View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0646_low_3 (Length: 602)
Name: NF0646_low_3
Description: NF0646
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0646_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 574
Target Start/End: Original strand, 42492005 - 42492555
Alignment:
| Q |
16 |
aaataagcccaggaataaataattcccgggaacnnnnnnncacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact |
115 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
42492005 |
aaataagctcaggaataaataattcccaggaacaaaaaaacacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact |
42492104 |
T |
|
| Q |
116 |
ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat |
215 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42492105 |
ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat |
42492204 |
T |
|
| Q |
216 |
cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataataga |
315 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |
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|
| T |
42492205 |
cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcactagtgtataaataataga |
42492304 |
T |
|
| Q |
316 |
gtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatg |
415 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42492305 |
gtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaataa--------ttacgaataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatg |
42492396 |
T |
|
| Q |
416 |
cataaaaataataatgcagaaaggatcg-attgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttctttt |
514 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |
|
|
| T |
42492397 |
cataaaaataataatgcagaaaggatcgtattgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttcttt-gtagaattttcttat |
42492495 |
T |
|
| Q |
515 |
cccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt |
574 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42492496 |
tccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt |
42492555 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 56 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 52365132 - 52364631
Alignment:
| Q |
56 |
cacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaactttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaa |
155 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52365132 |
cacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcctatgagatggggttgggaaaactttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaa |
52365033 |
T |
|
| Q |
156 |
cccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaata |
255 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
52365032 |
cccattattaccctttaatttcaccatcgtaacaaact--------gaaatgatgagaatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagtcaata |
52364941 |
T |
|
| Q |
256 |
aagtgattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataatagagtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnn |
355 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52364940 |
aagtgattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcaccggtgtataaataatagagtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaaaa-------- |
52364849 |
T |
|
| Q |
356 |
gttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatc-gattgacatcat |
454 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
52364848 |
-ttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatcggattgacatcat |
52364750 |
T |
|
| Q |
455 |
ttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttcccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttatt |
554 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52364749 |
ttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgcttcttt-gtagaattttctttttccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttatt |
52364651 |
T |
|
| Q |
555 |
aaacgggtaaaattggaatt |
574 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52364650 |
aaacgggtaaaattggaatt |
52364631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 9936171 - 9935623
Alignment:
| Q |
16 |
aaataagcccaggaataaataattcccgggaacnnnnnnncacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact |
115 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9936171 |
aaataagctcaggaataaataattcccaggaa-aaaaaaacacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact |
9936073 |
T |
|
| Q |
116 |
ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9936072 |
ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccatgattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat |
9935973 |
T |
|
| Q |
216 |
cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataataga |
315 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9935972 |
cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcactagtgtataaataataga |
9935873 |
T |
|
| Q |
316 |
gtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatg |
415 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9935872 |
gtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaaaa---------ttacgaataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatg |
9935782 |
T |
|
| Q |
416 |
cataaaaataataatgcagaaaggatcg-attgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttctttt |
514 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |
|
|
| T |
9935781 |
cataaaaataataatgcagaaaggatcgtattgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttcttt-gtagaattttcttat |
9935683 |
T |
|
| Q |
515 |
cccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt |
574 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9935682 |
tccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt |
9935623 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 563
Target Start/End: Original strand, 6696157 - 6696651
Alignment:
| Q |
60 |
catgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaactttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaaccca |
159 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6696157 |
catgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaactttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaaccca |
6696256 |
T |
|
| Q |
160 |
ttattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagt |
259 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6696257 |
ttattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagt |
6696356 |
T |
|
| Q |
260 |
gattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataatagagtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtta |
359 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
6696357 |
gattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcactactgtataaataatagagtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaaaa---------tta |
6696447 |
T |
|
| Q |
360 |
cgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatcg-attgacatcatttac |
458 |
Q |
| |
|
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
6696448 |
cgaataagttgttttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatcgtattgacatcatttac |
6696547 |
T |
|
| Q |
459 |
atgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttcccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaac |
558 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6696548 |
atgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttcttt-gtagaattttcttattccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaac |
6696646 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 574
Target Start/End: Original strand, 39345315 - 39345859
Alignment:
| Q |
16 |
aaataagcccaggaataaataattcccgggaacnnnnnnncacccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39345315 |
aaataagcccaggaataaataattcctaggaacaaaaaaacgcccatgtttacccacgttctcctcaattttattcccatgagatggggttgggaaaact |
39345414 |
T |
|
| Q |
116 |
ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaacccattattaccctttaatttcaccatcgtaacatactaagatactgaaatgatgaggat |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
39345415 |
ttattcccggtaaccataaacccatgagatgaaatgaaaatccattattacccttttatttcaccatcgtaacaaact--------gaaatgatgaggat |
39345506 |
T |
|
| Q |
216 |
cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaaaactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataataga |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39345507 |
cccttatattgttgaattaatgttagttaatgagtcaataaagtgattgaaaactctctaatactaaatgcaattgcatcaccagtgtataaataataga |
39345606 |
T |
|
| Q |
316 |
gtacgtataagttcttgacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatg |
415 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39345607 |
gtacgtataagttcttgacccaaaaaaaaaaaaaa------ttacgtataagttgctttattgtctacatggactagactccattttcgtaaagcatatg |
39345700 |
T |
|
| Q |
416 |
cataaaaataataatgcagaaaggatc-gattgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttctttt |
514 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
39345701 |
cataaaaataacaatgcagaaaggatcggattgacatcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgcttcttt-gtagaattttctttt |
39345799 |
T |
|
| Q |
515 |
cccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt |
574 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39345800 |
tccagttcatgtttaattagttggttttctatttcttattaaacgggtaaaattggaatt |
39345859 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 168 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 21936483 - 21936339
Alignment:
| Q |
168 |
ctttaatttcaccatcgtaacata-ctaagatactgaaatgatgaggatcccttatattgttgaattaatgttagttaatgagacaataaagtgattgaa |
266 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21936483 |
ctttaatttcaccatcgtaacataactaagatactgaaatgatgaggatcc-ttatattgttgaattatggttagttaatgagacaataaagtgattgaa |
21936385 |
T |
|
| Q |
267 |
aactgtctaatactaacagcaattgcatcaccagtgtataaataat |
312 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
21936384 |
aactctctaatactaaatgcaattgcatcaccagtatataaataat |
21936339 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 357 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 21936034 - 21935843
Alignment:
| Q |
357 |
ttacgtataagttgctttattgtctacatggactaggctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatc-------gattgac |
449 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
21936034 |
ttacgtttaagttgctttattgtctacatgaactacgctccattttcgtaaagcatatgcataaaaataataatgcagaaaggatcggattcggattgac |
21935935 |
T |
|
| Q |
450 |
atcatttacatgtggttacttgctgattgatttccttgaatgtttctttagtagaattttcttttcccagttcatgtttaattagttggttttctatttc |
549 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21935934 |
atcatttacatgtggttacttgctgattgatttc--tgaatgtttct--------------ttttccga-ttcatgtttaattagttggttttctatttc |
21935852 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 21936080 - 21936048
Alignment:
| Q |
304 |
ataaataatagagtacgtataagttcttgaccc |
336 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21936080 |
ataaataatagagtacgtataagttcttgaccc |
21936048 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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