View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0646_high_3 (Length: 601)

Name: NF0646_high_3
Description: NF0646
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0646_high_3
NF0646_high_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-573)||(42492005-42492555)
chr4 (56-573)||(52364631-52365132)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (16-573)||(9935623-9936171)
chr5 (60-562)||(6696157-6696651)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-573)||(39345315-39345859)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (168-312)||(21936339-21936483)
chr2 (356-557)||(21935843-21936034)
chr2 (304-336)||(21936048-21936080)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 573
Target Start/End: Original strand, 42492005 - 42492555
Alignment:
Q  16 aaataagcccaggaataaataattcccgggaacnnnnnnncacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42492005 aaataagctcaggaataaataattcccaggaacaaaaaaacacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact 42492104  T
Q  116 ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42492105 ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat 42492204  T
Q  216 cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataataga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42492205 cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcactagtgtataaataataga 42492304  T
Q  316 gtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnngttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgc 415  Q
    |||||||||||||||||||||                   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42492305 gtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaataa-------ttacgaataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgc 42492397  T
Q  416 ataaaaataataatgcagaaaggatcg-attgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  42492398 ataaaaataataatgcagaaaggatcgtattgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttcttt-gtagaattttcttatt 42492496  T
Q  515 ccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt 573  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42492497 ccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt 42492555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 56 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 52365132 - 52364631
Alignment:
Q  56 cacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaactttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaa 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52365132 cacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcctatgagatggggttgggaaaactttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaa 52365033  T
Q  156 cccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaata 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52365032 cccattattaccctttaatttcaccatcgtaacaaact--------gaaatgatgagaatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagtcaata 52364941  T
Q  256 aagtgattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataatagagtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnng 355  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       
T  52364940 aagtgattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcaccggtgtataaataatagagtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaaaa-------- 52364849  T
Q  356 ttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatc-gattgacatcatt 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52364848 ttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatcggattgacatcatt 52364749  T
Q  455 tacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttcccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttatta 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52364748 tacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgcttcttt-gtagaattttctttttccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttatta 52364650  T
Q  555 aacgggtaaaattggaatt 573  Q
    |||||||||||||||||||    
T  52364649 aacgggtaaaattggaatt 52364631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 9936171 - 9935623
Alignment:
Q  16 aaataagcccaggaataaataattcccgggaacnnnnnnncacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9936171 aaataagctcaggaataaataattcccaggaa-aaaaaaacacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact 9936073  T
Q  116 ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9936072 ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccatgattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat 9935973  T
Q  216 cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataataga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9935972 cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcactagtgtataaataataga 9935873  T
Q  316 gtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnngttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgc 415  Q
    |||||||||||||||||||||                   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9935872 gtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaaaa--------ttacgaataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgc 9935781  T
Q  416 ataaaaataataatgcagaaaggatcg-attgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  9935780 ataaaaataataatgcagaaaggatcgtattgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttcttt-gtagaattttcttatt 9935682  T
Q  515 ccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt 573  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9935681 ccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt 9935623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 562
Target Start/End: Original strand, 6696157 - 6696651
Alignment:
Q  60 catgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaactttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaaccca 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6696157 catgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaactttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaaccca 6696256  T
Q  160 ttattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagt 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6696257 ttattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagt 6696356  T
Q  260 gattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataatagagtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnngttac 359  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||    
T  6696357 gattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcactactgtataaataatagagtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaaaa--------ttac 6696448  T
Q  360 gtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatcg-attgacatcatttaca 458  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6696449 gaataagttgttttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatcgtattgacatcatttaca 6696548  T
Q  459 tgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttcccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacg 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6696549 tgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttcttt-gtagaattttcttattccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacg 6696647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 573
Target Start/End: Original strand, 39345315 - 39345859
Alignment:
Q  16 aaataagcccaggaataaataattcccgggaacnnnnnnncacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39345315 aaataagcccaggaataaataattcctaggaacaaaaaaacgcccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact 39345414  T
Q  116 ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||        ||||||||||||||    
T  39345415 ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaatccattattacccttttatttcaccatcgtaacaaact--------gaaatgatgaggat 39345506  T
Q  216 cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataataga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39345507 cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagtcaataaagtgattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcaccagtgtataaataataga 39345606  T
Q  316 gtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnngttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgc 415  Q
    |||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39345607 gtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaaaaaaa-----ttacgtataagttgctttattgtctacatggactagactccattttcgtaaagcatatgc 39345701  T
Q  416 ataaaaataataatgcagaaaggatc-gattgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttc 514  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||     
T  39345702 ataaaaataacaatgcagaaaggatcggattgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgcttcttt-gtagaattttcttttt 39345800  T
Q  515 ccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt 573  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39345801 ccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt 39345859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 168 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 21936483 - 21936339
Alignment:
Q  168 ctttaatttcaccatcgtaacata-ctaagatactgaaatgatgaggatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaa 266  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21936483 ctttaatttcaccatcgtaacataactaagatactgaaatgatgaggatcc-ttatattgttgaattatggttagttaatgagacaataaagtgattgaa 21936385  T
Q  267 aactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataat 312  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21936384 aactctctaatactaaatgcaattgcatcaccagtatataaataat 21936339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 356 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 21936034 - 21935843
Alignment:
Q  356 ttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatc-------gattgac 448  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  21936034 ttacgtttaagttgctttattgtctacatgaactacgctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatcggattcggattgac 21935935  T
Q  449 atcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttcccagttcatgtttaattagttggttttctatttc 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||              |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21935934 atcatttacatgtggttacttgctgattgatttc--tgaatgtttct--------------ttttccga-ttcatgtttaattagttggttttctatttc 21935852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 21936080 - 21936048
Alignment:
Q  304 ataaataatagagtacgtataagttcttgaccc 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21936080 ataaataatagagtacgtataagttcttgaccc 21936048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2921 times since January 2019
Visitors: 4018