View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0648_high_26 (Length: 230)

Name: NF0648_high_26
Description: NF0648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0648_high_26
NF0648_high_26
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-108)||(45134828-45134935)
chr8 (1-108)||(7300985-7301092)
chr8 (1-108)||(6608177-6608283)
chr8 (1-108)||(21415149-21415256)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-108)||(8523023-8523130)
chr6 (1-108)||(15686023-15686130)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-108)||(41791763-41791870)
chr4 (1-108)||(16278013-16278120)
chr4 (4-108)||(53387626-53387730)
chr4 (1-108)||(14698808-14698914)
chr4 (1-108)||(4171116-4171222)
chr4 (59-108)||(21189768-21189817)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-108)||(54973477-54973584)
chr3 (1-108)||(54976087-54976194)
chr3 (1-108)||(54978697-54978804)
chr3 (1-108)||(55292327-55292434)
chr3 (1-108)||(10554526-10554633)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-108)||(21239028-21239135)
chr2 (1-108)||(21241578-21241685)
chr2 (1-108)||(24504794-24504901)
chr2 (1-108)||(31503690-31503797)
chr2 (1-108)||(31506256-31506363)
chr2 (4-108)||(20591011-20591115)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (1-108)||(8776451-8776558)
chr7 (1-108)||(16006509-16006616)
chr7 (4-108)||(17505693-17505797)
chr7 (4-108)||(17547417-17547521)
chr7 (1-108)||(21743208-21743314)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-108)||(26495977-26496084)
chr5 (1-108)||(29325143-29325250)
chr5 (35-108)||(27869316-27869390)
[»] scaffold0525 (1 HSPs)
scaffold0525 (1-108)||(9262-9369)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-108)||(20579556-20579663)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (1-108)||(1945-2052)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 45134828 - 45134935
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45134828 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 45134927  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  45134928 atatgatg 45134935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 7300985 - 7301092
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7300985 aggacgtttgtaatgtttaatgacatcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 7301084  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  7301085 atatgatg 7301092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 6608177 - 6608283
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608177 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaac-gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 6608275  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  6608276 atatgatg 6608283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 21415149 - 21415256
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  21415149 aggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgt 21415248  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  21415249 atatgatg 21415256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 8523130 - 8523023
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8523130 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 8523031  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  8523030 atatgatg 8523023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 15686023 - 15686130
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15686023 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 15686122  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  15686123 atatgatg 15686130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 41791870 - 41791763
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41791870 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 41791771  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  41791770 atatgatg 41791763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 16278013 - 16278120
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16278013 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctacttgttgt 16278112  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  16278113 atatgatg 16278120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 108
Target Start/End: Original strand, 53387626 - 53387730
Alignment:
Q  4 atgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtaga 103  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  53387626 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 53387725  T
Q  104 tgatg 108  Q
    |||||    
T  53387726 tgatg 53387730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 14698914 - 14698808
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698914 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 14698816  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  14698815 atatgatg 14698808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 4171222 - 4171116
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4171222 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctacttgttgt 4171124  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  4171123 atatgatg 4171116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 59 - 108
Target Start/End: Original strand, 21189768 - 21189817
Alignment:
Q  59 ttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtagatgatg 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||    
T  21189768 ttatatgttatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatg 21189817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 54973584 - 54973477
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54973584 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54973485  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  54973484 atatgatg 54973477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 54976194 - 54976087
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54976194 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54976095  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  54976094 atatgatg 54976087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 54978804 - 54978697
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54978804 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54978705  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  54978704 atatgatg 54978697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 55292327 - 55292434
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292327 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 55292426  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  55292427 atatgatg 55292434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 10554633 - 10554526
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554633 aggatgtttataatgtttattgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 10554534  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  10554533 atatgatg 10554526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 21239028 - 21239135
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21239028 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 21239127  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  21239128 atatgatg 21239135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 21241578 - 21241685
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21241578 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 21241677  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  21241678 atatgatg 21241685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 24504901 - 24504794
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24504901 aggatgtttgtaatgtttaatgatgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 24504802  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  24504801 atatgatg 24504794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 31503797 - 31503690
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31503797 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgt 31503698  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  31503697 atatgatg 31503690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 31506363 - 31506256
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31506363 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgt 31506264  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  31506263 atatgatg 31506256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 108
Target Start/End: Original strand, 20591011 - 20591115
Alignment:
Q  4 atgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtaga 103  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  20591011 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgttgtata 20591110  T
Q  104 tgatg 108  Q
    |||||    
T  20591111 tgatg 20591115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 8776558 - 8776451
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  8776558 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactcgttgt 8776459  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  8776458 atatgatg 8776451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 16006616 - 16006509
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16006616 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 16006517  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  16006516 atatgatg 16006509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 108
Target Start/End: Original strand, 17505693 - 17505797
Alignment:
Q  4 atgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtaga 103  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17505693 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 17505792  T
Q  104 tgatg 108  Q
    |||||    
T  17505793 tgatg 17505797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 17547521 - 17547417
Alignment:
Q  4 atgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtaga 103  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17547521 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 17547422  T
Q  104 tgatg 108  Q
    |||||    
T  17547421 tgatg 17547417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 21743208 - 21743314
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743208 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 21743306  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  21743307 atatgatg 21743314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 26496084 - 26495977
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26496084 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 26495985  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  26495984 atatgatg 26495977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 29325143 - 29325250
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29325143 aggatgtctgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 29325242  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  29325243 atatgatg 29325250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 108
Target Start/End: Original strand, 27869316 - 27869390
Alignment:
Q  35 gttgatgaa-caaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtagatgatg 108  Q
    ||||||||| |||| | ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||    
T  27869316 gttgatgaatcaaaagtggaaataattatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 9369 - 9262
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9369 aggatgttggtaaggtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 9270  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  9269 atatgatg 9262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 20579663 - 20579556
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20579663 aggatgtttgtagtgtttaatgacgtcgacttaggtcgatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 20579564  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  20579563 atatgatg 20579556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 2052 - 1945
Alignment:
Q  1 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2052 aggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgt 1953  T
Q  101 agatgatg 108  Q
    | ||||||    
T  1952 atatgatg 1945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3041 times since January 2019
Visitors: 4024