View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0626_low_7 (Length: 480)

Name: NF0626_low_7
Description: NF0626
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0626_low_7
NF0626_low_7
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-480)||(52001214-52001693)
chr4 (29-479)||(51987968-51988419)
chr4 (70-357)||(52011202-52011489)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-357)||(11749011-11749343)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 456; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 52001693 - 52001214
Alignment:
Q  1 cgaattactaaaagcaacaaaagtgggtttgttgatgaatcccttacttgggcttcaaaactgaatggtgaagattttgtgaggggaagattatgtgttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52001693 cgaattactaaaagcaacaaaagggggtttgtcgatgaatcccttacttgggtttcaaaactgaatggtgaagattttgtgaggggaagattatgtgttc 52001594  T
Q  101 cttcactgctagaaatgtctcttaaaagtcttgccactcatgttgatggacttgcttcgcttgatggtgtttctgatgcactaaaacaaaggcttagcgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52001593 cttcactgctagaaatgtctcttaaaattcttgccaatcatgttgatggacttgcttcgcttgatggtgtttctgatgcactaaaacaaaggcttagcgc 52001494  T
Q  201 gttgctttgtgattcaagaaaaatggatgctcactctcttgaactacttctaagtggatttccaaatgtgattcggcttaaagattgctcttggatgaca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52001493 gttgctttgtgattcaagaaaaatgaatgctcactctcttgaactacttctaagtggatttccaaatgtgattcggcttaaagattgctcttggatgaca 52001394  T
Q  301 gaggaagaatttacaaaatattttggaaagttggacaattccatattagaggtatgtttattgaatttaattgtttcacatatataatacttagtgtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52001393 gaggaagaatttacaaaatattttggaaagttggacaattccatattagaggtatgtttattgaatttaattgtttcacatatataatacttagtgtttc 52001294  T
Q  401 ttgtagttttgctgcaattccacatttttatttcctatttgaattttgtcattcaaatttgggtcgtgtgaagttacaaa 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52001293 ttgtagttttgctgcaattccacatttttatttcctatttgaattttgtcattcaaatttgggtcgtgtgaagttacaaa 52001214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 29 - 479
Target Start/End: Original strand, 51987968 - 51988419
Alignment:
Q  29 ttgttgatgaatcccttacttgggcttcaaaactgaatggtgaagattttgtgaggggaagattatgtgttccttcactgctagaaatgtctcttaaaag 128  Q
    ||||||||||||| |||| ||||  ||||||| | ||||  |||||||| |  | | |||| ||  ||||||||||| ||| |||| |||  ||||| |     
T  51987968 ttgttgatgaatctcttatttggcattcaaaattcaatgaagaagatttggaaaagagaagctttagtgttccttcattgcaagaattgtgccttaacat 51988067  T
Q  129 tcttgccactcatgttgatggacttgcttcgcttgatggtgtttctgatgcactaaaacaaaggcttagcgcgttgctttgtgattcaagaaaaatggat 228  Q
    |||||| |  |||| |||||   |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||| ||||| | ||||||    | |||||| ||    
T  51988068 tcttgcgaaccatgctgatgccattgcttcgcttgatagtgtttctgaagagctaaagcaaaggcttagcacgttgttatgtgatctgggcaaaatgaat 51988167  T
Q  229 gctcactctcttgaactacttctaagtggatttccaaatgtgattcggcttaaagattgctcttggatgacagaggaagaatttacaaaatattttggaa 328  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51988168 ggtcactttcttgaactacttcttagtgggttttcaaatgtgattcggcttaaagattgcttctggttgacagaggaagaatttataaaatattttggaa 51988267  T
Q  329 agttggacaattccatattagaggtatgtttattgaatttaattgtttcacatatataatacttagtgtttcttgtagttttgctgcaattccacatttt 428  Q
      ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||   || ||||  ||||| || ||||| ||  ||||| | ||||||||| ||||    
T  51988268 cattggacacttccatattagaggtatgttcattcaatttaattgttcagcagatattgtacttggtttttctagtgattttgttacaattccacctttt 51988367  T
Q  429 tatttcc-tatttgaattttgtcattcaaatttgggtcgtgtgaagttacaa 479  Q
    | |||||  |||| ||||||| ||||  ||||||||| ||||||||| ||||    
T  51988368 tctttccaaatttcaattttgacatttgaatttgggttgtgtgaagtcacaa 51988419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 70 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 52011489 - 52011202
Alignment:
Q  70 gaagattttgtgaggggaagattatgtgttccttcactgctagaaatgtctcttaaaagtcttgccactcatgttgatggacttgcttcgcttgatggtg 169  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||  | ||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||| | | ||||||||||||||    
T  52011489 gaagatttggtgagggaaaggtttagggttccttcgttgcaagaaatgtctcttaaaattcttgctaaccatgctgatggaatggtttcgcttgatggtg 52011390  T
Q  170 tttctgatgcactaaaacaaaggcttagcgcgttgctttgtgattcaagaaaaatggatgctcactctcttgaactacttctaagtggatttccaaatgt 269  Q
    |||| ||||  || ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||  || || ||||||||||||||| ||||| ||||| | |      
T  52011389 tttcggatgagctcaaacaaaggcttagcgcgttggtatgtgattcgagaaaaatgaattgtcgctttcttgaactacttctgagtgggtttcctactca 52011290  T
Q  270 gattcggcttaaagattgctcttggatgacagaggaagaatttacaaaatattttggaaagttggacaattccatattagaggtatgt 357  Q
     |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  52011289 tattcggcttaaagattgctcctggttgacagaggaagaattcactaaatgttttggaatgttggacacttccatattagaggtatgt 52011202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 11749343 - 11749011
Alignment:
Q  25 gggtttgttgatgaatcccttacttgggcttcaaaactgaatggtgaagattttgtgaggggaagattatgtgttccttcactgctagaaatgtctctta 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | | |||  |||||| |||||||| ||||   |||| || |||||||||||| ||  |||| ||||| |||    
T  11749343 gggtttgttgatgaatcccttatttgggttccgaaaaggaatggagaagatttggtgaatagaaggttttgtgttccttcattggaagaattgtctttta 11749244  T
Q  125 aaagtcttgccactcatgttgatggacttgcttcgcttgatggtgtttctgatgcactaaaacaaaggcttagcgcgttgctttgtgattcaagaaaaat 224  Q
    ||   ||||| | ||||||||||||| | | ||| ||||||||| || | ||||   | |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||    
T  11749243 aagcccttgctaatcatgttgatggattggtttcccttgatggtattccggatgagttcaaacaaaggctttgtgcgttgctttgcgattcaggaaaaat 11749144  T
Q  225 ggatgctcactctcttgaactacttctaagtggatttccaaatgtgattcggcttaaagattgctcttggatgacagaggaagaatttacaaaatatttt 324  Q
    | |||||| || ||||||| ||||||||||||| | ||| | |    || |||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||| ||   |||||||    
T  11749143 gaatgctcgctttcttgaagtacttctaagtgggtctcctactcatgtttggcttaaagactgctcctggttgacataggaagaattcactgcatatttt 11749044  T
Q  325 ggaaagttggacaattccatattagaggtatgt 357  Q
    |||  |||||||| |||||   |||||||||||    
T  11749043 ggagtgttggacacttccacggtagaggtatgt 11749011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University