View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0629_low_1 (Length: 721)

Name: NF0629_low_1
Description: NF0629
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0629_low_1
NF0629_low_1
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (48-691)||(42393198-42393841)
chr4 (155-680)||(42376657-42377182)
chr4 (146-458)||(42387228-42387539)
chr4 (513-692)||(42387041-42387220)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 608; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 608; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 42393841 - 42393198
Alignment:
48 gcggcatatggtttatttaactctgattcaaattaaaatttatttgagaatgctaacatgtgccctaaggcacgtgttgaagaacttaataccattgagt 147  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||    
42393841 gcggtatatggtttgtttaactctgattcaaattaaaatttatttgagaatgctaacatgtgccctaaggcgtgcgttgaagaacttaataccattgagt 42393742  T
148 ttgtatgaacaggacatggtacttggtggatcagacacatcctccaataccgttgagtttgcaatggcagaaatgatgaacaaaccaggagtaatgagga 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42393741 ttgtatgaacaggacatggtacttggtggatcagacacatcctccaataccgttgaatttgcaatggcagaaatgatgaacaaaccaggagtaatgagga 42393642  T
248 aggttcaagaggaattagaagcagtggttgggaaagataacttagtagaagagtctcatattcacaagctaccctacttgcaagcagtaatgaaagaaac 347  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42393641 aggttcaagaggaattggaagcagtggttgggaaagataacttagtagaagagtctcatattcacaagctaccctacttgcaagcagtaatgaaagaaac 42393542  T
348 ccttcgtttgcacccatcacttccacttctaatgcctcattgcccaagtgaaaccaccaacgtaggaggctacacaattccaaaggggtcttgtgtgttt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42393541 ccttcgtttgcacccatcacttccacttctaatgtctcattgcccaagtgaaaccaccaacgtaggaggctacacaattccaaaggggtcttgtgtgttt 42393442  T
448 gtgaacgtttgggctattcatagagacccttccatttgggagaaaccgttagaatttgatccgacaaggttcttggatggtaaatgggattataaaggga 547  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42393441 gtgaacgtttgggctattcatagagacccttccatttgggagaaaccgctagaatttgatccgacaaggttcttggatggtaaatgggattataaaggga 42393342  T
548 atgacttcaattatttcccctttggttctggaagaaggatatgtgctggaatagcaatggctgagaggaatgttttgtactttatagccacccttatgca 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42393341 atgacttcaattatttcccctttggttctggaagaaggatatgtgctggaatagcaatggctgagaggaatgttttgtactttatagccacccttatgca 42393242  T
648 ctcgtttgattggacaatacctcaaggagaaaagttggatgtat 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42393241 ctcgtttgattggacaatacctcaaggagaaaagttggatgtat 42393198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 155 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 42377182 - 42376657
Alignment:
155 aacaggacatggtacttggtggatcagacacatcctccaataccgttgagtttgcaatggcagaaatgatgaacaaaccaggagtaatgaggaaggttca 254  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
42377182 aacaggacatggtagtgggtggatcagacacatcctccaacacaattgagtttgtaatggcagaaatgatgaacaaaccagaagtgatgaggaaggttca 42377083  T
255 agaggaattagaagcagtggttgggaaagataacttagtagaagagtctcatattcacaagctaccctacttgcaagcagtaatgaaagaaacccttcgt 354  Q
    |||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||    
42377082 agaggagttagaaactgtggttggaaaagataacttagtagaagagtctcatattcacaagctaacctacttacatgcagtgatgaaagaaactcttcgt 42376983  T
355 ttgcacccatcacttccacttctaatgcctcattgcccaagtgaaaccaccaacgtaggaggctacacaattccaaaggggtcttgtgtgtttgtgaacg 454  Q
    || |||||  ||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||| | ||||    
42376982 ttacaccctgcacttccacttttagtccctcactgcccaagtgaaaccaccaacattggaggctacacaattccagagggatctcgtgtctttatcaacg 42376883  T
455 tttgggctattcatagagacccttccatttgggagaaaccgttagaatttgatccgacaaggttcttggatggtaaatgggattataaagggaatgactt 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
42376882 tttgggctattcatagagacccttatgtttgggagaacccactagaatttgatcctacaaggttcttggatggtaaatgggattatagtgggaatgactt 42376783  T
555 caattatttcccctttggttctggaagaaggatatgtgctggaatagcaatggctgagaggaatgttttgtactttatagccacccttatgcactcgttt 654  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
42376782 caactatttcccttttggctctggaagaaggatttgtgccggaatagcaatggctgagaggacggttttgtactttgtagccacccttgtgcacttgttt 42376683  T
655 gattggacaatacctcaaggagaaaa 680  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||    
42376682 gattggacagttcctcaaggagaaaa 42376657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 146 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 42387539 - 42387228
Alignment:
146 gtttgtatgaacaggacatggtacttggtggatcagacacatcctccaataccgttgagtttgcaatggcagaaatgatgaacaaaccaggagtaatgag 245  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||| |||||||| |||| |||| |||||||||    
42387539 gtttatatgaacaggacatggtagtgggtggatcagacacatcctccaacacaattgagtttgtaatagcataaatgatggacaa-ccagaagtaatgag 42387441  T
246 gaaggttcaagaggaattagaagcagtggttgggaaagataacttagtagaagagtctcatattcacaagctaccctacttgcaagcagtaatgaaagaa 345  Q
    |||||||||||||||| | |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
42387440 gaaggttcaagaggaactggaaatcgtggttgggaaagataacttagtagaagagtctcatattcaaaagctaccctacttgcaagcagtaatgaaagaa 42387341  T
346 acccttcgtttgcacccatcacttccacttctaatgcctcattgcccaagtgaaaccaccaacgtaggaggctacacaattccaaaggggtcttgtgtgt 445  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||| |||| |    
42387340 acccttcgtttgcacccaacacttccacttttagtccctcactgcccaagtgaaaccaccaacattggaggctacacaattccagagggatctcgtgtct 42387241  T
446 ttgtgaacgtttg 458  Q
    || | ||||||||    
42387240 ttatcaacgtttg 42387228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 513 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 42387220 - 42387041
Alignment:
513 aaggttcttggatggtaaatgggattataaagggaatgacttcaattatttcccctttggttctggaagaaggatatgtgctggaatagcaatggctgag 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
42387220 aaggttcttggatggtaaatgggattatagtgggaatgacttcaactatttcccttttggctctggaagaaggatttgtgccggaatagcaatgtctgag 42387121  T
613 aggaatgttttgtactttatagccacccttatgcactcgtttgattggacaatacctcaaggagaaaagttggatgtatc 692  Q
    ||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||    
42387120 aggacggttttgtactttgtagccacccttgtgcacttgtttgattggacagttcctcaaggagaaaatatggatgtatc 42387041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University