View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0641_high_4 (Length: 522)

Name: NF0641_high_4
Description: NF0641
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0641_high_4
NF0641_high_4
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (11-493)||(18946186-18946668)
chr4 (11-493)||(18933998-18934483)
chr4 (11-493)||(18938685-18939167)
chr4 (11-493)||(18929327-18929809)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 18946668 - 18946186
Alignment:
Q  11 caaaggaaaaagacattgaaaatgccgtgaacacaacggtttccaaacacggtaaactagacatcatgtttaacaacgcaggcataaccggtataaacaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18946668 caaaggaaaaagacattgaaaacgccgtaaacacaaccgtttccaaacacggtaaattagatatcatgtttaacaacgcaggcataaccggtataaacaa 18946569  T
Q  111 aacaaacatacttgaaaacaaattatccgaatttcaagaagtgatagacattaacttggccggtgtatttctcggaacaaaacacgctgctagggtaatg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18946568 aacaaacatacttgaaaacaaattatccgaatttcaagaagtgattgacattaacttgaccggtgtatttctcggaacaaaacacgctgctagggtaatg 18946469  T
Q  211 atccccgttcgacgaggtagcataattaacacagctagtgtttgtggatgcataggtggtgtggcttcacatgcctacacaagttcaaagcacgccgttg 310  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18946468 acccccgttcgacgaggtagcataattaacacagctagtgtttgtggatgcataggtggtgtggcttcacatgcctacacaagttcaaagcacgccgttg 18946369  T
Q  311 tcgggctaatgaaaaacacggccatcgaacttggaccgtacggtattcgagtgaattgtgtgtcaccttatgttgtcggaactccgttggctaagaattt 410  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18946368 ttgggctaatgaaaaatacggccatcgagcttggaccgtacggtattcgagtgaattgtgtgtcaccttatgttgtcggaactccgttggctaagaattt 18946269  T
Q  411 ctttaagcttgatgatgatggagttctagatgtttattctaacctaaagggtgctaatcttttgccaaaagatgtggctgaag 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18946268 ctttaagcttgatgatgatggagttctagatgtttattctaacctaaagggtgctaatcttttgccaaaagatgtggctgaag 18946186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 11 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 18934483 - 18933998
Alignment:
Q  11 caaaggaaaaagacattgaaaatgccgtgaacacaacggtttccaaacacggtaaactagacatcatgtttaacaacgcaggcataaccggtataaacaa 110  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  18934483 caaaggaagaagacattgaaaatgccgtgaacacaaccgttttcaagtacggtaaactagatatcatgtttaacaacgctggcataagcggtgtaaacaa 18934384  T
Q  111 aacaaacatacttgaaaacaaattatccgaatttcaagaagtgatagacattaacttggccggtgtatttctcggaacaaaacacgctgctagggtaatg 210  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||  |  | |||||| | ||||| ||||| |||||||| || ||  | |||||||||    
T  18934383 aacaaagatacttgaaaacaaattatctgaatttgaggatgtgattaaagtaaacttgactggtgtctttcttggaacaaagcatgcatcaagggtaatg 18934284  T
Q  211 atccccgttcgacgaggtagcataattaacacagctagtgtttgtggatgcataggtggtgtggcttcacatgcctacacaagttcaaagcacgccgttg 310  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18934283 atccccgctcgacggggtagcataattaacacagctagtgtttgtggaagcataggtggtgtcgctccacatgcctacacaagtgcaaagcacgccgttg 18934184  T
Q  311 tcgggctaatgaaaaacacggccatcgaacttggaccgtacggtattcgagtgaattgtgtgtcaccttatgttgtcggaactccgttggctaagaattt 410  Q
    | ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||| |     
T  18934183 ttgggctgatgagaaacacggccatcgagcttggacggtttggtattcgggtgaattgtgtgtcaccttatattgttgcaactccgttggttaagaaata 18934084  T
Q  411 ctttaagct---tgatgatgatggagttctagatgtttattctaacctaaagggtgctaatcttttgccaaaagatgtggctgaag 493  Q
     ||||||||   |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18934083 ttttaagctcgatgatgatgatgatgttttagatgtttattctaacctaaagggtgctaatcttgtgccaaaagatgtggctgaag 18933998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 11 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 18939167 - 18938685
Alignment:
Q  11 caaaggaaaaagacattgaaaatgccgtgaacacaacggtttccaaacacggtaaactagacatcatgtttaacaacgcaggcataaccggtataaacaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||   ||   ||||||    
T  18939167 caaaggaaaaagacattgaaaatgccgtgaacacaacgatttccatgtacggcaaactagacatcatgtttaacaatgccggcatagtgggagcaaacaa 18939068  T
Q  111 aacaaacatacttgaaaacaaattatccgaatttcaagaagtgatagacattaacttggccggtgtatttctcggaacaaaacacgctgctagggtaatg 210  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||| |||||| | ||||||||  |  |||||||||  ||||| ||||| |||||||| |||||  | |||||||||    
T  18939067 aacaaatatacttgaatacaagttatcagaatttgaggaagtgattaatgttaacttggttggtgtctttcttggaacaaagcacgcatcaagggtaatg 18938968  T
Q  211 atccccgttcgacgaggtagcataattaacacagctagtgtttgtggatgcataggtggtgtggcttcacatgcctacacaagttcaaagcacgccgttg 310  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||     
T  18938967 atccccgctcgacgaggtagcataattaacacagctagtgtttgtggaagcataggtggtatggcttcacatgcctacacaagttcaaagcatgctgttt 18938868  T
Q  311 tcgggctaatgaaaaacacggccatcgaacttggaccgtacggtattcgagtgaattgtgtgtcaccttatgttgtcggaactccgttggctaagaattt 410  Q
    | ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||  || ||| |||||||||| ||    
T  18938867 tggggctgatgagaaacacggcaatcgaacttggaccgttcagtattcgggtgaattgtgtttcaccttatattgtcgccacaccgatggctaagaactt 18938768  T
Q  411 ctttaagcttgatgatgatggagttctagatgtttattctaacctaaagggtgctaatcttttgccaaaagatgtggctgaag 493  Q
    ||| |||||||||||||| ||  ||||||   |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  18938767 cttaaagcttgatgatgaagggcttctagggctttattctaacctaaagggtactaatcttgtgcctaaagatgtggctgaag 18938685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 11 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 18929809 - 18929327
Alignment:
Q  11 caaaggaaaaagacattgaaaatgccgtgaacacaacggtttccaaacacggtaaactagacatcatgtttaacaacgcaggcataaccggtataaacaa 110  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  18929809 caaaggaagaagacattgaaaatgccgtgaacacaaccgttttcaagtacggtaaactagatatcatgtttaacaacgctggcataagcggtgtaaacaa 18929710  T
Q  111 aacaaacatacttgaaaacaaattatccgaatttcaagaagtgatagacattaacttggccggtgtatttctcggaacaaaacacgctgctagggtaatg 210  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||  |  | |||||| | || || ||||| ||||||||||| || || |||||||||    
T  18929709 aacaaagatacttgaaaacaaattatctgaatttgaggatgtgattaaagtaaacttgactggcgtctttcttggaacaaaacatgcagcaagggtaatg 18929610  T
Q  211 atccccgttcgacgaggtagcataattaacacagctagtgtttgtggatgcataggtggtgtggcttcacatgcctacacaagttcaaagcacgccgttg 310  Q
    ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18929609 atccctgctcgacggggtagcataattaacacagctagtgttggtggaagcattggtggttgtgctccacatgcctacacaagttcaaagcacgccgttg 18929510  T
Q  311 tcgggctaatgaaaaacacggccatcgaacttggaccgtacggtattcgagtgaattgtgtgtcaccttatgttgtcggaactccgttggctaagaattt 410  Q
    | ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| || | ||||||||| |||||||||||||| |||||| || | |  |||||| ||| ||  |||||    
T  18929509 ttgggctgatgagaaacacggctatcgagcttgggccattcggtattcgggtgaattgtgtgtcgccttattttcttgcgactccgatggttacaaattt 18929410  T
Q  411 ctttaagcttgatgatgatggagttctagatgtttattctaacctaaagggtgctaatcttttgccaaaagatgtggctgaag 493  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18929409 ctttaagcttgatgatggtggagctctagatattttttctaacctaaagggtactaatcttgtgccaaaagatgtggctgaag 18929327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 727 times since January 2019
Visitors: 4098