View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0610_low_10 (Length: 481)

Name: NF0610_low_10
Description: NF0610
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0610_low_10
NF0610_low_10
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (29-465)||(5160717-5161151)
chr4 (31-461)||(5214524-5214951)
chr4 (33-461)||(4855963-4856388)
chr4 (28-461)||(5182958-5183389)
chr4 (33-461)||(7142865-7143293)
chr4 (31-461)||(5173629-5174053)
chr4 (32-461)||(4841466-4841892)
chr4 (33-461)||(5196369-5196794)
chr4 (385-426)||(5203556-5203597)
chr4 (261-302)||(5203489-5203530)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 29 - 465
Target Start/End: Original strand, 5160717 - 5161151
Alignment:
Q  29 aagtccttcttatggctgaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttgaaactatggatctttct-caaaacaagt 127  Q
    |||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  5160717 aagtccttatcatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgagttttccaacatgttcagtcttgaaatgttggatctttcttcaaaacaagt 5160816  T
Q  128 taattggatcaatcccaaattccatttcaagtttgaaagagcttaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctt 227  Q
    ||| |||||||||||||  ||  | |   |||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |     
T  5160817 taaatggatcaatcccacctttaagt---agtttgacttctctaaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctataccaattgaactgtc 5160913  T
Q  228 tgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttctttta 327  Q
    ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5160914 tgaaagctcaaaactacaacttctggatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataatctctcagagttgcgtgttctttta 5161013  T
Q  328 ctaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttcaa 427  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  5161014 ctaggatggaataacttggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcgcggaacatgttcaatgcttcaa 5161113  T
Q  428 taccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaatagga 465  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  5161114 taccatcttgcttccaaaatttgacatttggtatagga 5161151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 31 - 461
Target Start/End: Original strand, 5214524 - 5214951
Alignment:
Q  31 gtccttcttatggctgaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttgaaactatggatctttctcaaaacaagttaa 130  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  5214524 gtccttcttatgtctcaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtcaagtcttaaaattctggatctttctcaaaacaagttaa 5214623  T
Q  131 ttggatcaatcccaaattccatttcaagtttgaaagagcttaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctttga 230  Q
    |||||||||||||||| |  | |    |||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||| |||||||| |||    
T  5214624 ttggatcaatcccaaagttaagtg---gtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaaagaataatctctctggctcgataccatctgaactctctga 5214720  T
Q  231 agactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttcttttacta 330  Q
    || |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  5214721 aggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttacta 5214820  T
Q  331 ggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttcaatac 430  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5214821 ggagggaacaaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatagacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaatac 5214920  T
Q  431 catcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 461  Q
    |||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  5214921 catcttgcttccgaaatatgtcatttggaat 5214951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 33 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 4856388 - 4855963
Alignment:
Q  33 ccttcttatggctgaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttgaaactatggatctttctcaaaacaagttaatt 132  Q
    |||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  4856388 ccttgttatgtctgaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtctttatattttggatctttctcaaaacaagttagtt 4856289  T
Q  133 ggatcaatcccaaattccatttcaagtttgaaagagcttaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctttgaag 232  Q
    ||| |||||||||| |  | |    |||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||| |||||||| | |||    
T  4856288 ggagcaatcccaaagttaagtg---gtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaaagaataatctccctggatcaataccatctgaactctctaaag 4856192  T
Q  233 actcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttcttttactagg 332  Q
     |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  4856191 gctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactagg 4856092  T
Q  333 agggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttcaatacca 432  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4856091 agggaacaacttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaatacca 4855992  T
Q  433 tcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 461  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||    
T  4855991 tcttgcttccgaaatatgtcatttggaat 4855963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 28 - 461
Target Start/End: Original strand, 5182958 - 5183389
Alignment:
Q  28 caagtccttcttatggctgaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttgaaactatggatctttctcaaaacaagt 127  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||   |||||||||||||||||||||    
T  5182958 caagtccttcttatgtccggaaatctattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatggccattcttcaaatgttggatctttctcaaaacaagt 5183057  T
Q  128 taattggatcaatcccaaattccatttcaagtttgaaagagcttaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctt 227  Q
    ||| |||||| |||||||| | || |   ||||||| |   || | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||     
T  5183058 taaatggatcgatcccaaagttcagt---agtttgacatctctaaggttcttgtatttgcaatagaatgatctctctggatcaataccatctgaactctc 5183154  T
Q  228 tgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttctttta 327  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | || ||| ||    
T  5183155 tgaaggctcacaactacaacttctagatttaagggacaacaaattttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcagagttaagggtccttcta 5183254  T
Q  328 ctaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgat-taaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttca 426  Q
     |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  5183255 ttaggagggaacaattttgaaggagatattccaattcaattgtgtccttctaaaaaagatcaacataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttca 5183354  T
Q  427 ataccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 461  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5183355 ataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaat 5183389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 33 - 461
Target Start/End: Original strand, 7142865 - 7143293
Alignment:
Q  33 ccttcttatggctgaaaatatattagaaggtgagatccctattgagat---ttccaacatgtccagtcttgaaactatggatctttctcaaaacaagtta 129  Q
    ||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||| |||   ||| |||||||| | |||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  7142865 ccttcgtatggttgaaaatcttttagaaggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctattcttgaatatattgatctttctcaaaacaagtta 7142964  T
Q  130 attggatcaatcccaaattccatttcaagtttgaaagagcttaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctttg 229  Q
    ||||||||||||||| |||  | |   ||||||||| | || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||    
T  7142965 attggatcaatcccagatttaagt---agtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctataccatttgaactctctg 7143061  T
Q  230 aagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttcttttact 329  Q
    ||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |    
T  7143062 aaggctcacaactacaacttttagatttgagggagaacaaactttcaagtaaaattcccaactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttatt 7143161  T
Q  330 aggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttcaata 429  Q
    |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  || ||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  7143162 aggaaggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacaaaatagacctatcagaaaacatgctcaatgcttcaata 7143261  T
Q  430 ccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 461  Q
    ||| ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7143262 ccaccttgcttccaaaatatgtcatttggaat 7143293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 31 - 461
Target Start/End: Original strand, 5173629 - 5174053
Alignment:
Q  31 gtccttcttatggctgaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttgaaactatggatctttctcaaaacaagttaa 130  Q
    |||||||||||| || |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||    
T  5173629 gtccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtctttatattttggatctttctcaaaacaagttaa 5173728  T
Q  131 ttggatcaatcccaaattccatttcaagtttgaaagagcttaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctttga 230  Q
    ||||| |||||||||| | ||     || | ||     || |  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||    
T  5173729 ttggagcaatcccaaagttcac----agctggatct--ctgagattcttgtatttacaacagaatgatctctctggatttataccatttgaactctctga 5173822  T
Q  231 agactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttcttttacta 330  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||    
T  5173823 aggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctcagagttgagggttcttttatta 5173922  T
Q  331 ggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttcaatac 430  Q
    |||||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||| | || ||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5173923 ggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattttgttggttcaaaaagatcgacataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttcaatac 5174022  T
Q  431 catcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 461  Q
    |||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  5174023 catcttgcctccaaaatatgtcatttggaat 5174053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 32 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 4841892 - 4841466
Alignment:
Q  32 tccttcttatggctgaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttgaaactatggatctttctcaaaacaagttaat 131  Q
    ||||| |||||| | |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  | ||| | | | |||||||||||||||||||||||||    
T  4841892 tcctttttatgggtcaaaatcaattagaaggtcagatccctattgagatttccaacatgccatggcttcatattttggatctttctcaaaacaagttaat 4841793  T
Q  132 tggatcaatcccaaattccatttcaagtttgaaagagcttaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctttgaa 231  Q
    |||| |||||||||| |  | |   ||||| ||| | || | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    |||| |||||||| ||||    
T  4841792 tggagcaatcccaaagttgagt---agttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggatcaaagccatctgaactctctgaa 4841696  T
Q  232 gactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttcttttactag 331  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||||| || |||    
T  4841695 ggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcagagttaagggttcttctattag 4841596  T
Q  332 gagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttcaatacc 431  Q
    ||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||   ||||||| |||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4841595 gagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgtcatctaaaaaatatcaccataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaatacc 4841496  T
Q  432 atcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 461  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4841495 atcttgcttccaaaatatgtcatttggaat 4841466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 33 - 461
Target Start/End: Original strand, 5196369 - 5196794
Alignment:
Q  33 ccttcttatggctgaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttgaaactatggatctttctcaaaacaagttaatt 132  Q
    |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |   | ||| ||| | | |||||||||||||||||||||| |    
T  5196369 ccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagatttccagcatatggcggcttcaaattttagatctttctcaaaacaagttaaat 5196468  T
Q  133 ggatcaatcccaaattccatttcaagtttgaaagagcttaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctttgaag 232  Q
    ||||||||||||  ||  | |    ||||||     || | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||    
T  5196469 ggatcaatcccacctttaagtg---gtttgactcttctaaggttcttgtatttgcaagagaatggtctctctggatcaatcccatatgaactctatgaag 5196565  T
Q  233 actcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttcttttactagg 332  Q
     ||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||  | || |||||| ||||    
T  5196566 gcttccaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggaaaaattcccaactggatggataagttctcagaattaagggtccttttattagg 5196665  T
Q  333 agggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttcaatacca 432  Q
    |||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  5196666 agggaacaattttgaaggagaaattccaatgcagttgtgtcggttaaaaaagatcaacataatggacttatcacgaaacatgctcaatgcttccatacca 5196765  T
Q  433 tcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 461  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  5196766 tcttgctttcgaaatatgttatttggaat 5196794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 385 - 426
Target Start/End: Original strand, 5203556 - 5203597
Alignment:
Q  385 atcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttca 426  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5203556 atcaacatgatggacctatcacggaacatgctcaatgcttca 5203597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 261 - 302
Target Start/End: Original strand, 5203489 - 5203530
Alignment:
Q  261 ggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataa 302  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  5203489 ggagaacaaattttcaggtaacattcccaactggatggataa 5203530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2239 times since January 2019
Visitors: 3815