View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0649_low_13 (Length: 302)

Name: NF0649_low_13
Description: NF0649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0649_low_13
NF0649_low_13
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (4-284)||(17505693-17505973)
chr7 (4-284)||(17547241-17547521)
chr7 (1-284)||(21743208-21743490)
chr7 (1-284)||(16006332-16006616)
chr7 (1-284)||(8776277-8776558)
chr7 (143-284)||(38828161-38828302)
chr7 (145-284)||(35366156-35366293)
chr7 (145-284)||(13733586-13733722)
chr7 (240-284)||(21065304-21065348)
chr7 (197-284)||(13395568-13395654)
chr7 (197-284)||(48785243-48785329)
chr7 (143-284)||(4993415-4993555)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-284)||(16278013-16278297)
chr4 (4-284)||(53387626-53387906)
chr4 (1-284)||(14698632-14698914)
chr4 (1-284)||(4170940-4171222)
chr4 (1-284)||(41791586-41791870)
chr4 (145-284)||(56115656-56115795)
chr4 (197-284)||(287020-287106)
chr4 (145-284)||(15280136-15280272)
chr4 (197-284)||(28382754-28382840)
chr4 (197-284)||(47126929-47127015)
chr4 (59-142)||(21189768-21189851)
chr4 (197-284)||(33848836-33848923)
chr4 (221-284)||(16359434-16359495)
chr4 (246-284)||(10313645-10313683)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (4-284)||(20591011-20591291)
chr2 (1-287)||(21239028-21239315)
chr2 (1-287)||(21241578-21241865)
chr2 (1-284)||(31503514-31503797)
chr2 (1-284)||(31506080-31506363)
chr2 (1-284)||(24504617-24504901)
chr2 (145-284)||(28349000-28349139)
chr2 (145-284)||(12627942-12628079)
chr2 (197-284)||(44620858-44620944)
chr2 (197-284)||(23339271-23339358)
chr2 (199-282)||(41684868-41684950)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (1-284)||(55292327-55292610)
chr3 (1-284)||(10554350-10554633)
chr3 (1-284)||(54973300-54973584)
chr3 (1-284)||(54975910-54976194)
chr3 (1-284)||(54978520-54978804)
chr3 (145-284)||(16799737-16799876)
chr3 (145-284)||(54046645-54046782)
chr3 (145-284)||(603698-603835)
chr3 (145-284)||(15010208-15010345)
chr3 (145-284)||(10989622-10989761)
chr3 (197-284)||(2035087-2035173)
chr3 (197-284)||(2038594-2038680)
chr3 (197-284)||(2042335-2042421)
chr3 (197-284)||(14038107-14038193)
chr3 (197-284)||(14041575-14041661)
chr3 (197-284)||(39230655-39230741)
chr3 (197-284)||(18958826-18958912)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-284)||(6608177-6608459)
chr8 (1-284)||(45134828-45135112)
chr8 (1-284)||(7300985-7301266)
chr8 (1-146)||(21415149-21415294)
chr8 (145-284)||(363881-364020)
chr8 (145-284)||(24707859-24707997)
chr8 (197-284)||(22059494-22059580)
chr8 (197-284)||(22145490-22145576)
chr8 (145-284)||(44431954-44432093)
chr8 (145-261)||(10829505-10829619)
chr8 (197-284)||(17795326-17795413)
chr8 (221-284)||(28853880-28853943)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-284)||(8522846-8523130)
chr6 (1-284)||(15686023-15686301)
chr6 (145-284)||(15539201-15539340)
chr6 (145-281)||(2287966-2288102)
chr6 (145-284)||(16812708-16812845)
chr6 (197-284)||(16829728-16829814)
chr6 (197-284)||(16102273-16102359)
chr6 (246-284)||(12595887-12595925)
chr6 (198-282)||(29492687-29492770)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-287)||(26495797-26496084)
chr5 (1-284)||(29325143-29325427)
chr5 (145-284)||(4397639-4397776)
chr5 (145-284)||(22758711-22758850)
chr5 (146-284)||(26361136-26361271)
chr5 (221-284)||(23693388-23693450)
chr5 (35-108)||(27869316-27869390)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (1-284)||(9085-9369)
scaffold0525 (197-284)||(10978-11064)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-284)||(20579377-20579663)
chr1 (143-284)||(2333021-2333162)
chr1 (145-284)||(294128-294267)
chr1 (199-284)||(24087349-24087432)
chr1 (197-284)||(20631246-20631332)
chr1 (197-284)||(36181505-36181591)
chr1 (145-284)||(37358402-37358538)
chr1 (246-284)||(14432505-14432543)
chr1 (197-284)||(296449-296536)
chr1 (197-284)||(45307219-45307306)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (1-142)||(1911-2052)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (145-284)||(8548-8687)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (146-284)||(2432-2570)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (146-284)||(162377-162515)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (145-284)||(137868-138007)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (197-284)||(134072-134157)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (197-276)||(1638-1716)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 4 - 284
Target Start/End: Original strand, 17505693 - 17505973
Alignment:
Q  4 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgtata 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17505693 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 17505792  T
Q  104 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505793 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattc 17505892  T
Q  204 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17505893 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatg 17505973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 4 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 17547521 - 17547241
Alignment:
Q  4 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgtata 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17547521 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 17547422  T
Q  104 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547421 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattc 17547322  T
Q  204 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17547321 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatg 17547241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 21743208 - 21743490
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21743208 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 21743306  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743307 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 21743406  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21743407 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatg 21743490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16006616 - 16006332
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  16006616 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 16006517  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  16006516 atatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 16006417  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16006416 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataagttgttgatg 16006332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 8776558 - 8776277
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  8776558 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactcgttgt 8776459  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  8776458 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttg--aattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 8776361  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776360 ttcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 8776277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 143 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 38828302 - 38828161
Alignment:
Q  143 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 242  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||| | ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| |||||  ||||||| |||    
T  38828302 tatgttgctattgattgaatatgatttgttgctgactgctggtttgtgcatagctgcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgagttgtaaagtt 38828203  T
Q  243 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38828202 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 38828161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 35366293 - 35366156
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||| ||||| ||  ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| ||      
T  35366293 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaattgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaagttttg 35366195  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35366194 a-gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 35366156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 13733586 - 13733722
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||| ||| | ||  ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  13733586 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 13733682  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13733683 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatg 13733722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 240 - 284
Target Start/End: Original strand, 21065304 - 21065348
Alignment:
Q  240 gttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21065304 gttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 21065348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 13395568 - 13395654
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13395568 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 13395654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 48785329 - 48785243
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48785329 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 48785243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4993555 - 4993415
Alignment:
Q  143 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 242  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||| ||| | ||  ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| |     
T  4993555 tatgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgatggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tg 4993458  T
Q  243 gcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4993457 gcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 4993415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 16278013 - 16278297
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  16278013 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctacttgttgt 16278112  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16278113 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 16278212  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcg-ttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16278213 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtttctaagtaatggagtcataggttgttgatg 16278297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 4 - 284
Target Start/End: Original strand, 53387626 - 53387906
Alignment:
Q  4 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgtata 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53387626 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtata 53387725  T
Q  104 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53387726 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatgcatgcattc 53387825  T
Q  204 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  53387826 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagaggatgttgatg 53387906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 14698914 - 14698632
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14698914 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 14698816  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698815 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 14698716  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14698715 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatg 14698632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4171222 - 4170940
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4171222 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctacttgttgt 4171124  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4171123 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 4171024  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4171023 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatg 4170940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 41791870 - 41791586
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  41791870 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 41791771  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  41791770 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 41791671  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791670 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 41791586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 56115656 - 56115795
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | || ||||  ||  ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  56115656 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 56115754  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56115755 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 56115795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 287106 - 287020
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  287106 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 287020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 15280136 - 15280272
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||| ||| | ||  ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  15280136 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 15280232  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15280233 gagttgtcgttataagtaatggagtcataggttgttgatg 15280272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28382840 - 28382754
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28382840 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 28382754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 47126929 - 47127015
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47126929 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 47127015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 142
Target Start/End: Original strand, 21189768 - 21189851
Alignment:
Q  59 ttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttatta 142  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||| |||||||| ||| || || ||||||| ||||||    
T  21189768 ttatatgttatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta 21189851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 33848923 - 33848836
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33848923 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 33848836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 221 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16359495 - 16359434
Alignment:
Q  221 tgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16359495 tgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatg 16359434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 246 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10313683 - 10313645
Alignment:
Q  246 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10313683 agttgtcgttctaagcaacgaagtcataggttgttgatg 10313645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 4 - 284
Target Start/End: Original strand, 20591011 - 20591291
Alignment:
Q  4 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgtata 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  20591011 atgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgttgtata 20591110  T
Q  104 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20591111 tgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataaatgcattc 20591210  T
Q  204 aattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591211 aattggattatacaagatgttggtttaggttgtaaggctgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 20591291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 21239028 - 21239315
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  21239028 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 21239127  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21239128 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 21239227  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatg 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239228 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatg 21239315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 21241578 - 21241865
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  21241578 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 21241677  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21241678 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 21241777  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatg 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241778 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatg 21241865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 31503797 - 31503514
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  31503797 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgt 31503698  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31503697 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 31503598  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31503597 ttcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatg 31503514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 31506363 - 31506080
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  31506363 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgt 31506264  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31506263 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 31506164  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31506163 ttcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatg 31506080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24504901 - 24504617
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  24504901 aggatgtttgtaatgtttaatgatgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 24504802  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  24504801 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 24504702  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24504701 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatg 24504617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28349139 - 28349000
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta-aggttg 243  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||| | ||||    
T  28349139 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtagaagttg 28349041  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28349040 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 28349000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 12627942 - 12628079
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||| ||||| ||  ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  12627942 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaactgcattcaattagaacatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 12628039  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12628040 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 12628079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44620944 - 44620858
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44620944 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 44620858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 23339271 - 23339358
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23339271 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 23339358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 282
Target Start/End: Original strand, 41684868 - 41684950
Alignment:
Q  199 cattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttga 282  Q
    ||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41684868 cattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaggtaacggagtcataggttgttga 41684950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 55292327 - 55292610
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  55292327 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 55292426  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  55292427 atatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgca 55292526  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  55292527 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttccaagtaacggagtcataggttgttgatg 55292610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10554633 - 10554350
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10554633 aggatgtttataatgtttattgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 10554534  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  10554533 atatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatggataaatgca 10554434  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554433 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 10554350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 54973584 - 54973300
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  54973584 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54973485  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  54973484 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 54973385  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973384 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 54973300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 54976194 - 54975910
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  54976194 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54976095  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  54976094 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 54975995  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975994 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 54975910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 54978804 - 54978520
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  54978804 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 54978705  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  54978704 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 54978605  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978604 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 54978520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16799876 - 16799737
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16799876 tgttgttgttgattgaatatgatttgatgttgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 16799777  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799776 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 16799737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 54046782 - 54046645
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  54046782 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgttggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 54046685  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  54046684 gagttgtcgttctaagtaacggagtcatagtttgttgatg 54046645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 603698 - 603835
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||||||  ||| ||||| ||  ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  603698 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgcaggtttatgcttaactgcattcaattagaatatataaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 603795  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  603796 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 603835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 15010208 - 15010345
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||| ||||| ||  ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| |||     
T  15010208 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgatggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttga 15010305  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010306 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 15010345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 10989622 - 10989761
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| | ||||  ||  ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  10989622 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgttgatttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 10989720  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10989721 caagttgtcgttctaagtaaaggagtcataggttgttgatg 10989761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 2035087 - 2035173
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2035087 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 2035173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 2038594 - 2038680
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2038594 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 2038680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 2042335 - 2042421
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2042335 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 2042421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 14038193 - 14038107
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14038193 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 14038107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 14041661 - 14041575
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14041661 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 14041575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 39230741 - 39230655
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39230741 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 39230655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 18958912 - 18958826
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | ||||| ||||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  18958912 tgcattcaattagaatgtacaatatgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacgtagttataggttgttgatg 18958826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 6608177 - 6608459
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6608177 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaac-gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 6608275  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608276 atatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 6608375  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6608376 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatg 6608459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 45134828 - 45135112
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  45134828 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 45134927  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  45134928 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 45135027  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45135028 attcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 45135112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 7300985 - 7301266
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  7300985 aggacgtttgtaatgtttaatgacatcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 7301084  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  7301085 atatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttg--aattgaatatgatttgctgttgattgttggtttatgcataaatgca 7301182  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7301183 ttcaattagattatacaagatgttagttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 7301266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 21415149 - 21415294
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  21415149 aggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgt 21415248  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatg 146  Q
    |||||||| |||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||    
T  21415249 atatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattattatatg 21415294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 364020 - 363881
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | || ||||  ||  ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  364020 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 363922  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  363921 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 363881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 24707859 - 24707997
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaat-atgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttg 243  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | || ||| || |||| ||| | ||  ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||    
T  24707859 tgttgctgttgattgaattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttcgggttgtaag-ttg 24707956  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
      ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24707957 tgagttgtcattataagtaacggagtcataggttgttgatg 24707997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 22059494 - 22059580
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| |||| |||||  |||| ||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22059494 tgcattcaattagattgtacaatgtgttagttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 22059580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 22145490 - 22145576
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22145490 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 22145576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44432093 - 44431954
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||| ||||  ||  | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  44432093 tgttgttgttgattgagtatgatt-gttgctgattgatggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 44431995  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  44431994 caagttgtcgttctaaataacggagtcatatgttgttgatg 44431954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 145 - 261
Target Start/End: Original strand, 10829505 - 10829619
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| || |||||| |||| ||||||||  | ||  ||||| || |||||||| |||||||||  ||||||| |||||    
T  10829505 tgttgctgttgattgattatga-ttgttgatgattgctggtttatgcataactacaaacaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgc 10829602  T
Q  245 aagttgtcgttctaagt 261  Q
     ||||||||||||||||    
T  10829603 gagttgtcgttctaagt 10829619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 17795413 - 17795326
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17795413 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 17795326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 221 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28853943 - 28853880
Alignment:
Q  221 tgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||| |||||||| | ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28853943 tgttggttcaagttgtaag-tggcgggttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 28853880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 8523130 - 8522846
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  8523130 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 8523031  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8523030 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 8522931  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522930 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 8522846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 15686023 - 15686301
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15686023 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgt 15686122  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgca 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||| |||||||| | |||    
T  15686123 atatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattga-----atttgctgctgattgttggtttatgcataaacgca 15686217  T
Q  201 ttcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15686218 ttcaattggattatacaagatgttggtgccggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcctaggttgttgatg 15686301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15539340 - 15539201
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15539340 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttagtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 15539241  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15539240 aagttgtcgttctaagtaacagagtcataggttgttgatg 15539201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 145 - 281
Target Start/End: Original strand, 2287966 - 2288102
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2287966 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 2288065  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 281  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288066 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttg 2288102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16812845 - 16812708
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| ||||||| ||| | ||  || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||     
T  16812845 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgaatgttggtttatacttaactgtattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16812748  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16812747 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatg 16812708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16829814 - 16829728
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16829814 tgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgttagttgtcgttataagtaacagagtcataggttgttgatg 16829728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16102359 - 16102273
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16102359 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 16102273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 12595925 - 12595887
Alignment:
Q  246 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12595925 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 12595887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 198 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 29492770 - 29492687
Alignment:
Q  198 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttga 282  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| ||||| ||||||||| |||  || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  29492770 gcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgggttgtaag-ttgtgagatgtcgttataagtaacggagtcataagttgttga 29492687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 26496084 - 26495797
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  26496084 aggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 26495985  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  26495984 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 26495885  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatg 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495884 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatg 26495797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 29325143 - 29325427
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  29325143 aggatgtctgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 29325242  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  29325243 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 29325342  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325343 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 29325427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4397776 - 4397639
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||| ||| | ||  ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||     
T  4397776 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattcgaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 4397679  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  4397678 gagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatg 4397639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 22758711 - 22758850
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||| |||| ||||  ||  ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  22758711 tgttgctattgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 22758809  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  22758810 caagttgtcgttctaagtaatggagtcaaaggttgttgatg 22758850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 284
Target Start/End: Original strand, 26361136 - 26361271
Alignment:
Q  146 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 245  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||| ||| | ||  ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||      
T  26361136 gttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtg 26361232  T
Q  246 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  26361233 agttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatg 26361271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 221 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 23693450 - 23693388
Alignment:
Q  221 tgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  23693450 tgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacaaagtcataggttgttgatg 23693388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 108
Target Start/End: Original strand, 27869316 - 27869390
Alignment:
Q  35 gttgatgaa-caaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgtatatgatg 108  Q
    ||||||||| |||| | ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  27869316 gttgatgaatcaaaagtggaaataattatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 9369 - 9085
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  9369 aggatgttggtaaggtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 9270  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgc 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  9269 atatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattgttatatgttgttgttgaattgaatatgattcgctgctgattgttggtttatgcataaatgc 9170  T
Q  200 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9169 attcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaactgagtcataggttgttgatg 9085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 10978 - 11064
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10978 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 11064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 20579663 - 20579377
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  20579663 aggatgtttgtagtgtttaatgacgtcgacttaggtcgatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgt 20579564  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattat---atgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataca 196  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  20579563 atatgatggttattattgttgt-gtctcgctacttattattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaa 20579465  T
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20579464 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcgggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagccataggttgttgatg 20579377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 143 - 284
Target Start/End: Original strand, 2333021 - 2333162
Alignment:
Q  143 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 242  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||| | ||||||  ||||||||||| || |||||||| |||  ||||  ||||||| |||    
T  2333021 tatgttgctattgattgaatatgttttgttgctgactgctggtttgtgcataactgcattcaattagaatatacaaggtgtgagttcgagttgtaaagtt 2333120  T
Q  243 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2333121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 2333162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 294267 - 294128
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta-aggttg 243  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | || ||||| ||  ||||||| ||| || || ||||| |||  ||||  |||||| | ||||    
T  294267 tgttgctgttaattgaatatgatt-gttgctgattgctagtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaagttcgagttgtagaagttg 294169  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  294168 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 294128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 199 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24087432 - 24087349
Alignment:
Q  199 cattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||  || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24087432 cattcaattagaatatacaaggtgttggtcgag-ttgtaag-ttgcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 24087349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 20631332 - 20631246
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20631332 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 20631246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 36181591 - 36181505
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36181591 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 36181505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 37358538 - 37358402
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 244  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||| ||| | ||  |||||||| || || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  37358538 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcagttagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 37358442  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37358441 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatg 37358402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 284
Target Start/End: Original strand, 14432505 - 14432543
Alignment:
Q  246 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14432505 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 14432543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 296536 - 296449
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  296536 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 296449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 45307306 - 45307219
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  45307306 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttccaagtaacggagtcataggttgttgatg 45307219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 2052 - 1911
Alignment:
Q  1 aggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctgcttgttgt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  2052 aggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgt 1953  T
Q  101 atatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttatta 142  Q
    |||||||| |||||||| |||||| || ||||||| ||||||    
T  1952 atatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatta 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Original strand, 8548 - 8687
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 243  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  8548 tgttgttgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 8646  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8647 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 8687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 2570 - 2432
Alignment:
Q  146 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgc 244  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||| ||||  ||  | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  |||||    
T  2570 gttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 2472  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2471 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 2432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 162515 - 162377
Alignment:
Q  146 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgc 244  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | || ||||  ||  ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  |||||    
T  162515 gttgctgttgattgattatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 162417  T
Q  245 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  162416 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 162377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 138007 - 137868
Alignment:
Q  145 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt-aaggttg 243  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| ||||  ||  | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  ||||| ||  |||    
T  138007 tgttgctgttgattgagtatga-ttgttgctgattgctggtttatgtttaacttcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaatttg 137909  T
Q  244 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  137908 caagttgtcgttctaagtaatggagtcataggttgttgatg 137868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Original strand, 134072 - 134157
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatg 284  Q
    ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  134072 tgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatg 134157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 1716 - 1638
Alignment:
Q  197 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggt 276  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1716 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcttaggt 1638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3481 times since January 2019
Visitors: 4035