View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0616_low_3 (Length: 766)

Name: NF0616_low_3
Description: NF0616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0616_low_3
NF0616_low_3
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (29-758)||(37374811-37375531)
chr8 (29-758)||(37382153-37382881)
chr8 (29-681)||(37359989-37360650)
chr8 (29-681)||(37367412-37368075)
chr8 (489-601)||(37386342-37386455)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (41-601)||(41229855-41230443)
chr2 (671-709)||(41229716-41229754)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (54-259)||(39243340-39243545)
chr3 (453-602)||(39243773-39243922)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 665; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 758
Target Start/End: Original strand, 37374811 - 37375531
Alignment:
Q  29 aagaatgtcccgggtgctaatatgaattctcttggattcgacgtgattgatcaatggggaaggatggtccctgatccagtcaggtggccttcttccaatg 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37374811 aagaatgtcccgggtgctaatatgaattctcttggattcgacgtgattgatcaatggggaaggatggtccctgatccagtcaggtggccttcttccaatg 37374910  T
Q  129 gtggaaatggattcagtgaagtagctaagaaagtgcatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgc 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37374911 gtggaaatggattcagtgaagtagctaagaaagtgcatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgc 37375010  T
Q  229 aaacacccctatcctagatacagcaacggtattattttgattttctgctataactttatcatctat----ttatttatgtattataaattcacaagtatg 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37375011 aaacacccctatcctagatacagcaacggtattattttgattttctgctataactttatcatctatatatttatttatgtattataaattcacaagtatg 37375110  T
Q  325 tcagtagattaactcaaataagcaactttaaaataagcaaattcagagagacaatctaaaacaaaagttcttattgaccttttcttgtgatatactaggg 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37375111 tcagtagattaactcaaataagcaactttaaaataagcaaattcagagagacaatctaaaacaaaagttcttattgaccttttcttgtgatatactaggg 37375210  T
Q  425 tgctgcttatcaagaacttggtcgagtatggtatgcaaaagacatagcaatccaacaaaggcgttgttcatggatgtctaatggtttcatgagtgtaaat 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37375211 tgctgcttatcaagaacttggtcgagtatggtatgcaaaagacatagcaatccaacaaaggcgttgttcatggatgtctaatggtttcatgagtgtaaat 37375310  T
Q  525 acaaggttaggagcagggagagcttttttgagatctcttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactggcactactaacttactgtctc 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37375311 acaaggttaggagcagggagagcttttttgagatctcttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactggcactactaacttactgtctc 37375410  T
Q  625 aacatttttatcatatcattgacaacaatcatgatgattttaaatctacaaagtattgattgattatacattcatgtattaatttaaatttgcatcgtca 724  Q
    ||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  37375411 aacatttttatcat-------------atcatgatgattttaaatctacaaagtattgattgattatacattcatgtattaatttaaatttgcattatca 37375497  T
Q  725 tgtacaagaatatatagacagttctgcctatgct 758  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37375498 tgtacaagaatatatagacagttctgcctatgct 37375531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 758
Target Start/End: Original strand, 37382153 - 37382881
Alignment:
Q  29 aagaatgtcccgggtgctaatatgaattctcttggattcgacgtgattgatcaatggggaaggatggtccctgatccagtcaggtggccttcttccaatg 128  Q
    ||||| |||||||||||| |||   |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  37382153 aagaaagtcccgggtgcttatagtgattcccttggattcgacgtgattgataaatggggaaggatggttcctgatccaggaaggtggccttcttccaaag 37382252  T
Q  129 gtggaaatggattcagtgaagtagctaagaaagtgcatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgc 228  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  37382253 gtgggaatggattcagtgaagtagctaagaaagtacatagcttaggtttgaaatttggaattcatgttatgagagggattagcacacaagctgtgaatgc 37382352  T
Q  229 aaacacccctatcctagatacagcaacggtattattttgattttctgctataactttatcatctatttatttatgtattataaattcacaagtatgtcag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  37382353 aaacacccctatcctagataca---acggtattattttgattctctgctataactttatcttcaatttaattctgtattataaattcacatgtatgtaag 37382449  T
Q  329 tagattaactcaaataagcaactttaaaataagcaaattcagagagaca----atctaaaacaaaagttcttattgaccttttcttgtgatatactaggg 424  Q
    | ||| ||||||||||||| | || ||||||||| |||||| |||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||    
T  37382450 tggataaactcaaataagcgaattcaaaataagccaattcaaagagacacgtaacctaaaacaaaagttcttattgaccttttcacgtgatttcctaggg 37382549  T
Q  425 tgctgcttatcaagaacttggtcgagtatggtatgcaaaagacatagcaatccaacaaaggcgttgttcatggatgtctaatggtttcatgagtgtaaat 524  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37382550 tgctgcttatcaagaatctggtcgagtatggtatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtgcatggatgtctaatggtttcatgagtgtaaat 37382649  T
Q  525 acaaggttaggagcagggagagcttttttgagatctcttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactggcactactaacttactgtctc 624  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37382650 acaaagttaggagcaggaagagcttttttgagatctctttatgcacagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactggcactactaacttactgtcac 37382749  T
Q  625 aacatttttatcatatcattgacaacaatcatgatgattttaaatctacaaagtattgattgattatacattcatgtattaatttaaatttgcatcgtca 724  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||  |||    
T  37382750 aacatttttatcatatcattgacaacaatcatgatgattttgaatttacaaactattgattgattatacattcatgtattaatttggaattgcattatca 37382849  T
Q  725 tgtacaagaatatatagacagttctgcctatgct 758  Q
    |||||||||  ||||| |||||| ||||||||||    
T  37382850 tgtacaaga--atatacacagttttgcctatgct 37382881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 681
Target Start/End: Original strand, 37359989 - 37360650
Alignment:
Q  29 aagaatgtcccgggtgctaatatgaattctcttggattcgacgtgattgatcaatggggaaggatggtccctgatccagtcaggtggccttcttccaatg 128  Q
    ||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||      
T  37359989 aagaaagtcccgggtgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaaa 37360088  T
Q  129 gtggaaatggattcagtgaagtagctaagaaagtgcatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgc 228  Q
    |||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360089 gtgggaatggattcaccgaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgc 37360188  T
Q  229 aaacacccctatcctagatacagcaacggtattattttgattttctgctataactttatcatc--tatttatttatgtattataaattcacaagtatgtc 326  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  37360189 aaacacccctatcctagatacaacaacggtattattttgattttctgctataactttatcttctatatatatttatgcattatacattcacaagtatatc 37360288  T
Q  327 agtagattaactcaaataagcaactttaaaataagcaaattcagagagac----aatctaaaacaaaagtt---cttattgaccttttcttgtgatatac 419  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||  |||||| ||||||    ||||||         ||   |||||||||||||||||| |||||      
T  37360289 agtagataaactcgaataagcaatttcaaaataaggcaattcaaagagacacataatctatttttttttttatccttattgaccttttcttgcgatatca 37360388  T
Q  420 tagggtgctgcttatcaagaacttggtcgagtatggtatgcaaaagacatagcaatccaacaaaggcgttgttcatggatgtctaatggtttcatgagtg 519  Q
     ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||    
T  37360389 cagggtgctgcttatcaagaatctggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatgagtg 37360488  T
Q  520 taaatacaaggttaggagcagggagagcttttttgagatctcttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactggcactactaacttact 619  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||    
T  37360489 taaatacaacgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactcgcacaactaactaact 37360588  T
Q  620 gtctcaacatttttatcatatcattgacaacaatcatgatgattttaaatctacaaagtatt 681  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37360589 gtctcaacatttttatcatgttattgacaacaatcatgatgatttgaaatctacaaagtatt 37360650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 37368075 - 37367412
Alignment:
Q  29 aagaatgtcccgggtgctaatatgaattctcttggattcgacgtgattgatcaatggggaaggatggtccctgatccagtcaggtggccttcttccaatg 128  Q
    ||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||      
T  37368075 aagaaagtcccgggtgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaaa 37367976  T
Q  129 gtggaaatggattcagtgaagtagctaagaaagtgcatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgc 228  Q
    |||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367975 gtgggaatggattcacagaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgc 37367876  T
Q  229 aaacacccctatcctagatacagcaacggtattattttgattttctgctataactttatcatc--tatttatttatgtattataaattcacaagtatgtc 326  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||| |||||| || ||||||||| ||    
T  37367875 aaacacccctatcctagatacaacaacggtattattttgattttctgctataactttatcttctatatatatttatgcattatacatacacaagtatatc 37367776  T
Q  327 agtagattaactcaaataagcaactttaaaataagcaaattcagagagac----aatctaaaacaaaagtt-----cttattgaccttttcttgtgatat 417  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||  |||||| ||||||    | |||||        ||     |||||||||||||||||| |||||    
T  37367775 agtagataaactcgaataagcaatttcaaaataaggcaattcaaagagacacatattctaattttttttttttatccttattgaccttttcttgcgatat 37367676  T
Q  418 actagggtgctgcttatcaagaacttggtcgagtatggtatgcaaaagacatagcaatccaacaaaggcgttgttcatggatgtctaatggtttcatgag 517  Q
       ||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||    
T  37367675 cacagggtgctgcttatcaagaatcaggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatgag 37367576  T
Q  518 tgtaaatacaaggttaggagcagggagagcttttttgagatctcttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactggcactactaactta 617  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |    
T  37367575 tgtaaatacaacgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactcgcacaactaactaa 37367476  T
Q  618 ctgtctcaacatttttatcatatcattgacaacaatcatgatgattttaaatctacaaagtatt 681  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  37367475 ctgtctcaacatttttatcatgttattgacaacaatcatgatgatttgaaatctaaaaagtatt 37367412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 489 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 37386455 - 37386342
Alignment:
Q  489 tgttcatggatgtctaatggtttcatgagtgtaaatacaaggttaggagcagggagagcttttttgagatctcttcatgagcagtatgctgctt-ggggt 587  Q
    ||||||||||||   || ||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  37386455 tgttcatggatgcaaaacggtttcatgagagtaaatgcaacgttaggtgcagggagagcttttttgagatccctttatgagcagtatgctgcttgggggt 37386356  T
Q  588 gttgatcttggtac 601  Q
    ||||||||||||||    
T  37386355 gttgatcttggtac 37386342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 41 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 41230443 - 41229855
Alignment:
Q  41 ggtgctaatatgaattctcttggattcgacgtgattgatcaatggggaaggatggtccctgatccagtcaggtggccttcttccaatggtggaaatggat 140  Q
    ||||||||| |  |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||| |    
T  41230443 ggtgctaatgttgattctcgtggatttgacgtgattgatgaatggggaaggatggtccctgatccaggaaggtggccttcttcccatggtgggaatgggt 41230344  T
Q  141 tcagtgaagtagctaagaaagtgcatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgcaaacacccctat 240  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  41230343 taagtgaagtagctaagaaagtacatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatgagagggataagcacacaagctgtggatgcaaatacccctat 41230244  T
Q  241 cctagatacagcaacggta-ttattttgattttctgctataactttatcatctatttatttatgtattataaattcacaag----------tatgtcagt 329  Q
     ||||||||| ||| |||| ||  ||||  ||| || | |||||| ||| ||||||||||| |||||||| || | |  ||          |||||||||    
T  41230243 tctagatacatcaaaggtatttggtttgcatttttgatttaacttgatcttctatttatttctgtattatgaacttatcagtgcttatgcttatgtcagt 41230144  T
Q  330 agattaactcaaataagcaactttaaaataagcaaattcagagagac----aatctaaaacaaaagttcttattga----------ccttttcttgtgat 415  Q
    |||| |  |||||||||||| || ||||||||  | |||| | |  |    |||||||||||||| ||| ||||||          ||| ||||||||||    
T  41230143 agataaggtcaaataagcaaattaaaaataagtcagttcatacatgcacttaatctaaaacaaaatttcatattgacttttgatgtcctcttcttgtgat 41230044  T
Q  416 at---actagggtgctgcttatcaagaacttggtcgagtatggtatgcaaaagacatagcaatccaacaaaggcgttgttcatggatgtctaatggtttc 512  Q
     |   ||||||| | |||||||||||||  |||||| || ||| ||||||||||||||||||||| | ||||   ||||  |||||||   |||||||||    
T  41230043 cttttactagggcggtgcttatcaagaatctggtcgtgtgtggcatgcaaaagacatagcaatcccaaaaagagcttgtggatggatgcagaatggtttc 41229944  T
Q  513 atgagtgtaaatacaaggttaggagcagggagagcttttttgagatctcttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtac 601  Q
    ||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41229943 atgagtgtagatacaacattaggggcagggagagcgtttttgagatccctttatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtac 41229855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 671 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 41229754 - 41229716
Alignment:
Q  671 tacaaagtattgattgattatacattcatgtattaattt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41229754 tacaaagtattgattgattatacattcatgtgttaattt 41229716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 54 - 259
Target Start/End: Original strand, 39243340 - 39243545
Alignment:
Q  54 attctcttggattcgacgtgattgatcaatggggaaggatggtccctgatccagtcaggtggccttcttccaatggtggaaatggattcagtgaagtagc 153  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||  | | ||| || || ||||| ||||||||    
T  39243340 attctcttggattcgatgtgattgatgaatgggggaggatgattcctgacccagaaaggtggccttcttcacaagatgggaaagggttcagcgaagtagc 39243439  T
Q  154 taagaaagtgcatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgcaaacacccctatcctagatacagca 253  Q
    |||   |||||||| | | |||||||||||||| |||||| |||||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  39243440 taatcgagtgcataacatgggtttaaagtttgggattcatgttatgagagggataagcacacaagctgtcaatgcaaacacgcctatcctagatacaaca 39243539  T
Q  254 acggta 259  Q
    ||||||    
T  39243540 acggta 39243545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 453 - 602
Target Start/End: Original strand, 39243773 - 39243922
Alignment:
Q  453 tggtatgcaaaagacatagcaatccaacaaaggcgttgttcatggatgtctaatggtttcatgagtgtaaatacaaggttaggagcagggagagcttttt 552  Q
    |||||||||||||||||||  ||||   |||||  ||||   |||||| || |||||||||||||||||||||| | ||| || || || | ||| ||||    
T  39243773 tggtatgcaaaagacatagggatccctgaaagggcttgtggctggatgactcatggtttcatgagtgtaaatactacgttgggtgctggcaaagcctttt 39243872  T
Q  553 tgagatctcttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtact 602  Q
    |||| || ||| ||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  39243873 tgaggtccctttatgtgcagtatgctgaatggggtgttgattttggtact 39243922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2170 times since January 2019
Visitors: 3815