View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0641_low_4 (Length: 761)

Name: NF0641_low_4
Description: NF0641
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0641_low_4
NF0641_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-714)||(45402791-45403482)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 714
Target Start/End: Original strand, 45402791 - 45403482
Alignment:
Q  19 taaattatatttaatcgaacaaagagggataatataaaggttgagcttaattaattttattgtgagcttaagtttgtggtgctgtaaattaactttgtta 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45402791 taaattatatttaatcgaagaaagagtgataatataaaggttgagcttaa----ttttattgtgagcttaagtttgtggtgctgtaaattaactttgtta 45402886  T
Q  119 cattagattgtagtggtccagctatccaactcactatcttgatgaattattaataatagtaattagtgagaaggatttattagcacaccacttgtgtgcc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45402887 cattagattgtagtggtccagctatccaactcactatcttgatgaattattaataatagtaattagtgagaaggatttattagcacaccacttgtgtgcc 45402986  T
Q  219 tgcaaagtaaagagaaggaaacaagagatggatgggtagtcaggttttatggtaggtgactaaacaaccacctttgagctcacatgctttctttatgttg 318  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45402987 tgcgaagtaaagagaaggaaacaagagatggatgggtagtcaggttttatggtaggtgactaaacaaccacctttgagctcacatgctttctttatgttg 45403086  T
Q  319 tatgtagtattataaaatcaacctttctatctcttcatgtgtaataaaatcacttctagtacctatccccatttttcaacccctcattcatttcattgtc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45403087 tatgtagtattataaaatcaacctttctatctcttcatgtgtaataaaatcacttctagtacctatccccatttttcaacccctcattcatttcattgtc 45403186  T
Q  419 tttgatgcaaagataaatataaatagttaccccacaacacaagcatgtcacttttggaatttatacaatttaagtacatctctaggatgcaagatctgat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45403187 tttgatgcaaagataaatataaatagttaccccacaacacaagcatgtcacttttggaatttatacaatttaagtacatctctaggatgcaagatctgat 45403286  T
Q  519 caaagtgggtgaaaataacacaactgtatacactacacaaaatttgttagaatttattcctttagtatctaagagaagttccaagtagacatctcagtta 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45403287 caaagtgggtgaaaataacacaactgtatacactacacaaaatttgttagaatttattcctttagtatctaagagaagttccaagtagacatctcagtta 45403386  T
Q  619 gtttcacagttcaaacactgacaactaacattaccactaatagtcatgcacaaattatgaactaagtaccaatatcaatataacacacagaatccc 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45403387 gtttcacagttcaaacactgacaactaacattaccactaatagtcatgcacaaattatgaactaagtaccaatatcaatataacatacagaatccc 45403482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 532 times since January 2019
Visitors: 4087