View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0635_low_1 (Length: 835)

Name: NF0635_low_1
Description: NF0635
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0635_low_1
NF0635_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-806)||(47428084-47428877)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 746; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 806
Target Start/End: Complemental strand, 47428877 - 47428084
Alignment:
Q  14 atatataggaaactctaggagggtggcaaatggctttaacaggaaaagcccttgcaggccaaagccaataacaaatagtcaaagcagcacaagaacacaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428877 atatataggaaactctaggagggtggcaaatggctttaacaggaaaagcccttgcaggccaaagccaataacaaatagtcaaagcagcacaagaacacaa 47428778  T
Q  114 aatgagcattattaaacaagtatagaagaatgagacatatataatgcatgttatgtaaca-gattaaatctaacatatgaacaaaactatatctcttacg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428777 aatgagcattattaaacaagtatagaagaatgagacatatataatgcatgttatgtaacaagattaaatctaacatatgaacaaaactatatctcttacg 47428678  T
Q  213 cgtatttattattttgatattatagccttagcatttgttactcttcctgtttagttactaagtcctattaaaccagtaagtagaattttggaaggtgaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428677 cgtatttattattttgatattatagccttagcatttgttactcttcctgtttagttactaaatcctattaaaccagtaagtagaattttggaaggtgaga 47428578  T
Q  313 aggnnnnnnnntggggaaggcaagcaaatggattagaaaccttcttctagggaaaaaagaagagaacttcaagcagattgatacattctgccccgataat 412  Q
    |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428577 aggaaaaaaaatggggaaggcaagcaaatggattagaaaccttcttctagggaaaaaagaagagaacttcaagcagattgatacattctgccccgataat 47428478  T
Q  413 aagaccgcaaacacggttaatagtagtagcagcagtaatagtaataagatggtagtgaagcgcagatggagcttccgaaaactaacaagtggaagatcaa 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428477 aagaccgcaaacacggttaatagtagtagcagcagtaatagtaataagatggtagtgaagcgcagatggagcttccgaaaactaacaagtggaagatcaa 47428378  T
Q  513 cgggcaagttagtagctcataaaatttccaagtcttttgattcagatgactctccaaaattacaaatacaaggcctgttctatactcagtccccaaggtt 612  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428377 cgggcaaggtagtagctcataaaatttccaagtcttttgattcagatgactctccaaaattacaaatacaaggcctgttctatactcagtccccaaggtt 47428278  T
Q  613 tcgtccaacagcttctgaatttgtgaaaaaagctgctacgaagattcaagcttcctttcgctcctacttggtataaacttctctctatatttcattacat 712  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428277 tcgtccaacagctgctgaatttgtgaaaaaagctgctacaaagattcaagcttcctttcgctcctacttggtataaacttctctctatatttcattacat 47428178  T
Q  713 tttaaaaaatgtgatcgcatgtgttggtgtcacacaccggacatgtcttctcgatctcaagtgtatgtgatacaaagtttatgctataacatac 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428177 tttaaaaaatgtgatcgcatgtgttggtgtcacacaccggacatgtcttctcgatctcaagtgtatgtgatacaaagtttatgctataacatac 47428084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2840 times since January 2019
Visitors: 4016