View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0616_high_12 (Length: 432)

Name: NF0616_high_12
Description: NF0616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0616_high_12
NF0616_high_12
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (21-398)||(32823374-32823751)
chr4 (9-392)||(13769833-13770216)
chr4 (9-386)||(24783187-24783562)
chr4 (21-205)||(31940211-31940395)
chr4 (200-405)||(19032628-19032833)
chr4 (251-389)||(31940075-31940213)
chr4 (155-247)||(19032833-19032925)
chr4 (314-388)||(30226322-30226396)
chr4 (171-220)||(19032937-19032986)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (9-392)||(304205-304588)
chr7 (9-392)||(2829529-2829912)
chr7 (231-405)||(45809538-45809721)
chr7 (12-151)||(7527652-7527794)
chr7 (314-388)||(41532752-41532826)
chr7 (293-350)||(33335627-33335684)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (11-405)||(17172194-17172586)
chr5 (125-405)||(8403615-8403895)
chr5 (314-388)||(12105996-12106070)
chr5 (314-388)||(21361245-21361319)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (9-386)||(7639783-7640158)
chr6 (74-405)||(30383838-30384168)
chr6 (174-405)||(582904-583132)
chr6 (174-405)||(3886382-3886613)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (9-389)||(25280179-25280552)
chr2 (174-405)||(1592676-1592904)
chr2 (174-405)||(36314159-36314387)
chr2 (210-405)||(5380980-5381175)
chr2 (98-194)||(10413029-10413125)
chr2 (294-389)||(19590555-19590650)
chr2 (314-388)||(21613028-21613102)
chr2 (314-383)||(41055544-41055613)
chr2 (339-388)||(12563591-12563640)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (174-405)||(18606260-18606491)
chr8 (225-405)||(2812313-2812493)
chr8 (231-379)||(26858456-26858604)
chr8 (314-386)||(35816398-35816470)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (196-405)||(35734051-35734258)
chr3 (314-388)||(52724945-52725019)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (231-405)||(7493726-7493904)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 21 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 32823751 - 32823374
Alignment:
Q  21 ctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaaaatataacaaca 120  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  32823751 ctattctaatgatttcactgagcaagaaagaattcatttgaagttgcaattaagtcattacattgctgatatacctcagtctttttaaaatataacaaca 32823652  T
Q  121 ttatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctcca 220  Q
     | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||||    
T  32823651 ctctttgaattgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttctaacactcaccgtctcca 32823552  T
Q  221 cagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttattta 320  Q
    ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32823551 caacgacaacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaataaagaaacaaaatgagcaatgattttctttcaaatagcttggttattta 32823452  T
Q  321 cattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctgagt 398  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||    
T  32823451 cattgaaaaagacattgcaagtcagattacctcatatgcaattatggatgaattttagtctttaaaaggccgccgagt 32823374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 9 - 392
Target Start/End: Original strand, 13769833 - 13770216
Alignment:
Q  9 agcagagacttgctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaa 108  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  13769833 agcagagacttactattctaatgatttcactgagcaagaaagacttcatcttagattgcaattaagtcattacattgttgatatacctcagtcttttcaa 13769932  T
Q  109 aatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacac 208  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13769933 aatataacaacactctctgagttgtgcaaaaaattagtagaatctgagaaatcaaagcgctatcatttaattgatagattgattcgtcttgttttgacac 13770032  T
Q  209 tcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataa 308  Q
    |||||||||| ||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  13770033 tcccagtctcgacagcaacgacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgcttttctttcaaacag 13770132  T
Q  309 cttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccg 392  Q
    ||||||||| |||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13770133 cttggttatctacattgaaaagaacattgcaagtcaatttagctcaaatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccg 13770216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 24783562 - 24783187
Alignment:
Q  9 agcagagacttgctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaa 108  Q
    ||||||||||| ||||| | ||| |||| |||| ||||||  |||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||   |||||||||||||    
T  24783562 agcagagactttctatttttatggtttcactaatcaagaacaaattcatccgaggttgcaattaagacattgcattgctgatatgtgtcagtcttttcaa 24783463  T
Q  109 aatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacac 208  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||  || |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |    
T  24783462 aatataacaacattttctgagttgtgaaaaagattagtagaattggggaagtcaaaacgctatcatttaatttagagattgattcgtcttgttttgaccc 24783363  T
Q  209 tcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataa 308  Q
       |||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||     
T  24783362 atgcagtctccacaacaacaacaaagagagctttctcaacaatgaaaaatctcaagataaaacaaagaatcaaaatgagtgattattttcttgcaaatat 24783263  T
Q  309 cttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaa 386  Q
    |||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24783262 cttggttattcacattaaaaaggacattgcaagtcagtttagctc--atgcaattatggatgaatttgagtctttgaa 24783187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 21 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 31940395 - 31940211
Alignment:
Q  21 ctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaaaatataacaaca 120  Q
    ||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  31940395 ctattctaatgatttcattgaacaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatataccttagtcttttcaaaatataacaaca 31940296  T
Q  121 ttatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttga 205  Q
     | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31940295 ctctctgaattttgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaagcgttatcatttaattgatagattgattcgtcttgttttga 31940211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 200 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 19032833 - 19032628
Alignment:
Q  200 ttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttct 299  Q
    |||| ||||||||| |||||||||  |||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  19032833 ttttaacactcccaatctccacagcaacaacgaagagaactttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgatagatgattttct 19032734  T
Q  300 ttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctgagtg 399  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||     
T  19032733 tgcaaatagcttgattatttacattgaaaaggaaattgcaagtcagtttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtgtttgaagggtcgctgagtt 19032634  T
Q  400 caattt 405  Q
    ||||||    
T  19032633 caattt 19032628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 251 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 31940213 - 31940075
Alignment:
Q  251 tgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttag 350  Q
    |||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  31940213 tgaaaaatctcaagacaaaacaaataaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagtttggttatttacattgaaaaagacattgtaagtcagtttag 31940114  T
Q  351 gtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaaggg 389  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31940113 ctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaaggg 31940075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 19032925 - 19032833
Alignment:
Q  155 ggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcat 247  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || |||||||||  |||||  ||||| |||||||||    
T  19032925 ggaagtcaatgcgttatcatttaattgatagattgattcatcttgttttaacactctcaatctccacagcaacaacgaagagaactttctcat 19032833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 30226396 - 30226322
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagg 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  30226396 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacttaaattcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaagg 30226322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 19032986 - 19032937
Alignment:
Q  171 tcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctcca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  19032986 tcatttaattgatagattgattcgtcttgttttaacactcccaatctcca 19032937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 9 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 304588 - 304205
Alignment:
Q  9 agcagagacttgctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaa 108  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  304588 agcagagacttactattctaatgatttcactgagcaagaaagacttcatcttatgttgcaattaagtcattacattgttgatatacctcagtcttttcaa 304489  T
Q  109 aatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacac 208  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  304488 aatataacaacactctctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcttagaaatcaaagcgctaacatttaattgatagattgattcgtcttgttttgacac 304389  T
Q  209 tcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataa 308  Q
    |||||||||| ||||  || | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  304388 tcccagtctcaacagcaacgatagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacag 304289  T
Q  309 cttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccg 392  Q
    ||||||||| || |||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  304288 cttggttatctatattgaaaaggacattgtaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccg 304205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 9 - 392
Target Start/End: Original strand, 2829529 - 2829912
Alignment:
Q  9 agcagagacttgctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaa 108  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2829529 agcagagacttactattctaatgatttcactgagcaagaaagacttcatcttaagttgcaattaagtcattacattgttgatatacctcagtcttttcaa 2829628  T
Q  109 aatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacac 208  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2829629 aatataacaacactctctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcttagaaatcaaagcgctaacatttaattgatagattgattcgtcttgttttgacac 2829728  T
Q  209 tcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataa 308  Q
    |||||||||| |||   || | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  2829729 tcccagtctcgacaacaacgatagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacag 2829828  T
Q  309 cttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccg 392  Q
    ||||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2829829 cttggttatctatattgaaaaggacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccg 2829912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 231 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 45809721 - 45809538
Alignment:
Q  231 atagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaa 330  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  45809721 atagagagttttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagcgatgattttctttcaaatagcttggttatttacattaaaaaa 45809622  T
Q  331 ga----------gattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
     |           |||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  45809621 aaaaaaaaaaagtattgcaggtcagtttagctca-acgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattt 45809538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 151
Target Start/End: Original strand, 7527652 - 7527794
Alignment:
Q  12 agagacttgctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcatta---cattgctgatatacatcagtcttttcaa 108  Q
    ||||| || |||||||||||||||   | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||   || || ||| |||  | |||||||||||    
T  7527652 agagatttactattctaatgattttattgagcaagaaagatttcaattgaggttgcaattaagtcattattacaatggtgacataacttagtcttttcaa 7527751  T
Q  109 aatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaat 151  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7527752 aatataacaatactatctgagttgtgcaaaaaactagtagaat 7527794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 388
Target Start/End: Original strand, 41532752 - 41532826
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagg 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  41532752 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacttaaattcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaagg 41532826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 33335684 - 33335627
Alignment:
Q  293 attttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttag 350  Q
    |||||||| ||||||  | |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  33335684 attttcttgcaaatagttaggttatttacattgaaaaggatattgcaagtcaatttag 33335627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 11 - 405
Target Start/End: Original strand, 17172194 - 17172586
Alignment:
Q  11 cagagacttgctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaaaa 110  Q
    |||||||||  |||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  17172194 cagagactttttattcttatgatttccctgagcaataaagaattcatttaaggttgcaattaagtcattacattgttgatataccttagtcttttcaaaa 17172293  T
Q  111 tataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacactc 210  Q
    |||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  17172294 tataacaacactctctgagttgtgaaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaagcattatcatttaattaatagattgattcgtcatgttttaacactc 17172393  T
Q  211 ccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataact 310  Q
    ||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17172394 ccagtatccacaacgacaacaaagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagct 17172493  T
Q  311 tggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    |||||||| |||| ||||| || | ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  17172494 tggttattaacatcgaaaaggacaatgcaaat--gtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgtcgagttcaattt 17172586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 125 - 405
Target Start/End: Original strand, 8403615 - 8403895
Alignment:
Q  125 ctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctccacagt 224  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||   ||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | | ||||||||      
T  8403615 ctgagttgtgcaaaatattagtagaatcgaagaaatcattgtgttatcatttaattgatagattgattcttcttgttttaacacttctaatctccacaac 8403714  T
Q  225 gacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacatt 324  Q
     ||||   ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||    
T  8403715 aacaatggagagaactttctcatcaatgaaaaatctcaagataaaacaaagaaacaaaatgatagatgattttcttgcaaatagtttggttacttacatt 8403814  T
Q  325 gaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    |||||  | ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  8403815 gaaaagaacattgcaagtcagtttatctctgatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtcgccgagttcaattt 8403895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 388
Target Start/End: Original strand, 12105996 - 12106070
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagg 388  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  | |  ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  12105996 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacataaactcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaagg 12106070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 388
Target Start/End: Original strand, 21361245 - 21361319
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagg 388  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||| || |  ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  21361245 ttatttacattgaaaaagacattgtaagtcacttaaattcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaagg 21361319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 7639783 - 7640158
Alignment:
Q  9 agcagagacttgctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaa 108  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  7639783 agcagagactttctattcttacgatttcactgagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattcatgatatacctcagtcttttcaa 7639882  T
Q  109 aatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttga--- 205  Q
    |||||||||||  | |||||    ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |       
T  7639883 aatataacaacgctctctga----tgcaaaaaattagtataatcggggaagtcaaagcgttatcatttaattgataaattgattcgtcttgtttttatag 7639978  T
Q  206 cactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaa 305  Q
     ||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  7639979 tactcccagtctccaca-caacaacatagagaactttctcgtcaatgaaaaatctcaaggcaaaataaacaaacaaaatgagtgatgattttcatgcaaa 7640077  T
Q  306 taacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaa 386  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7640078 taatttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcaacttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtttttgaa 7640158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 74 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 30384168 - 30383838
Alignment:
Q  74 gtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaaaatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatca 173  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||| |||||    
T  30384168 gtcattacattgttgatatacctcagacttttcaaaatataacaaaactctc--agttgtgcaaaaaattagtagaatctgagaaatcaaagcgctatca 30384071  T
Q  174 tttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagcttt-ctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagca 272  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||  || ||| |||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||| ||    
T  30384070 ttttattgatagattgattcgtcttgttttgacactcctagtctcgacagcaacgacaaagagagcttttctcagcaatgaaaaagctcaagacaaaaca 30383971  T
Q  273 aagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaa 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  30383970 aagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacagcttggttatctacgttgaaaagaacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaa 30383871  T
Q  373 tttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  30383870 tttgagtctttgaagggccgacgagttcaattt 30383838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 174 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 583132 - 582904
Alignment:
Q  174 tttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaa 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||   || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  583132 tttaattgatagattgattcaccttgttttgacactcccagtctccataacgacaa---agcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaa 583036  T
Q  274 agaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaat 373  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||   ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  583035 tgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagttcatttagctaagatgcaattatggatgaat 582936  T
Q  374 ttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    ||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  582935 ttgagtctttgaagggcagccgagttcaattt 582904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 174 - 405
Target Start/End: Original strand, 3886382 - 3886613
Alignment:
Q  174 tttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaa 273  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |  ||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||    
T  3886382 tttaattgatagattgattcaccatgttttgacactcccagtctccataacgacaacagagcgagctttctcatcaataaaaaatctcaagacaaaacaa 3886481  T
Q  274 agaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaat 373  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  3886482 tgaaataaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttagtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaat 3886581  T
Q  374 ttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  3886582 ttgagtctttgacgggccgccgagttcaattt 3886613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 9 - 389
Target Start/End: Original strand, 25280179 - 25280552
Alignment:
Q  9 agcagagacttgctattctaatgatttctctaagcaagaaagaattcatttgaggttgcaattaagtcattacattgctgatatacatcagtcttttcaa 108  Q
    ||||||||| | ||||||| |||||||  || |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  25280179 agcagagacgttctattcttatgattttactgagcaagaaagagctcatttgaggttgcaagtaagtcattacattgctaatatatctcagtcttttcaa 25280278  T
Q  109 aatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttttgacac 208  Q
    ||| |||||||| | | ||    |||||||||||||||| |||| ||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  25280279 aatttaacaacactctttg----gtgcaaaaaattagtataatcggggaaatcaaagcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacac 25280374  T
Q  209 tcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataa 308  Q
    ||| | ||||||||   |||| | |||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||     
T  25280375 tcctaatctccaca---acaagagagagagctttctcatcaatgaagaatcttgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtag 25280471  T
Q  309 cttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaaggg 389  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25280472 cttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctgagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaaggg 25280552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 174 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 1592904 - 1592676
Alignment:
Q  174 tttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaa 273  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |  |||||   || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  1592904 tttaattgatagattgattcaccttgtttttacactcctagtctccataacgacaa---agcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaa 1592808  T
Q  274 agaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaat 373  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  1592807 tgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagttaagatgcaattatggatgaat 1592708  T
Q  374 ttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  1592707 ttgagtctttgaagggccgccgagttcaattt 1592676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 174 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 36314387 - 36314159
Alignment:
Q  174 tttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaa 273  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |  |||||   || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  36314387 tttaattgatagattgattcatcttgttttgacactcccaatctccataacgacaa---agcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaa 36314291  T
Q  274 agaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaat 373  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  36314290 taaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaat 36314191  T
Q  374 ttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  36314190 ttgagtctttgaagggccgccgagttcaattt 36314159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 210 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 5381175 - 5380980
Alignment:
Q  210 cccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataac 309  Q
    ||||||||| ||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5381175 cccagtctcgacagcaacgacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacaac 5381076  T
Q  310 ttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    |||||||| |||||||||||  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  5381075 ttggttatctacattgaaaagaacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgacgagttcaattt 5380980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 98 - 194
Target Start/End: Original strand, 10413029 - 10413125
Alignment:
Q  98 agtcttttcaaaatataacaacattatctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaaggcgttatcatttaattgatagattgattcg 194  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||  || | ||||| ||||||||||||||||||    
T  10413029 agtctttttaaaatataacaacattctttgagttgtgcaaaaaattagcagaatctgcgaagttaaaacgctgtcattaaattgatagattgattcg 10413125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 294 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 19590650 - 19590555
Alignment:
Q  294 ttttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaaggg 389  Q
    ||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  19590650 ttttcttgcaaatagtatggttatttacattgaaaaggacatttcaagtcattttagctaagatgcaactatggatgaatttgagtttttgaaggg 19590555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 21613102 - 21613028
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagg 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  21613102 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacttaaattcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaagg 21613028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 41055613 - 41055544
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtcttt 383  Q
    |||||||||||||||| || |||| | |||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  41055613 ttatttacattgaaaaggacattggatgtcagtttagctcatagacaattatggatgaatttgagtcttt 41055544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 339 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 12563640 - 12563591
Alignment:
Q  339 aagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagg 388  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  12563640 aagtcggtttagctcaaatgcaattatgaatgaatttgagtttttgaagg 12563591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 174 - 405
Target Start/End: Original strand, 18606260 - 18606491
Alignment:
Q  174 tttaattgatagattgattcgccttgttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaa 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  18606260 tttaattgatagattgattcaccttgttttgacactcccagtctccataacgacaacagagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaa 18606359  T
Q  274 agaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaat 373  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  18606360 tgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttagtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaat 18606459  T
Q  374 ttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||| ||||||    
T  18606460 ttgggtctttgaaggaccgccgagttcaattt 18606491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 225 - 405
Target Start/End: Original strand, 2812313 - 2812493
Alignment:
Q  225 gacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacatt 324  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2812313 gacaacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggttatttacatt 2812412  T
Q  325 gaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||    
T  2812413 gaaaaagacattgcaagtcagtttaactcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagagccaccgagttcaattt 2812493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 231 - 379
Target Start/End: Original strand, 26858456 - 26858604
Alignment:
Q  231 atagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaa 330  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| |||||| ||||||| |  ||||| |||||||||| ||||||||||     
T  26858456 atagagagctttctcggcaatgaaaaatctcaagacaaaataaagaaataaaacgagtgacgattttcatgaaaatagcttggttattgacattgaaaag 26858555  T
Q  331 gagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagt 379  Q
    |  ||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  26858556 gtcattgcaaatcagtttagctcagaggcaaatatggatgaatttgagt 26858604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 35816470 - 35816398
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaa 386  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  | |||  | |||||  |||| ||||||||||||||    
T  35816470 ttatttatattgaaaaagatattgcaagtcagtttaacttagagaccattatcaatgagtttgagtctttgaa 35816398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 196 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 35734258 - 35734051
Alignment:
Q  196 cttgttttgacactcccagtctccacagtgacaacatagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgatt 295  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  35734258 cttgttttgatactcacagtctccacaacgacaacagagagaactttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaagaaagaaacaaaatgagtgat-att 35734160  T
Q  296 ttctttcaaataacttggttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctg 395  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  35734159 tt-tttcaaatagcttggttatctacattgaaaaggacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatgaatgaatttgagtctttgaagggccgccg 35734061  T
Q  396 agtgcaattt 405  Q
    ||| ||||||    
T  35734060 agttcaattt 35734051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 388
Target Start/End: Original strand, 52724945 - 52725019
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaagagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagg 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  52724945 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacttaaattcataagcatttatagatgaatttgagtctttgaagg 52725019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 106; Significance: 7e-53; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 231 - 405
Target Start/End: Original strand, 7493726 - 7493904
Alignment:
Q  231 atagagagctttctcatcaatgaaaaatatcaagacaaagcaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaataacttggttatttacattgaaaa- 329  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||     
T  7493726 atagagagctttctgatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagcgatgattttctttcaaatagcttggttatttacattaaaaaa 7493825  T
Q  330 ---agagattgcaagtcagtttaggtcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgctgagtgcaattt 405  Q
       | | |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  7493826 aatatatattgcaggtcagtttagctcagatgcaattatggataaatttgagtctttgaagggctgccgagttcaattt 7493904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 454 times since January 2019
Visitors: 3834