View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0602-Insertion-14 (Length: 999)

Name: NF0602-Insertion-14
Description: NF0602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0602-Insertion-14
NF0602-Insertion-14
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-999)||(38197898-38198887)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 882; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 882; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 999
Target Start/End: Original strand, 38197898 - 38198887
Alignment:
Q  10 agcaatactaattaatggagtaaagctactagttataaatgttggcgattctcgagcaatatcatgtaaaaatggtcttgcaaaacagcttactgtggat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38197898 agcaatactaattaatggagtaaagctactagttataaatgttggcgattctcgagcaatatcatgtaaaaatggtcttgcaaaacaacttactgtggat 38197997  T
Q  110 cacgaaccggaaaaggaaaaagatctggttgagagcagaggaggttgtgtttttaagagacctggtaatgatgaaataagttcaacaaaatttataaaag 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38197998 cacgaaccggaaaaggaaaaagatctggttgagagcagaggaggttgtgtttttaagagacctggtaatgatgaaataagttcaacaaaatttataaatg 38198097  T
Q  210 cataacttccttcatcatgtaataattttcttttttcatacatgaacataaacttgcttctgtatatcataagaacttcaagtctatgcatgacacctan 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  38198098 cataacttccttcatcatgtaataattttcttttttcatacatgaacataaacttacttctgtatatcataagaatttcaagtctatgcatgacacctat 38198197  T
Q  310 nnnnnngctgaatagatagagttttctaataatataacaatcagaatgaaagattaaaagttttcaacttaaagttctcttgtctataactcaatatgcg 409  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38198198 ttttttgctgaatagatagagttttctaataatataacaatcagaatgaaagattaaaagttttcaacttaaagttctcttgtctataactcaatatgca 38198297  T
Q  410 tcattttttccctccattttgttaaatgttaaggggatgttccaagagtggatggccagttagcaatgacaagagcatttggagatggaaaactgaagga 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38198298 tcattttttccctccattttgttaaatgttaaggggatgttccaagagtggatggccagttagcaatgacaagagcatttggagatggaaaactgaagga 38198397  T
Q  510 gcacatcactgcagaaccagacgtgatgatcaagaaaattgatgaggacactgaattcatcatttttgcaagtgatggtctatggaaggtacgaggatac 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38198398 gcacatcactgcagaaccagacgtgatgatcaagaaaattgacgaggacactgaattcatcatttttgcaagtgatggtctatggaaggtacgaggatac 38198497  T
Q  610 ttcgtttatgctagaattatcaac-ttcagtaattatcaacttaaaacttaggttcactattgcaggtgatgacgaatcaagaggcttgtgaatgtatca 708  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38198498 tttgtttatgctagaattatcaactttctgtaattatcaacttaaaacttaggttcactattgcaggtgatgacgaatcaagaggcttgtgactgtatca 38198597  T
Q  709 aggatgttgatgatgctcaaaaagcagctacaaagttagtcaaagaagccaaatctcttggaagctgtgacgatatttcatgcatagttgttacgttcta 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38198598 aggatgttgatgatgctcaaaaagcagctacaaagttagtcaaagaagccaaatctcttggaagctgtgacgatatttcatgcatagttgttatgttcta 38198697  T
Q  809 gcttacatgttcctgcattttatgcgtatttgtcttgttttctgtaaaatgtttcaaatttatttaactcaagc-aatgtctctttaaaatattttcgtg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  38198698 gcttacatgttcctgcattttatgcgtatttgtcttgttttctgtaaaatgtttcaaatttctttaactcaagcaaatgtctctttaaaatattttcatg 38198797  T
Q  908 ggtcatgtacgtatatcttacagccactactatgtgttgaacttcatttatagaaattatcttatctttc-atctgctcttacgaatagttga 999  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38198798 ggtcatgtacgtatatcttacagcc---actatgtgttgaacttcatttatagcaattatcttatctttcaatctgctcttacgaatagttga 38198887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2576 times since January 2019
Visitors: 3822