View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0603_low_17 (Length: 324)

Name: NF0603_low_17
Description: NF0603
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0603_low_17
NF0603_low_17
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-293)||(4711916-4712208)
chr7 (1-293)||(4845856-4846148)
chr7 (2-256)||(4662990-4663241)
chr7 (4-276)||(4666917-4667189)
chr7 (4-299)||(4653476-4653768)
chr7 (40-211)||(4630971-4631142)
chr7 (56-253)||(4636859-4637056)
chr7 (56-253)||(4697086-4697283)
chr7 (56-314)||(4783731-4783989)
chr7 (56-292)||(4816160-4816396)
chr7 (56-250)||(4863927-4864121)
chr7 (160-310)||(4647471-4647619)
chr7 (141-253)||(4643673-4643785)
chr7 (138-256)||(4672675-4672793)
chr7 (48-121)||(4672837-4672910)
chr7 (40-114)||(4643848-4643922)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (48-293)||(18925630-18925875)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 293
Target Start/End: Original strand, 4711916 - 4712208
Alignment:
1 aagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
4711916 aagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactt 4712015  T
101 tactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4712016 tactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttt 4712115  T
201 tgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4712116 tgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 4712208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 293
Target Start/End: Original strand, 4845856 - 4846148
Alignment:
1 aagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactt 100  Q
    ||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
4845856 aagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatactt 4845955  T
101 tactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttt 200  Q
     ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4845956 aactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttt 4846055  T
201 tgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 293  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
4846056 tgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgatt 4846148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 4663241 - 4662990
Alignment:
2 agaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatacttt 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||     
4663241 agaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gatcatctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatactta 4663145  T
102 actgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacattttt 201  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||  |||||| || |||||||||||||||||||    
4663144 actgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacattttt 4663045  T
202 gtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttat 256  Q
    |||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||    
4663044 gtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttat 4662990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 4667189 - 4666917
Alignment:
4 aatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttac 103  Q
    |||||||||||||  |||||| |  || ||||  ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| ||    
4667189 aatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaac 4667090  T
104 tgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
4667089 tgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgt 4666990  T
204 gagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 276  Q
    |||||||||  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||    
4666989 gagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 4653768 - 4653476
Alignment:
4 aatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttac 103  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || || ||   ||||||  ||||||  ||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||| | ||    
4653768 aatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaac 4653672  T
104 tgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgt 203  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||||    
4653671 tgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgt 4653572  T
204 gagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgg 299  Q
    || ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||| | | |||||||||||| |||||    
4653571 gaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatgg 4653476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 4631142 - 4630971
Alignment:
40 atcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggatta 139  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||    
4631142 atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggatta 4631043  T
140 taatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 211  Q
     |||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
4631042 caatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 56 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 4637056 - 4636859
Alignment:
56 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 155  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||     
4637056 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaac 4636957  T
156 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 253  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
4636956 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 56 - 253
Target Start/End: Original strand, 4697086 - 4697283
Alignment:
56 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 155  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
4697086 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaat 4697185  T
156 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 253  Q
    ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||    
4697186 ttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatatt 4697283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 56 - 314
Target Start/End: Original strand, 4783731 - 4783989
Alignment:
56 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 155  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
4783731 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4783830  T
156 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 255  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
4783831 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4783930  T
256 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttg 314  Q
    |  |||||| ||||||||||||    ||||||||||| |  |||  |||||||||||||    
4783931 tagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttg 4783989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 56 - 292
Target Start/End: Original strand, 4816160 - 4816396
Alignment:
56 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 155  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
4816160 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4816259  T
156 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 255  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
4816260 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4816359  T
256 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgat 292  Q
    |  |||||| |||||||||||  |  |||||||||||    
4816360 tagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgat 4816396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 4864121 - 4863927
Alignment:
56 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 155  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||    
4864121 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaat 4864022  T
156 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagat 250  Q
    ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||    
4864021 tttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagat 4863927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 160 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647471
Alignment:
160 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaa 259  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||||||| ||||||||| || |||||  |    
4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
260 tgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcc 310  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
4647521 tgatattttggctgaacattatgctgatgtgattgcatgggctggtgctcc 4647471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 141 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643673
Alignment:
141 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 240  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
241 tttttcagatatt 253  Q
    | |||||||||||    
4643685 tctttcagatatt 4643673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 138 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672675
Alignment:
138 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 237  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| ||||||||    
4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
238 gagtttttcagatatttat 256  Q
    |||  |||||||| |||||    
4672693 gagcctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 4672910 - 4672837
Alignment:
48 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaat 121  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
4672910 aactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 4643922 - 4643848
Alignment:
40 atcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtt 114  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
4643922 atcatctaaactatttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 48 - 293
Target Start/End: Original strand, 18925630 - 18925875
Alignment:
48 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaa 147  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
18925630 aactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaa 18925729  T
148 cttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttca 247  Q
    ||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||    
18925730 cttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttca 18925829  T
248 gatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 293  Q
    ||| |||||  |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||    
18925830 gatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgatt 18925875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 136 times since January 2019
Visitors: 3831