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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0609_low_1 (Length: 626)
Name: NF0609_low_1
Description: NF0609
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0609_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 14178843 - 14178326
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
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| T |
14178843 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
14178744 |
T |
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| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacaca--gaaactttgtattttcacttctgcttcatt |
198 |
Q |
| |
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|
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| T |
14178743 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttcatt |
14178644 |
T |
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| Q |
199 |
gatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaatg |
298 |
Q |
| |
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| T |
14178643 |
gatttcattccttcaagtacccctttatttataggggaaatcggctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaatg |
14178544 |
T |
|
| Q |
299 |
tgtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaatctatacatagccaaactatttgaaaggaaa |
398 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14178543 |
tgtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaacctatacatagccaaactatttgaaaggaaa |
14178444 |
T |
|
| Q |
399 |
aactaagccatgcatttaatgtgtagaagaatttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaacaattct |
498 |
Q |
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| T |
14178443 |
aactaagccatgcatttaatgtgtagaagaatttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaacaattct |
14178344 |
T |
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| Q |
499 |
ccccctccagccaaaggg |
516 |
Q |
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| T |
14178343 |
ccccctccagccaaaggg |
14178326 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 14174089 - 14173595
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174089 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
14173990 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacaca--gaaactttgtattttcacttctgcttcatt |
198 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14173989 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaaactttgtattttcacttctgcttcatt |
14173890 |
T |
|
| Q |
199 |
gatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaatg |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14173889 |
gatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcggctgatgaagagttaaatgctatgccctcctttcacaccaaagtcatgtccttaatg |
14173790 |
T |
|
| Q |
299 |
tgtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaatctatacatagccaaactatttgaaaggaaa |
398 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14173789 |
tgtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaacctatacatagccaaactatttgaaaggaaa |
14173690 |
T |
|
| Q |
399 |
aactaagccatgcatttaatgtgtagaagaatttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaaca |
493 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14173689 |
aactaagccatgcatttaatgtgtagaagaatttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaaca |
14173595 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 44161738 - 44161245
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161738 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtaagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
44161639 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaactttgtatttt-cacttctgcttcattg |
199 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| || |
|
|
| T |
44161638 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattattcctctcacacacctctacacacagaagctttgtgtttttcacttctgcttcgatg |
44161539 |
T |
|
| Q |
200 |
atttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaatgt |
299 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161538 |
ccttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaatgt |
44161439 |
T |
|
| Q |
300 |
gtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaatctatacatagccaaactatttgaaaggaaaa |
399 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161438 |
gtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaacctatacatagccaaactatttgaaaggaaaa |
44161339 |
T |
|
| Q |
400 |
actaagccatgcatttaatgtgtagaagaatttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaaca |
493 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161338 |
actaagccatgcatttaatgtgtagaagaatttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaaca |
44161245 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 28607019 - 28607215
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607019 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
28607118 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttct--acacacagaaactttgtattttcacttctgcttc |
195 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607119 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttc |
28607215 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 28611781 - 28611977
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611781 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
28611880 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttct--acacacagaaactttgtattttcacttctgcttc |
195 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611881 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttc |
28611977 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 6 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 11104616 - 11104427
Alignment:
| Q |
6 |
aagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtat |
105 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
11104616 |
aagagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcaaatgctattattttataacacctagaagttatagagatgatatccacccggtgtat |
11104517 |
T |
|
| Q |
106 |
ttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaactttgtattttcacttctgcttca |
196 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
11104516 |
ttttcctacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacacatagaagctttgta-tttgacttctgcttca |
11104427 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 91
Target Start/End: Original strand, 48826910 - 48827000
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgata |
91 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826910 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagattcactcctatttgaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgata |
48827000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 476 - 516
Target Start/End: Original strand, 28607507 - 28607547
Alignment:
| Q |
476 |
cacgtggtgggaccaacaattctccccctccagccaaaggg |
516 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607507 |
cacgtggtggggccaacaattctccccctccagccaaaggg |
28607547 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 232
Target Start/End: Original strand, 24726535 - 24726634
Alignment:
| Q |
133 |
acactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaactttgtattttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctctatttatag |
232 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| | ||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
24726535 |
acactctatcttttcattcatacacttctacagacagaagctttgtatttcaacttcttcttagatgctttccttccttcaaatacccctcaatttatag |
24726634 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 15290380 - 15289895
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290380 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcc-gtgagacccactcctattcgaatgctattatttca--gcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
15290284 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaacttt---gtattttcacttctgcttcat |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15290283 |
tgtatttttcc-acactttctggatttagtcaacactctatt------ctcacacacttctacacacagaagcttttttgtattttcacttctgctacga |
15290191 |
T |
|
| Q |
198 |
tgatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaat |
297 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||| |
|
|
| T |
15290190 |
tgctttcattccttcaagtacccctctatttatagaggaaatcagttgatgaagagttaaatgctatgcatttctttcacaccaaagtcatgtcttcaat |
15290091 |
T |
|
| Q |
298 |
gtgtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaatctatacatagccaaactatttgaaaggaa |
397 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290090 |
gtgtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaacctatacatagccaaactatttgaaaggaa |
15289991 |
T |
|
| Q |
398 |
aaactaagccatgcatttaatgtgtagaagaatttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaaca |
493 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
15289990 |
aaactaagccatgcatttaatgtgtagaagactttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacatgtcccacatggtgggaccaaca |
15289895 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 137 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 15302960 - 15302602
Alignment:
| Q |
137 |
tctatttttcctctcacacacttctacacaca--gaaactttgtattttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctctatttataggg |
234 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15302960 |
tctatttttgctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcaattctgcttcgatgctttcattccttcaagtacccctctatttatagag |
15302861 |
T |
|
| Q |
235 |
gaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactg |
334 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15302860 |
gaaatcagttgatgaagagttaaatgctatggactcctttcacacgaaagtcatgtcttcaatgtgtgaaaactatattttatgtcatgctttcaaactg |
15302761 |
T |
|
| Q |
335 |
ctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaatctatacatagccaaactatttgaaaggaaaaactaagccatgcatttaatgtgtagaagaatttga |
434 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
15302760 |
ctccactgcaagctatgtgtgttctctgcacaacctatacatagccaaactatttgaaaggaaaatctaagccatgcatttaatgtgtagaagactttga |
15302661 |
T |
|
| Q |
435 |
caattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaaca |
493 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
15302660 |
caattgcttgttgcgattttccttttggctggaacatgccccacatggtgggaccaaca |
15302602 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 37040639 - 37040836
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040639 |
cacacaagagatacaatatagtgttttccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccga |
37040738 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttct--acacacagaaactttgtattttcacttctgcttca |
196 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040739 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttca |
37040836 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 12099149 - 12098960
Alignment:
| Q |
3 |
cacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtg |
102 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | | |
|
|
| T |
12099149 |
cacaagagacacaatattgtgtttctagtgagactcactcctattcaaatgatattattttataacacctaaaagttatagagatgatactcactcaatc |
12099050 |
T |
|
| Q |
103 |
tatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaactttgtattttcacttctgcttca |
196 |
Q |
| |
|
|||||| | | ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12099049 |
tatttt--cgagactct--gaatttactcaacactctatttttcctttcacatacttctacacacaaaaactttgtagtttcacttctacttca |
12098960 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 12082161 - 12081973
Alignment:
| Q |
6 |
aagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtat |
105 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |
|
|
| T |
12082161 |
aagagatacaatatagtgtttctaatgagactcgctcctattcaaatgttattattttatagcgcctagaagttatagagataatacctacccgatatat |
12082062 |
T |
|
| Q |
106 |
ttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaactttgtattttcacttctgcttca |
196 |
Q |
| |
|
||||||| | | ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
12082061 |
ttttccc-ctttttctggatttacccaacactctaattttctgatcacacacttctacaca-aaaaactttgtatcttcacttatgcttca |
12081973 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 436 - 486
Target Start/End: Original strand, 37041079 - 37041128
Alignment:
| Q |
436 |
aattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtggg |
486 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37041079 |
aattgcttcatgcatttttccttt-ggctggaacataccccacgtggtggg |
37041128 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Original strand, 29107088 - 29107505
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgataccc-acccg |
99 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |
|
|
| T |
29107088 |
cacacaagagatacaa-atagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttttagcacctagaagttataaagatgataccccaccca |
29107186 |
T |
|
| Q |
100 |
gtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagaaa--ctttgtattttcacttctgcttcat |
197 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
29107187 |
atgtatttttcccacactctctggatttactcaacact--attttttctctcacacacttctacatacagagaagctttgtatttccacttctgcttcga |
29107284 |
T |
|
| Q |
198 |
tgatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaat |
297 |
Q |
| |
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| T |
29107285 |
tgctttcattccttcaagtacccctttatttatagaggaaatcagttgatgatgagttaaatgctatgcactccttttacgccaaagttatgtcctcaat |
29107384 |
T |
|
| Q |
298 |
gtgtgaaaa-ctatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaatctatacatagccaaactatttgaaagga |
396 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29107385 |
gtgtgaaaaactatattttatgtcatgttttcaaactgcttcaccacaagctatgtgtgttctctgaacaacctatacatagccaaactatttgaaagga |
29107484 |
T |
|
| Q |
397 |
aaaactaagccatgcatttaa |
417 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29107485 |
aaaactaagccatgcatttaa |
29107505 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 42911202 - 42911513
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
42911202 |
cacacaaaagatacaatatagtgtttcccttgagacctacttctattctaatgctattattttatagcaccaagaagttatagagatgatacccacccag |
42911301 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttct--acacacagaaactttgt-attttcacttctgcttcat |
197 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911302 |
tgtattttttccacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacacacacagaagctttgtgtttttcacttctgcttcga |
42911401 |
T |
|
| Q |
198 |
tgatttcattccttcaagtaccc-ctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaa |
296 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911402 |
tgctttcattccttcaagtaccctctctatttatagaggaaatcagcttat-aagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaa |
42911500 |
T |
|
| Q |
297 |
tgtgtgaaaacta |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
42911501 |
tgtgtgaaaacta |
42911513 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 308 - 493
Target Start/End: Original strand, 42911787 - 42911978
Alignment:
| Q |
308 |
tatattttatgtcatgctttcaaactgctccaccgcaagctatgtgtgttctctgcacaatctatacatagccaaactatttgaaaggaaaaactaagcc |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
42911787 |
tatattttatgtcatgctttcaaactgctccatcgcaagctatgtgtgttctctgcacatcctatacatagccaaactatttgaaaagaaaaactaagcc |
42911886 |
T |
|
| Q |
408 |
atgcat------ttaatgtgtagaagaatttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccacgtggtgggaccaaca |
493 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911887 |
atgcatttacggttaatgtgtagaagactttgacaattgtttgttgcaattttccttttagctggaacataccccacgtggtgggaccaaca |
42911978 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 487 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 33811298 - 33811269
Alignment:
| Q |
487 |
accaacaattctccccctccagccaaaggg |
516 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33811298 |
accaacaattctccccctccagccaaaggg |
33811269 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 487 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 33816216 - 33816187
Alignment:
| Q |
487 |
accaacaattctccccctccagccaaaggg |
516 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33816216 |
accaacaattctccccctccagccaaaggg |
33816187 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 12930828 - 12930631
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930828 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
12930729 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctaca--cacagaaactttgtattttcacttctgcttca |
196 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930728 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttca |
12930631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 12935574 - 12935377
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
12935574 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttactctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
12935475 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctaca--cacagaaactttgtattttcacttctgcttca |
196 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935474 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttca |
12935377 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 430 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 12935141 - 12935056
Alignment:
| Q |
430 |
tttgacaattgcttgttgcaattttccttttggctggaacataccccac--gtggtgggaccaacaattctccccctccagccaaaggg |
516 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||| || |||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935141 |
tttggcaattgcttgtagcaattgtc--tttggctgga-cataacccacacgtggtggggccaacaattctccccctccagccaaaggg |
12935056 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 34907291 - 34907094
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
100 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
34907291 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccgg |
34907192 |
T |
|
| Q |
101 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctaca--cacagaaactttgtattttcacttctgcttca |
196 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907191 |
tgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttca |
34907094 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 130; Significance: 5e-67; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 8 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 51302306 - 51302118
Alignment:
| Q |
8 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtattt |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302306 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcgaatgcaattgttttatagcacctagaagttatagagatgattcccacccggtgtattt |
51302207 |
T |
|
| Q |
108 |
ttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctaca--cacagaaactttgtattttcacttctgctt |
194 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
51302206 |
tatccacactctctggatttactcaatactctatttttcctcacacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttatgctt |
51302118 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 8539337 - 8539139
Alignment:
| Q |
1 |
cacacaagagatacaatat---agtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatgatacccacc |
97 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
8539337 |
cacacaagagatacaatattatagtgtttcc-gtgagacccactcctattcgattgctattattttacagcacctaaaagttatagagatgatacccatc |
8539239 |
T |
|
| Q |
98 |
cggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctaca--cacagaaactttgtattttcacttctgcttc |
195 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8539238 |
cgatgtatttttcccacactctctgaatttactgaacactatatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcacttctgcttc |
8539139 |
T |
|
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