View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0645_high_4 (Length: 549)

Name: NF0645_high_4
Description: NF0645
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0645_high_4
NF0645_high_4
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (117-470)||(46490165-46490518)
chr7 (121-470)||(46520397-46520746)
chr7 (124-470)||(46478970-46479316)
chr7 (124-470)||(46524466-46524812)
chr7 (121-467)||(46326455-46326801)
chr7 (124-470)||(46532019-46532365)
chr7 (121-473)||(46494467-46494819)
chr7 (121-473)||(46322744-46323096)
chr7 (136-473)||(46516771-46517108)
chr7 (121-266)||(46464842-46464985)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (121-368)||(7475308-7475555)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (352-392)||(49833648-49833688)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 470
Target Start/End: Original strand, 46490165 - 46490518
Alignment:
117 cacgtaggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
46490165 cacgtaggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaacgccaagt 46490264  T
217 gagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggag 316  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
46490265 gagtcgatgagagcaacgatgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggag 46490364  T
317 caacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
46490365 caacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagaaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttc 46490464  T
417 tttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
46490465 tttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 46490518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 121 - 470
Target Start/End: Original strand, 46520397 - 46520746
Alignment:
121 taggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||    
46520397 taggctttgattctttcagggcgaaacatgcaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtgagt 46520496  T
221 cgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaac 320  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||    
46520497 cgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagcaac 46520596  T
321 agcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttcttta 420  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || ||||||||     
46520597 agcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttctttt 46520696  T
421 cctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 470  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
46520697 cctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 46520746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 124 - 470
Target Start/End: Original strand, 46478970 - 46479316
Alignment:
124 gctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcga 223  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||    
46478970 gctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtgagtcga 46479069  T
224 tgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagc 323  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
46479070 tgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagcaacagc 46479169  T
324 gcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacct 423  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||| |||    
46479170 acggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttcttttcct 46479269  T
424 ttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 470  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
46479270 ttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 46479316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 124 - 470
Target Start/End: Original strand, 46524466 - 46524812
Alignment:
124 gctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcga 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| || ||  | || |    
46524466 gctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacacttgatcaacacccagaaaatcta 46524565  T
224 tgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagc 323  Q
    | || ||||| |  ||||| || |  || ||   ||||||||||||||  || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
46524566 taagtgcaacaagatcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagccacggagatcgggagcaacagc 46524665  T
324 gcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacct 423  Q
     ||||| ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
46524666 acggtagccgagggagctgagagctacaatctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaacaggtccttctttacct 46524765  T
424 ttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 470  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
46524766 ttctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactcttctgtg 46524812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 121 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 46326801 - 46326455
Alignment:
121 taggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||| || ||| | || || |||||  |||    
46326801 taggctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatggcacccatatcatgaccaacaaggaaaacttgttccacaccaagcaagt 46326702  T
221 cgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaac 320  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||| |  || ||   ||||||||| |||||||| | |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
46326701 cgatgagagaaacaatgtcaccaactacgtgaaaacatgtgtagctgctaatggaagacggaacatctgtgtcaccatagccacggagatcgggagcaac 46326602  T
321 agcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttcttta 420  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||    
46326601 agcacggtaaccgagggatccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcaggaaagccgtgaaggaacaaaacaacaggtccttcttta 46326502  T
421 cctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttct 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
46326501 cctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactgttct 46326455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 124 - 470
Target Start/End: Original strand, 46532019 - 46532365
Alignment:
124 gctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcga 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  | || |    
46532019 gctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacaccaagcaaatcta 46532118  T
224 tgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagc 323  Q
    | || ||||| | |||||| || |  || ||    |||||||| || || || |  ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||    
46532119 taagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcggtgtcaccatagccacgcagatctggagcaacggc 46532218  T
324 gcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacct 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||    
46532219 gcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaacaggtccttcttttcct 46532318  T
424 ttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 470  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
46532319 ttttcagcaatatgcattttgattccattcacctccactgttctgtg 46532365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 121 - 473
Target Start/End: Original strand, 46494467 - 46494819
Alignment:
121 taggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagt 220  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||    
46494467 taggctttaactctctcagggcgaaacaagcaaagataccaaccaacgatggcaccccaatcatgagccacaaggaagacttgatcaaccccaagcgagt 46494566  T
221 cgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaac 320  Q
    ||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||  | |  ||    ||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||    
46494567 cgatgagcgcaacaatgtcaccaaccaagtggaagattgtataactgtttaccgaactggggacatcagtatcgccataaccacgaagatcgggagccac 46494666  T
321 agcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttcttta 420  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||     
46494667 agcccggtaaccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcagggaatccgtgaaggaacaggacaacaggtccttctttt 46494766  T
421 cctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtgctc 473  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
46494767 cctttttcagcaatatgcattttgattccattcacttccactgttctgtgctc 46494819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 121 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 46323096 - 46322744
Alignment:
121 taggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  | |    
46323096 taggctttgattctttcagggcgaaacatgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacacttgatcaacgccaagcaaat 46322997  T
221 cgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaac 320  Q
    | || || ||||| |  ||||| || |  || ||   ||||||||| || || || |  ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||    
46322996 ctataagtgcaaccagatcacctacaatgtgaaaacctgtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgtagatccggagctac 46322897  T
321 agcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttcttta 420  Q
     |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||    
46322896 ggcgcggtagccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcaggaaagccgtgaaggaacaaaacaacaggtccttcttta 46322797  T
421 cctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtgctc 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
46322796 cctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactcttctgtgctc 46322744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 136 - 473
Target Start/End: Original strand, 46516771 - 46517108
Alignment:
136 tcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacga 235  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| || || |||||||| || ||||||||||    
46516771 tcaggacgaaacaaacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaaggaaaacttggtccacacccagtgagtcaattagagcaacga 46516870  T
236 cgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgag 335  Q
      |||||||||||||| || ||||||||||||||||  || |  |||||||| ||||| || || |||| |||||||||||| || | |||||| || ||    
46516871 tatcaccaaccaaatgtaaaattgtgtagctactaactgaagtgggagcatcagtgtcaccgtagccacagagatctggagccacggtgcggtagccaag 46516970  T
336 ggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaata 435  Q
    |||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||  || |  ||||||||||| |||||||| || | |    
46516971 ggagctgagagcaacaatctggtggcgccatgagtaccagatttcaggaaaaccatgaaggaacaatactattggtccttcttttcctttctctgcgaca 46517070  T
436 tgcattttgatgccattcacttccactgttctgtgctc 473  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
46517071 tgcattttgattccattcacttccactgttctgtgctc 46517108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 266
Target Start/End: Original strand, 46464842 - 46464985
Alignment:
121 taggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagt 220  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||| ||| ||| | ||||| ||||||||||    
46464842 taggctttgactctttcaggacgaaacaaaca--gataccaaccagttaaggcaccccaatcatgagcaacaaaaaagacttgatcaaccccaagtgagt 46464939  T
221 cgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagct 266  Q
    | ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
46464940 ctatgagagcaacgatgtcaccaactaagtggaagattgtgtagct 46464985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 7e-35; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 7475555 - 7475308
Alignment:
121 taggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||  | |    
7475555 taggctttgattctttcagggcgaaacgtgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagccacaagaaacacttgatcaacaccaagaaaat 7475456  T
221 cgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaac 320  Q
    | || || ||||| | ||||||||||| ||| ||   ||||||||| || || || |  |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||    
7475455 ctataagtgcaacaaggtcaccaaccatatgaaaccctgtgtagctgcttattgaagatggagaatcggtgtcaccatagccacggagatcagtagccac 7475356  T
321 agcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatga 368  Q
      |  |||| ||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||    
7475355 gacatggtagccgagggagctgagagctataatctggtggcgccatga 7475308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 392
Target Start/End: Original strand, 49833648 - 49833688
Alignment:
352 atctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatg 392  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
49833648 atctggtggcgccatgaataccatagatcagggaagccatg 49833688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3267 times since January 2019
Visitors: 4030