View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0642_low_1 (Length: 602)

Name: NF0642_low_1
Description: NF0642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0642_low_1
NF0642_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (95-592)||(40672692-40673189)
chr5 (124-498)||(40683106-40683480)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 40673189 - 40672692
Alignment:
Q  95 cactcaaccaactaaccataaatggcaccgagaaaatgagtgcctcattgaacataacactctcagtctccgacccaaaccagtatctaagtgtctcata 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40673189 cactcaaccaactaaccataaatggcaccgagaaaatgagtgcctcattgaacataacactctcagtctccgacccaaaccagtatctaagtgtctcata 40673090  T
Q  195 ccaagaaacactcaatgctgatgtattttacagagatgaatatggcgatgtgactctcaagacatcaactcttcaacctttcaacggcagcatgattgag 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40673089 ccaagaaacactcaatgctgatgtattttacagagatgaatatggcgatgtgactctcaagacatcaactattcaacctttcaacggcagcatgattgag 40672990  T
Q  295 ctgaagctgaaagtagactcgtatgagccacttcacttggccgagagcattgttcgaaggcgccgtaaacatggaagggttgcattcgggctcaaagtgt 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40672989 ctgaagctgaaagtagactcgtatgagccacttcacttggccgagagcattgttcggaggcgccgtgaacatggaagggttgcattcgggctcaaagtgt 40672890  T
Q  395 tcacttccatcgggttcaagagttatatctttgtttccaatcggaaacatttgaagtatgtttgctacccactaagctttggaatttcgaaaaatgtcta 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40672889 tcacttccatcgggttcaagagttatatctttgtttccaatcggaaacatttgaagtatgtttgctacccactaagctttggaatttcgaaaaatgtcta 40672790  T
Q  495 caattcaaccccagctgctctacttcaaggtgtaacatgcactaacacttagtattattgatttacacttattagttactatattataggtatctgtg 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40672789 caattcaaccccagctgctctacttcaaggtgtaacatgcactaacacttagtattattgatttacacttattagttactatattataggtatctgtg 40672692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 124 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 40683480 - 40683106
Alignment:
Q  124 gagaaaatgagtgcctcattgaacataacactctcagtctccgacccaaaccagtatctaagtgtctcataccaagaaacactcaatgctgatgtatttt 223  Q
    ||||||||||| ||  ||| |||||| ||| ||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||    
T  40683480 gagaaaatgagcgctgcatggaacatcacagtctcattgtccaacccaaagcagtatctaagtgtctcataccaagatacactcgatgctgagatatttt 40683381  T
Q  224 acagagatgaatatggcg--at-gtgactctcaagacatcaactcttcaacctttcaacggcagcatgattgagctgaagctgaaagtagactcgtatga 320  Q
    |||  |||||||||||||  ||  | ||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  40683380 acatggatgaatatggcggcatcatcactctaaatacatcaactattcaacctttcaacggtagcatgattgagatgaagctgaaggtagactcgtgtga 40683281  T
Q  321 gccacttcacttggccgagagcattgttcgaaggcgccgtaaacatggaagggttgcattcgggctcaaagtgttcacttccatcgggttcaagagttat 420  Q
    |||   |||| || |  | | ||||  ||| || |||||  ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||  ||| ||||   ||    
T  40683280 gcc---tcacgtgactaacaacatttatcgtagccgccgagaacatggaagggttgaattcggtctcaaattgttcacttccatccagtttaagaaagat 40683184  T
Q  421 atctttgtttccaatcggaaacatttgaagtatgtttgctacccactaagctttggaatttcgaaaaatgtctacaat 498  Q
    |||||||  |||||  ||| |  |||||||  ||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  40683183 atctttgaatccaactggataactttgaaggttgtttgctacccacttagctttgttatttcgcaaaatgtctacaat 40683106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University