View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0647_low_31 (Length: 289)

Name: NF0647_low_31
Description: NF0647
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0647_low_31
NF0647_low_31
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (67-231)||(38010611-38010775)
chr5 (67-231)||(29989972-29990136)
chr5 (67-231)||(13015391-13015555)
chr5 (67-231)||(13478042-13478206)
chr5 (67-232)||(13421006-13421171)
chr5 (67-231)||(13086763-13086927)
chr5 (77-225)||(10292893-10293039)
chr5 (67-231)||(1826269-1826432)
chr5 (67-231)||(33858536-33858699)
chr5 (67-232)||(11607531-11607695)
chr5 (67-230)||(19357261-19357422)
chr5 (73-232)||(33271630-33271788)
chr5 (115-184)||(37881199-37881268)
chr5 (187-229)||(42331069-42331111)
chr5 (69-175)||(39570097-39570202)
chr5 (118-163)||(9827849-9827894)
chr5 (198-233)||(4408370-4408405)
chr5 (118-165)||(42148207-42148253)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (67-231)||(47186185-47186349)
chr3 (67-226)||(31187072-31187231)
chr3 (67-231)||(42664683-42664847)
chr3 (67-231)||(34029288-34029452)
chr3 (67-231)||(44380264-44380427)
chr3 (67-229)||(33509690-33509851)
chr3 (67-179)||(47426360-47426471)
chr3 (67-165)||(50934510-50934608)
chr3 (70-231)||(37742738-37742898)
chr3 (115-231)||(6023004-6023127)
chr3 (118-227)||(35094609-35094717)
chr3 (67-105)||(21963078-21963116)
chr3 (77-108)||(43689423-43689454)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (67-232)||(52012788-52012953)
chr4 (67-231)||(9799360-9799524)
chr4 (67-200)||(47943168-47943302)
chr4 (67-215)||(21260804-21260951)
chr4 (142-231)||(46720200-46720290)
chr4 (67-231)||(12473714-12473877)
chr4 (67-231)||(12528123-12528286)
chr4 (67-231)||(22343347-22343510)
chr4 (67-183)||(33249420-33249535)
chr4 (67-225)||(35869575-35869732)
chr4 (80-150)||(46719953-46720023)
chr4 (75-229)||(52910050-52910202)
chr4 (70-143)||(34829168-34829241)
chr4 (67-134)||(55590492-55590559)
chr4 (109-154)||(49999662-49999707)
chr4 (118-231)||(51811975-51812087)
chr4 (156-231)||(1796648-1796723)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (67-229)||(8809639-8809801)
chr1 (67-231)||(35998262-35998426)
chr1 (67-227)||(32676146-32676305)
chr1 (67-229)||(29119324-29119485)
chr1 (69-231)||(35534418-35534576)
chr1 (67-231)||(2569047-2569209)
chr1 (67-154)||(6223061-6223148)
chr1 (98-150)||(8555470-8555522)
chr1 (129-231)||(46435463-46435564)
chr1 (70-206)||(8462141-8462276)
chr1 (168-212)||(17431710-17431754)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (67-231)||(34245577-34245741)
chr6 (67-224)||(11113566-11113718)
chr6 (67-231)||(1211842-1212005)
chr6 (118-231)||(5403874-5403986)
chr6 (189-229)||(17330515-17330555)
chr6 (86-232)||(32644835-32644978)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (76-216)||(10163501-10163641)
chr2 (126-230)||(3668008-3668112)
chr2 (67-230)||(34392080-34392242)
chr2 (118-231)||(23863801-23863913)
chr2 (118-231)||(41095784-41095896)
chr2 (67-174)||(14565908-14566014)
chr2 (69-231)||(37357915-37358080)
chr2 (121-231)||(4779649-4779758)
chr2 (67-153)||(21603969-21604055)
chr2 (67-231)||(4775644-4775808)
chr2 (67-171)||(7381702-7381804)
chr2 (121-231)||(25275620-25275728)
chr2 (201-233)||(9207278-9207310)
chr2 (69-98)||(3668346-3668375)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (67-205)||(1514813-1514951)
chr8 (67-225)||(41179567-41179724)
chr8 (67-231)||(18168395-18168559)
chr8 (67-231)||(18631952-18632116)
chr8 (118-231)||(24337828-24337940)
chr8 (67-183)||(4708353-4708468)
chr8 (67-210)||(32825854-32825996)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (67-231)||(35341546-35341709)
chr7 (121-232)||(48072451-48072561)
chr7 (67-231)||(48250164-48250329)
chr7 (121-231)||(32694568-32694677)
chr7 (67-150)||(31306951-31307035)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (67-233)||(34204-34367)
[»] scaffold0229 (1 HSPs)
scaffold0229 (67-231)||(13003-13167)
[»] scaffold0263 (1 HSPs)
scaffold0263 (118-159)||(23168-23209)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 141; Significance: 6e-74; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 38010775 - 38010611
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010775 accattaaggtaccaatgttatataacattggccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 38010676  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010675 gtgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 38010611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 29989972 - 29990136
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  29989972 accattaaggtatcaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatgttttatttgatatatgttttttaaagt 29990071  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29990072 gtgtgccacatgtcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 29990136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 13015391 - 13015555
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  13015391 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatattttatttgatatatattttttaaagt 13015490  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  13015491 atgtgccacatgtcacatcttaattggctaatgttatataacataatgatacgcaagtggtatcc 13015555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13478206 - 13478042
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13478206 accattaaggaaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccattgttactttataaatattttatttgatatatgttttttaaagt 13478107  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  13478106 gtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatcgtacacatgtgctatcc 13478042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 67 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 13421171 - 13421006
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||| | | ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  13421171 accattaaggtatcaatgttatataacattgatcaataagagtgtatcaaatatcaatgttactttataaatgctttatttaatatatgttttttaaagt 13421072  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 232  Q
     | ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13421071 gtatgccacatgacacaccttacttgactaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 13421006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 13086763 - 13086927
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  13086763 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttattttataaatattttatttgatatgtattttttaaagt 13086862  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||    
T  13086863 gtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatgataagcaagtggtatcc 13086927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 77 - 225
Target Start/End: Original strand, 10292893 - 10293039
Alignment:
Q  77 taccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccaca 176  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  || ||| ||||||| ||| ||| |  |||||||||||| |  |||||||||  ||||||||     
T  10292893 taccaatgttatataacattggccaataagaatgtgccacgtactaatgttattttgtaagtgttttatttgatattt--tttttaaagggtgtgccacg 10292990  T
Q  177 tggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtg 225  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10292991 tggcacaccttaattggccaatgttatataacattatggtacacaagtg 10293039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 1826269 - 1826432
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| |||||  |||| | | ||||| || ||||||| ||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  1826269 accattaaagtaccaatggtatataccattggtcaattagagtgtgtcacctaccaatattactttgtagatgctttatttgatatat-ttttttaaagt 1826367  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    |||||||||||||||||  |||||||   |||| |||||| ||| ||| |||||||||| |||||    
T  1826368 atgtgccacatggcacattttaattgaacaatgatatatatcattatgatacacaagtgatatcc 1826432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 33858699 - 33858536
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| | | ||||  || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||     
T  33858699 accattaaggtaccaatagtatatatcattgaccaattatagtgtgccacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata-cttttttaaagg 33858601  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||||||| || ||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  33858600 gtgtgccacgtgacacattctaattgggcaatggtatataccattatggtacacaagtgctatcc 33858536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 11607695 - 11607531
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | | ||||  || ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||     
T  11607695 accattaaggtaccaatggtatataccattgaccaattatagtgtgccacctaccaatattactttataaatgttttatttgatata-cttttttaaagg 11607597  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 232  Q
     ||||||||  | ||||   |||||||  |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  11607596 gtgtgccacgggccacattctaattggacaatggtatatatcattatggtacacaagtgctatcca 11607531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19357422 - 19357261
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||  || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||     
T  19357422 accattagggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctaccaatattactttataaatgctttatttgatata--ttttttaaagg 19357325  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatc 230  Q
    |||| |||| || ||||   |||||||  |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  19357324 atgtcccacgtgacacattctaattggacaatgatatataccattatggtacacaagtgctatc 19357261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 73 - 232
Target Start/End: Original strand, 33271630 - 33271788
Alignment:
Q  73 aaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgc 172  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||| |  || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||    
T  33271630 aaggtaccaatgatatatatcattggccaattagagtgtgtcatctatcaatgttacttgataaatgctttatttgatatat-ttttttaaaggatgcgc 33271728  T
Q  173 cacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 232  Q
    ||| |||||||   |||||||  |||  |||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  33271729 cacgtggcacattctaattgggcaatagtatataccattatggtacataagtgctatcca 33271788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 115 - 184
Target Start/End: Original strand, 37881199 - 37881268
Alignment:
Q  115 acataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacac 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||    
T  37881199 acataccaatgttactttataaatattttatttgatatatgtttttcaaaatgtgtgccacatggtacac 37881268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 42331111 - 42331069
Alignment:
Q  187 taattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42331111 taattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 42331069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 69 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 39570202 - 39570097
Alignment:
Q  69 cattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtat 168  Q
    |||||| ||| ||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||  |    
T  39570202 cattaaagtatcaatggtatataccattggccaattagagtgtgtcacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata-cttttttaaagggt 39570104  T
Q  169 gtgccac 175  Q
    |||||||    
T  39570103 gtgccac 39570097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 163
Target Start/End: Original strand, 9827849 - 9827894
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaa 163  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9827849 taccaatattactttataaatattttatttgatatatcttttttaa 9827894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 198 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4408405 - 4408370
Alignment:
Q  198 tgttatataacataatggtacacaagtgctatccat 233  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4408405 tgttatataacataatggcacacaagtgctatccat 4408370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 118 - 165
Target Start/End: Original strand, 42148207 - 42148253
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaag 165  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  42148207 taccaatgttactttataaatgttttatttgatatat-ttttttaaag 42148253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 141; Significance: 6e-74; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 47186185 - 47186349
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47186185 accattaaggtaccaatgttatataacattggccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 47186284  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47186285 gtgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 47186349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 67 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 31187231 - 31187072
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  31187231 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatgttttatttgatatatattttttaaagt 31187132  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgc 226  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31187131 gtgtgccacatgtcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgc 31187072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 42664683 - 42664847
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  42664683 accattaaggtaccaaagttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttattttataaatgttttatttgatatatgttttttaaagt 42664782  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42664783 gtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 42664847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34029452 - 34029288
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  34029452 accattaaggtaccaatgttatataacattgatcaataagagtgtgccacatactaatgttactttataaatgttttatttgatatatgttttttaaagt 34029353  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34029352 gtgtgtcacatatcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 34029288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 44380264 - 44380427
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| | | ||||| || || |||| ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||     
T  44380264 accattaaggtaccaatggtatatactattgaccaattatagtgtgtcacctatcaatattactttataaatgctttatttgatata-cttttttaaagg 44380362  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||||||| || ||||   |||||||  |||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  44380363 gtgtgccacgtgacacattctaattggacaatggtatataccattatggtacacaagtgttatcc 44380427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 67 - 229
Target Start/End: Original strand, 33509690 - 33509851
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||| | | ||||  || ||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||     
T  33509690 accattaaggtactaatagtatatatcattgaccaattagagtgtgccacctaccaatattactttatagatgctttatttgatgtat-ttttttaaagg 33509788  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 229  Q
    |||||||||||||||||   ||||| |  |||| |||||| ||| || |||||||||||||||    
T  33509789 atgtgccacatggcacattctaattagacaatgatatataccattattgtacacaagtgctat 33509851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 179
Target Start/End: Original strand, 47426360 - 47426471
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||| | | ||||| || || ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||     
T  47426360 accattaaggtaccaatagtatataccattggccaattagagtgtgtcacctatcaatgttactttatagatgctttatttgatatat-ttttttaaagg 47426458  T
Q  167 atgtgccacatgg 179  Q
     ||||||||||||    
T  47426459 gtgtgccacatgg 47426471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 165
Target Start/End: Original strand, 50934510 - 50934608
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaag 165  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||  || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||    
T  50934510 accattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacttaccaatgttactttataaatgcattatttgatatattttatttaaag 50934608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 70 - 231
Target Start/End: Original strand, 37742738 - 37742898
Alignment:
Q  70 attaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatg 169  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||  |||| | | | ||  || |||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  37742738 attaaggtaccaatggtatatatcattggtcaattagagtatgccacctaccaatgttacattaccaatgctttatttgatatat-ttttttaaagagtg 37742836  T
Q  170 tgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    |||||| |||||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  37742837 tgccacgtggcacattataattgggcaatggtatataccattatgttacacaagtgctatcc 37742898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 115 - 231
Target Start/End: Original strand, 6023004 - 6023127
Alignment:
Q  115 acataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgc-------cacatggcacaccttaattggctaatgttatataa 207  Q
    |||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||       ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  6023004 acatactaatgttattttgtaagtactttatttgatatatattttttaaagggtgtgccacgtggcacgtggcacaccttaattggccaatattatataa 6023103  T
Q  208 cataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     || ||||||||||| || |||||    
T  6023104 tattatggtacacaaatgatatcc 6023127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 118 - 227
Target Start/End: Original strand, 35094609 - 35094717
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggta 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| || ||||   |||||||  |||| || ||| ||| ||||||    
T  35094609 taccaatgttactttataaatattttatttgatatat-ttttttaaaggatgtgtcacgtgacacattctaattggacaatgatacataccattatggta 35094707  T
Q  218 cacaagtgct 227  Q
    ||||| ||||    
T  35094708 cacaaatgct 35094717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 21963116 - 21963078
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataa 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21963116 accattaaggtatcaatgttatataacattgaccaataa 21963078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 77 - 108
Target Start/End: Original strand, 43689423 - 43689454
Alignment:
Q  77 taccaatgttatataacattgaccaataaaaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43689423 taccaatgttatataacattgaccaataaaaa 43689454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 9e-70; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 67 - 232
Target Start/End: Original strand, 52012788 - 52012953
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  52012788 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaagtgtgccacataccaatgttactttataaatgttttatttgatatatgttttttaaagt 52012887  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 232  Q
     ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52012888 gtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 52012953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 9799524 - 9799360
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  9799524 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaacaagaatgtgccacataccaatgttactttataaatgttttatttaatatatgttttttaaagt 9799425  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9799424 gtgtgtcacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 9799360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 67 - 200
Target Start/End: Original strand, 47943168 - 47943302
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacatt-gaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaag 165  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  47943168 accattaaaataccaatgttatataatatttgaccaataaaaatgtgccacataccaatattattttataaatattttatttgatatatgttttttaaaa 47943267  T
Q  166 tatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgt 200  Q
    | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  47943268 tgtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgt 47943302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 67 - 215
Target Start/End: Original strand, 21260804 - 21260951
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||     
T  21260804 accattaaggtaccaatgatatatatcattggccaattagagtgtgtcacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatatat-ttttttaaagg 21260902  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatgg 215  Q
     ||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  21260903 gtgtgccacatggcacattctaattgggtaatgttatataccattatgg 21260951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 142 - 231
Target Start/End: Original strand, 46720200 - 46720290
Alignment:
Q  142 ttatttgatatatgtttt-ttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  46720200 ttatttgatatatgtttttttaaagtgtgtgccacatgacacaccttaattgactaatgttatataacataatggtaaagaagtgctatcc 46720290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 12473714 - 12473877
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||  || |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||     
T  12473714 accattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctaccaatgttactttatagatgctttatttgatatat-ttttttaaagg 12473812  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||| |||||| ||||   ||||||   |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  12473813 gtgtggcacatgacacattctaattgagcaatggtatataccattatggtacacaagtgctatcc 12473877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 12528123 - 12528286
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||  || |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||     
T  12528123 accattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctaccaatgttactttatagatgctttatttgatatat-ttttttaaagg 12528221  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||| |||||| ||||   ||||||   |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  12528222 gtgtggcacatgacacattctaattgagcaatggtatataccattatggtacacaagtgctatcc 12528286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 22343347 - 22343510
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| | | ||||| |  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||     
T  22343347 accattaaggtatcaatggtatatatcattgaccaattagagtgtgtcatctatcaatgttactttataaatgctttatttgatatat-tattttaaagg 22343445  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    |||||||||||| ||||   ||||||   |||| |||||| ||| |||||||||| ||| |||||    
T  22343446 atgtgccacatgacacattctaattgaacaatgatatataccattatggtacacaggtgatatcc 22343510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 67 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 33249535 - 33249420
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||  |||| ||||| | | ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||     
T  33249535 accattaaggtacaaatggtatatacaattggccaattagagtgtgtcacctaccaatgttactttataaatgctttatttgatatat-atttttaaagg 33249437  T
Q  167 atgtgccacatggcaca 183  Q
     ||||||||||||||||    
T  33249436 gtgtgccacatggcaca 33249420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 67 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 35869732 - 35869575
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||  || ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||  ||||||||||     
T  35869732 accattaaggtaccaatggtatataccattgaccaattataatgtgccacctaccaatgttactatataaatgttttatttgatata-cttttttaaagg 35869634  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtg 225  Q
     |||||||| || ||||   ||||||   |||| |||||| ||| |||||| |||||||    
T  35869633 gtgtgccacgtgacacattctaattgaacaatggtatataccattatggtagacaagtg 35869575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 80 - 150
Target Start/End: Original strand, 46719953 - 46720023
Alignment:
Q  80 caatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgat 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46719953 caatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacatacaaatgttactttataaatactttatttgat 46720023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 75 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 52910202 - 52910050
Alignment:
Q  75 ggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgcca 174  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||  || ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |    ||  || |||  |||||    
T  52910202 ggtaccaatgttatataccattggccaattaaagtgtgccacctaccaatattactttataaatgctttatttgataaaaaaattaaaaggta--tgcca 52910105  T
Q  175 catggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 229  Q
    | ||||||||| ||||||   |||| |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  52910104 cgtggcacaccctaattgatcaatggtatataccataatggtacataagtgctat 52910050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 34829241 - 34829168
Alignment:
Q  70 attaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatacttt 143  Q
    ||||||||||||||| |||||| || || ||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  34829241 attaaggtaccaatgatatatatcaatggccaattaaagtgtgtcacctaccaatgttactttataaatgcttt 34829168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 134
Target Start/End: Original strand, 55590492 - 55590559
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttat 134  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| | | ||||| || |||||||||||||||||    
T  55590492 accattaaggtaccaatggtatatatcattgatcaattatagtgtgtcacctaccaatgttactttat 55590559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 109 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 49999707 - 49999662
Alignment:
Q  109 tgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatat 154  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  49999707 tgtgtcacataccaatgttattttataaatgctttatttgatatat 49999662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 231
Target Start/End: Original strand, 51811975 - 51812087
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggta 217  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||  |||||||  || ||||   ||||||| ||||| |||||| ||| ||| ||    
T  51811975 taccaatgttactttataaattttttttttgatatat-ttttttaaagggtgtgccatgtgacacattctaattggataatggtatataccattatgata 51812073  T
Q  218 cacaagtgctatcc 231  Q
     ||||||| |||||    
T  51812074 tacaagtgttatcc 51812087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 156 - 231
Target Start/End: Original strand, 1796648 - 1796723
Alignment:
Q  156 ttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||||||  ||||||||  |||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  1796648 ttttttaaaggatgtgtcacgtggcacaatttaattggacaatggtatataccattatggtacacaagtgttatcc 1796723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 67 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8809801 - 8809639
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  8809801 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacgtaccaatgttactttataaatgttttatttgatatatgttttttaaagt 8809702  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 229  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8809701 gtgtgccacatgtcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 8809639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 35998262 - 35998426
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||  ||||| |||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  35998262 accattaaggtaccaatgttatataacattgattaataagagtgtgccacatatcaatgttattttataagtgttttattttatatatgttttttaaagt 35998361  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35998362 gtgtgccacatggcacatcttaattggctaatgttatataacataatggtacacaggtgctatcc 35998426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 67 - 227
Target Start/End: Original strand, 32676146 - 32676305
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | ||||    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||     
T  32676146 accattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagaatgcaccacctaccaatgttactttataaatgctttatttgatatat-ttttttaaagc 32676244  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgct 227  Q
    |||||||||||||||||   |||||||  |||| |||||| ||| || |||||||| ||||    
T  32676245 atgtgccacatggcacaatctaattggacaatggtatataccattatagtacacaaatgct 32676305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 67 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 29119485 - 29119324
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||  || || || |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||     
T  29119485 accattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctatcattgttactttatagatgctttatttgatatat-ttttttaaagg 29119387  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 229  Q
     ||||||||||||||||   |||||||  |||  |||||| | | ||||||||||| ||||||    
T  29119386 gtgtgccacatggcacattctaattgggcaattgtatatacccttatggtacacaaatgctat 29119324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 69 - 231
Target Start/End: Original strand, 35534418 - 35534576
Alignment:
Q  69 cattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtat 168  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  || | | | ||||  |||||| ||||| | ||||||| |  ||||||| ||||    |||||||||  |    
T  35534418 cattaagataccaatgttatataacattggacactgagagtgtgccacatactaatgtcaatttataagtgttttatttaatat----tttttaaagggt 35534513  T
Q  169 gtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  35534514 gtgccacatgacacaccttaattggccaatattatataacattatggttcacaagttctatcc 35534576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 2569047 - 2569209
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| | | ||||  || |||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||  ||||||||||     
T  2569047 accattaaggtaccaatggtatatatcatttgccaattagagtgtgccacctaccaatgttacattaccaatgctttatttgatata--ttttttaaagg 2569144  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||||||  |||||||   ||||| |  |||  |||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  2569145 gtgtgccatgtggcacattctaattaggcaatagtatatatcattatgttacacaagtgctatcc 2569209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 154
Target Start/End: Original strand, 6223061 - 6223148
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatat 154  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||| ||  ||||| | ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  6223061 accattaaagtatcaatgttatatatcattgatcaattaaggtgtgtcatatatcaatgttattttataagtattttatttgatatat 6223148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 150
Target Start/End: Original strand, 8555470 - 8555522
Alignment:
Q  98 accaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgat 150  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||    
T  8555470 accaattaaaatgtgtcacataccaatgttattttataaatgttttatttgat 8555522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 129 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 46435564 - 46435463
Alignment:
Q  129 ctttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgcta 228  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||  |||| |||||| ||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||||| |||    
T  46435564 ctttatagatgctttatttgatatatattttt-aaagggtgtgtcacatgacacattctaattgggcaatggtatataccattatggtacacaagtccta 46435466  T
Q  229 tcc 231  Q
    |||    
T  46435465 tcc 46435463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 70 - 206
Target Start/End: Original strand, 8462141 - 8462276
Alignment:
Q  70 attaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatg 169  Q
    ||||| ||||||||| |||||| |||||| |||| | | ||||  || ||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||  ||||||||||   |    
T  8462141 attaaagtaccaatggtatatatcattgatcaattatagtgtgccacctaccaatgttattttataaatgttttatttaatata-cttttttaaagggcg 8462239  T
Q  170 tgccacatggcacaccttaattggctaatgttatata 206  Q
    |||||| || ||||  ||||||||  |||| ||||||    
T  8462240 tgccacgtgacacattttaattggacaatggtatata 8462276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 168 - 212
Target Start/End: Original strand, 17431710 - 17431754
Alignment:
Q  168 tgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataa 212  Q
    |||||||||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||    
T  17431710 tgtgccacatggcacaccctgattggacaatgttatataacataa 17431754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 34245577 - 34245741
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34245577 accattaaggtattaatgttatataacattgaccaataaaagtgtgccacgtaccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 34245676  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  34245677 gtgtgccacatgacacaccttaattggctaatgttatataatataatggtacacaagtgttatcc 34245741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 67 - 224
Target Start/End: Original strand, 11113566 - 11113718
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||     ||||||||||     
T  11113566 accattaaggtaccaatgctatataacattgactaataagagtgtgtcacatactaatgttactttgtaagtgctttatttgat-----ttttttaaagg 11113660  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagt 224  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  11113661 atgcgccacatggcacaccttaattgaccaatgttatataccattatggtacataagt 11113718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1212005 - 1211842
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||| |   ||||  || |  ||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||     
T  1212005 accattaaggtaccaatggtatataccattggctaattagtgtgtgccacctttcaatgttactttatcgatgctttatttgatatat-ttttttaaagg 1211907  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||||||| |||||||   |||| ||  |||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  1211906 gtgtgccacgtggcacattctaatggggcaatggtatataccattatggtacacaagtgatatcc 1211842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5403986 - 5403874
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggta 217  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||   ||  |||||| ||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||||||    
T  5403986 taccaatgttactttatagatgttttatttgatatat-ttttttaaagggcgtatcacatgacacattctaattggacaatggtatataccattatggta 5403888  T
Q  218 cacaagtgctatcc 231  Q
    ||||||||||||||    
T  5403887 cacaagtgctatcc 5403874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 189 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 17330555 - 17330515
Alignment:
Q  189 attggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17330555 attggctaatattatataacataatggtacacaagtgctat 17330515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 32644978 - 32644835
Alignment:
Q  86 tatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacacc 185  Q
    |||||| ||||| ||||| ||  ||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||  |||      
T  32644978 tatatatcattggccaattaaggtgtgtcacctacaaatgttacttta-aaatactttatttgttatat-ttttttaaagggtgtgccacatgatacaat 32644881  T
Q  186 ttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 232  Q
     ||||||   |||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  32644880 ctaattgaacaatggtatataccattat-gtacacaagtgctatcca 32644835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 76 - 216
Target Start/End: Original strand, 10163501 - 10163641
Alignment:
Q  76 gtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccac 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10163501 gtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgccacatactgatattactttataaataatttatttgatatatgttttttaaagtatgtgctac 10163600  T
Q  176 atggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggt 216  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10163601 atggcataccttaattgactaatgttatataacataatggt 10163641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 126 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 3668112 - 3668008
Alignment:
Q  126 ttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtg 225  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3668112 ttactttataagtgctttattttatatatgttttttaaagtgagtgccacatggcacatcttaattggctaatattatataatataatggtacacaagtg 3668013  T
Q  226 ctatc 230  Q
    |||||    
T  3668012 ctatc 3668008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 67 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 34392242 - 34392080
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||  || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||     
T  34392242 accattgaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctaccaatcttactttataaatgctttatttgatatat-ttttttaaagg 34392144  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatc 230  Q
     ||||||||||||||||   |||||||  |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  34392143 gtgtgccacatggcacaatctaattggacaatggtatataccattatggtacacaagtgctatc 34392080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 23863913 - 23863801
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggta 217  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||||||    
T  23863913 taccaatgttactttataaatgctttatttgatatat-atttttaaagggtgtgccacatggcacattctaattggacaatgatatatatcattatggta 23863815  T
Q  218 cacaagtgctatcc 231  Q
    ||| ||||||||||    
T  23863814 cactagtgctatcc 23863801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 118 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 41095896 - 41095784
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggta 217  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||   | |||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||| ||| ||||||    
T  41095896 taccaatgttactttataaatgctttatttgatagat-ttttttaaaaggtatgccacatggcacaccctaaatggccaatggtatataccattatggta 41095798  T
Q  218 cacaagtgctatcc 231  Q
    |  |||||||||||    
T  41095797 cctaagtgctatcc 41095784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 14566014 - 14565908
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  | | |||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||     
T  14566014 accactaaggtaccaatgttatatatcattgatcaagtagagtgtgctacataccaatattattttataagtacttcatttgatata-gttttttaaagg 14565916  T
Q  167 atgtgcca 174  Q
    ||||||||    
T  14565915 atgtgcca 14565908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 69 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 37358080 - 37357915
Alignment:
Q  69 cattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgata---tatgttttttaaag 165  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| | | ||||| || || |||||||||||||||||| |||||||| |||   | | |||||||||     
T  37358080 cattaaggtaccaatgatatataccattgactaattagagtgtgtcacctatcaatgttactttataaatgctttatttaatatttttttttttttaaac 37357981  T
Q  166 tatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    |||||||||| || ||||   |||||||  |||| ||||||  || ||| ||||||||||||||||    
T  37357980 tatgtgccacgtgacacattctaattggacaatggtatatactattatgatacacaagtgctatcc 37357915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 231
Target Start/End: Original strand, 4779649 - 4779758
Alignment:
Q  121 caatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacac 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| || ||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||| |||||    
T  4779649 caatgttactttataaatactttatttgatatat-ttttttaaaggatgtgtcacgtgacacattctaattggacaatggtatataccattatgatacac 4779747  T
Q  221 aagtgctatcc 231  Q
    ||||| |||||    
T  4779748 aagtgttatcc 4779758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 153
Target Start/End: Original strand, 21603969 - 21604055
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatata 153  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | | ||| | || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  21603969 accattaaggtaccaatggtatataccattgaccaattatagtgtatcacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata 21604055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 4775644 - 4775808
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatacttt-atttgatatatgttttttaaag 165  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||  |||| ||||| | ||||| | |  ||||||| ||||||||| |||  ||| |||| |||||| ||||||||||    
T  4775644 accattaagctaccaatgatatatattattggccaattagaatgtctcatctaccaatcttactttattaattgttttatttaatatat-ttttttaaag 4775742  T
Q  166 tatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||||||||||||||||  ||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| || |||||    
T  4775743 gatgtgccacatggcacaatttaattggacaatggtatataccattatggtacacaaatgttatcc 4775808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 67 - 171
Target Start/End: Original strand, 7381702 - 7381804
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||| | | ||||  |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||     
T  7381702 accattaaggtaccaatggtatatactattggccaattagagtgtgccatctaccaatgttactttataaattctttatttgatata--ttttttaaagg 7381799  T
Q  167 atgtg 171  Q
    |||||    
T  7381800 atgtg 7381804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 25275728 - 25275620
Alignment:
Q  121 caatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacac 220  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||  |||   |||||||  |||| |||||| ||| ||| ||||     
T  25275728 caatgttacttt-taaatactttatttgatata-cttttttaaaggatgtgccacgtgatacattctaattggacaatgatatataccattatgatacag 25275631  T
Q  221 aagtgctatcc 231  Q
    |||||||||||    
T  25275630 aagtgctatcc 25275620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 233
Target Start/End: Original strand, 9207278 - 9207310
Alignment:
Q  201 tatataacataatggtacacaagtgctatccat 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9207278 tatataacataatggtacacaagtgctatccat 9207310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 3668375 - 3668346
Alignment:
Q  69 cattaaggtaccaatgttatataacattga 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3668375 cattaaggtaccaatgttatataacattga 3668346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 67 - 205
Target Start/End: Original strand, 1514813 - 1514951
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||   ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |    
T  1514813 accattaaggtaccaatgttatataacattgatcaataagagtgtaccacataccaatgttactttataaatgttttatttgatatatattttttaaaat 1514912  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatat 205  Q
     ||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  1514913 gtgtaccatatgtcacaccttaattggttaatgttatat 1514951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 67 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 41179724 - 41179567
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||| ||||| || |||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||| |     
T  41179724 accattaaggtaccaatgatatatatcattggccaattaaagtgtgtcacctaccgatgttactttataaatgttttatttaatatat-ttttttaatgg 41179626  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtg 225  Q
    |||||||||||||||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  41179625 atgtgccacatggcacattctaattgggcaatggtatataccattatggtacacaagtg 41179567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 18168395 - 18168559
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| | | |||   || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  18168395 accattaaggtaccaatggtatatatcattgatcaattagagtgtcccacctaccaatcttactttataaatactttatttgatatattttttttaaagg 18168494  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    ||||||||| || ||||   ||||| | ||||  |||||| ||| ||||||||||  ||||||||    
T  18168495 atgtgccacgtgacacaatctaattaggtaataatatataccattatggtacacagatgctatcc 18168559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 18631952 - 18632116
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| | | |||   || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  18631952 accattaaggtaccaatggtatatatcattgatcaattagagtgtcccacctaccaatcttactttataaatactttatttgatatattttttttaaagg 18632051  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
    ||||||||| || ||||   ||||| | ||||  |||||| ||| ||||||||||  ||||||||    
T  18632052 atgtgccacgtgacacaatctaattaggtaataatatataccattatggtacacagatgctatcc 18632116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 118 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 24337940 - 24337828
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggta 217  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||| |||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||||||    
T  24337940 taccaatgttactttatagatgctttatttgatatatattttt-aaagggtgtgccacatagcacattctaattggacaatggtatataccattatggta 24337842  T
Q  218 cacaagtgctatcc 231  Q
    ||||||||||||||    
T  24337841 cacaagtgctatcc 24337828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 4708468 - 4708353
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||| |||||||||||||  ||||| |||   ||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||     
T  4708468 accactaaggtaccaatggcatatatcatgcgccaattaaagtgtgtcacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatatat-atttttaaagg 4708370  T
Q  167 atgtgccacatggcaca 183  Q
     |||||||| |||||||    
T  4708369 gtgtgccacgtggcaca 4708353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 32825996 - 32825854
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||| ||| ||||||| |||| ||||| ||||| | | | ||| ||||| |||||||| ||||||  |  |||||||||||||| ||||| ||||     
T  32825996 accattaaagtatcaatgttgtataccattggccaattagagtatgtcacatatcaatgttattttatatgtgttttatttgatatat-tttttaaaagg 32825898  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacat 210  Q
     |||| |||||| |||| |||||||||| |||  ||||||||||    
T  32825897 ttgtgtcacatgacacatcttaattggccaattatatataacat 32825854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 35341546 - 35341709
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | | ||||  || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||     
T  35341546 accattaaggtaccaatgatatataccattgaccaattatagtgtgccacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata-cttttttaaagg 35341644  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||||||| || ||||   |||||||  |||| |||||| ||| |||||| | ||||| |||||    
T  35341645 gtgtgccacgtgacacattctaattggacaatgatatatatcattatggtagataagtgttatcc 35341709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 232
Target Start/End: Original strand, 48072451 - 48072561
Alignment:
Q  121 caatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacac 220  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  |||||||| |||||||   |||||||  |||| |||||| ||| |||||||||    
T  48072451 caatgttattttataaatattttatttgatgtat-ttttttaaagggtgtgccacgtggcacattctaattgggcaatggtatataccattatggtacac 48072549  T
Q  221 aagtgctatcca 232  Q
    ||||||||||||    
T  48072550 aagtgctatcca 48072561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Original strand, 48250164 - 48250329
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||  |||| | | ||||  || |||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||     
T  48250164 accattaaggtaccaatgatatatatcattggtcaattagagtgtgccacctaccaatgttactttatagatgctttatttgatat-ttttttttaaagg 48250262  T
Q  167 atgtgccaca--tggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     | ||| |||  || ||||   |||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  48250263 gtatgctacatgtgtcacattctaattggacaatggtatataccattatggtacacaagtgctatcc 48250329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 32694677 - 32694568
Alignment:
Q  121 caatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagtatgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacac 220  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| || ||||   ||||| |  |||| |||||| ||| || ||||||    
T  32694677 caatgttactttataaattctttatttgatatat-ttttttaaagggtgtgccacgtgacacattctaattaggcaatggtatataccattatagtacac 32694579  T
Q  221 aagtgctatcc 231  Q
    |||||||||||    
T  32694578 aagtgctatcc 32694568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 67 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 31307035 - 31306951
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaa-tgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgat 150  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||| ||||| |||||  ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31307035 accattaaagtatcaatgatatatatcattgtccaatttaaagtgtgctacctaccaatgttactttataaatgctttatttgat 31306951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 67 - 233
Target Start/End: Original strand, 34204 - 34367
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||| | | ||||  || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||     
T  34204 accattaaggtaccaatggtatatattattggccaattagagtgtgccacttaccaatattactttataaatattttatttgatata--ttttttaaagg 34301  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatccat 233  Q
     |||| ||| || ||||   ||||||| ||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||    
T  34302 gtgtgtcacgtgacacattctaattggataatgttatat-accttatggtacacaaatgctatccat 34367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0229 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0229
Description:

Target: scaffold0229; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13167 - 13003
Alignment:
Q  67 accattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgttacataccaatgttactttataaatactttatttgatatatgttttttaaagt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||| |   ||||  || |  ||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| || |     
T  13167 accattaaggtaccaatggtatataccattggctaattagtgtgtgccacctttcaatgttactttatcgatgctttatttgatatatttttttaaaggg 13068  T
Q  167 atgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 231  Q
     |||||||| |||||||   |||| ||  |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  13067 ttgtgccacgtggcacattctaatggggcaatggtatataccattatggtacacaagtgctatcc 13003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0263 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0263
Description:

Target: scaffold0263; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 23209 - 23168
Alignment:
Q  118 taccaatgttactttataaatactttatttgatatatgtttt 159  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  23209 taccaattttactttataaatattttatttgatatatttttt 23168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 728 times since January 2019
Visitors: 4098