View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0616_low_5 (Length: 746)

Name: NF0616_low_5
Description: NF0616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0616_low_5
NF0616_low_5
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-741)||(43860212-43860954)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 741
Target Start/End: Original strand, 43860212 - 43860954
Alignment:
Q  1 aatttagcaccgacactttagaatatgtgtttgtgtccaaagtgactccgacgcatgtggtcatatacaacaagctatattttctcaaatcattacatat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43860212 aatttagcatcgacactttagaatatgcgtttgtgtccaaagtgactccgacgcatgtggtcatatacaacaaactatattttctcaaatcattacatat 43860311  T
Q  101 atgtctacgcgtcaatttcatgtccgatgtttgttctatgttggtactatatagtttaaattggttaattagcatggcttagactatattttaagtagct 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860312 atgtctacgcgtcaatgtcatgtccgatgtttgttctacgttggtactatatagtttaaattggtttattagcatggcttagactatattttaagtagct 43860411  T
Q  201 tggtaatcaagt---tatgcataatgtttatttttaacatggannnnnnnngaaaacagacttaattaaacgtacctgataatacaaccaagtcatgaag 297  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860412 tggtaatcaagtatttatgcataatgtttatttttaacatggattttttt-gaaaacagacttaattaaatgtacctgataatacaaccaagtcatgaag 43860510  T
Q  298 agtaagctttttattagcaaagatttgtctgagctgtgtgatgttatggaaaggtgccgggatattgattagggcttcaatgcttctggacacagtacca 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860511 agtaagctttttattagcaaagatttgtctgagctgtgtgatgttatggaaaggtgccgggatattgattagggcttcaatgcttctggacacagtacca 43860610  T
Q  398 tctcttctacccgtaagtacttcccaatttggtttattcttaaactgtaataaaaaatatgaatgaatcaatatgatgctacatgcataaatatgtatag 497  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860611 tctcttctacccgtaagcacttcccaatttggtttattcttaaactgtaataaaaaatatgaatgaatcaatatgatgctacatgcataaatatgtatag 43860710  T
Q  498 actcgtctctagctagcttgataaattactaacagcatctctagtagccaatgtgagtatatcagcacatgaaacaattcctggacatttttcctccaaa 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860711 actcgtctctagctagcttgataaattactaacagcatctctagtagccaatgtgagtatatcagcacatgaaacaattcctggacatttttcctccaaa 43860810  T
Q  598 gcttcttttatgtcttctattacatcaaagcctgctaatgataaattaggaatggcatccttctccgccgtgttaccagcagtggactccaacaaaaccg 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860811 gcttcttttatgtcttctattacatcaaagcctgctaatgataaattaggaatggcatccttctccgccgtgttaccagcagtggactccaacaaaaccg 43860910  T
Q  698 atgcgtcacacccctgaaacgcaaccatagatattcatctcact 741  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  43860911 atgcgtcacacccctgaaacgcaaccatagatatgcatgtcact 43860954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2041 times since January 2019
Visitors: 3811