View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0636_low_1 (Length: 943)

Name: NF0636_low_1
Description: NF0636
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0636_low_1
NF0636_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (93-932)||(37137373-37138206)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 93 - 932
Target Start/End: Original strand, 37137373 - 37138206
Alignment:
Q  93 gacatcatcatcaattctttgtgaatattcaataatcatgaaaaccagaagagattacaagtgaatattttgaaaatgttgtgattcgtggttttaaatt 192  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37137373 gacattatcatcaattctttgtgaatattcaataatcatgaaaactagaagagattacaagtgaatattttgaaaatgttgtgattcgtggctttaaatt 37137472  T
Q  193 gtggtttgcaaccaaaattacatacaaatgatgaagaattttgaggtctcta-caacgacaaatataatagcaccgactatattttgcagcaatataaaa 291  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  37137473 gtggtttgcaaccataattacatacaaatgatgaagaattttgaggtctcttgcaacgaaaaatttaatagcaccgactatattttgctccaatataaaa 37137572  T
Q  292 atgaatttaatttgtataccttgattttacacatgcatttaatcaaatcactttatagtttcacttttataattaattcctaaaatattgttacaaatat 391  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37137573 atgaatttaatttgtataccctgattttaaacatgcatttaatcaaatcactttatagttttacttttataattaattcctaaaatattgttacaaatat 37137672  T
Q  392 cttggtgtcgtgatttaattgaatgcatgtgtaaacatgttgtgattgatacaagatgaatttttatattgtgattgaaaattaaaaatttatatttatg 491  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  37137673 cttggtgtcgtgatttgattgaatgctggtgtaaacatgttgtgatcgatacaagatgaatttttatattgtgattg-------aaaatttatatttatg 37137765  T
Q  492 ataatcaaacatatatttaagtttttgaacaatattaggacttttcttttcatttaatttgatgagtgtatagatagtgttaaagaaaaagatgctcttg 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  37137766 ataatcaaacatatatttaagtttttgaacaatattaggacttttcttttcatttaatttgatgactgtataaatagtgtcaaagaaaaagatgctcttg 37137865  T
Q  592 tacaatttctactcattgcattgcattcatatactcttgtatgattcttgccatgacagtgcactaaagtcatatgaaacttgtnnnnnnnncagggaag 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||| |||    
T  37137866 tacaatttctactcattgcattgcattcatatactcttgtatgattcttgccatgacagtgcactaaagtcatatgaaacttgtaaaaaaaacaggaaag 37137965  T
Q  692 aaaccagtccaggaggatcaagaggaagaactgaatacaatgtacgatgatgatttggattgcttgctcaacaattttccctcagaaataccaatgcctg 791  Q
    ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37137966 aaaccagcccaggaggatcagacggaagaactgaatacaatgtatgatgatgatttggattgcttgctcaacaattttccctcagaaataccaatgcctg 37138065  T
Q  792 aatggtattgtagaggaaaaagtcagtcattggaaactgaaacaccaactgatgaaggcggtcccaccaatcaagaatttgcttggactcttggatcaaa 891  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37138066 aatggtattgtagaggaaaaagtcagtcattgggaactgaaattccaactgatgaaagcggtcccaccaatcaagaatttgcttggactcttggatcaaa 37138165  T
Q  892 ttggaacaacatgcctggcatatgttaatttgagctcaaag 932  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37138166 ttggaacaacatgccaggcatatgttaatttgagctcaaag 37138206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3048 times since January 2019
Visitors: 4024