View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0647_low_1 (Length: 741)

Name: NF0647_low_1
Description: NF0647
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0647_low_1
NF0647_low_1
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (134-703)||(6275330-6275899)
chr8 (449-717)||(6322506-6322774)
chr8 (453-713)||(6333077-6333337)
chr8 (134-333)||(6322197-6322396)
chr8 (451-698)||(7460563-7460810)
chr8 (451-703)||(6425181-6425433)
chr8 (449-698)||(6364362-6364611)
chr8 (132-313)||(6332779-6332960)
chr8 (423-704)||(6290371-6290652)
chr8 (556-705)||(6371300-6371449)
chr8 (550-698)||(6353590-6353738)
chr8 (142-287)||(6353181-6353326)
chr8 (134-331)||(6363969-6364168)
chr8 (558-694)||(6392094-6392230)
chr8 (556-686)||(6264927-6265057)
chr8 (196-320)||(6424909-6425033)
chr8 (199-320)||(6289818-6289939)
chr8 (216-320)||(7460153-7460257)
chr8 (216-281)||(7471729-7471794)
chr8 (558-694)||(6411258-6411394)
chr8 (559-689)||(6458262-6458392)
chr8 (565-689)||(6452175-6452299)
chr8 (235-288)||(6451892-6451945)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (619-697)||(9603035-9603113)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (565-694)||(42694397-42694526)
chr2 (565-689)||(42687136-42687260)
chr2 (203-320)||(42694042-42694159)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 134 - 703
Target Start/End: Original strand, 6275330 - 6275899
Alignment:
Q  134 acatcatcaaagctgttaaattctggcttattgaattgtaatgtaattgcagattgtaattgaggtatgacattttgagatactgatttgagtatgtaaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6275330 acatcatcaaagctgttaaattctggcttattgaattgtaatgtaattgcagattgtaattgaggtatgacattttgagatactgatttgagtatgtaaa 6275429  T
Q  234 caagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcgctccgtctctcacttttaggatctgcacaaatacaaaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6275430 caagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcgctccgtctctcacttttaggatctgcacaaatacaaaa 6275529  T
Q  334 atagcaaaatatgcattagcaagaggaatgtcttagaatcataaacaaatgaaaatttggatcaacatacttaagatataacatacataaagtgtttaaa 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6275530 atagcaaaatatgcattagcaagaggaatgtcttagaatcataaacaaatgaaaatttggatcaacatacttaagatataacatacataaagtgtttaaa 6275629  T
Q  434 tagaatataaaagcatataacctttcttagctggttttctgccggttctcccccttagagggtaaggcaaggtgttggatcctccaataacgggacgagc 533  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6275630 taaaatataaaagcatataacctttcttagctggtttcctgccggttctccctcttcgagggtaaggcaaggtgttggatcctccaataacgggacgagc 6275729  T
Q  534 caaccttgcgtacttatcaggatcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaa 633  Q
    ||| ||||| | ||| |||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||| ||   ||| || ||||  || ||||||||||||||||||    
T  6275730 caagcttgctttcttgtcaggatcacccacatcattgtagacatcgtagtcatagatcctttcccattctttacgctctcctgttccatctcctcttaaa 6275829  T
Q  634 gtcttcaattcttcttgtctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtctatattt 703  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6275830 gtgttcaactcttcttgtctatagtagactaatggaggtggtgtttcacttggaagatatgtctatattt 6275899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 449 - 717
Target Start/End: Original strand, 6322506 - 6322774
Alignment:
Q  449 tataacctttcttagctggttttctgccggttctcccccttagagggtaaggcaaggtgttggatcctccaataacgggacgagccaaccttgcgtactt 548  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  6322506 tataaccttttttagctggtttcctgccggttctgccccttcgagggtaaggcaaggtgtcggatcctccaataacgggacgagccaagtgtgcgtactt 6322605  T
Q  549 atcaggatcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttct 648  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6322606 gtcaggatcacccaagtcattgtaaacatcgtagtcatagattctatcgtgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttct 6322705  T
Q  649 tgtctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtctatatttttatatatttgatg 717  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6322706 tctctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtctatatttttatttatttgatg 6322774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 453 - 713
Target Start/End: Original strand, 6333077 - 6333337
Alignment:
Q  453 acctttcttagctggttttctgccggttctcccccttagagggtaaggcaaggtgttggatcctccaataacgggacgagccaaccttgcgtacttatca 552  Q
    |||||| |||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | | ||| |||    
T  6333077 accttttttagcatgtttcctgccggttctcccccttcgagggtaaggcaagttattggatcctccaacaacgggacgagccaagctttctttcttgtca 6333176  T
Q  553 ggatcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtc 652  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6333177 ggatcacccaagtcattgtaaacatcgtagtcatagatcctatccgattctttgcgctcacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtc 6333276  T
Q  653 tatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtctatatttttatatattt 713  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  6333277 tgtagtagactaatggagctggtgtttcgcttggaaggtacgtctatatttatatttattt 6333337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 134 - 333
Target Start/End: Original strand, 6322197 - 6322396
Alignment:
Q  134 acatcatcaaagctgttaaattctggcttattgaattgtaatgtaattgcagattgtaattgaggtatgacattttgagatactgatttgagtatgtaaa 233  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||    
T  6322197 acatcatcaaagctattaaattctggcttattgagttgtaatgtaattgcagattgtaattgaggtatgaaactttgagaagctgatttgagtatgtaaa 6322296  T
Q  234 caagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcgctccgtctctcacttttaggatctgcacaaatacaaaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| | | |||  |||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  6322297 caagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgcttcatctcttggaacgtaaacaaagtcgtcccgtctctcacttttaggatctgttcacatacaaaa 6322396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 451 - 698
Target Start/End: Original strand, 7460563 - 7460810
Alignment:
Q  451 taacctttcttagctggttttctgccggttctcccccttagagggtaaggcaaggtgttggatcctccaataacgggacgagccaaccttgcgtacttat 550  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    | |||||||  ||| ||||||||||| || || | ||  |    
T  7460563 taaccttttttagatggttttctgccggttcttccccttcgagggtaaggcaagtttccaggtcctccagcaacaggacgagccaagctagctttctggt 7460662  T
Q  551 caggatcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttg 650  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||   |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7460663 cgggatcacccaagtcattgtagacatcataatcatatattctgtcccattccttgcgctctcccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttg 7460762  T
Q  651 tctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtcta 698  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7460763 tctgtagtacactaatggagctggtgttgcacttggaaggtatgtcta 7460810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 451 - 703
Target Start/End: Original strand, 6425181 - 6425433
Alignment:
Q  451 taacctttcttagctggttttctgccggttctcccccttagagggtaaggcaaggtgttggatcctccaataacgggacgagccaaccttgcgtacttat 550  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||| ||||  | |  | |   |    
T  6425181 taaccttttttagctggttttctgcctgttctcccccttcgagggtaaggcaaggtgctcgatcctccaagaactggacgacccaaggtaggtttcgagt 6425280  T
Q  551 caggatcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttg 650  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||   |||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6425281 caggctcacccaaatcattgtagacatcgtaatcatagatcctttcccattccttgcgctctccttttccatctcctcttaaagtcttcaactcttcttg 6425380  T
Q  651 tctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtctatattt 703  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6425381 tctatagtacaccaatggagccggtgtttcacttggaaggtatgtctacattt 6425433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 449 - 698
Target Start/End: Original strand, 6364362 - 6364611
Alignment:
Q  449 tataacctttcttagctggttttctgccggttctcccccttagagggtaaggcaaggtgttggatcctccaataacgggacgagccaaccttgcgtactt 548  Q
    ||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||| | |||| | |||||||||| ||| ||||||||||| || |||| |||    
T  6364362 tataacctttacgagctgctttcctgccggttctccctcttcgagggtaagggagggtgctagatcctccaacaacaggacgagccaaactagcgttctt 6364461  T
Q  549 atcaggatcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttct 648  Q
     ||   ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||   |||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6364462 gtccacatcacccaaatcattgtagacatcataatcatatattctttcccattccttacgctctccagttccatctcctcttaaagtcttcaattcttct 6364561  T
Q  649 tgtctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtcta 698  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6364562 tgtctgtagtagactaaaggagctggtgtttcacttggaaggtatgtcta 6364611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 132 - 313
Target Start/End: Original strand, 6332779 - 6332960
Alignment:
Q  132 ggacatcatcaaagctgttaaattctggcttattgaattgtaatgtaattgcagattgtaattgaggtatgacattttgagatactgatttgagtatgta 231  Q
    ||||||| |||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  6332779 ggacatcttcaaaagtgttaaactctggctgattgaattgtaatgtaagtgcagatcgtaattgaggtataacattttgagatgctgatttcagtatata 6332878  T
Q  232 aacaagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcgctccgtctctcactttta 313  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| | | |||||||| ||||||||||||    
T  6332879 aacaagaaagtctgaagacttcaagtggccaaatgattcatctcttggaatgtaaacaaagtcgctccgactctcactttta 6332960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 423 - 704
Target Start/End: Original strand, 6290371 - 6290652
Alignment:
Q  423 aagtgtttaaatagaatataaaagcatataacctttcttagctggttttctgccggttctcccccttagagggtaaggcaaggtgttggatcctccaata 522  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||| ||  || | ||||| |||| |    
T  6290371 aagtgtttaaaaagagtataaaagtttataacctttcttagctggttccctgccggttcttccccttcgagggtaagggaaattgctcgatcccccaaga 6290470  T
Q  523 acgggacgagccaaccttgcgtacttatcaggatcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccat 622  Q
    |   |||| |||||    |  | |   ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || || ||   |||||||||||  || |||||||    
T  6290471 atttgacgcgccaattgaggtttcgagtcaggctcacctaaatcattgtagacatcgtaatcatatattctttcccattccttgcgctctcctgttccat 6290570  T
Q  623 ctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtctatatttt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6290571 ctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatagtacactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtctatatttt 6290652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 556 - 705
Target Start/End: Original strand, 6371300 - 6371449
Alignment:
Q  556 tcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctat 655  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  6371300 tcacccaaatcattgtagacatcgtagtcatagatcctatcccattctttgcgctcacccgttccatctcctcttaaagtcttcaactcttcttgtctgt 6371399  T
Q  656 agtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtctatattttt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  6371400 agtagactaatggagctggtgtttcacttagaaggtatgtctacattttt 6371449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 550 - 698
Target Start/End: Original strand, 6353590 - 6353738
Alignment:
Q  550 tcaggatcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttctt 649  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||   |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6353590 tcaggctcacccaaatcattgtagacatcgtaatcatatattctttcccattccttgcgctctccagttccatctcctcttaaagtcttcaattcttctt 6353689  T
Q  650 gtctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtcta 698  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6353690 gtctgtagtacactaatggagccggtgtttcacttggaaggtatgtcta 6353738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 142 - 287
Target Start/End: Original strand, 6353181 - 6353326
Alignment:
Q  142 aaagctgttaaattctggcttattgaattgtaatgtaattgcagattgtaattgaggtatgacattttgagatactgatttgagtatgtaaacaagaaaa 241  Q
    |||| ||||||| || || ||||||| ||||||||||| | |||||   | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  6353181 aaaggtgttaaactcagggttattgagttgtaatgtaactacagatctcagttgaggtatgacattttgagatgctgatttgagtatgtaaacaagaaag 6353280  T
Q  242 tctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaa 287  Q
    ||||| |||||   ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  6353281 tctgatgactttgtgtgtccaaaagattcatctcttggaaggtaaa 6353326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 134 - 331
Target Start/End: Original strand, 6363969 - 6364168
Alignment:
Q  134 acatcatcaaagctgttaaattctggcttattgaattgtaatgtaattgcagattgtaattgaggtatgacattttgagatactgatttgagtatgtaaa 233  Q
    ||||| |||||| ||||||| || |||| || |||||||||||||| |  ||||  |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||    
T  6363969 acatcttcaaaggtgttaaactcaggctcatggaattgtaatgtaactatagatcttaatcgaggtatgacattttgagatgcagatttgagtatgtgaa 6364068  T
Q  234 caagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcgctccgtctctcacttttaggatctg--cacaaatacaa 331  Q
    ||||||| ||||| |||||   ||| |||||||||||||||||||| || |||| |   || || || |||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  6364069 caagaaagtctgatgactttgtgtgtccaaatgattcatctcttgggaggtaaacagtgtcacttcgactctcactcttaggatctgttcacaaatacaa 6364168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 558 - 694
Target Start/End: Original strand, 6392094 - 6392230
Alignment:
Q  558 acccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatag 657  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||   |||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  6392094 acccaaatcattgtagacatcataatcatatattctgtcccattccttacgctctccagttccatctcctcttaaagtattcaattcttcttgtctgtag 6392193  T
Q  658 tagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatg 694  Q
    || | |||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6392194 tacagtaatggagctggtgtttcccttagaaggtatg 6392230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 556 - 686
Target Start/End: Original strand, 6264927 - 6265057
Alignment:
Q  556 tcacccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctat 655  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  || ||   ||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  6264927 tcacccaaatcattgtaaacatcataatcataaactctgtcccattctttgcgctcccccgttccatctcctcttaaagtcttcaactctaattgtctat 6265026  T
Q  656 agtagactaatggagctggtgtttcacttgg 686  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  6265027 agtagacaagtggagcaggtgtttcacttgg 6265057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 196 - 320
Target Start/End: Original strand, 6424909 - 6425033
Alignment:
Q  196 aggtatgacattttgagatactgatttgagtatgtaaacaagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcg 295  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||   ||| |||||||  |||||||||||||| |||| |    ||    
T  6424909 aggtatgatattttgagatgctgatttgagtatgaaagcaagaaagtctgaagactttgtgtgtccaaatgcctcatctcttggaaggtaaacagtgccg 6425008  T
Q  296 ctccgtctctcacttttaggatctg 320  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||    
T  6425009 ctccgactctcactcttaggatctg 6425033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 199 - 320
Target Start/End: Original strand, 6289818 - 6289939
Alignment:
Q  199 tatgacattttgagatactgatttgagtatgtaaacaagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcgctc 298  Q
    ||||| || ||||||| ||||||| |||| || | ||||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||  |||| | |  || ||    
T  6289818 tatgaaatcttgagatgctgatttcagtaggttatcaagaaattctgaagacttcttgtgatcaaatgattcatctcttggaatgtaaacaaagccgttc 6289917  T
Q  299 cgtctctcacttttaggatctg 320  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  6289918 cgactctcacttttaggatctg 6289939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 216 - 320
Target Start/End: Original strand, 7460153 - 7460257
Alignment:
Q  216 ctgatttgagtatgtaaacaagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcgctccgtctctcacttttagg 315  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||   || || || |||||||| |||||    
T  7460153 ctgatttgagtacataaccaagaaagtcagatgacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaacgtaaatagcgtcacttcgactctcactcttagg 7460252  T
Q  316 atctg 320  Q
    |||||    
T  7460253 atctg 7460257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 281
Target Start/End: Original strand, 7471729 - 7471794
Alignment:
Q  216 ctgatttgagtatgtaaacaagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaa 281  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7471729 ctgatttgagtacataaccaagaaagtcagatgacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaa 7471794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 558 - 694
Target Start/End: Original strand, 6411258 - 6411394
Alignment:
Q  558 acccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatag 657  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||   | |||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||    
T  6411258 acccaaatcattgtagacatcataatcatatattctgtcccataccttacgctctccagttccatctcctcttaaagtcttcaattcttctttgatgtag 6411357  T
Q  658 tagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatg 694  Q
    || ||||||||   ||||| || ||||||||||||||    
T  6411358 tacactaatggttgtggtgcttgacttggaaggtatg 6411394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 559 - 689
Target Start/End: Original strand, 6458262 - 6458392
Alignment:
Q  559 cccaagtcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatagt 658  Q
    ||||| ||||| |||| |||||| ||||| |  |||||   ||| |||||||  || |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| |    
T  6458262 cccaaatcattataaatatcataatcataaactctatccgcttctttgcgctctccagttccatctcctcttagagtctgcaactcttcttctctataat 6458361  T
Q  659 agactaatggagctggtgtttcacttggaag 689  Q
        ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6458362 gatttaatggagctggtgtttgacttggaag 6458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 565 - 689
Target Start/End: Original strand, 6452175 - 6452299
Alignment:
Q  565 tcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatagtagacta 664  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||||||   ||| ||||| |  || |||||||||||||||| | ||| ||| ||||||| |||| |||    ||    
T  6452175 tcattataaacatcataatcgtatatcctatcccattctttgcgttctccggttccatctcctcttagattctgcaactcttcttctctaaagtgattta 6452274  T
Q  665 atggagctggtgtttcacttggaag 689  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  6452275 atggagctggtgtttgacttggaag 6452299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 235 - 288
Target Start/End: Original strand, 6451892 - 6451945
Alignment:
Q  235 aagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaat 288  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  6451892 aagaaagtctgatgacttcaagtgaccaaaattttcatctcttggaacataaat 6451945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 51; Significance: 8e-20; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 619 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 9603113 - 9603035
Alignment:
Q  619 ccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatagtagactaatggagctggtgtttcacttggaaggtatgtct 697  Q
    ||||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9603113 ccatctcctcttagattttgcaattcttcttgtctgtagtagactaatggagctggtgtttgacttggaagatatgtct 9603035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 565 - 694
Target Start/End: Original strand, 42694397 - 42694526
Alignment:
Q  565 tcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatagtagacta 664  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || ||   ||| ||||| |  || |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| | |||||    
T  42694397 tcattgtagacatcataatcatagattctttcccattctttgcgttctcctgttccatctcctcttaaattgttcaattcttcttctctataatggacta 42694496  T
Q  665 atggagctggtgtttcacttggaaggtatg 694  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  42694497 atggagccggtgtttcactaggaagatatg 42694526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 565 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 42687260 - 42687136
Alignment:
Q  565 tcattgtaaacatcatagtcatagatcctatcatgttccttgcgctgacccgttccatctcctcttaaagtcttcaattcttcttgtctatagtagacta 664  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||| ||||||  ||||||||  || ||||||||||| |||||| | | ||||||||||| |||||| | |||||    
T  42687260 tcattgtagacatcgtaatcgtagatcctttcatgtaacttgcgctctcctgttccatctccccttaaattttgcaattcttcttctctatacttgacta 42687161  T
Q  665 atggagctggtgtttcacttggaag 689  Q
     ||||| ||||||||||||||||||    
T  42687160 gtggagatggtgtttcacttggaag 42687136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 203 - 320
Target Start/End: Original strand, 42694042 - 42694159
Alignment:
Q  203 acattttgagatactgatttgagtatgtaaacaagaaaatctgaagacttcaagtgaccaaatgattcatctcttggaagataaatatactcgctccgtc 302  Q
    |||||||||||||||| ||| |||   |||  |||||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||||| | | | || ||||  |    
T  42694042 acattttgagatactgctttcagtccataagtaagaaaatctgatgatttcaagtgaccaaaagcttcatctcttggaagatacacaaaatcactcctac 42694141  T
Q  303 tctcacttttaggatctg 320  Q
    ||||||||||||||||||    
T  42694142 tctcacttttaggatctg 42694159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University