View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0622_low_68 (Length: 398)

Name: NF0622_low_68
Description: NF0622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0622_low_68
NF0622_low_68
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (30-371)||(5284517-5284858)
chr7 (30-371)||(5315320-5315661)
chr7 (30-371)||(5302705-5303046)
chr7 (32-371)||(5289271-5289610)
chr7 (30-371)||(5310606-5310947)
chr7 (31-357)||(46706561-46706887)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (31-371)||(1478208-1478548)
chr5 (31-371)||(1482402-1482742)
chr5 (32-371)||(1505186-1505525)
chr5 (38-371)||(1492377-1492710)
chr5 (56-371)||(1509333-1509648)
chr5 (87-371)||(1499449-1499733)
chr5 (32-354)||(1486896-1487218)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (32-357)||(44128797-44129122)
chr1 (32-357)||(44133002-44133327)
chr1 (32-357)||(44141424-44141749)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (35-371)||(24163367-24163703)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (31-357)||(37862963-37863289)
chr3 (31-357)||(37858937-37859263)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (56-357)||(35251034-35251342)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 30 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 5284858 - 5284517
Alignment:
Q  30 taatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284858 taatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagc 5284759  T
Q  130 aattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284758 aattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtctctcaatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagt 5284659  T
Q  230 gcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttat 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5284658 gcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgt 5284559  T
Q  330 tctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||    
T  5284558 tctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctg 5284517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 30 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 5315661 - 5315320
Alignment:
Q  30 taatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315661 taatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagc 5315562  T
Q  130 aattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5315561 aattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagt 5315462  T
Q  230 gcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttat 329  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5315461 gcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgt 5315362  T
Q  330 tctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    ||||||| || || || |||||||| || || || |||||||    
T  5315361 tctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctg 5315320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 30 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 5303046 - 5302705
Alignment:
Q  30 taatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5303046 taatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagc 5302947  T
Q  130 aattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagt 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302946 aattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtacggggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagt 5302847  T
Q  230 gcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttat 329  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5302846 gcttgtccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccacgaaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaacacacgagcacctttgttgt 5302747  T
Q  330 tctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    |||||||||  || || ||||||||||| || || |||||||    
T  5302746 tctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctg 5302705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 32 - 371
Target Start/End: Original strand, 5289271 - 5289610
Alignment:
Q  32 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaa 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5289271 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatccggagcaa 5289370  T
Q  132 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgc 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5289371 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacagtgc 5289470  T
Q  232 ttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattc 331  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5289471 ttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttc 5289570  T
Q  332 tcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    ||||| || || || ||||||||||| || || |||||||    
T  5289571 tcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctg 5289610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 30 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 5310947 - 5310606
Alignment:
Q  30 taatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagc 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310947 taatgttctttgagacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagc 5310848  T
Q  130 aattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagt 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  5310847 aattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacaat 5310748  T
Q  230 gcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttat 329  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5310747 gcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgt 5310648  T
Q  330 tctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    ||||||| || || || ||||||||||| || || |||||||    
T  5310647 tctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctg 5310606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 31 - 357
Target Start/End: Original strand, 46706561 - 46706887
Alignment:
Q  31 aatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagca 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46706561 aatgttctttgaaacaatcccaggaacatcttttagaaggtggaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagca 46706660  T
Q  131 attgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtg 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||    
T  46706661 attgtttgtgaagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactggatcagaaccaacaataagtgcagcagctctgactccaaacagtg 46706760  T
Q  231 cttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttatt 330  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  46706761 cttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggcacctttgttgtt 46706860  T
Q  331 ctcagctaagtccttcgccaaacgaag 357  Q
    |||||| || || || |||||||||||    
T  46706861 ctcagccaaatcgttagccaaacgaag 46706887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 31 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 1478548 - 1478208
Alignment:
Q  31 aatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagca 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  1478548 aatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagaccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccctcactgtctggagca 1478449  T
Q  131 attgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  1478448 attgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagcaccatctccaaatagtg 1478349  T
Q  231 cttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttatt 330  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  1478348 cttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattgtt 1478249  T
Q  331 ctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||    
T  1478248 ctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctg 1478208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 31 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 1482742 - 1482402
Alignment:
Q  31 aatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagca 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || ||||| || ||||||    
T  1482742 aatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagaccagcttcacgaagatgaccgtcaatggccccctcactgtctggagca 1482643  T
Q  131 attgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  1482642 attgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaagagtg 1482543  T
Q  231 cttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttatt 330  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1482542 cttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattatt 1482443  T
Q  331 ctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||    
T  1482442 ctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctg 1482402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 32 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 1505525 - 1505186
Alignment:
Q  32 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaa 131  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || |    
T  1505525 atgttctttgaaacaatttcaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgcga 1505426  T
Q  132 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgc 231  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  1505425 ttgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataggtttctcaatttctggtattggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagc 1505326  T
Q  232 ttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattc 331  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  1505325 ttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttc 1505226  T
Q  332 tcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||    
T  1505225 tcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctg 1505186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 38 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 1492710 - 1492377
Alignment:
Q  38 tttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgttt 137  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1492710 tttgacacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttaacccagcttcacgaagatgaccatcaatggcaccttcactatcaggagcaattgttt 1492611  T
Q  138 gtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtcc 237  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||  || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1492610 gtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctgctccatctccaaatagtgcttgtcc 1492511  T
Q  238 aacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagct 337  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  1492510 aacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttgttgttctcagcc 1492411  T
Q  338 aagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    || ||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  1492410 aaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctg 1492377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 56 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 1509648 - 1509333
Alignment:
Q  56 acatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatct 155  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509648 acatctttaagaagacgaaatgttagtccaacttcacgaaggtgaccgtcaatggcaccttcactatttggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatct 1509549  T
Q  156 caaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtg 255  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    
T  1509548 caaatatagatttctcaatttctggtacagggtcagtaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaataatgcttgtccaacaagactgtccaaatg 1509449  T
Q  256 agtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacga 355  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| || ||||| |||||| ||    
T  1509448 agtatcaccagggccacaaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacacacgagcatcttggttattttcagccaaatcctttgccaaatga 1509349  T
Q  356 agtactgttccacctg 371  Q
    || || || |||||||    
T  1509348 agcacagtgccacctg 1509333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 87 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 1499733 - 1499449
Alignment:
Q  87 cttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgg 186  Q
    |||||||||| || |||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||| |||| | |    
T  1499733 cttcacgaagttgaccacaaatagctccttcactatcagaagcaattgtttgtgcagtccaaactaactcaaataaaggtttctcaatttcaggtactag 1499634  T
Q  187 gtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagca 286  Q
    ||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || ||||||||  ||||| |||| ||||| ||  |||    
T  1499633 gtcagagccaacaatgactgccgcagctccatctccaaatattgcttgtccaacaagtttgtgtaggtgagtattactaggtccacaaaatgagattgca 1499534  T
Q  287 gtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1499533 gtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 1499449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 32 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 1487218 - 1486896
Alignment:
Q  32 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaa 131  Q
    ||||||||||| | |||  |||| ||||||||| |||| | ||||||||||||  |||||||||| |||||   ||| ||| ||||||||||  |||| |    
T  1487218 atgttctttgagataatttcagggacatctttacgaagattaaatgttagtccaacttcacgaagttggccgctaattgcttcttcactatctagagcta 1487119  T
Q  132 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgc 231  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||| |||| || ||| || || ||||||||||| |   || |||||||||| ||||||| |||    
T  1487118 ttgtttgtgcagtccaaacaagctcaaagagaggtttctcaatttttgatatcggatcggagccaacaatgactacaacagctccatcaccaaataatgc 1487019  T
Q  232 ttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaat-gtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttatt 330  Q
    ||||||||||||  ||   | || ||| ||  ||||||||| |||| ||||  | ||||||||||||||| |  ||||||||| ||||| |||| || ||    
T  1487018 ttgtccaacaaggttgctcatgtcagtttcattagggccacaaaatagtga-tgtagtgacttcagaacatattaccaacacaagagcatctttattgtt 1486920  T
Q  331 ctcagctaagtccttcgccaaacg 354  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||    
T  1486919 ctcagccaagtccttggcctaacg 1486896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 32 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 44129122 - 44128797
Alignment:
Q  32 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaa 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44129122 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaa 44129023  T
Q  132 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgc 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  44129022 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggc 44128923  T
Q  232 ttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattc 331  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  44128922 ctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttt 44128823  T
Q  332 tcagctaagtccttcgccaaacgaag 357  Q
    |||||||| || || |||||||||||    
T  44128822 tcagctaaatctttagccaaacgaag 44128797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 32 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 44133327 - 44133002
Alignment:
Q  32 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaa 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44133327 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaa 44133228  T
Q  132 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgc 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  44133227 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggc 44133128  T
Q  232 ttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattc 331  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  44133127 ctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttt 44133028  T
Q  332 tcagctaagtccttcgccaaacgaag 357  Q
    |||||||| || || |||||||||||    
T  44133027 tcagctaaatctttagccaaacgaag 44133002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 32 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 44141749 - 44141424
Alignment:
Q  32 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaa 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  44141749 atgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccgtcaatggccccttcactatctggagcaa 44141650  T
Q  132 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgc 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  44141649 ttgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagtgc 44141550  T
Q  232 ttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattc 331  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  44141549 ttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttt 44141450  T
Q  332 tcagctaagtccttcgccaaacgaag 357  Q
    |||||||| || || |||||||||||    
T  44141449 tcagctaaatctttagccaaacgaag 44141424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 35 - 371
Target Start/End: Original strand, 24163367 - 24163703
Alignment:
Q  35 ttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaattg 134  Q
    |||||||| |||||  | |||||||| |||  ||| ||||||| ||| ||   ||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||  ||||| ||||    
T  24163367 ttctttgagacaatgtctggaacatccttacaaagatgaaatgatagcccaaattcacgaagttggccacaaatagctccttcactatttggagcgattg 24163466  T
Q  135 tttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttg 234  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24163467 tttgtgctgtccaaactaactcaaatagaggtttctcaatttcctgtattgggtcagagccaacaatgactgcagcagctccatctccaaatagagcttg 24163566  T
Q  235 tccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctca 334  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  24163567 tccaacaaggttgtctaagtgagtatcgcttggtccacaaaatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagaacctttgttgttctca 24163666  T
Q  335 gctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctg 371  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| || |||||||    
T  24163667 gccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctg 24163703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 357
Target Start/End: Original strand, 37862963 - 37863289
Alignment:
Q  31 aatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagca 130  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |     
T  37862963 aatgttctttgagacaaggccaggaacatccttgaggagatggaatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacg 37863062  T
Q  131 attgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| | |||||| |  || || || |||||||| | ||| || || ||||||||||| | ||    
T  37863063 attgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatg 37863162  T
Q  231 cttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttatt 330  Q
    | || || |||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| || || || |||||||  || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||    
T  37863163 cctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgtt 37863262  T
Q  331 ctcagctaagtccttcgccaaacgaag 357  Q
     ||||| || || || |||||||||||    
T  37863263 ttcagccaaatctttagccaaacgaag 37863289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 31 - 357
Target Start/End: Original strand, 37858937 - 37859263
Alignment:
Q  31 aatgttctttgaaacaatcccaggaacatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagca 130  Q
    |||||||||||| | ||  ||||||||||| || || || || ||||| || ||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||       
T  37858937 aatgttctttgagataagaccaggaacatccttgaggagatggaatgtaagcccgacttcacgaaggtgaccgtcaattgctccttcactatctggaagg 37859036  T
Q  131 attgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtg 230  Q
    || |||||||||||||| ||||  ||||| |  |||||||| | || ||||| |||||| || || || || | ||| || || ||||||||||| | ||    
T  37859037 atcgtttgtgcagtccataccaattcaaacaagggtttctcaacttgtggtaatgggtctgaacctacgatcacagctgctgcaccatctccaaacaatg 37859136  T
Q  231 cttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttatt 330  Q
    |||| || ||||| || || |  ||||| || || || ||||| || || || ||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37859137 cttgccccacaaggctatcaagatgagtgtcactgggtccacggaaagtaactgcagttatctctgaacaaactaccaacacacgagcacctttgttgtt 37859236  T
Q  331 ctcagctaagtccttcgccaaacgaag 357  Q
     ||||| ||||| || |||||||||||    
T  37859237 ttcagccaagtctttagccaaacgaag 37859263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 35251342 - 35251034
Alignment:
Q  56 acatctttaagaaggtgaaatgttagtccggcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatct 155  Q
    ||||| || ||||| || |||||||||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||  | | ||    
T  35251342 acatccttgagaagatggaatgttagtccaacctcacgaaggtgaccatcaatagctccttgactatcaggaaggattgtttgtgcagtccactctagct 35251243  T
Q  156 caaatataggtttctctatttctggtattgggtcagagccaacaataaga-------gcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgt 248  Q
    |||| | |||| |||| |  || |||| ||| || || ||||| || | |       || ||||| ||||||||||| | ||||||||| || ||||| |    
T  35251242 caaacaaaggtctctcaacctcaggtaatggatctgaaccaacgatcacagctgcaggctgcagcgccatctccaaacaatgcttgtcccacgagactat 35251143  T
Q  249 ctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcagtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgc 348  Q
    | |  || || || |||||||||||||| || || |||||||  || |||||||| || |  |||||||||||||| || |||||||| || || || ||    
T  35251142 caagatgggtgtcactagggccacgaaaagtcactgcagtgatctctgaacaaaccacaagaacacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagc 35251043  T
Q  349 caaacgaag 357  Q
    |||||||||    
T  35251042 caaacgaag 35251034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2392 times since January 2019
Visitors: 3818