 - 23844476
Alignment:
Q  180 gttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgt 279  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  23844033 gttaccttgtcatcgatgaattttgaccaaaatcgagccaaggctctttggtgtggatcagaaggcaaaatagggttttgcttccaaacctcatcaatgt 23844132  T
Q  280 actcaagaatcacgag--attctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgaggagaagttcactctt 377  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||    
T  23844133 actcaagaatcacaagggattctgatataggtttctcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactggattgtatttgagaagttgttcactctt 23844232  T
Q  378 ggtgaccaaattttcttcaacaaattcatattcaattctcttcaattttagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttccagtagctcccaaaagt 477  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23844233 ggtggctaaattttcttcaacaaattcatattcaattcccttcaacttgagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttccagtagctcccaaaaga 23844332  T
Q  478 ttcacatgttcctgatttatagccattggaatacttaaattttctatgactttgataattggtataataatttgttttgatgtttgagtcctaaggtttt 577  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23844333 ttcacatgttcctgatttgtagccattgcaacacttaaattttctatgactttgataactggtaaaat-atttgttttgttgtttgagtcctaaggtttt 23844431  T
Q  578 gttgccttttatagggtttggaacgttaattttgtaattttcaat 622  Q
     | ||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  23844432 atggccttttatagagtttggaatgttaggtttgtaattttcaat 23844476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 181 - 505
Target Start/End: Original strand, 23861237 - 23861563
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23861237 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaatgatttttggtatggatcagacgacaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 23861336  T
Q  281 ctcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgaggagaagttcactcttg 378  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  23861337 ctcaagaatcacaagggattctgatatcggcttctcattgtgaacaagaactggaattttcttatgaaccggattgtatttgaggagaagatcacttttg 23861436  T
Q  379 gtgaccaaattttcttcaacaaattcatattcaattctcttcaattttagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttccagtagctcccaaaagtt 478  Q
     |   ||| | ||||| ||||||||| ||||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||||   | ||||||||||||    
T  23861437 tttgtcaagtcttctttaacaaattcgtattcaattcctttgaatttgagtgcaatctgtaccctgcaaaaaaatgggcttcccacaactcccaaaagtt 23861536  T
Q  479 tcacatgttcctgatttatagccattg 505  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||    
T  23861537 tcacatcttcctgatttgtagccattg 23861563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 181 - 530
Target Start/End: Original strand, 23857268 - 23857619
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  23857268 ttaccttgtcgtcgatgaagttagaccaaaatcgagccaaggctctttggtatggatcagaaggcaagataggattttgtttccaagtctcatcaatata 23857367  T
Q  281 ctcaagaatcacgag--attctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgaggagaagttcactcttg 378  Q
    ||||| |||||  ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||| || || ||||| ||||||||||| |||    
T  23857368 ctcaataatcaaaagggactctgatataggcttttcattgtgaacaaaaactggtatctttttataaactggattatacttgagaagaagttcacttttg 23857467  T
Q  379 gtgaccaaattttcttcaacaaattcatattcaattctcttcaattttagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttccagtagctcccaaaagtt 478  Q
     || |||  |||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || |    
T  23857468 ttggccatgttttcttcaagaaatttgtattcaattcccttcaattttagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttcctatcgctcccaatagct 23857567  T
Q  479 tcacatgttcctgatttatagccattggaatacttaaattttctatgacttt 530  Q
    |||| | |||||||||| ||||||||| |  |||| |||||||| |||||||    
T  23857568 tcacttcttcctgatttgtagccattgtagcacttcaattttctctgacttt 23857619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 181 - 461
Target Start/End: Original strand, 23864831 - 23865113
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||| |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23864831 ttaccttgtcatcgatgaacttggaccaaaatcgagccaatgatttttggtatggatcggacggtaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatata 23864930  T
Q  281 ctcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgaggagaagttcactcttg 378  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || || |||    
T  23864931 ctgaagaatcacaagagattctgatataggcttctcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactggattgtatatgaggagaagatcgcttttg 23865030  T
Q  379 gtgaccaaattttcttcaacaaattcatattcaattctcttcaattttagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttcc 461  Q
     || |||| | ||||| |||| |||  ||||||||||  ||| | || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  23865031 ttggccaagtcttcttgaacatatttgtattcaattcctttccacttaagagcaatctgtaccctgcaagcaaatgggcttcc 23865113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 181 - 359
Target Start/End: Original strand, 23817442 - 23817622
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||||||||| ||||  || |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  23817442 ttaccttgtcatctatgaggttggaccaaaatcgaaccaaggctctttggtatggatcagaaggcaatattggattttgtttccaagtctcatcaatata 23817541  T
Q  281 ctcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtattt 359  Q
     |||||||||||  | || |||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  23817542 ttcaagaatcacaagtgactctgctataggcttatcattatgaataaaaacaggaaccttcttataaacagggttgtattt 23817622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 181 - 359
Target Start/End: Original strand, 23791695 - 23791875
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||| ||||| ||||| || | ||| || |||||||||||| ||| ||  |||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  23791695 ttaccttatcatctatgaacttggtccagaaacgagccaaggctctttcgtaaggatcagaaggcaagataggattttgtttccaagtctcatcaatata 23791794  T
Q  281 ctcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtattt 359  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  23791795 ctcaagaatcacaagggattctgatatgggcttatcattatgaactaacacaggaaccttcttataaacagggttgtattt 23791875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 181 - 359
Target Start/End: Original strand, 23802490 - 23802670
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||| ||| |   |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  23802490 ttaccttatcatcaatgaaattggaccagaaacgagccaaggctcttttggaaggatcagaaggcaatatgggattttgtttccaagtctcatcaatata 23802589  T
Q  281 ctcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtattt 359  Q
     |||||||||||  | || |||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  23802590 ttcaagaatcacaagggactctgatatgggcttatcattatgaataaaaacaggaactttcttataaacagggttgtattt 23802670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 181 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 23838206 - 23838023
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||| |||| |  |||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||| |||||    
T  23838206 ttaccttgtcatcaatgaacttagaccagaaacgagccaaggctctttgataaggatcagaaggcaagataggattttgtttccaagtctcatcgatgta 23838107  T
Q  281 ctcaagaat--cacgagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgag 362  Q
    |||||||||  ||||||| ||||| || || ||  |||| ||||||||||| |||||| || | | |||||| |||||||||||    
T  23838106 ctcaagaatcacacgagactctgagatgggatttccattatgaacaaaaacaggaaccatcctgtaaactggattgtatttgag 23838023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 181 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 23853085 - 23852803
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  |||||||| |||| |  ||||||   ||||| || || |||||||||||| |||||||||| ||    
T  23853085 ttaccttgtcatcaatgaacttagaccaaaaacggtccaaggctctttgataaggatcattgggcaagatagggttttgtttccaagcctcatcaatata 23852986  T
Q  281 ctcaagaat--cacgagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgaggagaagttcactcttg 378  Q
    |||||||||  |||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||| |||| | |||||| ||||| ||||| ||   |||||||       
T  23852985 ctcaagaatcacacgtgattctgaaataggcttcccattatgaacaagaactggaaccatcttgtaaactggattgtaattgagaagtgtttcactcaaa 23852886  T
Q  379 gtgaccaaattttcttcaacaaattcatattcaattctcttcaattttagagcaatctgtaccctgcacacaaatgggcttcc 461  Q
      | |||  |||||||||||| |||  | |||||||| |||||||||||||||||| || |||||   ||||||||| |||||    
T  23852885 tagcccagtttttcttcaacatatttgtgttcaattcccttcaattttagagcaatttgaacccttatcacaaatggacttcc 23852803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 234 - 361
Target Start/End: Original strand, 23797963 - 23798092
Alignment:
Q  234 ggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgtactcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactg 331  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| || |||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||| || || |    
T  23797963 ggatcagaaggcaagataggattttgtttccaagtctcatcaatatattcaataatcacaagagattctgctataggcttatcattatgaactaatacag 23798062  T
Q  332 gaaccttcttatgaactgggttgtatttga 361  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  23798063 gaaccttcttataaacagggttgtaattga 23798092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 181 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23849214 - 23848959
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||| |||| ||| ||| ||  |||||||||||||| || || || ||||||||| |||| ||||| ||    
T  23849214 ttaccttttcatcaatgaactttgaccaaaaccgatccaaagctcttttgtaaggatcagaaggcaagatagggttctgtttccaagcctcgtcaatata 23849115  T
Q  281 ctcaagaat--cacgagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgaggagaagttcactcttg 378  Q
    ||||| |||  |||||||||||||||| || ||  |||| ||||||| ||| |||||| || ||| |||||| || |||||||| ||   |||||||       
T  23849114 ctcaataatcacacgagattctgatatgggattcccattatgaacaagaacaggaaccatcctataaactggattatatttgagaagtgtttcactcaaa 23849015  T
Q  379 gtgaccaaattttcttcaacaaattcatattcaattctcttcaattttagagcaat 434  Q
     |  |||| |||||||||||| |||  | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  23849014 ttacccaatttttcttcaacatatttgtgttcaattcccttcaattttagagcaat 23848959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 181 - 356
Target Start/End: Original strand, 23807958 - 23808135
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||| |||| |||| |  |||||||||||||| || || ||||||||||||  ||||||||| ||    
T  23807958 ttaccttgtcatcaatgaaattggaccagaaacgagccatggctctttgataaggatcagaaggcaagatagggttttgtttccaagtctcatcaatata 23808057  T
Q  281 ctcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgta 356  Q
    ||||||||||||  | ||||| || || ||||| ||||| | ||| ||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  23808058 ctcaagaatcacaagtgattcagagatgggcttgtcattataaactaaaacaggaactttcttataaacagggttgta 23808135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 181 - 359
Target Start/End: Original strand, 23823128 - 23823308
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||| ||||| || || || ||||| || || ||||||||| |||  |  |||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  23823128 ttaccttatcatctataaacttggaccagaaacgtgccaaggctcttttataaggatcagaaggcaagattggattttgtttccaagtctcatcaatata 23823227  T
Q  281 ctcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtattt 359  Q
     |||| ||||||  ||||||||| |||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  23823228 ttcaataatcacaagagattctgctataggtttatcattatgaactaatacaggaactttcttataaacagggttgtattt 23823308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 181 - 359
Target Start/End: Original strand, 23828102 - 23828282
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||| ||||| ||||| || | ||| || |||||||||||| ||| ||  ||||||||||| || || |||||||| ||||||   |||||||  ||    
T  23828102 ttaccttatcatctatgaactttgtccagaaacgagccaaggctcttttgtaaggatcagaaggtaagataggattttgcttccaagtttcatcaacata 23828201  T
Q  281 ctcaagaatcac--gagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtattt 359  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||| |||| ||  |||||||||||    
T  23828202 ctcaagaatcacaagggattctgatatgggcttatcattatgaactaatacaggaacctttttataaatagggttgtattt 23828282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 181 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 23855460 - 23855277
Alignment:
Q  181 ttaccttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggctttttggtgtggatcagaaggcaaaatgggattttgtttccaaacctcatcaatgta 280  Q
    ||||||| ||||| | ||| || | |||||| ||| |||||||| ||| ||  |||||||||||||| || || ||||||||||||  ||||||||| ||    
T  23855460 ttaccttctcatctaggaacttggcccaaaagcgatccaaggctcttttgtaaggatcagaaggcaagatagggttttgtttccaagtctcatcaatata 23855361  T
Q  281 ctcaagaat--cacgagattctgatataggcttatcattgtgaacaaaaactggaaccttcttatgaactgggttgtatttgag 362  Q
    |||||||||  ||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||| | ||  ||||||||| ||||    
T  23855360 ctcaagaatcacacgagactctgaaacgggcttctcattgtgaacaagaacaggaaccatcttgtaaatagggttgtatctgag 23855277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 6273745 - 6273702
Alignment:
Q  183 accttgtcatcgatgaatttcgaccaaaatcgagccaaggcttt 226  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  6273745 accttgtcatcaatgaatctagaccaaaatcgagccaaggcttt 6273702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2431 times since January 2019
Visitors: 3819