View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0608_low_1 (Length: 696)

Name: NF0608_low_1
Description: NF0608
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0608_low_1
NF0608_low_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (39-688)||(11788964-11789613)
chr4 (131-688)||(11801131-11801688)
chr4 (139-688)||(11785377-11785926)
chr4 (32-688)||(11699136-11699792)
chr4 (39-688)||(11677951-11678600)
chr4 (39-688)||(11686230-11686879)
chr4 (39-688)||(11708589-11709238)
chr4 (39-233)||(11792726-11792920)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (39-688)||(20379-21028)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (124-308)||(4798-4982)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 11789613 - 11788964
Alignment:
Q  39 aataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaaagaaattagaaagcc 138  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11789613 aataaaagtaatcaagatgtgtcttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaaagaaattagaaagcc 11789514  T
Q  139 acttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11789513 acttagaaagcttccaacaccaataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 11789414  T
Q  239 accatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcttttggatcatcaacaagaccat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  11789413 accatagtaaaaacctctgaaactccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacaattgcgtttggatcatcaacaagaccat 11789314  T
Q  339 gctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaactactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11789313 gctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaagtactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 11789214  T
Q  439 aatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggtacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctatcgatcca 538  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11789213 aatacctgaggactttccagttataactcttgctagtggcacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctattgatcca 11789114  T
Q  539 agagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagaaaataccat 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11789113 agagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgtttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccat 11789014  T
Q  639 aaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttaggactgcctatgct 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  11789013 aaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttagtactgcctttgct 11788964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 131 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 11801688 - 11801131
Alignment:
Q  131 agaaagccacttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcct 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11801688 agaaagccacttagaaagcttccaacaccaataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcct 11801589  T
Q  231 gaagaccaaccatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcttttggatcatcaac 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  11801588 gaagaccaaccatagtaaaaacctctgaaactccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacaattgcgtttggatcatcaac 11801489  T
Q  331 aagaccatgctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaactactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttga 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11801488 aagaccatgctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaagtactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttga 11801389  T
Q  431 agcattgtaatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggtacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccaccta 530  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11801388 agcattgtaatacctgaggactttccagttataactcttgctagtggcacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccaccta 11801289  T
Q  531 tcgatccaagagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagaa 630  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11801288 ttgatccaagagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgtttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagat 11801189  T
Q  631 aataccataaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttaggactgcctatgct 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  11801188 aataccataaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttagtactgcctttgct 11801131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 139 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 11785926 - 11785377
Alignment:
Q  139 acttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11785926 acttagaaagcttccaacaccaataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacacca 11785827  T
Q  239 accatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcttttggatcatcaacaagaccat 338  Q
    || |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11785826 acaatagtaaaaacctcagatactccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcatttggatcatcaacaagaccat 11785727  T
Q  339 gctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaactactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785726 gctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 11785627  T
Q  439 aatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggtacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctatcgatcca 538  Q
     ||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||    
T  11785626 gatacctgagggttttccagttatattccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattcca 11785527  T
Q  539 agagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagaaaataccat 638  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11785526 agagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccat 11785427  T
Q  639 aaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttaggactgcctatgct 688  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  11785426 aaactaaagtcgaagcccaaattggaatcaaccttagtactgcctttgct 11785377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 11699792 - 11699136
Alignment:
Q  32 agtaacaaataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaaagaaatta 131  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    
T  11699792 agtaaccaataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactttcatgaccatctttgccagtaaaatgttctatcaatgaaatga 11699693  T
Q  132 gaaagccacttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctg 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11699692 gaaagccacttagaaagcttccaacaccaataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctg 11699593  T
Q  232 aagaccaaccatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcttttggatcatcaaca 331  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  11699592 aagaccaaccatggtaaaaacctcagaaacaccaaacaaaacatactgaggaatcaaccaccctatactcattggaacagttgcattaggatcatcaaca 11699493  T
Q  332 agaccatgctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaactactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaa 431  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11699492 agaccatgctcttgtgctacttttagtcttttattctcaacaaaggctgcaagtactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaa 11699393  T
Q  432 gcattgtaatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggtacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctat 531  Q
    ||||||| ||||||||||  || || |||||| ||||||||||||| || ||||  ||||||||||| |   |||||| |||||| ||||||||   |||    
T  11699392 gcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaaatatgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttat 11699293  T
Q  532 cgatccaagagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagaaa 631  Q
    || |  ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |    
T  11699292 cgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaagccaggaaatattgttctctccattgaactcccttgcttggtgaagaaagtaaaaacttgagcaaagaca 11699193  T
Q  632 ataccataaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttaggactgcctatgct 688  Q
    || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||    
T  11699192 atgccataaactaaagttgtcgcccaaattggaattaaccttagtactgcctttgct 11699136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 11678600 - 11677951
Alignment:
Q  39 aataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaaagaaattagaaagcc 138  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11678600 aataaaagtaatcaaaatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaagtttcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaatgaaatgagaaagcc 11678501  T
Q  139 acttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 238  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11678500 actaagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 11678401  T
Q  239 accatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcttttggatcatcaacaagaccat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||    
T  11678400 accatagtaaaaacctctgaaactccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggtacagttgcattaggatcatcaacaataccat 11678301  T
Q  339 gctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaactactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 438  Q
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11678300 attcttgtgctatttttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaaatgttaccgtgattatcgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 11678201  T
Q  439 aatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggtacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctatcgatcca 538  Q
     || || ||||| ||||| || ||| |||||||||| || |||||||  ||||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||  ||    ||||||  |    
T  11678200 gatgccagagggttttccggtgatagctcttgctagcggcacgaatatgcggtcatagatagggctgaagagaagaattgcaagcccgttaatcgattga 11678101  T
Q  539 agagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagaaaataccat 638  Q
    || ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  11678100 agcgaagcgggaggtatgtcaaatccaggaaatattgttctctgcatagaactcccttgcttggtaaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccat 11678001  T
Q  639 aaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttaggactgcctatgct 688  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||| || |||| ||||    
T  11678000 aaaccaaagttgtagcccaaattggaaccaaccttagtacagcctttgct 11677951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 11686879 - 11686230
Alignment:
Q  39 aataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaaagaaattagaaagcc 138  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11686879 aataaaagtaatcaaaatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaagtttcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaatgaaatgagaaagcc 11686780  T
Q  139 acttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 238  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11686779 actaagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 11686680  T
Q  239 accatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcttttggatcatcaacaagaccat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||    
T  11686679 accatagtaaaaacctctgaaactccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggtacagttgcattaggatcatcaacaataccat 11686580  T
Q  339 gctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaactactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 438  Q
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11686579 attcttgtgctatttttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaaatgttaccgtgattatcgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 11686480  T
Q  439 aatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggtacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctatcgatcca 538  Q
     || || ||||| ||||| || ||| |||||||||| || |||||||  ||||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||  ||    ||||||  |    
T  11686479 gatgccagagggttttccggtgatagctcttgctagcggcacgaatatgcggtcatagatagggctgaagagaagaattgcaagcccgttaatcgattga 11686380  T
Q  539 agagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagaaaataccat 638  Q
    || ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  11686379 agcgaagcgggaggtatgtcaaatccaggaaatattgttctctgcatagaactcccttgcttggtaaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccat 11686280  T
Q  639 aaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttaggactgcctatgct 688  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||| || |||| ||||    
T  11686279 aaaccaaagttgtagcccaaattggaaccaaccttagtacagcctttgct 11686230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 11709238 - 11708589
Alignment:
Q  39 aataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaaagaaattagaaagcc 138  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11709238 aataaaagtaatcaaaatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaagtttcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaatgaaatgagaaagcc 11709139  T
Q  139 acttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11709138 acttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgccagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 11709039  T
Q  239 accatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcttttggatcatcaacaagaccat 338  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  11709038 accattgtaaaaacctcagaaactccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggtacagttgcattaggatcatcaacaagaccat 11708939  T
Q  339 gctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaactactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 438  Q
      | ||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11708938 atttttgtgctatttttaatcttttagtctcaacaaaggctgcaaatactaccatgaatattgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 11708839  T
Q  439 aatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggtacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctatcgatcca 538  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   | || ||||||||   |||||||||||| ||||  |    ||| | |  |    
T  11708838 gatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggcacgaatatgtgctcatagatagggcagaagagaacaattgcaagccattttattgtttga 11708739  T
Q  539 agagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagaaaataccat 638  Q
    || |||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  11708738 agcgaagagggaggtatgtcaaatccaggaaatattgttctctccattgaagtcccttgcttggtgaagaatgtaaaaacttgagcaaagacaataccat 11708639  T
Q  639 aaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttaggactgcctatgct 688  Q
    |||| |||| || || ||||||||||| ||| ||||| || |||| ||||    
T  11708638 aaaccaaagttgaagtccaaattggaaccaaccttagaacagcctttgct 11708589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 39 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 11792920 - 11792726
Alignment:
Q  39 aataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaaagaaattagaaagcc 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11792920 aataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaagtttcatgaccatctttgccagtaaaatgttctatcaatgaaatgagaaagcc 11792821  T
Q  139 acttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11792820 acttagaaagcttccaacaccaataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaa 11792726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 21028 - 20379
Alignment:
Q  39 aataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgtccatctttgccactaaaatgttctatcaaagaaattagaaagcc 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  21028 aataaaagtaatcaagatgtgccttattgatattgtcacaaaaccaactatcatgaccatctttggcactaaaatgttctattaaagaaattagaaatcc 20929  T
Q  139 acttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 238  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20928 actaagaaagcttccaacaccaataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagacca 20829  T
Q  239 accatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcttttggatcatcaacaagaccat 338  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  20828 accatggtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcatttggatcatcatcaagactat 20729  T
Q  339 gctcttgtgctatctttagtcttttcatctcaacaaaggctgcaactactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgt 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20728 gctcttgtgctatctttagtcttttaatctcaacaaaggctgcaaataccactgtaaatattgatatgaaaattccagtgccaattctttgaagcaatgt 20629  T
Q  439 aatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggtacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctatcgatcca 538  Q
     || |||||||| |||||||| |||  |||||||||||| || |||| |||||||||||||||  |||||||||| || |  |||     ||||| |  |    
T  20628 gatgcctgagggttttccagtgatacttcttgctagtggcacaaatatacggtcgtagatagggctgaagagaactatggagacattggttatcgtttga 20529  T
Q  539 agagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagaaaataccat 638  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  20528 agagaagccggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctgcatagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccat 20429  T
Q  639 aaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttaggactgcctatgct 688  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||    
T  20428 aaaccaaagttgtagcccaaattggaaccaaccttagtactgcctttgct 20379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 124 - 308
Target Start/End: Original strand, 4798 - 4982
Alignment:
Q  124 agaaattagaaagccacttagaaagcttccaacaccaacaatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaa 223  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||| | ||| ||||  ||||||| |||||  ||||| ||||||||||||    
T  4798 agaaatgagaaagctactcagaaagctcccaaccccaaaaatacttaaatagagggaaagacccacacttcttaattcatccgggacctgatcatagaaa 4897  T
Q  224 aattcctgaagaccaaccatagtaaaaacctctgaaacaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggta 308  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||| || || || || |||||||| |  |||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  4898 aattcttgcagacctaccattgtaaagacatcagatactccaaacaagacatattgaggaatcaaccaccagatgctcataggta 4982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2233 times since January 2019
Visitors: 3815