View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0605_low_13 (Length: 310)

Name: NF0605_low_13
Description: NF0605
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0605_low_13
NF0605_low_13
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (13-281)||(3919901-3920169)
chr4 (31-278)||(4009698-4009945)
chr4 (13-281)||(3817295-3817563)
chr4 (14-281)||(3933126-3933393)
chr4 (20-281)||(3801285-3801546)
chr4 (31-275)||(4218348-4218592)
chr4 (14-265)||(3986710-3986961)
chr4 (21-281)||(4002003-4002258)
chr4 (14-264)||(3809732-3809982)
chr4 (71-282)||(3955709-3955914)
chr4 (14-281)||(4024931-4025192)
chr4 (14-59)||(3954565-3954610)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-265)||(13397662-13397916)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (31-153)||(7081381-7081503)
chr8 (23-62)||(7075417-7075456)
chr8 (26-62)||(7023411-7023447)
chr8 (25-59)||(7036508-7036542)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 281
Target Start/End: Original strand, 3919901 - 3920169
Alignment:
13 aagagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
3919901 aagagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctcgagatgttatttggaactcttgattggtttcaat 3920000  T
113 ccgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctag 212  Q
    | ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||| |   |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
3920001 ctgatagtagaataattctaacatccagagataagcaagtactaaggactaatgaagttgatcatgatggtctatatgaggttagggtattggattctag 3920100  T
213 tgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
3920101 tgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcctgaaatggagtactatgagct 3920169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 31 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4009945 - 4009698
Alignment:
31 atgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagtagaataattg 130  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
4009945 atgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaggtcagctagagatgttatttagaactcttgattggtttcgatccgatagtagaataattt 4009846  T
131 taacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagctttt 230  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4009845 taacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatgatgatctatatcaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagctttt 4009746  T
231 caatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatga 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4009745 caatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatga 4009698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 3817563 - 3817295
Alignment:
13 aagagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
3817563 aagagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctcgagatgttatttggaactcttgattggtttcaat 3817464  T
113 ccgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctag 212  Q
    | ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||| |    |||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
3817463 ctgatagtagaataattctaacatccagagataagcaagtactaaggaataatgaagttgaagatgatgatatatatgaggttggggtattggattctag 3817364  T
213 tgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 281  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3817363 tgaagcacttgtgcttttcaattcgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 3817295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 14 - 281
Target Start/End: Original strand, 3933126 - 3933393
Alignment:
14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||     
3933126 agagacggatcggccgcatgaaagttcttattgttcttgatgatgtcaatgaaacagatctgctagagatgttatttggatctcttgattggtttcgatt 3933225  T
114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagt 213  Q
     |||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||| ||| || | |||||||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||    
3933226 agatagtagaataattgtaaccagtagaaataagcaagtgcttgttaccaatgaagttgataatgatgatctatgtgaggttagggtattggattctagt 3933325  T
214 gaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3933326 gaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 3933393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 3801546 - 3801285
Alignment:
20 ggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatag 119  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||| | |||||   || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
3801546 ggattggccgtatgaaggttcttattgatcttgatgatattaaggaagaaggtctgctagagatgttatttggaactcttgattggtttcaatctgatag 3801447  T
120 tagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagtgaagca 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
3801446 tagaataattgtaacaagtagagataagcaagtacttattcctaatgaagtgtatgacgatgatctatatgaggttggggtattggattctagtgaagca 3801347  T
220 cttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
3801346 cttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcctgaaatggagtactatgagct 3801285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 31 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4218592 - 4218348
Alignment:
31 atgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagtagaataattg 130  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | |||||   || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
4218592 atgaaggttcttattgttcttgatgatattaaggaagaaggtctgctagagatgttatttggaactcttgattggtttcgatccgatagtagaatcattg 4218493  T
131 taacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagctttt 230  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||    
4218492 taacatctagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgatgtatatgaagttggggtattgaattctagcgatgcacttgcgctttt 4218393  T
231 caatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtacta 275  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
4218392 caatttgaatgcctttaaagaaagtcatcttgaaattaagtacta 4218348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 3986961 - 3986710
Alignment:
14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||||| |||    
3986961 agagacgaattggacgcatgaaggttcttatcattcttgatgatgttaaggacgaagatcagctagagatgttattcgaaactcttgactggtttcaatc 3986862  T
114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagt 213  Q
     ||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
3986861 agatagtagaataattctaacagccagagataagcaagtactttttgataatgaagttgacgatgatgatcgatatgaggttggggtattggattctagt 3986762  T
214 gaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaa 265  Q
    || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3986761 gatgcacttgcacttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaa 3986710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 21 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 4002258 - 4002003
Alignment:
21 gattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagt 120  Q
    |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||   || |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
4002258 gattggccgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaggtcaaatagagatgttatttggaactcttgattggtttcgatccgatagt 4002159  T
121 agaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagtgaagcac 220  Q
    || ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||     || | ||||| | |||||||| ||| |  ||||||| ||||    
4002158 aggataattgtaacgactagagacaagcaagtacttattactaatgaagttgat-----tgatatatatgaagttggggtgttgaaacctagtgaggcac 4002064  T
221 ttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 281  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4002063 ttgagctttttcatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 4002003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 3809982 - 3809732
Alignment:
14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| || |  |||||||||| |   |||||||||| ||     
3809982 agaggcggattggccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgacgtcaagggtacagatcagctggaaaaattatttggaagttgtgattggtttcaata 3809883  T
114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagt 213  Q
     ||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| | | ||||||||||||||| | ||| |    
3809882 tgatagtagaataattttaacagccagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgataaagatgatctgtttgaggttggggtattgggtcctact 3809783  T
214 gaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaa 264  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
3809782 gaagaacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtgatcttgaa 3809732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 71 - 282
Target Start/End: Original strand, 3955709 - 3955914
Alignment:
71 atcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagt 170  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
3955709 atcaactagagattttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaataattgtaacaattagagacaagcaagtacttattactaatgaagt 3955808  T
171 tgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggag 270  Q
    ||||||      | ||||| | ||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
3955809 tgatga------tatatatgaagttggggtactgaattatagcgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaatcaaagtcatcttgaaatggag 3955902  T
271 tactatgagctt 282  Q
    ||||||||||||    
3955903 tactatgagctt 3955914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 4025192 - 4024931
Alignment:
14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||   || |||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||    
4025192 agagaaggattggccgtatgaaggtccttattgttcttgatgacgttaaggaagaaggtcagatagagatgttatttggaacacttgattggcttctatc 4025093  T
114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttgatgatgatgctctatatcaggttggggtattggattctagt 213  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||| |||      ||||| |||||||||||||||||||||||    
4025092 tgatagtaggataattgtcacaactagagacatgcaagtacttatttgtaatgaagttgatcatg------tatatgaggttggggtattggattctagt 4024999  T
214 gaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagct 281  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||    
4024998 gaagcacttgagcttttcaacttgaatgcatttaaacaacgtcatcttgaaacggtgtactttgagct 4024931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 59
Target Start/End: Original strand, 3954565 - 3954610
Alignment:
14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgt 59  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
3954565 agagaaggattggccgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgt 3954610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 13397916 - 13397662
Alignment:
14 agagacggattagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatc 113  Q
    ||||| ||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||| | |||   || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
13397916 agagaaggattggccatatgaaggttcttattgttcttgatgatgttacggaagaaggtcagctggagatgttatttggaactcttgattggtttcgatc 13397817  T
114 cgatagtagaataattgtaacaactagagataggcaagtacttattgctaatgaagttg---atgatgatgctctatatcaggttggggtattggattct 210  Q
     ||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
13397816 tgatagtagaataattataacaaccagggataagcaagtacttattgctaatgaagttgttgatgatgatgctttatatgaggttagggtattggattct 13397717  T
211 agtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaa 265  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13397716 agtgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaa 13397662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 7081503 - 7081381
Alignment:
31 atgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaaggagacagatcagctagagatgttatttggaactctcgattggtttcgatccgatagtagaataattg 130  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||  || | ||  |||| || ||| ||||||| || ||||||||| || | | ||||||||| ||||    
7081503 atgaaggttcttgttgttcttgacgatgtcaaggatccacaacaattagaaattttaattggaacacttgattggtttggaacaggtagtagaatcattg 7081404  T
131 taacaactagagataggcaagta 153  Q
    ||||||||| ||||| |||||||    
7081403 taacaactaaagataagcaagta 7081381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 7075456 - 7075417
Alignment:
23 ttagccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaa 62  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
7075456 ttagccgcatgaaggttcttattgttcttgatgatgtcaa 7075417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 62
Target Start/End: Original strand, 7023411 - 7023447
Alignment:
26 gccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaa 62  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
7023411 gccgcatgaaggttcttattgttcttgatgatgtcaa 7023447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 59
Target Start/End: Original strand, 7036508 - 7036542
Alignment:
25 agccgcatgaaggttcttatcgttcttgatgatgt 59  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
7036508 agccgcatgaaggttcttattgttcttgatgatgt 7036542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 224 times since January 2019
Visitors: 3831